Exclude tests trying to access remote http sites and thus need to fail in a chroot without network access.

Bump versioned Build-Depends on libhts-dev, samtools and bcftools to 1.6

Refresh patches

New upstream version

Update upstream source from tag 'upstream/0.13.0+ds'

Update to upstream version '0.13.0+ds'
with Debian dir c63bbb266a669569051da8554f9d7f56d23526b6

New upstream version 0.13.0+ds

Changelog for 0.12.0.1+ds-4

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

d/control: Bump Standards-Version to 4.1.1

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

d/control: bump the libhts-dev buil-dep to 1.5-3, to make sure we gain appropriate versioned symbols

Closes: #879867
Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

Revert "Skip tests on ppc64el to avoid build-dep on bcftools currently uninstallable"

This reverts commit 6720bc51c0e9711a141b54ef785b5da52c27f0f5.

Actually release this thing

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

Changelog for 0.12.0.1+ds-3

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

Skip tests on ppc64el to avoid build-dep on bcftools currently uninstallable

Hopefully this will help unstuck the current python3 transition.

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

d/rules: support DEB_BUILD_OPTIONS=nocheck

Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

d/rules: remove commented out line

Gbp-Dch: Ignore
Signed-off-by: Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>

releasing package python-pysam version 0.12.0.1+ds-2

Update autopkgtest for new test suite driver

releasing package python-pysam version 0.12.0.1+ds-1

Temporarily skip failing test

Use Build Profiles to mark build-dependencies needed only for tests

Use pytest instead of nosetest

Further patch from upstream should solve final test issue

Remaining test suite issue (see upstream #541)

Apply upstream patch to fix test suite

Added references to registries

Added references to registries

Update changelog

Remove patch for change made upstream

New upstream version 0.12.0.1+ds

New upstream version 0.12.0.1+ds

Standards-Version: 4.1.0 (no changes needed)

Update changelog

Deal with bcftools config header

Bump htslib suite minimum versions

Patch applied upstream

New upstream version

Updated version 0.12.0+ds from 'upstream/0.12.0+ds'

with Debian dir 6aee94dbe15c4663e14bd3849d2a988c9eaf4b2a

New upstream version 0.12.0+ds

Link with -Wl,--as-needed, upload to unstable

Prepare for upload to unstable

Drop pysam_stdout_linkage.patch, not needed since compat symlinks were added

Drop exclude_test_tyring_to_access_remote_ftpserver.patch, fixed upstream

Mark debian/python-pysam.links executable for dh-exec

Add some symlinks to run autopkgtests correctly

Cleanup after testing

Add some symlinks to run autopkgtests correctly

Standards-Version: 4.0.0 (no changes needed)

debhelper 10

Apply patches suggested by Steve Langasek

Update changelog

Bump htslib/samtools/bcftools minimum version requirements

Update patches

Merge tag 'upstream/0.11.2.2+ds'

Upstream version 0.11.2.2+ds

Imported Upstream version 0.11.2.2+ds

Upload to unstable

Exclude test tyring to access remote ftpserver

Remove other autogenerated files to build twice in a row

Add some files that need to be removed after running tests

releasing package python-pysam version 0.10.0+ds-1

Do not use internal htslib

Test suite passes. The patch needs to be generalized before forwarding
upstream.

Revert "provide LD_LIBRARY_PATH for run time test to avoid RPATH setting"

This reverts commit cd8ba39c2a2b3182decd87fcbc150595e1a6aee2.

Revert "Revert changes in d/rules and deactivate RPATH patch"

This reverts commit b8a194c46277fb95b365484360652b765380ffdb.

Conflicts:
debian/changelog

Fix lintian overrides

hardening=+all

Revert changes in d/rules and deactivate RPATH patch

provide LD_LIBRARY_PATH for run time test to avoid RPATH setting

Remove redundant get-orig-source target

Prepare new revision

Bump minimum htslib version

Update patches

Merge tag 'upstream/0.10.0+ds'

Upstream version 0.10.0+ds

Imported Upstream version 0.10.0+ds

releasing package python-pysam version 0.9.1.4+ds-1

Fix spelling issues (forwarded)

Drop unused lintian overrides

Drop patch applied upstream

Merge tag 'upstream/0.9.1.4+ds'

Upstream version 0.9.1.4+ds

Imported Upstream version 0.9.1.4+ds

releasing package python-pysam version 0.9.1+ds-1

Fix autopkgtests

They were missing dependencies (needed for the compile_test).
The home directory needed to be moved in order to avoid a "permission denied"
error..

Rely more on pybuild for build-time tests

Fix handling of configuration headers generated at build time

Drop obsolete patches

Refresh patch

Update patch for external htslib

The build system tries to make htslib/config.h, which isn't
necessary for our case.

Globally use C.UTF-8 locale

Prepare new revision

Bump Standards-Version to 3.9.8

Force at least matching versions of the samtools suite

Merge tag 'upstream/0.9.1+ds'

Upstream version 0.9.1+ds

Imported Upstream version 0.9.1+ds

Finalize changelog

Update autopkgtest command and dependencies

Fix some failing tests

These are mostly ones that require network access that are not
properly handled.

Completely fix rpath issue

Document remaining steps to take before upload

Add tabix as build-dependency to run tests

Remove copyright declaration for nonexistent files

Disable setting rpath for compiled modules

Update d/copyright