Clean up d/control

Update d/rules to allow package to build

Update python-pysam-test lintian overrides

Update d/rules clean target

Update patch for external HTSlib

Prepare new revision

Delete obsolete patch

Refresh patches

Update packaging for external htslib link due to build system changes

Use readthedocs page as pysam's homepage

The source page is already represented in d/control.
Users are more likely to prefer the documentation homepage.

Use encrypted protocols for Vcs URLs in d/control

Update policy statndards-version to 3.9.7

Bump htslib and samtools minimum versions

Merge tag 'upstream/0.9.0+ds'

Upstream version 0.9.0+ds

Imported Upstream version 0.9.0+ds

Add filenamemangle to d/watch and space out content

python-pysam (0.8.4+ds-1) unstable; urgency=medium

  * Add version constraints to build-dependencies.
  * Drop ds suffix versioning.
  * Imported Upstream version 0.8.4+ds
  * Remove patches applied upstream
  * Refresh existing patches
  * Refine d/rules
  * Set Vcs-Browser to point to cgit rather than gitweb
  * Reduce dependencies in autopktest dependencies
  * Replace patch for network-dependent tests
  * Add new lintian overrides

Refine testing in d/rules

Add more lintian overrides

Replace patch for network-dependent tests

Reduce dependencies in autopktest dependencies

python3-pysam isn't needed for testing python-pysam and
vice-versa.

Set Vcs-Browser to point to cgit rather than gitweb

Remove unnecessary rule override in d/rules

Adding a prerequisite to the clean target doesn't require adding
a dh_override_target

Use pre-defined variables from dpkg rather than manually scraping changelog

Refresh existing patches

Remove patches applied upstream

Merge tag 'upstream/0.8.4+ds'

Upstream version 0.8.4+ds

Imported Upstream version 0.8.4+ds

Update changelog for new release

Prepare for next version to drop ds version suffix

Drom ds suffix versioning

Add changelog entry for next release

Add version constraints to d/control

python-pysam (0.8.3+ds1-3) unstable; urgency=medium

  * Backport upstream commit 6efb22b to permit building with Cython 0.23.x
      (Closes: 800794)
  * Revise lintian overrides.

Add lintian override for timestamped archive in python-pysam-tests

Revise python3 lintian overrides

The original overrides were architecture specific, which was wrong.
Now that python 3.5 is being built, some new overrides apply to
them as well.

Backport upstream commit 6efb22b to permit building with Cython 0.23.x

Closes: 800794

Set up new revision

Merge branch 'master' of git+ssh://git.debian.org/git/debian-med/python-pysam

I made some commits before pulling the changelog update by Andreas.

Indicate patch independently created upstream

Forward mpileup patch upstream

Upload to install and make Afif changelog owner for this upload

Update changelog - ready for upload

Remove unused lintian override

Add myself to uploaders

Delete __pycache__ directory in clean-tests recipe

Remove ex1.bam hack since it is apparently being created without it

Fix error in sam_mpileup.patch

See the patch header for details.

Move test directory cleaning commands to a separate recipe

This allows us to be require a clean test directory before the
installation step. We don't want to package all the temporary
files that come with the tests being built.

Don't build test data at the samae time as the package sources

Test data are already built at the beginning of
override_dh_auto_test.

Merge branch 'separate-tests-package'

Conflicts:
debian/tests/control
Restore the separate tests package, but don't use it
for autopkgtest yet.

The automatic nosetest trigger does not work and this it is switched back to manual nosetests invocation

Test suite for Python 3.4 needs a strange hack to rename *.so libraries.  Otherwise these are not found.  Help will be requested on this issue

Remove tests relying on online connection from test suite

Provide file tests/ex1.bam that is required in nosetest

Tests are triggered by nosetest

samtools says:   The `pileup' command has been removed. Please use `mpileup' instead.

Samtools 1.2 is required

Fix syntax in test override

Fix clean target

Try enhancing build time testing

Add nosetest build time testing (but zero tests executed - ask at debian-python list)

For the moment do some dirty tricks in test run script

List more test dependencies

Build test data in d/rules

Remove extraneous test dependencies already included by @

Revert "Revamp packaging of test data"

This reverts commit 6ec8aab49e14011687ef1b84b22db675b78ec1d5.

Conflicts:
debian/control
debian/python-pysam-tests.lintian-overrides
debian/rules

Restore python-pysam-data test package.

Revert "Fix autopkgtests"

This reverts commit d9adfd86bbe73d4469781b728734579c2d09a7d4.
We'll fix them another way..

Update changelog

Do not provide test data package

Autopkgtest does not need it; it uses the source package.

Remove unnecessary symlinks

The tests were never in the python directory to begin with, so
there was no need to put any symlinks there.

Fix autopkgtests

refresh older patches

Revamp packaging of test data

The test code was packaged together with the test data; only the
data should be packaged separately. In addition, files in
autopkgtest were also packaged here for use the user.

Package ready for review for unstable

Improve python3 compatibility for upstream test sources

Add missing license field

Upload to experimental

Package ready for round-2 review

Revamp debian/copyright

d/watch: dversionmangle

Merge branch 'master' of git+ssh://git.debian.org/git/debian-med/python-pysam

Conflicts:
debian/changelog

Add dependency on cython for autopkgtests to provide pyximport

Support building with missing htslib directory

Merge tag 'upstream/0.8.3+ds1'

Upstream version 0.8.3+ds1

Imported Upstream version 0.8.3+ds1

Provide get-orig-source rule

Exclude bundled htslib convenience-copy

python-pysam (0.8.3-1) unstable; urgency=medium

  * Team upload.

  [ Jorge Soares ]
  * New upstream version
  * provide python3-pysam

  [ Charles Plessy ]
  * Requires Python 2.7 or higher.

  [ Andreas Tille ]
  * Link against htslib

  [ Afif Elghraoui ]
  * New upstream releases (Closes: #763218)
  * Remove unnecessary test-suite declaration in d/control
  * Remove nonexistent files from copyright explanations
  * Allow building of the package when non-ASCII characters are in the path
  * Add to package long description
  * Resolve lintian "duplicated-compressed-file"
  * Make package descriptions unique
  * Remove extra license definitions from d/copyright
  * Fix spelling errors in source distribution (forwarded upstream as well)
  * Add lintian overrides

 -- Afif Elghraoui <afif@ghraoui.name>  Sun, 07 Jun 2015 22:34:45 -0700

Update changelog

Revert "Add myself to Upoaders"

This reverts commit b35e9abf832bf46e70427d5ecc59fdd824e953d5.

I did not understand the possibility of team upload. That is
more suitable to my intentions.

Add lintian overrides

Note the closure of bug#763218 with the new upstream release

This version of pysam is made to work with samtools 1.2.

Fix spelling errors in source distribution (forwarded upstream as well)

Remove extra license definitions from d/copyright

Add myself to Upoaders

Prevent lintian NMU warnings.

Make package descriptions unique

python2 and python3 versions of the package had the same
short and long descriptions. This is fixed here.

Resolve lintian "duplicated-compressed-file"

tests/pysam_data/test.gtf and tests/pysam_data/test.gtf.gz in
the source distribution are two copies of the same thing. I
verified this by decompressing the latter and taking the diff of
the two. This patch prevents installing the provided compressed
version.

Revert "override dh_auto_clean to remove .pybuild directory after first build"

This reverts commit 60a7bf9b32e07f85d46af66958a84fda89432eb9.

Using pybuild, this isn't necessary.

Add to package long description

lintian thought it was too short, but upstream added another
sentence to their description.