debian/rules: Move architecture.mk inclusion to the very top

... for the sake of hypothetical builds bypassing dpkg-buildpackage.

Start ncbi-blast+ 2.16.0+ds-4 for more arch-specific tuneups.

ncbi-blast+ 2.16.0+ds-3: d/rules typo fix (missing parenthesis).

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 for unstable.

debian/patches/hurd_fixes: Extend to ncbi_localip.c.

It otherwise accommodates PATH_MAX's absence only under Windows.

debian/rules: Link with -latomic on most 32-bit architectures

... excepting only x86 and armhf, which succeed as is.

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 to fix FTBFS on some archs.

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-1 for unstable.

Update patches again for 2.16.0(+ds).

routine-update: Standards-Version: 4.7.0

Merge tag 'upstream/2.16.0+ds'

Upstream version 2.16.0(+ds).

New upstream version 2.16.0+ds

Stop relying on 2to3 at build time.

* debian/control: Stop building against 2to3, which may not be around
  much longer.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Drop build-time 2to3 invocation in favor of
  debian/patches/2to3.

debian/source/lintian-overrides: No more rapidjson10 (just ...11).

debian/rules: Extend generated-sources cleanup to objtools/eutils.

Not entirely straightforward due to input format variation.

debian/patches/series: Comment out reprobuild (overkill).

I'm all for reproducibility, but the package already automatically
builds with flags that make __FILE__ relative, and many of its uses
are in header-defined macros that intend to pick up their callers'
paths.

debian/rules: Add --without-strip, disable reproducible=timeless.

Tune flags: Add --without-strip to make --with-symbols effective;
switch off warnings from __DATE__/__TIME__ usage, since
dpkg-buildpackage's SOURCE_DATE_EPOCH injection should suffice.

Refresh patches after prepending allow_pcre2 and support_mbedtls3.

Make it possible to build against PCRE2, and do so (#891197).

* debian/control: Build against libpcre2-dev.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Build against PCRE2.

Regenerate configure and config.h.in with Autoconf 2.69.

To that end, add a B-D on autoconf2.69.

d/p/support_mbedtls3 (new): Support Mbed TLS 3.x (#1075867).

Don't specifically require it, though.

Move debian/patches/system_mbedtls_only up and extend it.

* debian/patches/series: Move system_mbedtls_only up in conjunction
  with incorporating part of an upstream patch needed by
  support_mbedtls3.
* debian/patches/system_mbedtls: Extend to cover ncbi_mbedtls.c (as in
  https://github.com/ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public/commit/f9c7297dd1)
  and Makefile.xxconnect2.lib.

BDA on libnghttp2-dev, libsqlite3-dev, and libuv1-dev, newly needed.

d/patches: Update for new release (2.15.0[+ds]), mostly formally.

Merge tag 'upstream/2.15.0+ds' (#1074316).

Upstream version 2.15.0(+ds) should be (more than) new enough for
recent q2-feature-classifier, which merely needs at least 2.13.

New upstream version 2.15.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4 for unstable.

Avoid explicitly specifying -Wl,--as-needed linker flag.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: debian-rules-uses-as-needed-linker-flag
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-rules-uses-as-needed-linker-flag.html

Refer to common license file for Apache-2.0.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: copyright-does-not-refer-to-common-license-file
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-does-not-refer-to-common-license-file.html
Fixes: lintian: copyright-not-using-common-license-for-apache2
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-not-using-common-license-for-apache2.html

routine-update: Remove trailing whitespace in debian/changelog

routine-update: Standards-Version: 4.6.2

debian/source/lintian-overrides: Accommodate bracketed paths.

debian/control: Drop build dependency on libpcre3-dev (#891197).

PCRE2 support isn't ready yet, but there's a convenience copy of
classic PCRE that will suffice for now.  (Partly addresses #891197.)

Start work on ncbi-blast2+ 2.12.0+ds-4 to downgrade #891197.

change optout to optin strategy for usage reports sent over internet Closes #1005279

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2 for unstable.

d/p/system_mbedtls_only: Patch out use of local mbed TLS headers

... which formally rename all symbols.

