Merge version 0.1+git20190320.b499514-1+rpi1 and 0.1+git20221215.85f159e-1 to produce 0.1+git20221215.85f159e-1+rpi1

Merge fermi-lite (0.1+git20221215.85f159e-1) import into refs/heads/workingbranch

fix compatibility on mipsel

Forwarded: https://github.com/lh3/fermi-lite/pull/13

Gbp-Pq: Name sync_instead_of_atomic

Ensure that our variable checking for >= 0 is signed

Last-Update: 2020-03-17
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/954127

The type of v->n is size_t, which is an unsigned type, and we are assigning
v->n - 1 to i and looping while this is >= 0.  If v->n == 0, on some
architectures (armhf) this results in i being set to a positive value
(specifically, UINT32_MAX).

Gbp-Pq: Name ensure-signed-comparison.patch

use the simde header library for greater compatibility

Gbp-Pq: Name simde

Try to take over patches from libSeqLib which needs separate bfc.h

Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

 FIXME: Please check the FIXME at the end.  I think I did things wrong to put a
        static declaration into header file but I had no better idea to make
        ec1buf_init known in libSeqLib

Gbp-Pq: Name bcf_seqlib.patch

Avoid name space conflict with bwa

Bug-Upstream: https://github.com/lh3/fermi-lite/issues/5
Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

Gbp-Pq: Name rename_bseq1_t.patch

add hardening flags

Last-Update: 2016-01-08

Adds necessary build flags for hardening.

Gbp-Pq: Name hardening

build shared library

Last-Update: 2016-01-08

Upstream only builds a static library, this adds a shared one.

Gbp-Pq: Name make_shared_lib

fermi-lite (0.1+git20221215.85f159e-1) unstable; urgency=medium

  * Team upload.
  * New upstream version
  * Cleanup after testing
Closes: #1044647
  * Fix watchfile to detect new versions on github (routine-update)
  * Standards-Version: 4.7.0 (routine-update)
  * Do not move header files away from source repository
Closes: #1049564
[dgit import unpatched fermi-lite 0.1+git20221215.85f159e-1]

Import fermi-lite_0.1+git20221215.85f159e.orig.tar.xz

[dgit import orig fermi-lite_0.1+git20221215.85f159e.orig.tar.xz]

Import fermi-lite_0.1+git20221215.85f159e-1.debian.tar.xz

[dgit import tarball fermi-lite 0.1+git20221215.85f159e-1 fermi-lite_0.1+git20221215.85f159e-1.debian.tar.xz]

Merge fermi-lite (0.1+git20190320.b499514-1+rpi1) import into refs/heads/workingbranch

Fix package to build with GCC-10

Bug-Debian: https://bugs.debian.org/957198
Last-Update: Sat, 18 Apr 2020 22:55:21 +0530

Gbp-Pq: Name gcc10.patch

fix compatibility on mipsel

Forwarded: https://github.com/lh3/fermi-lite/pull/13

Gbp-Pq: Name sync_instead_of_atomic

Ensure that our variable checking for >= 0 is signed

Last-Update: 2020-03-17
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/954127

The type of v->n is size_t, which is an unsigned type, and we are assigning
v->n - 1 to i and looping while this is >= 0.  If v->n == 0, on some
architectures (armhf) this results in i being set to a positive value
(specifically, UINT32_MAX).

Gbp-Pq: Name ensure-signed-comparison.patch

use the simde header library for greater compatibility

Gbp-Pq: Name simde

Try to take over patches from libSeqLib which needs separate bfc.h

Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

 FIXME: Please check the FIXME at the end.  I think I did things wrong to put a
        static declaration into header file but I had no better idea to make
        ec1buf_init known in libSeqLib

Gbp-Pq: Name bcf_seqlib.patch

Avoid name space conflict with bwa

Bug-Upstream: https://github.com/lh3/fermi-lite/issues/5
Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

Gbp-Pq: Name rename_bseq1_t.patch

add hardening flags

Last-Update: 2016-01-08

Adds necessary build flags for hardening.

Gbp-Pq: Name hardening

build shared library

Last-Update: 2016-01-08

Upstream only builds a static library, this adds a shared one.

Gbp-Pq: Name make_shared_lib

fermi-lite (0.1+git20190320.b499514-1+rpi1) bullseye-staging; urgency=medium

  * Link with libatomic on armhf too.

