Finalize ncbi-blast+ 2.9.0-4 for upload to unstable.

Urgency high because it just involves two one-line changes (plus the
requisite changelog stanza), one of which addresses an important
portability bug (#951280) and the other of which is a pure formality.

debian/control: Standards-Version: 4.5.0 (already compliant).

d/rules: DEB_CONFIGURE_COMMON_FLAGS += --without-sse42 (#951280).

Start work on ncbi-blast+ 2.9.0-4, mainly for #951280 (SSE4.2-isms).

really release to unstable

2to3: don't make a backup

Revert "more optional build-deps"

This reverts commit a3dd5f4948a32ad279c926691bf8c9b8df81232d.

set up a HOME directory

delete spurious usr/bin/windowmasker_2.2.22_adapter.bak

reprobuild fixup

more optional build-deps

debian/watch: use a secure URL

remove some __FILE__ references

fix some spelling typos

improve reproducibility

Upload to unstable

ignore config.{guess,sub}

Remove obsolete fields Name, Contact from debian/upstream/metadata.

d/u/metadata: yamllint

use --sourcedirectory= longopt for better readability

Set upstream metadata fields: Contact, Name.

Move source package lintian overrides to debian/source.

Fixes lintian: package-uses-deprecated-source-override-location
See https://lintian.debian.org/tags/package-uses-deprecated-source-override-location.html for more details.

Use secure URI in Homepage field.

Fixes lintian: homepage-field-uses-insecure-uri
See https://lintian.debian.org/tags/homepage-field-uses-insecure-uri.html for more details.

Remove trailing whitespace in debian/changelog

Secure URI in copyright format

debhelper-compat 12

remove unneeded lintian-override

document some patches

remove unused patches

copyright refresh

Drop transitional blast2 package

Finalize ncbi-blast+ 2.9.0-2 for upload to unstable.

debian/control: Standards-Version: 4.4.1 (already compliant).

debian/copyright: Remove redundant ncbi_menu_*.js stanza.

debian/rules: Install get_species_taxids without the .sh suffix.

debian/rules: Allow for cross-building (Closes: #930240).

- Factor a DEB_CONFIGURE_COMMON_FLAGS macro out of
  DEB_CONFIGURE_EXTRA_FLAGS for flags that also make sense for native
  builds of internal helpers.
- Conditionally supply --build=... and --host= to the main
  (historically, only) configure run per Helmut Grohne's suggestion.
  (dh_auto_configure would take care of this, but insists on passing
  a --runstatedir=... flag this configure script doesn't accept.)
- Conditionally add a rule for building native datatool and
  project_tree_builder binaries (in a parallel build tree established
  via another configure invocation), make it a dependency of
  override_dh_auto_configure-arch, and arrange for everything else to
  use these binaries as needed.
- Honor DEB_BUILD_OPTIONS="... nocheck ...", also per Helmut.
- Rework logic to install (possibly indirect) local library
  dependencies to use readelf rather than ldd, making as many passes
  as necessary (four at present, but no hardcoded count).

debian/rules: Use /usr/share/dpkg/{architecture,buildflags}.mk.

Delegate dpkg-{architecture,buildflags} calls to
/usr/share/dpkg/{architecture,buildflags}.mk respectively.

Start work on ncbi-blast+ 2.9.0-2, primarily for #930240.

Added ref to conda

fix lint override and upload for 2.9.0

ignore some lintian errors and remove unnecessary dep

remove fuzz

tab missing

manage cleanup

new upstream release 2.9.0

Update upstream source from tag 'upstream/2.9.0'

Update to upstream version '2.9.0'
with Debian dir dbc20f511073a2bf86dff5e0633f4809b3ac5a22

New upstream version 2.9.0

ncbi-blast+ 2.8.1-2: Convert Python script via 2to3 (#937121).

Convert windowmasker_2.2.22_adapter to Python 3 via 2to3;
update (build-)dependencies accordingly.  (Closes: #937121.)

Finalize ncbi-blast+ 2.8.1-1 for unstable.

debian/control: Rules-Requires-Root: no.

debian/control: Standards-Version: 4.3.0 (already compliant).

Advance to Debhelper 11.

* debian/compat: Advance to Debhelper 11.
* debian/control: Advance Debhelper requirement to 11~.

