Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

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init: When writing hook scripts, set all execute bits, not only the user execute bit

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fix typo closing

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

fix build on windows

retitle

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

avoid redundant adjusted branch update in sync

sync still does update it if the config would otherwise not, since it
already did.

bug fix

really innefficient but it does solve dropping

avoid spurious blank line when updating adjusted branch

git checkout run with --quiet should have no output

annex.adjustedbranchrefresh

Added annex.adjustedbranchrefresh git config to update adjusted branches
set up by git-annex adjust --unlock-present/--hide-missing.

Note, in a few cases, I was not able to make the adjusted branch
be updated in calls to moveAnnex, because information about what
file corresponds to a key is not available. They are:

* If two files point to one file, then eg, `git annex get foo` will
  update the branch to unlock foo, but will not unlock bar, because it
  does not know about it. Might be fixable by making `git annex get
  bar` do something besides skipping bar?
* git-annex-shell recvkey likewise (so sends over ssh from old versions
  of git-annex)
* git-annex setkey
* git-annex transferkey if the user does not use --file
* git-annex multicast sends keys with no associated file info

Doing a single full refresh at the end, after any incremental refresh,
will deal with those edge cases.

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split out Annex.Content.Presence

This will let a module that Annex.Content imports use inAnnex.
Unsure yet if I will need that, but this split still seems to make
sense, and Annex.Content was way too long so splitting it is good.

support parsing numeric git configs as bool

I'm not sure if git documents it aside from 0 and 1, but any integer
can be interpreted as a bool by it. Doing the same in git-annex is good
for consistency. Also, I am planning a config that starts out as a
numeric range, but will later transition to a simple bool (hopefully),
which this interpretation supports well.

Merge branch 'master' into symlink-missing

examinekey: Added a "file" format variable

For consistency with find, and for easier scripting.

fix build

add news item for git-annex 8.20201116

releasing package git-annex version 8.20201116

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

fix build on windows

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measurement

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add todo

make sync update --unlock-present branch

rename to --unlock-present and better reverse adjusting

An --unlock-present branch reverses back to a branch where
all files that get modified or renamed become locked, even if they were
originally unlocked. This is the same that reversing a --unlock branch
works, and the new name makes that commonality more clear.

Merge branch 'master' into symlink-missing

move: Fix a regression in the last release that made move --to not honor numcopies settings

This commit was sponsored by Svenne Krap on Patreon.

add a test case that move respects numcopies

There is already one for drop, but move and drop don't handle numcopies
exactly the same, and there was recently a reversion in it checking
numcopies properly at all.

This commit was sponsored by Noam Kremen on Patreon.

git-annex adjust --lock-missing

Like --hide-missing the branch does not get updated when content
availability changes.

Seems to basically work, but sync does not update it yet.

Also, when a file is present and so unlocked, git mv followed by
git-annex sync results in the basis branch being updated to contain the
file with the new name, unlocked. This seems different than what
happens in an adjusted unlocked branch, where the commit propigates back
locked. Probably the reverse adjustment code needs to be improved to
handle this case.

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

hush build warning on OSX

fix build on windows

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

examinekey: Added --migrate-to-backend

Note that, the way the SeekInput parser is written to support batch mode,
it's actually possible to do git-annex examinekey
"SHA1--foo foo.tar.gz" --migrate-to-backend=SHA1E

While that might be kind of useful to support multiple migrations not using
batch mode, I have not documented it. It would be better to take pairs of
key and file in that case.

examinekey: Added two new format variables: objectpath and objectpointer

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move old direct mode stuff out of Annex.Locations

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

fix build on windows

fix build on OSX

adding a note pointing to tentative recipe

todo/question on how to get full path to the key knowing metadata but having no file

bump filepath-bytestring dep

mixed up some of these long urls

fix build on windows

fix build on OSX more

updated github builds that datalad is doing

update

question

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

add warning on add of annex link

Warn when adding a annex symlink or pointer file that uses a key that is
not known to the repository, to prevent confusion if the user has copied it
from some other repository.

This commit was sponsored by Jake Vosloo on Patreon.

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fix build on windows

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

fix build on OSX

bump dep on filepath-bytestring

needed for makeRelative

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add newtypes for QuickCheck to avoid LANG=C issues

All properties changed to use them, except for
prop_encode_c_decode_c_roundtrip, which already filtered to ascii
for other reasons.

A few modules had to be split out, because Setup does not build-depend
on QuickCheck.

diagnosis

fresh test failures + report that still there are FTBFS: I only wish git-annex development used some CI

add debug in two unusual situations

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

use MatchingKey when a Key is known

This fixes a bug where a file that was not preferred content could be
transferred to a remote. This happened when the file got deleted after
the sync started running.

The only time checkMatcher is run without a Key is in calls to
checkFileMatcher, which are only done by add, addurl, import, and
smudge --clean. Those won't be affected by this kind of race. Anything
else that might be precaching and have a similar race as sync will also
be fixed, but I don't know if it actually affected anything other than
sync.

As well as fixing a bug, this also probably makes sync and --auto faster
by avoiding the redundant key lookup.

This commit was sponsored by Graham Spencer on Patreon.

reproduced

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update link

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update after RawFilePath transition

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Make change log entry readable on the wiki (previous copy-paste from (debian?) changelog garbled itemization)

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

enable extensions needed by new version of persistent

Needed in order to use mkPersist in
persistent version 2.11.0.1
persistent-template version 2.9.1.0

bug