Cleanup after testing

Add some symlinks to run autopkgtests correctly

Standards-Version: 4.0.0 (no changes needed)

debhelper 10

Apply patches suggested by Steve Langasek

Update changelog

Bump htslib/samtools/bcftools minimum version requirements

Update patches

Merge tag 'upstream/0.11.2.2+ds'

Upstream version 0.11.2.2+ds

Imported Upstream version 0.11.2.2+ds

Upload to unstable

Exclude test tyring to access remote ftpserver

Remove other autogenerated files to build twice in a row

Add some files that need to be removed after running tests

releasing package python-pysam version 0.10.0+ds-1

Do not use internal htslib

Test suite passes. The patch needs to be generalized before forwarding
upstream.

Revert "provide LD_LIBRARY_PATH for run time test to avoid RPATH setting"

This reverts commit cd8ba39c2a2b3182decd87fcbc150595e1a6aee2.

Revert "Revert changes in d/rules and deactivate RPATH patch"

This reverts commit b8a194c46277fb95b365484360652b765380ffdb.

Conflicts:
debian/changelog

Fix lintian overrides

hardening=+all

Revert changes in d/rules and deactivate RPATH patch

provide LD_LIBRARY_PATH for run time test to avoid RPATH setting

Remove redundant get-orig-source target

Prepare new revision

Bump minimum htslib version

Update patches

Merge tag 'upstream/0.10.0+ds'

Upstream version 0.10.0+ds

Imported Upstream version 0.10.0+ds

releasing package python-pysam version 0.9.1.4+ds-1

Fix spelling issues (forwarded)

Drop unused lintian overrides

Drop patch applied upstream

Merge tag 'upstream/0.9.1.4+ds'

Upstream version 0.9.1.4+ds

Imported Upstream version 0.9.1.4+ds

releasing package python-pysam version 0.9.1+ds-1

Fix autopkgtests

They were missing dependencies (needed for the compile_test).
The home directory needed to be moved in order to avoid a "permission denied"
error..

Rely more on pybuild for build-time tests

Fix handling of configuration headers generated at build time

Drop obsolete patches

Refresh patch

Update patch for external htslib

The build system tries to make htslib/config.h, which isn't
necessary for our case.

Globally use C.UTF-8 locale

Prepare new revision

Bump Standards-Version to 3.9.8

Force at least matching versions of the samtools suite

Merge tag 'upstream/0.9.1+ds'

Upstream version 0.9.1+ds

Imported Upstream version 0.9.1+ds

Finalize changelog

Update autopkgtest command and dependencies

Fix some failing tests

These are mostly ones that require network access that are not
properly handled.

Completely fix rpath issue

Document remaining steps to take before upload

Add tabix as build-dependency to run tests

Remove copyright declaration for nonexistent files

Disable setting rpath for compiled modules

Update d/copyright

Remove trailing whitespace from d/copyright

Add copyright information for debian/*

Support running tests requiring bcftools

Clean up d/control

Update d/rules to allow package to build

Update python-pysam-test lintian overrides

Update d/rules clean target

Update patch for external HTSlib

Prepare new revision

Delete obsolete patch

Refresh patches

Update packaging for external htslib link due to build system changes

Use readthedocs page as pysam's homepage

The source page is already represented in d/control.
Users are more likely to prefer the documentation homepage.

Use encrypted protocols for Vcs URLs in d/control

Update policy statndards-version to 3.9.7

Bump htslib and samtools minimum versions

Merge tag 'upstream/0.9.0+ds'

Upstream version 0.9.0+ds

Imported Upstream version 0.9.0+ds

Add filenamemangle to d/watch and space out content

python-pysam (0.8.4+ds-1) unstable; urgency=medium

  * Add version constraints to build-dependencies.
  * Drop ds suffix versioning.
  * Imported Upstream version 0.8.4+ds
  * Remove patches applied upstream
  * Refresh existing patches
  * Refine d/rules
  * Set Vcs-Browser to point to cgit rather than gitweb
  * Reduce dependencies in autopktest dependencies
  * Replace patch for network-dependent tests
  * Add new lintian overrides

Refine testing in d/rules

Add more lintian overrides

Replace patch for network-dependent tests

Reduce dependencies in autopktest dependencies

python3-pysam isn't needed for testing python-pysam and
vice-versa.

Set Vcs-Browser to point to cgit rather than gitweb

Remove unnecessary rule override in d/rules

Adding a prerequisite to the clean target doesn't require adding
a dh_override_target

Use pre-defined variables from dpkg rather than manually scraping changelog

Refresh existing patches

Remove patches applied upstream

Merge tag 'upstream/0.8.4+ds'

Upstream version 0.8.4+ds

Imported Upstream version 0.8.4+ds

Update changelog for new release

Prepare for next version to drop ds version suffix

Drom ds suffix versioning

Add changelog entry for next release

Add version constraints to d/control

python-pysam (0.8.3+ds1-3) unstable; urgency=medium

  * Backport upstream commit 6efb22b to permit building with Cython 0.23.x
      (Closes: 800794)
  * Revise lintian overrides.

Add lintian override for timestamped archive in python-pysam-tests

Revise python3 lintian overrides

The original overrides were architecture specific, which was wrong.
Now that python 3.5 is being built, some new overrides apply to
them as well.

Backport upstream commit 6efb22b to permit building with Cython 0.23.x

Closes: 800794

Set up new revision

Merge branch 'master' of git+ssh://git.debian.org/git/debian-med/python-pysam

I made some commits before pulling the changelog update by Andreas.

Indicate patch independently created upstream

Forward mpileup patch upstream