Clean up spurious release-status comment from 2.12.0+ds-1.

Start work on ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2.

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-1 for unstable.

Simplify c++/src/html/ncbi_menu*.js overrides per current Lintian.

debian/watch: Correct filenamemangle.

Wrong syntax for multiple rules, and leading components left unstripped.

Suppress the mbed TLS version check too (#1000358).

Rename debian/patches/suppress_gnutls_version_check to
suppress_tls_version_checks accordingly.

routine-update: watch file standard 4

routine-update: Standards-Version: 4.6.0

debian/patches: Update for new upstream release (2.12.0[+ds]).

* fix_lib_deps, fix_unit_tests, spelling: Formally refresh to eliminate
  fuzz.
* fix_x86isms: Retire (fully incorporated upstream.)
* run_perl_directly: Formally update to reflect current $Id$ comment.
* support_x32: Forward-port.
* tune_lmdb_defaults: Keep just the MIPS tuneup; upstream's settings
  should now be fine elsewhere.

Merge tag 'upstream/2.12.0+ds'

Upstream version 2.12.0(+ds).

New upstream version 2.12.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.11.0+ds-1 for unstable.

routine-update: debhelper-compat 13

routine-update: Standards-Version: 4.5.1

debian/patches: Update for new release (2.11.0+ds).

* bm-6.4.0: Retire (fully incorporated upstream).
* fix_lib_deps: Formally refresh to eliminate fuzz.
* run_perl_directly: Formally update to reflect current $Id$ comment.
* tune_lmdb_defaults: Port to new setup, conveniently macro-driven.

changelog: Note Steffen's post-2.10.1+ds-1 metadata format cleanup.

Merge tag 'upstream/2.11.0+ds'

Upstream version 2.11.0(+ds).

New upstream version 2.11.0+ds

Update metadata - fixed indenting.

Finalize ncbi-blast+ 2.10.1+ds-1 for unstable.

debian/source/lintian-overrides: Extend ncbi_menu*.js overrides.

Override source-contains-prebuilt-javascript-object in addition to
source-is-missing.  (These files are editable despite long lines.)

debian/copyright: Correct typos for c++/src/html/ncbi_menu*.js.

* Replace duplicate .../ncbi_menu_dnd.js by .../ncbi_menu_dyn.js.
* Correct capitalization of Gary Smith's last name.
* Remove duplicate 1997-1999 for Netscape Communications Corp.

debian/{copyright,watch}: Update for repack without .../ptb_gui/bin.

* copyright: Set Files-Excluded accordingly.
* watch: Set dversionmangle and repacksuffix options accordingly.

Update upstream source from tag 'upstream/2.10.1+ds'

Update to upstream version '2.10.1+ds'.

Repack without c++/src/build-system/project_tree_builder_gui/bin.
Debian builds make no use of this (Java) GUI or supporting third-party
jars, and could do without prebuilt binaries even if they did use it.

New upstream version 2.10.1+ds

ncbi-blast+ 2.10.1-3: Fix makeblastdb V5 mode on mipsel.

debian/patches/tune_lmdb_defaults: Scale down slightly more on 32-bit
mips* (just mipsel in practice these days).  The sizes at this point
are 640 MiB there, 750 MB on other 32-bit platforms, and 20 GB on
64-bit platforms.

ncbi-blast+ 2.10.1-2: Update embedded copy of BitMagic to 6.4.0.

debian/patches/bm-6.4.0 (new): Update embedded copy of BitMagic to
version 6,4.0 (from 6.0.0), addressing new "inlining failed in call to
'always_inline'" errors on mips*el.  (The bmagic package currently has
version 6.3.0, slightly predating the necessary fix.)

Finalize ncbi-blast+ 2.10.1-1 for unstable.

Adjust default v5 map size even on 64-bit platforms (#969608).

debian/patches/tune_lmdb_defaults: Rename from tune_32bit_lmdb_defaults;
scale down somewhat even on 64-bit platforms to account for potential
use of qemu.

debian/patches/fix_x86isms: New.

