Declare fast forward from 2.16.0+ds-1

[dgit --quilt=gbp --overwrite]

to3

Gbp-Pq: Name 2to3

tune_lmdb_defaults

Gbp-Pq: Name tune_lmdb_defaults

Bypass env in Perl script shebangs.

Gbp-Pq: Name run_perl_directly

Support GCC 10+.

Debian-Bug: 957581.

* ncbifile.cpp (s_GetFileSystemInfo): Formally cast st.f_type to avoid
  narrowing errors for cases with the high bit set when that field is
  a 32-bit signed integer (as on i386).

Gbp-Pq: Name support_gcc10

Spelling fixes

Gbp-Pq: Name spelling

add missing lib for tests

Forwarded: Not-Needed
Last-Updated: 2018-02-11

Gbp-Pq: Name fix_unit_tests

Hang on to sequence data even if -parse_deflines recognized a non-local ID,

   on the condition that the environment variable BLAST_ALWAYS_KEEP_SEQUENCE
   (or configuration parameter [BLAST] always_keep_sequence) is set to a
   "true" value (English-only, case-insensitive true, t, yes, y, or 1).

Gbp-Pq: Name optionally_keep_sequence

suppress gnu TLS and mbed TLS version checks

   Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
   differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.
   Likewise for mbed TLS.

Gbp-Pq: Name suppress_tls_version_checks

Support x32

Avoid picking up wrong inline assembly.

Gbp-Pq: Name support_x32

fix path for debian build

Forwarded: no
Last-Updated: 2014-06-06

Gbp-Pq: Name fix_configure

remove network required test

Forwarded: no
Last-Updated: 2013-06-01

Gbp-Pq: Name skip_services_unit_test

build executables with -fPIE, not -fPIC

* -fPIC is only useful for shared libraries; substitute -fPIE (along
   with -pie at link time) when building executables.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2012-05-10

Gbp-Pq: Name use_pie_for_apps

avoid redundant rpath entries on multiarch systems

 * src/build-system/configure(.ac): when ensuring that executables
   will be able to find libstdc++, don't add rpath entries that files
   under /etc/ld.so.conf.d already specify, even if they don't resemble
   traditional single-architecture or biarch locations.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2011-08-28

Gbp-Pq: Name no_multiarch_rpath

ensure that all libraries link against all direct dependencies

 * src/**/Makefile.*.lib: set DLL_(D)LIB correctly.  Break the dependency
   loop between libxblast and libxalgoblastdbindex by having the former
   provide only the C++ BLAST API, leaving the C core only in libblast.
 * src/build-system/library_relations.txt: Change xblast's
   relationship to blast from includes to needs, accordingly.
 * src/algo/blast/Makefile.blast_macros.mk: Add blast to BLAST_LIBS.
 * src/algo/blast/dbindex*/*/Makefile.*.app: Link against libxconnect
   rather than libconnect for consistency with libblast, which uses the
   former to keep the aforementioned cycle-breaking from causing
   inconsistency elsewhere.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2016-12-05

Gbp-Pq: Name fix_lib_deps

rename binary as blast+ for package coherency.

Last-Updated: 2011-10-03

Gbp-Pq: Name legacy_rename_rpsblast

fix portability issues that led to Hurd build failures

* src/build-system/configure(.ac):
  - Reflect the Hurd's support for -Wl,rpath,... .
* src/connect/ncbi_socket_cxx.cpp, src/connect/ext/ncbi_localnet.c:
  cope with missing PATH_MAX everywhere, not just under Windows.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2020-09-19

Gbp-Pq: Name hurd_fixes

clean after failure

Last-Updated: 2013-06-01
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name enable_clean_after_failed_compile

blast+ use optout to send usage reports over internet

Last-Updated: 202-02-10
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name optin_usage_report

[PATCH] Allow substituting PCRE2 for legacy PCRE by explicit request.

- For now, require opt-in via --with-components="...;PCRE2;..." (CMake),
  --with-pcre2 (traditional Unix build system), or uncommenting the
  relevant ThirdParty_PCRE2 setting in project_tree_builder.ini
  (traditional Windows build system).
- Likewise, hold off on switching the bundled copy to PCRE2 or checking
  for any functions or headers that will become of interest.
- Redundantly (for now) shun external PCRE2 in bin-release configurations.
- Otherwise favor (allowed!) external installations over the bundled
  copy, preferring PCRE2 over legacy PCRE when both are found and
  allowed but (in due course) external legacy PCRE over bundled PCRE2 in
  the absence of external PCRE2.
- In the traditional build system, have the widely used PCRE_LIBS macro
  correspond to whichever PCRE is default (when not falling back on a
  bundled copy), and add a PCRE_LEGACY_LIBS macro for the sake of
  anything using legacy PCRE directly (very occasionally seen).

