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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

remove inode cache in unannex

Similar to what commit 675556fd9ae682ffcb034fdf454a15fe6e7da979 did for
adding a non-annexed file, this prevents the smudge clean filter
recognising the inode if git add is later run on the unannexed file.

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Added a comment: D'oh!

mention index mode explicitly

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

split out common options to its own page and mention it on each subcommand page

Sometimes users would get confused because an option they were looking
for was not mentioned on a subcommand's man page, and they had not
noticed that the main git-annex man page had a list of common options.
This change lets each subcommand mention the common options, similarly
to how the matching options are handled.

This commit was sponsored by Svenne Krap on Patreon.

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add test cases for git/annexed conversions

Make sure that tip keeps working.

I tried to go futher and touch the file and make sure it stayed what it
was converted to, but struggled with some weird and not entirely
reproducable behavior, so kept the tests simple for now.

smudge: check for known annexed inodes before checking annex.largefiles

smudge: Fix a case where an unlocked annexed file that annex.largefiles
does not match could get its unchanged content checked into git, due to git
running the smudge filter unecessarily.

When the file has the same inodecache as an already annexed file,
we can assume that the user is not intending to change how it's stored in
git.

Note that checkunchangedgitfile already handled the inverse case, where the
file was added to git previously. That goes further and actually sha1
hashes the new file and checks if it's the same hash in the index.

It would be possible to generate a key for the file and see if it's the
same as the old key, however that could be considerably more expensive than
sha1 of a small file is, and it is not necessary for the case I have, at
least, where the file is not modified or touched, and so its inode will
match the cache.

git-annex add was changed, when adding a small file, to remove the inode
cache for it. This is necessary to keep the recipe in
doc/tips/largefiles.mdwn for converting from annex to git working.
It also avoids bugs/case_where_using_pathspec_with_git-commit_leaves_s.mdwn
which the earlier try at this change introduced.

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Revert "smudge: check for known annexed inodes before checking annex.largefiles"

This reverts commit 424bef6b6f43ba9e09b61faa337fc6c9104e1a1f.

This commit caused other buggy behavior unfortunately.

mention --all on fsck man page, and repurpose todo

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user error, not a bug

bug report

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Added a comment: thanks

reinject: Error out when run on a file that is not annexed

rather than silently skipping it

fileRef: make paths relative and simplified

Fix behavior of several commands, including reinject, addurl, and rmurl
when given an absolute path to an unlocked file, or a relative path that
leaves and re-enters the repository.

To avoid slowing down all the cases where the paths are already ok
with an unncessary call to getCurrentDirectory, put in an optimisation
in relPathCwdToFile. That will probably also speed up other parts of
git-annex by some small amount, but I have not benchmarked.

Note that I did not convert branchFileRef, because it seems likely that
it will be used with a file that is not provided by the user, so is already
in a sane format. This is certainly true for the way git-annex uses it,
though maybe arguable to the extent Git.Ref is a reusable library.

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document an important property of relPathCwdToFile

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

patch review

Added a comment: different keys for the same content

remove now redundant -O0

That is now enabled by -f-Production, since commit
cab398c945d6e7a890fa64071d37ddbabaaf6619

Merge remote-tracking branch 'atemu/misc-fixes'

applied patch

fromkey: create directory for pointer files too

fromkey creates leading directories for symbolic links.  Do the same
for pointer files.

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

reinject: silent failure with absolute path to pointer file

patch: fromkey: create directory for pointer files too

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Cabal: Use -O0 for development builds

Can be configured with `--flags=-production`

Time for full build on my machine: 2m -> 45s

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git-commit pathspec change due to 424bef6b6

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remove my comment as someone else already answered it well

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Command/Multicast: use proper hyphen

GHC was complaining about it possibly being a homoglyph:

Command/Multicast.hs:111:36: error:
     warning: treating Unicode character <U+2212> as identifier character rather than as '-' symbol [-Wunicode-homoglyph]
            -- using a nice prime, namely 2521−1  but the sheer size of this
                                              ^
    |
111 |         -- using a nice prime, namely 2521−1  but the sheer size of this
    |                                    ^
1 warning generated.

fix test that broke due to fromkey improvements

4588668a12f4f9b43cd6875b8ff45d7f3f6ffb1a made fromkey honor adjusted
unlocked branches. Also, it can be used on a crippled filesystem now.

smudge: check for known annexed inodes before checking annex.largefiles

smudge: Fix a case where an unlocked annexed file that annex.largefiles
does not match could get its unchanged content checked into git, due to git
running the smudge filter unecessarily.

When the file has the same inodecache as an already annexed file,
we can assume that the user is not intending to change how it's stored in
git.

Note that checkunchangedgitfile already handled the inverse case, where the
file was added to git previously. That goes further and actually sha1
hashes the new file and checks if it's the same hash in the index.

It would be possible to generate a key for the file and see if it's the
same as the old key, however that could be considerably more expensive than
sha1 of a small file is, and it is not necessary for the case I have, at
least, where the file is not modified or touched, and so its inode will
match the cache.

close

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

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fromkey unlocked files support

fromkey: Create an unlocked file when used in an adjusted branch where the
file should be unlocked, or when configured by annex.addunlocked.

There is some overlap with code in Annex.Ingest, however it's not quite the
same because ingesting has a temp file with the content, where here the
content, if any, is in the annex object file. So it eg, makes sense for
Annex.Ingest to copy the execute mode of the content file, but it does not make
sense for fromkey to do that.

Also changed in passing to stage the file in git directly, rather than
using git add. One consequence of that is that if the file is gitignored,
it will still get added, rather than the old behavior:

The following paths are ignored by one of your .gitignore files:
ignored
hint: Use -f if you really want to add them.
hint: Turn this message off by running
hint: "git config advice.addIgnoredFile false"
git-annex: user error (xargs ["-0","git","--git-dir=.git","--work-tree=.","--literal-pathspecs","add","--"] exited 123)

That old behavior was a surprise to me, and so I consider it a bug, and doubt
anyone would have relied on it.

Note that, when on an --hide-missing branch, it is possible to fromkey a key
that is not present (needs --force). The annex link or pointer file still gets
written in this case. It doesn't seem to make any sense not to write it,
because then fromkey would not do anything useful in this case, and this way
the file can be committed and synced to master, and the branch re-adjusted to
hide the new missing file.

This commit was sponsored by Noam Kremen on Patreon.

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