Don't build test data at the samae time as the package sources

Test data are already built at the beginning of
override_dh_auto_test.

Merge branch 'separate-tests-package'

Conflicts:
debian/tests/control
Restore the separate tests package, but don't use it
for autopkgtest yet.

The automatic nosetest trigger does not work and this it is switched back to manual nosetests invocation

Test suite for Python 3.4 needs a strange hack to rename *.so libraries.  Otherwise these are not found.  Help will be requested on this issue

Remove tests relying on online connection from test suite

Provide file tests/ex1.bam that is required in nosetest

Tests are triggered by nosetest

samtools says:   The `pileup' command has been removed. Please use `mpileup' instead.

Samtools 1.2 is required

Fix syntax in test override

Fix clean target

Try enhancing build time testing

Add nosetest build time testing (but zero tests executed - ask at debian-python list)

For the moment do some dirty tricks in test run script

List more test dependencies

Build test data in d/rules

Remove extraneous test dependencies already included by @

Revert "Revamp packaging of test data"

This reverts commit 6ec8aab49e14011687ef1b84b22db675b78ec1d5.

Conflicts:
debian/control
debian/python-pysam-tests.lintian-overrides
debian/rules

Restore python-pysam-data test package.

Revert "Fix autopkgtests"

This reverts commit d9adfd86bbe73d4469781b728734579c2d09a7d4.
We'll fix them another way..

Update changelog

Do not provide test data package

Autopkgtest does not need it; it uses the source package.

Remove unnecessary symlinks

The tests were never in the python directory to begin with, so
there was no need to put any symlinks there.

Fix autopkgtests

refresh older patches

Revamp packaging of test data

The test code was packaged together with the test data; only the
data should be packaged separately. In addition, files in
autopkgtest were also packaged here for use the user.

Package ready for review for unstable

Improve python3 compatibility for upstream test sources

Add missing license field

Upload to experimental

Package ready for round-2 review

Revamp debian/copyright

d/watch: dversionmangle

Merge branch 'master' of git+ssh://git.debian.org/git/debian-med/python-pysam

Conflicts:
debian/changelog

Add dependency on cython for autopkgtests to provide pyximport

Support building with missing htslib directory

Merge tag 'upstream/0.8.3+ds1'

Upstream version 0.8.3+ds1

Imported Upstream version 0.8.3+ds1

Provide get-orig-source rule

Exclude bundled htslib convenience-copy

python-pysam (0.8.3-1) unstable; urgency=medium

  * Team upload.

  [ Jorge Soares ]
  * New upstream version
  * provide python3-pysam

  [ Charles Plessy ]
  * Requires Python 2.7 or higher.

  [ Andreas Tille ]
  * Link against htslib

  [ Afif Elghraoui ]
  * New upstream releases (Closes: #763218)
  * Remove unnecessary test-suite declaration in d/control
  * Remove nonexistent files from copyright explanations
  * Allow building of the package when non-ASCII characters are in the path
  * Add to package long description
  * Resolve lintian "duplicated-compressed-file"
  * Make package descriptions unique
  * Remove extra license definitions from d/copyright
  * Fix spelling errors in source distribution (forwarded upstream as well)
  * Add lintian overrides

 -- Afif Elghraoui <afif@ghraoui.name>  Sun, 07 Jun 2015 22:34:45 -0700

Update changelog

Revert "Add myself to Upoaders"

This reverts commit b35e9abf832bf46e70427d5ecc59fdd824e953d5.

I did not understand the possibility of team upload. That is
more suitable to my intentions.

Add lintian overrides

Note the closure of bug#763218 with the new upstream release

This version of pysam is made to work with samtools 1.2.

Fix spelling errors in source distribution (forwarded upstream as well)

Remove extra license definitions from d/copyright

Add myself to Upoaders

Prevent lintian NMU warnings.

Make package descriptions unique

python2 and python3 versions of the package had the same
short and long descriptions. This is fixed here.

Resolve lintian "duplicated-compressed-file"

tests/pysam_data/test.gtf and tests/pysam_data/test.gtf.gz in
the source distribution are two copies of the same thing. I
verified this by decompressing the latter and taking the diff of
the two. This patch prevents installing the provided compressed
version.

Revert "override dh_auto_clean to remove .pybuild directory after first build"

This reverts commit 60a7bf9b32e07f85d46af66958a84fda89432eb9.

Using pybuild, this isn't necessary.

Add to package long description

lintian thought it was too short, but upstream added another
sentence to their description.

Allow building of the package when non-ASCII characters are in the path

Setting LC_ALL to C.UTF-8 prevents an error coming up when a
directory along the path has non-ASCII characters.

Update package version in d/changelog

override dh_auto_clean to remove .pybuild directory after first build

Remove nonexistent files from copyright explanations

I could not find kaln.c.pysam.c  and kaln.h
in the source distribution. Lintian couldn't, either.

Remove unnecessary test-suite declaration in d/control

Fix debian/watch

uscan could not detect newer versions by using the github releases
page. Using github tags as recommended in the uscan manpage works.

Merge tag 'upstream/0.8.3'

Upstream version 0.8.3

Imported Upstream version 0.8.3

Removed unused paragraphs.

Continue the merger of python3-pysam-tests and python-pysam-tests.

Moved back the autopkgtests in debian/tests

Remove python3-pysam-tests (identical to python-pysam-tests) and simplify python-pysam-tests.

Package is lintian error and warning clean. Some lintian infos however

Add missing "provide python3-pysam" to changelog

Do not keep unreleased changelog entries

There is no point in keeping old stuff since we are using Git which enables restoring this easily

reinstating the original files in the test directory

resetting the test directory to original as there were many files that didnt belong there

Packages build fine. The test suite in tests/pysam_data/ doesnt seem to be complete.

cant seem to make run-noseX-tests excutable when installed

overriding autotest as there is nothing to test until pysam is installed. nose tests are now executables

now properly python version dependent test and hopefuly python-x.y-nose dependency will work

tests are now python version dependent

changed upstream source in copyright file. Tidy up of control file

commented out all the overrides. 4 packages build fine. Tested installation on my mahcine and the test suite seems to work

still trying to understand what is happening with the auto_test override;

simplifying rules and adding install files for the python3 stuff

three packages lintian clean, but python3-pysam-tests is empty

Merge tag 'upstream/0.8.1'

Upstream version 0.8.1

Imported Upstream version 0.8.1

Imported Upstream version 0.8.1

watch file set to look at git repository rather than pypi

Added the tests directory as I think this will solve all the non building problems

concluding merge

package builds but I dont understand whats happening in the rule dh_auto_test

Imported Upstream version 0.8.1

removing undeed files for the time being

Python3 support in place, but package not building yet

adding debian folder once again after pristine tar deleted it

Merge tag 'upstream/0.8.1'

Upstream version 0.8.1

Imported Upstream version 0.8.1

Adding lib source code. Probably won't be needed

Adding individual files form new upstream

Deleting files that are no longer used by upstream

Copied the new source to the package

lost debian folder when importing pristine-tar, so reuploading from previous commit

Merge tag 'upstream/0.8.1'

Upstream version 0.8.1

Imported Upstream version 0.8.1

starting to implement python 3 support