JIRA: CXX-12761,

git-svn-id: https://anonsvn.ncbi.nlm.nih.gov/repos/v1/trunk/c++@102806 78c7ea69-d796-4a43-9a09-de51944f1b03

Irrelevant (and inapplicable) changes to c++/src/build-system/cmake/,
c++/src/build-system/configure (which will be regenerated anyway), and
c++/src/build-system/project_tree_builder.ini elided.

Gbp-Pq: Name allow_pcre2

[PATCH] Accommodate Mbed TLS 3.x (specifically, 3.6.0 LTS).

- Conditionally pass mbedtls_pk_parse_key the existing pRNG and its state.
- Call psa_crypto_init during setup, as PSA may be in play even when not
  explicitly enabled.  Documentation suggests calling it as early as
  possible; in practice, though, holding off until after pRNG
  initialization avoids "insufficient entropy" errors under 2.x (at least
  2.28.8 LTS on Linux) and still works fine as of 3.6.0.
- At least for now, ensure that MBEDTLS_SSL_VERIFY_NONE remains effective
  by additionally capping the TLS version at 1.2; as of 1.3, certificate
  checking has become mandatory, and Mbed TLS respects that requirement.
- Additional tuneups to ncbi_mbedtls.c-only code:
-- Account for error-code macro repertoire changes by conditionalizing
   major-version-specific macros on their availability and specifically
   checking for or emitting MBEDTLS_ERR_PLATFORM_FEATURE_UNSUPPORTED (new)
   as appropriate,
-- x_ErrorToStatus: Conditionally use MBEDTLS_PRIVATE for p_bio, which has
   no accessor.
-- x_MbedTlsWrite: Substitute mbedtls_ssl_get_max_out_record_payload for
   mbedtls_ssl_get_output_max_frag_len, which didn't account for other
   relevant considerations and is now fully private.

https://github.com/Mbed-TLS/mbedtls/blob/development/docs/3.0-migration-guide.md
supplied useful guidance.  JIRA: CXX-13565.

git-svn-id: https://anonsvn.ncbi.nlm.nih.gov/repos/v1/trunk/c++@102329 78c7ea69-d796-4a43-9a09-de51944f1b03

Gbp-Pq: Name support_mbedtls3

Omit convenience mbed TLS copy

Gbp-Pq: Name system_mbedtls_only

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 for unstable.

debian/patches/hurd_fixes: Extend to ncbi_localip.c.

It otherwise accommodates PATH_MAX's absence only under Windows.

debian/rules: Link with -latomic on most 32-bit architectures

... excepting only x86 and armhf, which succeed as is.

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 to fix FTBFS on some archs.

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-1 for unstable.

Update patches again for 2.16.0(+ds).

routine-update: Standards-Version: 4.7.0

Merge tag 'upstream/2.16.0+ds'

Upstream version 2.16.0(+ds).

Declare fast forward from 2.12.0+ds-4

[dgit --quilt=gbp --overwrite]

to3

Gbp-Pq: Name 2to3

tune_lmdb_defaults

Gbp-Pq: Name tune_lmdb_defaults

Bypass env in Perl script shebangs.

Gbp-Pq: Name run_perl_directly

Support GCC 10+.

Debian-Bug: 957581.

* ncbifile.cpp (s_GetFileSystemInfo): Formally cast st.f_type to avoid
  narrowing errors for cases with the high bit set when that field is
  a 32-bit signed integer (as on i386).

Gbp-Pq: Name support_gcc10

Spelling fixes

Gbp-Pq: Name spelling

add missing lib for tests

Forwarded: Not-Needed
Last-Updated: 2018-02-11

Gbp-Pq: Name fix_unit_tests

Hang on to sequence data even if -parse_deflines recognized a non-local ID,

   on the condition that the environment variable BLAST_ALWAYS_KEEP_SEQUENCE
   (or configuration parameter [BLAST] always_keep_sequence) is set to a
   "true" value (English-only, case-insensitive true, t, yes, y, or 1).

Gbp-Pq: Name optionally_keep_sequence

suppress gnu TLS and mbed TLS version checks

   Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
   differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.
   Likewise for mbed TLS.

Gbp-Pq: Name suppress_tls_version_checks

Support x32

Avoid picking up wrong inline assembly.