Conditionally stub out CCpuFeatures::InstructionSet::InstructionSet,
which compiles only on x86.

debian/patches: Update existing patches for 2.10.1.

* {hurd_fixes,run_perl_directly}: Rebase.
* support_gcc10: Drop build-system portions, incorporated upstream as
  of this release.

Merge tag 'upstream/2.10.1' into master (#970344).

Upstream version 2.10.1.  Among other changes, "fix tblastn mt issue".

New upstream version 2.10.1

Revert "Merge branch 'blastdbv4' into 'master'"

Fixed on the C++ side in #969608.  This reverts commit
762364cedeed8cbf9ed6acc5d42e479ddcf72b48, reversing changes made to
e46881b79153db2f10891dbb81fef89844ba1ab8.

Merge branch 'blastdbv4' into 'master'

run-unit-test: Pass -blastdb_version 4 to fix tests on 32 bit

See merge request med-team/ncbi-blastplus!1

ncbi-blast+ 2.10.0-3: Tweak debian/patches/tune_32bit_lmdb_defaults.

* For 64-bit platforms, use an explicit UL suffix on one factor to avoid
  overflow.
* For 32-bit platforms, avoid tying up quite so much address space, since
  opening a pair of databases is a distinct possibility.
* Generally parenthesize expressions per best macro practice.

Finalize ncbi-blast+ 2.10.0-2 for unstable, urgency high per #969608.

tune_32bit_lmdb_defaults (new): Conditionalize dflt map sz (#969608).

Patch to avoid allocation failures on 32-bit platforms.

d/p/support_gcc10: Additionally avoid narrowing errors on e.g. i386.

Tweak ncbifile.cpp to avoid narrowing errors on some platforms.

Start work on ncbi-blast+ 2.10.0-2, primarily for #969608.

run-unit-test: Pass -blastdb_version 4 to fix tests on 32 bit

Finalize ncbi-blast+ 2.10.0-1 for unstable.

Wrap long lines in changelog entries: 2.2.25-6.

Fixes: lintian: debian-changelog-line-too-long
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-changelog-line-too-long.html

routine-update: Add salsa-ci file

debian/rules: Half clean up -Wl,-as-needed.

Stop directly injecting -Wl,--as-needed into LDFLAGS, but keep
DEB_LDFLAGS_MAINT_APPEND for the sake of backports, along with a
comment that they can't rely on GCC 9+.

+ d/patches/run_perl_directly for update_blastdb(.pl)'s #! line.

override_dh_install-arch: No .py for new cleanup-blastdb-volumes.

+ d/patches/support_gcc10 for formal support of GCC 10+ (#957581).

override_dh_clean: rm -rf fakehome c++/include/common/ncbi_revision.h

debian/patches: Formally refresh for 2.10.0 release.

A few files needed straightforward manual intervention.

Update upstream source from tag 'upstream/2.10.0'

Update to upstream version '2.10.0'
with Debian dir 04a3ae98df1e480c186e2c1ca26e6ece3e683e75
(plus an initial changelog entry for 2.10.0-1).

New upstream version 2.10.0

Finalize ncbi-blast+ 2.9.0-4 for upload to unstable.

Urgency high because it just involves two one-line changes (plus the
requisite changelog stanza), one of which addresses an important
portability bug (#951280) and the other of which is a pure formality.

debian/control: Standards-Version: 4.5.0 (already compliant).

d/rules: DEB_CONFIGURE_COMMON_FLAGS += --without-sse42 (#951280).

Start work on ncbi-blast+ 2.9.0-4, mainly for #951280 (SSE4.2-isms).

really release to unstable

2to3: don't make a backup

Revert "more optional build-deps"

This reverts commit a3dd5f4948a32ad279c926691bf8c9b8df81232d.

set up a HOME directory

delete spurious usr/bin/windowmasker_2.2.22_adapter.bak

reprobuild fixup

more optional build-deps