d/control: Standards-Version: 4.2.1 (already compliant).

Extend Boost support through at least v1.67, per upstream (#916000).

d/patches/support_boost_1_67: New patch to extend Boost support
(used for uninstalled tests) through at least version 1.67, per
upstream (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/viewvc/v1/trunk/c%2B%2B)
revisions 79910, 79926, 79928, and 79929.

Start work on an official ncbi-blast+ 2.7.1-2, mostly for #916000.

d/control: fix Vcs-* links to point to salsa

Add new d/u/metadata file

RRID only.

Merge branch 'master' of salsa.debian.org:med-team/ncbi-blastplus

new upstream release 2.7.1

update status

update status

New upstream version 2.7.1

prepare new upstream release 2.7.1

switch extra to optional in d/control

 update patches to new release

new upstream release 2.7.1

Updated version 2.7.1 from 'upstream/2.7.1'

with Debian dir 1bc9c0098d320a9724064d02179409a9f09aaef2

New upstream version 2.7.1

prepare upload of new upstream release 2.6.0

prepare new upstream 2.6.0, update patches

Updated version 2.6.0 from 'upstream/2.6.0'

with Debian dir e42d5a2a50d036aecd1289ba1e5ef2e49790dfa4

New upstream version 2.6.0

Finalize ncbi-blast+ 2.5.0-4 for upload to unstable.

New optionally_keep_sequence patch (#792510).

Hang on to sequence data even if -parse_deflines recognized a non-local ID,
on the condition that the environment variable BLAST_ALWAYS_KEEP_SEQUENCE
(or configuration parameter [BLAST] always_keep_sequence) is set to a
"true" value (English-only, case-insensitive true, t, yes, y, or 1).

Start work on ncbi-blast+ 2.5.0-4.

Finalize ncbi-blast+ 2.5.0-3 for upload to unstable.

Present config.log if configure fails.

debian/rules: If configure fails (as has been happening on alpha),
present (BUILD/status/)config.log before bailing.

New suppress_gnutls_version_check patch.

Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.

Start work on ncbi-blast+ 2.5.0-3.

Finalize ncbi-blast+ 2.5.0-2 for upload to unstable.

Fully take blast2 over from ncbi-tools6.

The C implementation has retired.

B-D on libgnutls28-dev to enable HTTPS support.

fix_lib_deps: Also patch Makefile.blast_macros.mk.

Add blast to BLAST_LIBS to clear up link errors that could otherwise occur.

Start work on ncbi-blast+ 2.5.0-2.

new upstream release 2.5.0, update patches to match release

Updated version 2.5.0 from 'upstream/2.5.0'

with Debian dir e6f7d6e5bafd2b66fe885214be2aeb69a94e79f6

New upstream version 2.5.0

Finalize ncbi-blast+ 2.4.0-3 for upload to unstable.

debian/rules: Comment out nostrip check.

It yielded a useless dbgsym package.

Add a new support_x32 patch (#833541).

Avoid picking up wrong inline assembly.

Reinstate and refresh the hurd_fixes patch (#833539).

It mostly still applies.

d/rules: Properly build run_with_lock (#833538).

Don't actually install it, of course.

Start work on ncbi-blast+ 2.4.0-3, to fix FTBFS on a few architectures.

Finalize ncbi-blast+ 2.4.0-2 for upload to unstable.

debian/rules: Automatically determine which libraries are needed.

The hand-maintained blacklist was incomplete.

Import upstream patch for remaining Boost compatibility issues (#833451).

Call it debian/patches/support_recent_boost.

Start work on ncbi-blast+ 2.4.0-2, mainly for #833451.

Finalize ncbi-blast+ 2.4.0-1 for upload to unstable.

debian/control: Go ahead and add myself to Uploaders.

debian/rules: Build --without-downloaded-vdb.

Avoid trying to go to Github for code that BLAST+ doesn't even use.
(Other parts of the C++ Toolkit do.)

fix_lib_deps: Generally fix remaining underlinkage.

Several cases were longstanding.

fix_lib_deps: List taxon1 in align_format's overridden DLL_LIB.

Top concern: its headers might otherwise not be generated on time.

Import upstream patch to fix Boost version detection.

Import a fix that missed the 2.4.0 release branch as
debian/patches/fix_version_extraction.

Refresh patches; drop fix_kfreebsd_ftbs.patch (applied upstream).

Imported Upstream version 2.4.0

Imported Upstream version 2.4.0

Imported Upstream version 2.4.0

upload upstream release 2.3.0

Autopkgtest added

Imported Upstream version 2.3.0

Merge tag 'upstream/2.3.0'

Upstream version 2.3.0

upload new upstream release 2.3.0

fix dep name libc-dev-bin

use libc-bin-dev

Adapt patches to new upstream version (please verify!)

New upstream version

Merge tag 'upstream/2.3.0'

Upstream version 2.3.0

Imported Upstream version 2.3.0

drop get-orig-source target which is simply the usual uscan call

Moved packaging to Git, cme fix dpkg-control

Re-add debian/ dir

Merge tag 'upstream/2.2.31'

Upstream version 2.2.31

Imported Upstream version 2.2.31

Save time and do nothing for architecture independent builds

Really enable building architecture independent package separately

DEP5 fixes and upload to unstable

DEP5 fixes

Override false lintian error

Enable building architecture independent package separately

There seems to be no change of upstream source any more

Drop explicite mentioning of quilt

fix missing colon causing FTBS on some archs

upload release 2.2.31

prepare new upstream release 2.2.31

Really finalize ncbi-blast+ 2.2.30-4 for upload to unstable.

Finalize ncbi-blast+ 2.2.30-4 for upload to unstable.

d/patches/fix_compilation: Add an upstream patch to
include/util/bitset/bmconst.h to fix builds with GCC 5 on platforms
such as arm64 on which char is unsigned.  (Closes: #790667.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.30-4, to address #790667 (compilation
errors with GCC 5 on platforms such as arm64 on which char is unsigned).

add changelog entry for unstable upload after experimental

upload to unstable

Finalize ncbi-blast+ 2.2.30-2 for upload to experimental.

d/patches/allow_gcc5 (new): Allow compilation with GCC 5, per upstream.
(Closes: #778021.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.30-2, to address GCC 5 FTBFS #778021.

changelog: 2.2.30-1 went to experimental.

update changes and patch header

update patches to fix compilation issues

adapt patches to new release, add status to changelog

adapt patches to new release

update patch to match new release

prepare new release 2.2.30

Finalize ncbi-blast+ 2.2.29-3 for upload to unstable.

Standards-Version: 3.9.4.  (Already compliant.)