Gbp-Pq: Name support_x32

fix path for debian build

Forwarded: no
Last-Updated: 2014-06-06

Gbp-Pq: Name fix_configure

remove network required test

Forwarded: no
Last-Updated: 2013-06-01

Gbp-Pq: Name skip_services_unit_test

build executables with -fPIE, not -fPIC

* -fPIC is only useful for shared libraries; substitute -fPIE (along
   with -pie at link time) when building executables.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2012-05-10

Gbp-Pq: Name use_pie_for_apps

avoid redundant rpath entries on multiarch systems

 * src/build-system/configure(.ac): when ensuring that executables
   will be able to find libstdc++, don't add rpath entries that files
   under /etc/ld.so.conf.d already specify, even if they don't resemble
   traditional single-architecture or biarch locations.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2011-08-28

Gbp-Pq: Name no_multiarch_rpath

ensure that all libraries link against all direct dependencies

 * src/**/Makefile.*.lib: set DLL_(D)LIB correctly.  Break the dependency
   loop between libxblast and libxalgoblastdbindex by having the former
   provide only the C++ BLAST API, leaving the C core only in libblast.
 * src/build-system/library_relations.txt: Change xblast's
   relationship to blast from includes to needs, accordingly.
 * src/algo/blast/Makefile.blast_macros.mk: Add blast to BLAST_LIBS.
 * src/algo/blast/dbindex*/*/Makefile.*.app: Link against libxconnect
   rather than libconnect for consistency with libblast, which uses the
   former to keep the aforementioned cycle-breaking from causing
   inconsistency elsewhere.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2016-12-05

Gbp-Pq: Name fix_lib_deps

rename binary as blast+ for package coherency.

Last-Updated: 2011-10-03

Gbp-Pq: Name legacy_rename_rpsblast

fix portability issues that led to Hurd build failures

* src/build-system/configure(.ac):
  - Reflect the Hurd's support for -Wl,rpath,... .
* src/connect/ncbi_socket_cxx.cpp, src/connect/ext/ncbi_localnet.c:
  cope with missing PATH_MAX everywhere, not just under Windows.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2020-09-19

Gbp-Pq: Name hurd_fixes

clean after failure

Last-Updated: 2013-06-01
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name enable_clean_after_failed_compile

blast+ use optout to send usage reports over internet

Last-Updated: 202-02-10
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name optin_usage_report

[PATCH] Allow substituting PCRE2 for legacy PCRE by explicit request.

- For now, require opt-in via --with-components="...;PCRE2;..." (CMake),
  --with-pcre2 (traditional Unix build system), or uncommenting the
  relevant ThirdParty_PCRE2 setting in project_tree_builder.ini
  (traditional Windows build system).
- Likewise, hold off on switching the bundled copy to PCRE2 or checking
  for any functions or headers that will become of interest.
- Redundantly (for now) shun external PCRE2 in bin-release configurations.
- Otherwise favor (allowed!) external installations over the bundled
  copy, preferring PCRE2 over legacy PCRE when both are found and
  allowed but (in due course) external legacy PCRE over bundled PCRE2 in
  the absence of external PCRE2.
- In the traditional build system, have the widely used PCRE_LIBS macro
  correspond to whichever PCRE is default (when not falling back on a
  bundled copy), and add a PCRE_LEGACY_LIBS macro for the sake of
  anything using legacy PCRE directly (very occasionally seen).

JIRA: CXX-12761,

git-svn-id: https://anonsvn.ncbi.nlm.nih.gov/repos/v1/trunk/c++@102806 78c7ea69-d796-4a43-9a09-de51944f1b03

Irrelevant (and inapplicable) changes to c++/src/build-system/cmake/,
c++/src/build-system/configure (which will be regenerated anyway), and
c++/src/build-system/project_tree_builder.ini elided.

Gbp-Pq: Name allow_pcre2

[PATCH] Accommodate Mbed TLS 3.x (specifically, 3.6.0 LTS).

