prepping for release

update to lts-22.3

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Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

close bug as notabug due to user error

Added a comment: my report was actually a User Failure on my part

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refactor

importtree: support preferred content expressions needing keys

When importing from a special remote, support preferred content expressions
that use terms that match on keys (eg "present", "copies=1"). Such terms
are ignored when importing, since the key is not known yet.

When "standard" or "groupwanted" is used, the terms in those
expressions also get pruned accordingly.

This does allow setting preferred content to "not (copies=1)" to make a
special remote into a "source" type of repository. Importing from it will
import all files. Then exporting to it will drop all files from it.

In the case of setting preferred content to "present", it's pruned on
import, so everything gets imported from it. Then on export, it's applied,
and everything in it is left on it, and no new content is exported to it.

Since the old behavior on these preferred content expressions was for
importtree to error out, there's no backwards compatability to worry about.
Except that sync/pull/etc will now import where before it errored out.

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fix a typo

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Added a comment: numcopies is no the target

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Added a comment: Key permissions

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Lower precision of timestamps in git-annex branch

This can reduce the size of the branch by up to 8%. My test was
running git-annex add 1000 times on one file each.
Lots of different high-resolution timestamps were recorded before
and eliminating those, after packing, the git repo was 8% smaller.

Due to the use of vector clocks, high resolution timestamps are
not necessary to make clear which information is most recent when
eg, a value is changed repeatedly in the same second. In such a
case, the vector clock will be advanced to the next second after
the last modification. For example, running
git-annex numcopies 1; git-annex numcopies 2
The first will record the current second, while the next records
the second after that even if it runs in the same second.

As for conflicting information written to two different clones of the
repository, this will make git-annex sometimes pick information that
was written earlier in a second over information written later in the
same second. Usually git-annex does not write conflicting information,
but there are some cases where it could. Eg, storing an object on a remote
can update the remote state log with some state. If two repos both store the
same object, and end up storing different remote state for some reason,
this can result in one that ran a tiny bit later winning. Such a situation
seems unlikely to be user visible. And a small amount of clock skew could
already result in such things.

The only case I can think of where this might be a user visible change
is if a configuration command like git-annex numcopies is being run
in 2 clones of a repository on the same machine at very
close to the same time. Then the user will know which they ran last,
and git-annex won't.

If that did become a problem, this could be dialed back to eg log
milliseconds with still some space saving.

migrate: support adding size back to URL keys

migrate: Support adding size to URL keys that were added with --relaxed, by
running eg: git-annex migrate --backend=URL foo

Since url keys cannot be generated, that used to fail. Make it notice that
the backend is not changed, and just get the size of the content.

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update for distributed migration

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

split out todo for special remotes and close the main todo

Merge branch 'master' into distributedmigration

distributed migration for pull and sync --content

pull, sync: When operating on content, automatically hard link objects
that have been migrated.

Added annex.syncmigrations config that can be set to false to prevent
pull and sync from migrating object content.

I think that true is a good default for this config, because it avoids
users having to re-download migrated content or learning about migration.
But, some users will surely not like it, whether because it does take some
time (especially for the first git-annex branch scan when there is a long
history), or because they want to deal with it manually, or because their
filesystem doesn't support hard links and they don't want it to copy
objects.

Sponsored-by: k0ld on Patreon

migrate --apply

And avoid migrate --update/--aply migrating when the new key was already
present in the repository, and got dropped. Luckily, the location log
allows distinguishing from the new key never having been present!

That is mostly useful for --apply because otherwise dropped files would
keep coming back until the old objects were reaped as unused. But it
seemed to make sense to also do it for --update. for consistency in edge
cases if nothing else. One case where --update can use it is when one
branch got migrated earlier, and we dropped the file, and now another
branch has migrated the same file.

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skip distributed migration to insecure key when annex.securehashesonly is set

This only avoids extra work and a warning messsage. It seems likely that
in such a situation, the user does not want migrations to insecure
hashes, and so best to ignore them as much as possible. If
the user merges a branch that switches annexed files to an insecure
hash, they will notice that the file contents are unavailable,
and git-annex get will tell them the problem then. So it does not seem
useful to have migrate --update also complain about it.

report on the 'Production' build flag not producing a binary that passes the test suite

fix missing space in warning message

always verify content in distributed migration

doc/todo/distributed_migration.mdwn discusses security of distributed
migration, and this was identified as necessary to do.

display filenames in migrate --update

Have to go to a lot of bother to find them, but I think it's worth it
for usability.

Sponsored-by: Luke T. Shumaker on Patreon

migrate --update fully working

Could use some more testing.

When the old key is not present, Command.ReKey.linkKey' will return
False, so this handles that case ok.

