Support GCC 10+.

Debian-Bug: 957581.

* ncbifile.cpp (s_GetFileSystemInfo): Formally cast st.f_type to avoid
  narrowing errors for cases with the high bit set when that field is
  a 32-bit signed integer (as on i386).

Gbp-Pq: Name support_gcc10

Spelling fixes

Gbp-Pq: Name spelling

make the build more reproducible

Gbp-Pq: Name reprobuild

Omit convenience mbed TLS copy

Gbp-Pq: Name system_mbedtls_only

add missing lib for tests

Forwarded: Not-Needed
Last-Updated: 2018-02-11

Gbp-Pq: Name fix_unit_tests

Hang on to sequence data even if -parse_deflines recognized a non-local ID,

   on the condition that the environment variable BLAST_ALWAYS_KEEP_SEQUENCE
   (or configuration parameter [BLAST] always_keep_sequence) is set to a
   "true" value (English-only, case-insensitive true, t, yes, y, or 1).

Gbp-Pq: Name optionally_keep_sequence

suppress gnu TLS and mbed TLS version checks

   Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
   differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.
   Likewise for mbed TLS.

Gbp-Pq: Name suppress_tls_version_checks

Support x32

Avoid picking up wrong inline assembly.

Gbp-Pq: Name support_x32

fix path for debian build

Forwarded: no
Last-Updated: 2014-06-06

Gbp-Pq: Name fix_configure

remove network required test

Forwarded: no
Last-Updated: 2013-06-01

Gbp-Pq: Name skip_services_unit_test

build executables with -fPIE, not -fPIC

* -fPIC is only useful for shared libraries; substitute -fPIE (along
   with -pie at link time) when building executables.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2012-05-10

Gbp-Pq: Name use_pie_for_apps

avoid redundant rpath entries on multiarch systems

 * src/build-system/configure(.ac): when ensuring that executables
   will be able to find libstdc++, don't add rpath entries that files
   under /etc/ld.so.conf.d already specify, even if they don't resemble
   traditional single-architecture or biarch locations.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2011-08-28

Gbp-Pq: Name no_multiarch_rpath

ensure that all libraries link against all direct dependencies

 * src/**/Makefile.*.lib: set DLL_(D)LIB correctly.  Break the dependency
   loop between libxblast and libxalgoblastdbindex by having the former
   provide only the C++ BLAST API, leaving the C core only in libblast.
 * src/build-system/library_relations.txt: Change xblast's
   relationship to blast from includes to needs, accordingly.
 * src/algo/blast/Makefile.blast_macros.mk: Add blast to BLAST_LIBS.
 * src/algo/blast/dbindex*/*/Makefile.*.app: Link against libxconnect
   rather than libconnect for consistency with libblast, which uses the
   former to keep the aforementioned cycle-breaking from causing
   inconsistency elsewhere.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2016-12-05

Gbp-Pq: Name fix_lib_deps

rename binary as blast+ for package coherency.

Last-Updated: 2011-10-03

Gbp-Pq: Name legacy_rename_rpsblast

fix portability issues that led to Hurd build failures

* src/build-system/configure(.ac):
  - Reflect the Hurd's support for -Wl,rpath,... .
* src/connect/ncbi_socket_cxx.cpp, src/connect/ext/ncbi_localnet.c:
  cope with missing PATH_MAX everywhere, not just under Windows.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2020-09-19

Gbp-Pq: Name hurd_fixes

clean after failure

Last-Updated: 2013-06-01
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name enable_clean_after_failed_compile

blast+ use optout to send usage reports over internet

Last-Updated: 202-02-10
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name optin_usage_report

ncbi-blast+ (2.12.0+ds-4) unstable; urgency=medium

  * debian/control: Drop build dependency on libpcre3-dev; PCRE2 support
    isn't ready yet, but there's a convenience copy of classic PCRE that
    will suffice for now.  (Partly addresses #891197.)
  * debian/source/lintian-overrides: Accommodate bracketed paths.
  * Standards-Version: 4.6.2 (routine-update)
  * Remove trailing whitespace in debian/changelog (routine-update)
  * Refer to common license file for Apache-2.0.
  * Avoid explicitly specifying -Wl,--as-needed linker flag.

[dgit import unpatched ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4]

Import ncbi-blast+_2.12.0+ds-4.debian.tar.xz

[dgit import tarball ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4 ncbi-blast+_2.12.0+ds-4.debian.tar.xz]

Import ncbi-blast+_2.12.0+ds.orig.tar.xz

[dgit import orig ncbi-blast+_2.12.0+ds.orig.tar.xz]