- Conditionally pass mbedtls_pk_parse_key the existing pRNG and its state.
- Call psa_crypto_init during setup, as PSA may be in play even when not
  explicitly enabled.  Documentation suggests calling it as early as
  possible; in practice, though, holding off until after pRNG
  initialization avoids "insufficient entropy" errors under 2.x (at least
  2.28.8 LTS on Linux) and still works fine as of 3.6.0.
- At least for now, ensure that MBEDTLS_SSL_VERIFY_NONE remains effective
  by additionally capping the TLS version at 1.2; as of 1.3, certificate
  checking has become mandatory, and Mbed TLS respects that requirement.
- Additional tuneups to ncbi_mbedtls.c-only code:
-- Account for error-code macro repertoire changes by conditionalizing
   major-version-specific macros on their availability and specifically
   checking for or emitting MBEDTLS_ERR_PLATFORM_FEATURE_UNSUPPORTED (new)
   as appropriate,
-- x_ErrorToStatus: Conditionally use MBEDTLS_PRIVATE for p_bio, which has
   no accessor.
-- x_MbedTlsWrite: Substitute mbedtls_ssl_get_max_out_record_payload for
   mbedtls_ssl_get_output_max_frag_len, which didn't account for other
   relevant considerations and is now fully private.

https://github.com/Mbed-TLS/mbedtls/blob/development/docs/3.0-migration-guide.md
supplied useful guidance.  JIRA: CXX-13565.

git-svn-id: https://anonsvn.ncbi.nlm.nih.gov/repos/v1/trunk/c++@102329 78c7ea69-d796-4a43-9a09-de51944f1b03

Gbp-Pq: Name support_mbedtls3

Omit convenience mbed TLS copy

Gbp-Pq: Name system_mbedtls_only

New upstream version 2.16.0+ds

Stop relying on 2to3 at build time.

* debian/control: Stop building against 2to3, which may not be around
  much longer.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Drop build-time 2to3 invocation in favor of
  debian/patches/2to3.

debian/source/lintian-overrides: No more rapidjson10 (just ...11).

debian/rules: Extend generated-sources cleanup to objtools/eutils.

Not entirely straightforward due to input format variation.

debian/patches/series: Comment out reprobuild (overkill).

I'm all for reproducibility, but the package already automatically
builds with flags that make __FILE__ relative, and many of its uses
are in header-defined macros that intend to pick up their callers'
paths.

debian/rules: Add --without-strip, disable reproducible=timeless.

Tune flags: Add --without-strip to make --with-symbols effective;
switch off warnings from __DATE__/__TIME__ usage, since
dpkg-buildpackage's SOURCE_DATE_EPOCH injection should suffice.

Refresh patches after prepending allow_pcre2 and support_mbedtls3.

Make it possible to build against PCRE2, and do so (#891197).

* debian/control: Build against libpcre2-dev.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Build against PCRE2.

Regenerate configure and config.h.in with Autoconf 2.69.

To that end, add a B-D on autoconf2.69.

d/p/support_mbedtls3 (new): Support Mbed TLS 3.x (#1075867).

Don't specifically require it, though.

Move debian/patches/system_mbedtls_only up and extend it.

* debian/patches/series: Move system_mbedtls_only up in conjunction
  with incorporating part of an upstream patch needed by
  support_mbedtls3.
* debian/patches/system_mbedtls: Extend to cover ncbi_mbedtls.c (as in
  https://github.com/ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public/commit/f9c7297dd1)
  and Makefile.xxconnect2.lib.

BDA on libnghttp2-dev, libsqlite3-dev, and libuv1-dev, newly needed.

d/patches: Update for new release (2.15.0[+ds]), mostly formally.

Merge tag 'upstream/2.15.0+ds' (#1074316).

Upstream version 2.15.0(+ds) should be (more than) new enough for
recent q2-feature-classifier, which merely needs at least 2.13.

New upstream version 2.15.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4 for unstable.

tune_lmdb_defaults

Gbp-Pq: Name tune_lmdb_defaults

Bypass env in Perl script shebangs.

Gbp-Pq: Name run_perl_directly

Support GCC 10+.

Debian-Bug: 957581.

* ncbifile.cpp (s_GetFileSystemInfo): Formally cast st.f_type to avoid
  narrowing errors for cases with the high bit set when that field is
  a 32-bit signed integer (as on i386).

Gbp-Pq: Name support_gcc10

Spelling fixes

Gbp-Pq: Name spelling

make the build more reproducible

Gbp-Pq: Name reprobuild

Omit convenience mbed TLS copy

Gbp-Pq: Name system_mbedtls_only

add missing lib for tests

Forwarded: Not-Needed
Last-Updated: 2018-02-11

Gbp-Pq: Name fix_unit_tests

Hang on to sequence data even if -parse_deflines recognized a non-local ID,

   on the condition that the environment variable BLAST_ALWAYS_KEEP_SEQUENCE
   (or configuration parameter [BLAST] always_keep_sequence) is set to a
   "true" value (English-only, case-insensitive true, t, yes, y, or 1).

