Added a comment: Нейминг

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Run ssh with ServerAliveInterval 60

So that stalled transfers will be noticed within about 3 minutes,
even if TCPKeepAlive is disabled or doesn't work.

Rather than setting with -o, use -F with another config file,
so that any settings in ~/.ssh/config or /etc/ssh/ssh_config overrides this.

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enable forwardRetry for command-line transfers

If a transfer fails for some reason, but some data managed to be sent, the
transfer will be retried. (The assistant already did this.)

Possible impacts:

* More ssh prompts if ssh needs to prompt for a password to connect to a
  host, or is prompting about some other problem like a ssh key mismatch.

* More data transfer due to retrying, epecially when a remote does not
  support resuming a transfer.

  In the worst case, a lot of data will be transferred but it fails before
  the end, and then all that data gets transferred again plus one byte more;
  repeat until it manages to get the whole file.

remove duplicate of top of page

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cose

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

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Question asked

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

Improve ssh socket cleanup code to skip over the cruft that NFS sometimes puts in a directory when a file is being deleted.

Added a comment: Not a priority in itself, still feels like a missing piece.

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Added a comment: This needs to commit first. Any alternative?

Added a comment: Assistant doesn't launch in Android N

Added a comment: Cannot install c2hs

removed

Added a comment: Cannot install c2hs

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initial desire

Added a comment: Dead project, or just working smoothly? Also, which hat color?

removed

Added a comment: It would be nice to be able to specify multiple --to options

Added a comment: Lower-case extension backends: +1

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

ENH: refreshed standalone-build patch and added locales into its build-depends

Added a comment: git-annex-undo: 3 issues and fix suggestions

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Added a comment: 1und1 Online Speicher

Added a comment: synced/* branches necessary on bare repo?

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

test: Deal with gpg-agent behavior change that broke the test suite.

gpg-agent started deleting its socket file on shutdown, and this tickled an
ugly behavior in removeDirectoryRecursive,
https://github.com/haskell/directory/issues/60

Running removeDirectoryRecursive again on exception avoids the problem.

remove unused imports

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Assistant, repair: Improved filtering out of git fsck lines about duplicate file entries in tree objects.

Added a comment: fsck filename

Added a comment: why option vs manual chmod

hmm

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

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importfeed: Drop URL parameters from file extension.

Thanks, James MacMahon.

Improve style of offline html build of website.

Added a comment: re: comment 1

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upgrade: Handle upgrade to v6 when the repository already contains v6 unlocked files whose content is already present.

Closes https://github.com/datalad/datalad/issues/1020

The use of runWriter in scanUnlockedFiles broke due to this change;
it failed with blocked indefinitely in mvar, because the database write
handle was taken while linkFromAnnex needed to also write to it (to update
the inode cache). So, switched to using a separate runWriter for each call
to addAssociatedFileFast. A little less efficient, but not greatly; the
writes should all still be cached.

refactor

note

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

lock: Fix edge cases where data loss could occur in v6 mode.

In the case where the pointer file is in place, and not the content
of the object, lock's  performNew was called with filemodified=True,
which caused it to try to repopulate the object from an unmodified
associated file, of which there were none. So, the content of the object
got thrown away incorrectly. This was the cause (although not the root
cause) of data loss in https://github.com/datalad/datalad/issues/1020

The same problem could also occur when the work tree file is modified,
but the object is not, and lock is called with --force. Added a test case
for this, since it's excercising the same code path and is easier to set up
than the problem above.

Note that this only occurred when the keys database did not have an inode
cache recorded for the annex object. Normally, the annex object would be in
there, but there are of course circumstances where the inode cache is out
of sync with reality, since it's only a cache.

Fixed by checking if the object is unmodified; if so we don't need to
try to repopulate it. This does add an additional checksum to the unlock
path, but it's already checksumming the worktree file in another case,
so it doesn't slow it down overall.

Further investigation found a similar problem occurred when smudge --clean
is called on a file and the inode cache is not populated. cleanOldKeys
deleted the unmodified old object file in this case. This was also
fixed by checking if the object is unmodified.

In general, use of getInodeCaches and sameInodeCache is potentially
dangerous if the inode cache has not gotten populated for some reason.
Better to use isUnmodified. I breifly auited other places that check the
inode cache, and did not see any immediate problems, but it would be easy
to miss this kind of problem.

original whining

added meta for myself

initial suggestion

Git Annex Assistant occasionally replaces files with dangling symlinks.

Added a comment: Dumb old me....

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Added a comment: git-annex-undo removes files, possibly destroying information? Please explain.

fix typo

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

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Added a comment: real happy about optimisations!

add news item for git-annex 6.20161012

releasing package git-annex version 6.20161012

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

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fix tree graft-in bug

When adding a tree like a/b/c/d when a/b already exists, fixes the bug that
the tree that got created was a/b/a/b/c/d

Just need to flatten out the top N directories of the tree that's being
grafted in, so we get the c/d part. This was complicated by the Tree
data type being a rose tree rather than a regular tree.

This commit was sponsored by Nick Daly on Patreon.

add test case for sync_in_adjusted_branch_deleted_recently_added_files

This commit was sponsored by Denis Dzyubenko on Patreon.

Added a comment: related work

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sync: Fix bug in adjusted branch merging that could cause recently added files to be lost when updating the adjusted branch.

The modification flag was not being set when making modifications deep
in a tree, so parent trees were not updated to contain the modified tree.

Seems to have exposed another bug where the wrong filename gets grafted in.

This commit was sponsored by Brock Spratlen on Patreon.

more analysis

reproduce recipe

Added a comment: Build on Debian 7.11 AMD64

Move the env description to the right place