But, I do wonder if distributed migration may need to deal with the old
key getting copied into the repository later. In that situation,
re-running migrate --update won't link it to the new key. It may be that
some users will need that. They can delete .git/annex/migrate.log and
run it again, but that is not a good user interface. Maybe either have
a way to re-run all distributed migrations, or record migrations
in a database and scan the db to find migrations to do in a future run?

Sponsored-by: Kevin Mueller on Patreon

migrate --update gets keys

The git log is outputting the diff, but this only looks at the new
files. When we have a new file, we can get the old filename by just
replacing "new" with "old". And then use branchFileRef to refer to it
allows catting the old key.

While this does have to skip past the old files in the diff, it's still
faster than calling git diff separately.

Sponsored-by: Nicholas Golder-Manning on Patreon

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started migrate --update

This is most of the way there, but not quite working.

The layout of migrate.tree/ needs to be changed to follow this approach.
git log will list all the files in tree order, so the new layout needs
to alternate old and new keys. Can that be done? git may not document
tree order, or may not preserve it here.

Alternatively, change to using git log --format=raw and extract
the tree header from that, then use
git diff --raw $tree:migrate.tree/old $tree:migrate.tree/new
That will be a little more expensive, but only when there are lots of
migrations.

Sponsored-by: Joshua Antonishen on Patreon

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Added a comment: Similar to initremote type=git

Added a comment: --includesamecontent same as  --not --includesamecontent?

removed

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make commitMigration interuption safe

Fixed inversion of control issue, so the tree is recorded
in streamLogFile finalizer.

Sponsored-by: Leon Schuermann on Patreon

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log migration trees to git-annex branch

This will allow distributed migration: Start a migration in one clone of
a repo, and then update other clones.

commitMigration is a bit of a bear.. There is some inversion of control
that needs some TMVars. Also streamLogFile's finalizer does not handle
recording the trees, so an interrupt at just the wrong time can cause
migration.log to be emptied but the git-annex branch not updated.

Sponsored-by: Graham Spencer on Patreon

add startAction parameter for KeySha

I have a use planned for this in Command.Migrate.

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kinda a bug

remove xmpp from special remotes list

It's documentation for something that was removed, so avoid it getting
copied into eg, nice talks about git-annex. ;-)

remove debug print

further thoughts

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Add link to English re-recording of Yann's git-annex workshop kickoff talk @Tübix2023

Revert "update"

This reverts commit 6f4e3cc8810f125937a2218578ca83ce7f27b198.

update

prevent relatedTemplate from truncating a filename to end in "."

Avoid a problem with temp file names ending in "." on certian filesystems
that have problems with such filenames.

relatedTemplate is quite an ugly hack really; since it doesn't know the max
filename length of the filesystem it can only assume that the filename is
max allowed length. When given the input "lh.aparc.DKTatlas.annot", it
wants to reserve 20 characters for tempfile so it truncates to "lh.". That
ending period is apparently a problem on some filesystem (FAT eats it, but
does not throw EINVAL; ntfs does not seem bothered by it, I don't know what
FUSE filesystem the bug reporter was really using).

Sponsored-by: Brett Eisenberg on Patreon

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

No change. Just subscribing to comments.

rename forum/name_resolution_of___33__dne__33___fails.mdwn to forum/name_resolution_of_dne.mdwn

rename forum/dne.mdwn to forum/name_resolution_of___33__dne__33___fails.mdwn

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Added a comment: How about a --offline flag?

sync: Fix locking problems during merge when annex.pidlock is set

Presumably git merge sometimes needs to verifiy if a worktree file is
modified, and so will then run git-annex filter-process which would try to
take the pid lock. And for whatever reason, git-annex sync already had the
pidlock held. I have not replicated that, but it does make enough sense to
deploy the workaround.

Like I said back in commit 7bdb0cdc0d6f35d3835e57c3a34740cc98f89719,

   Arguably, it would be better to have a way to make any process git-annex
   runs have the env var set. But then it would need to take the pid lock
   when running any and all processes, and that would be a problem when
   git-annex runs two processes concurrently. So, I'm left doing it ad-hoc
   in places where git-annex really does run a child process, directly
   or indirectly via a particular git command.

Sponsored-by: KDM on Patreon

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improve message about 1 copy

"Could only verify the existence of 0 out of 1 necessary copy"
does not sound right, but neither does it with "copies".

Kept the "1" rather than "only" or such since numcopies is mentioned.

Sponsored-by: Brock Spratlen on Patreon

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new pidlock bug

rename forum/Can__39__t_access_file_from_secondary_client.mdwn to forum/client_repositories_setup_problem.mdwn

update

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git-annex branch size when storing migration information

Sponsored-by: Jack Hill on Patreon

Added a comment: Another possibility to make --fast faster?

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