Gbp-Pq: Name optionally_keep_sequence

suppress gnu TLS and mbed TLS version checks

   Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
   differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.
   Likewise for mbed TLS.

Gbp-Pq: Name suppress_tls_version_checks

Support x32

Avoid picking up wrong inline assembly.

Gbp-Pq: Name support_x32

fix path for debian build

Forwarded: no
Last-Updated: 2014-06-06

Gbp-Pq: Name fix_configure

remove network required test

Forwarded: no
Last-Updated: 2013-06-01

Gbp-Pq: Name skip_services_unit_test

build executables with -fPIE, not -fPIC

* -fPIC is only useful for shared libraries; substitute -fPIE (along
   with -pie at link time) when building executables.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2012-05-10

Gbp-Pq: Name use_pie_for_apps

avoid redundant rpath entries on multiarch systems

 * src/build-system/configure(.ac): when ensuring that executables
   will be able to find libstdc++, don't add rpath entries that files
   under /etc/ld.so.conf.d already specify, even if they don't resemble
   traditional single-architecture or biarch locations.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2011-08-28

Gbp-Pq: Name no_multiarch_rpath

ensure that all libraries link against all direct dependencies

 * src/**/Makefile.*.lib: set DLL_(D)LIB correctly.  Break the dependency
   loop between libxblast and libxalgoblastdbindex by having the former
   provide only the C++ BLAST API, leaving the C core only in libblast.
 * src/build-system/library_relations.txt: Change xblast's
   relationship to blast from includes to needs, accordingly.
 * src/algo/blast/Makefile.blast_macros.mk: Add blast to BLAST_LIBS.
 * src/algo/blast/dbindex*/*/Makefile.*.app: Link against libxconnect
   rather than libconnect for consistency with libblast, which uses the
   former to keep the aforementioned cycle-breaking from causing
   inconsistency elsewhere.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2016-12-05

Gbp-Pq: Name fix_lib_deps

rename binary as blast+ for package coherency.

Last-Updated: 2011-10-03

Gbp-Pq: Name legacy_rename_rpsblast

fix portability issues that led to Hurd build failures

* src/build-system/configure(.ac):
  - Reflect the Hurd's support for -Wl,rpath,... .
* src/connect/ncbi_socket_cxx.cpp, src/connect/ext/ncbi_localnet.c:
  cope with missing PATH_MAX everywhere, not just under Windows.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2020-09-19

Gbp-Pq: Name hurd_fixes

clean after failure

Last-Updated: 2013-06-01
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name enable_clean_after_failed_compile

blast+ use optout to send usage reports over internet

Last-Updated: 202-02-10
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name optin_usage_report

ncbi-blast+ (2.12.0+ds-4) unstable; urgency=medium

  * debian/control: Drop build dependency on libpcre3-dev; PCRE2 support
    isn't ready yet, but there's a convenience copy of classic PCRE that
    will suffice for now.  (Partly addresses #891197.)
  * debian/source/lintian-overrides: Accommodate bracketed paths.
  * Standards-Version: 4.6.2 (routine-update)
  * Remove trailing whitespace in debian/changelog (routine-update)
  * Refer to common license file for Apache-2.0.
  * Avoid explicitly specifying -Wl,--as-needed linker flag.

[dgit import unpatched ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4]

Import ncbi-blast+_2.12.0+ds-4.debian.tar.xz

[dgit import tarball ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4 ncbi-blast+_2.12.0+ds-4.debian.tar.xz]

Avoid explicitly specifying -Wl,--as-needed linker flag.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: debian-rules-uses-as-needed-linker-flag
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-rules-uses-as-needed-linker-flag.html

Refer to common license file for Apache-2.0.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: copyright-does-not-refer-to-common-license-file
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-does-not-refer-to-common-license-file.html
Fixes: lintian: copyright-not-using-common-license-for-apache2
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-not-using-common-license-for-apache2.html

routine-update: Remove trailing whitespace in debian/changelog

routine-update: Standards-Version: 4.6.2

debian/source/lintian-overrides: Accommodate bracketed paths.

debian/control: Drop build dependency on libpcre3-dev (#891197).

PCRE2 support isn't ready yet, but there's a convenience copy of
classic PCRE that will suffice for now.  (Partly addresses #891197.)

Start work on ncbi-blast2+ 2.12.0+ds-4 to downgrade #891197.

change optout to optin strategy for usage reports sent over internet Closes #1005279

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2 for unstable.

d/p/system_mbedtls_only: Patch out use of local mbed TLS headers

... which formally rename all symbols.

Clean up spurious release-status comment from 2.12.0+ds-1.