Update metadata - added ref to bioconda, yamllinting

set HOME for autopkgtests

remove unused autopkgtests

Set upstream metadata fields: Repository.

Use secure URI in Homepage field.

Fixes lintian: homepage-field-uses-insecure-uri
See https://lintian.debian.org/tags/homepage-field-uses-insecure-uri.html for more details.

Trim trailing whitespace.

Fixes lintian: file-contains-trailing-whitespace
See https://lintian.debian.org/tags/file-contains-trailing-whitespace.html for more details.

Standards-Version: 4.4.0

debhelper-compat 12

document why we aren't dropping py2 yet

Revert "drop python2"

This reverts commit feea4660e2dfdd2702594e1eee0bae3c53c6d3cb.

drop python2

0.15.3+ds-1

Update upstream source from tag 'upstream/0.15.3+ds'

Update to upstream version '0.15.3+ds'
with Debian dir 307bac42b790b1d11795bf9ce3e9403377717f16

New upstream version 0.15.3+ds

release to unstable

cope with change to Tabix index format

Remove myself from Uploaders

python3:Provides is deprecated

upload to unstable.

remove errant log.txt from the packages.

debian/tests/control.autodep8 → debian/tests/control.

Fix lintian found spelling typos.

Provides: ${python:Provides}

New upstream version

Update upstream source from tag 'upstream/0.15.2+ds'

Update to upstream version '0.15.2+ds'
with Debian dir 528859a225bdaf3bf87eae5371d0cf5153a05354

New upstream version 0.15.2+ds

Team upload - avoiding lintian warning

Giving up for the moment - something deletes this file

Merge branch 'master' of salsa.debian.org:med-team/python-pysam

Restore changes of latest upload

Merge branch 'master' of salsa.debian.org:med-team/python-pysam

Adjustments

Adjustments

New upstream version

Update upstream source from tag 'upstream/0.15.1+ds'

Update to upstream version '0.15.1+ds'
with Debian dir b8a01b512d8ab6cf38b25d1319264293cb43bac7

New upstream version 0.15.1+ds

Standards-Version: 4.2.1

Adjust versioned Dependencies

Adjust patches for failed tests

Remove ancient fields X-Python*-Version

Please do not silently ignore changes from unreleased changelog paragraphs

Finalisation of 15.0.1 prior to upload

Update upstream source from tag 'upstream/0.15.0.1+ds'

Update to upstream version '0.15.0.1+ds'
with Debian dir f9e4afaa58b6c2500959d7edc24065e2d4cb762c

New upstream version 0.15.0.1+ds

Update changelog; current blocker is https://github.com/pysam-developers/pysam/issues/665

Update patches

Merge tag 'upstream/0.14.1+ds'

Upstream version 0.14.1+ds

New upstream version 0.14.1+ds

Standards-Version: 4.1.4

Rename d/tests/control to d/tests/control.autodep8

Testsuite: autopkgtest-pkg-python

Prepare for upload to unstable

Remove trailing whitespace from debian/changelog

Update Vcs-* URIs for move to salsa.debian.org

Add Python 2.7 compatibility symlink for libchtslib.so

forwarded upstream

Upload to unstable

Update lintian overrides

Drop unused lintian override

Silence lintian

Update copyright

Drop removed files from d/copyright

Spelling

Remove test that tries to access missing data file

Restore old patch since the attempt to exclude tests more easily failed

do not depend from non-existing data file in make test target

do not remove samtools/tmp_file.h in clean target

debhelper 11

cme fix dpkg-control

Bump versioned dependencies to samtools and related from 1.6 to 1.7

Update patches and exclude tests using http access

Update upstream source from tag 'upstream/0.14+ds'

Update to upstream version '0.14+ds'
with Debian dir 59d7cbfb7f83d1d8a2700a77ac80a1f46e4136e0

New upstream version 0.14+ds

Upload to unstable

Remove unused paragraphs from d/copyright

Lintian-override for false positive

Exclude tests trying to access remote http sites and thus need to fail in a chroot without network access.

Bump versioned Build-Depends on libhts-dev, samtools and bcftools to 1.6

Refresh patches

New upstream version

Update upstream source from tag 'upstream/0.13.0+ds'

Update to upstream version '0.13.0+ds'
with Debian dir c63bbb266a669569051da8554f9d7f56d23526b6

New upstream version 0.13.0+ds

Changelog for 0.12.0.1+ds-4

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

d/control: Bump Standards-Version to 4.1.1

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

d/control: bump the libhts-dev buil-dep to 1.5-3, to make sure we gain appropriate versioned symbols

Closes: #879867
Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

Revert "Skip tests on ppc64el to avoid build-dep on bcftools currently uninstallable"

This reverts commit 6720bc51c0e9711a141b54ef785b5da52c27f0f5.

Actually release this thing

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

Changelog for 0.12.0.1+ds-3

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

Skip tests on ppc64el to avoid build-dep on bcftools currently uninstallable

Hopefully this will help unstuck the current python3 transition.

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

d/rules: support DEB_BUILD_OPTIONS=nocheck

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

d/rules: remove commented out line

Gbp-Dch: Ignore
Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

releasing package python-pysam version 0.12.0.1+ds-2

Update autopkgtest for new test suite driver

releasing package python-pysam version 0.12.0.1+ds-1

Temporarily skip failing test

Use Build Profiles to mark build-dependencies needed only for tests

Use pytest instead of nosetest

Further patch from upstream should solve final test issue

Remaining test suite issue (see upstream #541)

Apply upstream patch to fix test suite