Fully streamline builds covering only Architecture: all.

* debian/control: Split B-Ds other than Debhelper out to Build-Depends-Arch.
* debian/rules: Also skip (dh_auto)_configure when building only
  architecture-independent binary packages.

d/p/system_mbedtls_only (new): Omit convenience mbed TLS copy

... which is dead weight and yielded a Lintian error.

debian/control: Build-Depend on liblmdb-dev.

debian/patches/fix_lib_deps: Link xcleanup against $(OBJEDIT_LIBS).

debian/patches: Formally update for new release (2.8.1).

* Retire support_boost_1_67 (already applied upstream).
* Update patches that apply with offsets or outright fuzz, or need
  full-fledged porting.

Update upstream source from tag 'upstream/2.8.1'

Update to upstream version '2.8.1'
with Debian dir 785b856f53e6541a2e59cc0ffda36a1128cff340
(modulo a formal changelog addition).

New upstream version 2.8.1

Finalize ncbi-blast+ 2.7.1-2 for unstable.

d/control: Standards-Version: 4.2.1 (already compliant).

Extend Boost support through at least v1.67, per upstream (#916000).

d/patches/support_boost_1_67: New patch to extend Boost support
(used for uninstalled tests) through at least version 1.67, per
upstream (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/viewvc/v1/trunk/c%2B%2B)
revisions 79910, 79926, 79928, and 79929.

Start work on an official ncbi-blast+ 2.7.1-2, mostly for #916000.

d/control: fix Vcs-* links to point to salsa

Add new d/u/metadata file

RRID only.

Merge branch 'master' of salsa.debian.org:med-team/ncbi-blastplus

new upstream release 2.7.1

update status

update status

New upstream version 2.7.1

prepare new upstream release 2.7.1

switch extra to optional in d/control

 update patches to new release

new upstream release 2.7.1

Updated version 2.7.1 from 'upstream/2.7.1'

with Debian dir 1bc9c0098d320a9724064d02179409a9f09aaef2

New upstream version 2.7.1

prepare upload of new upstream release 2.6.0

prepare new upstream 2.6.0, update patches

Updated version 2.6.0 from 'upstream/2.6.0'

with Debian dir e42d5a2a50d036aecd1289ba1e5ef2e49790dfa4

New upstream version 2.6.0

Finalize ncbi-blast+ 2.5.0-4 for upload to unstable.

New optionally_keep_sequence patch (#792510).

Hang on to sequence data even if -parse_deflines recognized a non-local ID,
on the condition that the environment variable BLAST_ALWAYS_KEEP_SEQUENCE
(or configuration parameter [BLAST] always_keep_sequence) is set to a
"true" value (English-only, case-insensitive true, t, yes, y, or 1).

Start work on ncbi-blast+ 2.5.0-4.

Finalize ncbi-blast+ 2.5.0-3 for upload to unstable.

Present config.log if configure fails.

debian/rules: If configure fails (as has been happening on alpha),
present (BUILD/status/)config.log before bailing.

New suppress_gnutls_version_check patch.

Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.

Start work on ncbi-blast+ 2.5.0-3.

Finalize ncbi-blast+ 2.5.0-2 for upload to unstable.

Fully take blast2 over from ncbi-tools6.

The C implementation has retired.

B-D on libgnutls28-dev to enable HTTPS support.

fix_lib_deps: Also patch Makefile.blast_macros.mk.

Add blast to BLAST_LIBS to clear up link errors that could otherwise occur.

Start work on ncbi-blast+ 2.5.0-2.

new upstream release 2.5.0, update patches to match release

Updated version 2.5.0 from 'upstream/2.5.0'

with Debian dir e6f7d6e5bafd2b66fe885214be2aeb69a94e79f6

New upstream version 2.5.0

Finalize ncbi-blast+ 2.4.0-3 for upload to unstable.

debian/rules: Comment out nostrip check.

It yielded a useless dbgsym package.

Add a new support_x32 patch (#833541).

Avoid picking up wrong inline assembly.

Reinstate and refresh the hurd_fixes patch (#833539).

It mostly still applies.

d/rules: Properly build run_with_lock (#833538).

Don't actually install it, of course.