[dgit import unpatched fermi-lite 0.1+git20190320.b499514-1+rpi1]

Import fermi-lite_0.1+git20190320.b499514-1+rpi1.debian.tar.xz

[dgit import tarball fermi-lite 0.1+git20190320.b499514-1+rpi1 fermi-lite_0.1+git20190320.b499514-1+rpi1.debian.tar.xz]

Merge fermi-lite (0.1+git20190320.b499514-1) import into refs/heads/workingbranch

Import fermi-lite_0.1+git20190320.b499514.orig.tar.xz

[dgit import orig fermi-lite_0.1+git20190320.b499514.orig.tar.xz]

Fix package to build with GCC-10

Bug-Debian: https://bugs.debian.org/957198
Last-Update: Sat, 18 Apr 2020 22:55:21 +0530

Gbp-Pq: Name gcc10.patch

fix compatibility on mipsel

Forwarded: https://github.com/lh3/fermi-lite/pull/13

Gbp-Pq: Name sync_instead_of_atomic

Ensure that our variable checking for >= 0 is signed

Last-Update: 2020-03-17
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/954127

The type of v->n is size_t, which is an unsigned type, and we are assigning
v->n - 1 to i and looping while this is >= 0.  If v->n == 0, on some
architectures (armhf) this results in i being set to a positive value
(specifically, UINT32_MAX).

Gbp-Pq: Name ensure-signed-comparison.patch

use the simde header library for greater compatibility

Gbp-Pq: Name simde

Try to take over patches from libSeqLib which needs separate bfc.h

Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

 FIXME: Please check the FIXME at the end.  I think I did things wrong to put a
        static declaration into header file but I had no better idea to make
        ec1buf_init known in libSeqLib

Gbp-Pq: Name bcf_seqlib.patch

Avoid name space conflict with bwa

Bug-Upstream: https://github.com/lh3/fermi-lite/issues/5
Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

Gbp-Pq: Name rename_bseq1_t.patch

add hardening flags

Last-Update: 2016-01-08

Adds necessary build flags for hardening.

Gbp-Pq: Name hardening

build shared library

Last-Update: 2016-01-08

Upstream only builds a static library, this adds a shared one.

Gbp-Pq: Name make_shared_lib

fermi-lite (0.1+git20190320.b499514-1) unstable; urgency=medium

  [ Michael R. Crusoe ]
  * Team upload.
  * Switch to upstream HEAD using gitmode in watch file
  * Remove trailing whitespace in debian/changelog (routine-update)
  * Use the libsimde-dev package instead of our code copy

  [ Andreas Tille ]
  * Standards-Version: 4.5.1 (routine-update)
  * debhelper-compat 13 (routine-update)

[dgit import unpatched fermi-lite 0.1+git20190320.b499514-1]

Import fermi-lite_0.1+git20190320.b499514-1.debian.tar.xz

[dgit import tarball fermi-lite 0.1+git20190320.b499514-1 fermi-lite_0.1+git20190320.b499514-1.debian.tar.xz]

Try to take over patches from libSeqLib which needs separate bfc.h

Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

 FIXME: Please check the FIXME at the end.  I think I did things wrong to put a
        static declaration into header file but I had no better idea to make
        ec1buf_init known in libSeqLib

Gbp-Pq: Name bcf_seqlib.patch

Avoid name space conflict with bwa

Bug-Upstream: https://github.com/lh3/fermi-lite/issues/5
Last-Update: Thu, 02 Feb 2017 10:57:56 +0100

Gbp-Pq: Name rename_bseq1_t.patch

add hardening flags

Last-Update: 2016-01-08

Adds necessary build flags for hardening.

Gbp-Pq: Name hardening

build shared library

Last-Update: 2016-01-08

Upstream only builds a static library, this adds a shared one.

Gbp-Pq: Name make_shared_lib

fermi-lite (0.1-5) unstable; urgency=medium

  [ Steffen Möller ]
  * Add new d/u/metadata file

  [ Sascha Steinbiss ]
  * Update Vcs-* fields with Salsa addresses.
  * Bump Standards-Version.
  * Remove unnecessary Testsuite field.
  * Use debhelper 11.

[dgit import unpatched fermi-lite 0.1-5]

Import fermi-lite_0.1-5.debian.tar.xz

[dgit import tarball fermi-lite 0.1-5 fermi-lite_0.1-5.debian.tar.xz]

Import fermi-lite_0.1.orig.tar.gz

[dgit import orig fermi-lite_0.1.orig.tar.gz]