Build with DLL_LDFLAGS=-Wl,--as-needed, addressing some dpkg-shlibdeps warnings.

Rework override_dh_clean to clean *all* files produced at build time.

Report any test suite errors in more detail but otherwise ignore them, as some
tests will likely fail in unnetworked environments (as on some autobuilders).

Replace the old fix_checks patch (unnecessary when build-depending on time)
with a new one (freshly integrated upstream) that allows correct test
autodiscovery when unpacked under .../src/... directories.

Clean up build and runtime dependencies.
* Don't explicitly depend on runtime libraries or related utilities.
* Replace libpcre++-dev by libpcre3-dev, which suffices.  (NCBI uses
  its own C++ wrapper.)
* Don't build-depend on chrpath or cpio per recent installation changes.
* Add a build dependency on time for the test suite.
* Depend on ${python:Depends} rather than hard-coding python.

Rework override_dh_install; adjust debian/legacy/legacy.sh accordingly.
* Don't bother with ${CURDIR}, which just adds noise.
* Leave extensions off /usr/bin scripts per Policy 10.4.
  (Update legacy.sh accordingly, and have it exec legacy_blast for efficiency.)
* Clean up tests, demos, and internal build tools, but don't worry about
  anything that we now arrange not to install in the first place.

Override dh_auto_build to focus on selected subtrees and their dependencies
(as made possible by running configure --with-flat-makefile).

Rework configure invocation:
+ --with-runpath=/usr/lib/ncbi-blast+ (where the libraries will end up)
+ --with-flat-makefile (making it easier to skip irrelevant projects)
+ --without-lzo (to avoid picking up an extra dependency in some environments)
+ --without-autodep and --without-makefile-auto-update for streamlining.
+ --with-build-root=BUILD for predictable paths
* --without-debug -> --with-optimization when DEB_BUILD_OPTIONS contains
  nostrip.  Doing so unconditionally would be cleaner, as that change also
  switches from -DNDEBUG to -D_DEBUG, but that detail isn't worth demanding
  extra build-time resources by default.
- --without-gbench, --without-internal, and --with-3psw=std:netopt (superfluous)
- --bindir=*, --libdir=*, --prefix=* (files now installed directly)
Supply LD_LIBRARY_PATH so that project_tree_builder can find the libraries it
needs and --with-flat-makefile is effective.

Override dh_auto_install in favor of explicitly installing files of interest
(executables and shared libraries); supply the requisite ncbi-blast+.dirs.

missing misc depends

move to use/share legacy files

add legacy package for blast cmd line compatibility

add quilt depends

rename packages to blast+, update copyright for zlib, use libbooost-test instead of all

Various changes explained in e-mail to list.

Remove need for tarball repackage
Work around conflict with blast2
Some other minor tweaks

pbuilder requires cpio

gcc4.6 does not accept anymore such mutable

headers update, apply patch from upstream for gcc 4.6

gcc46 error patch

fix for pbuilder gcc 4.6 error on prtdiff

boost required by configure

add perl dependency

add dependency to avoid internal use

wrong package name

remote some rpath references, change compil options

remove dev, update rpath issues

a libs not generated anymore, skip move

force test binaries removal

set svn stuff

update homepage, limit projects make

update comments

changelog modify dir name

changelog modify dir name

update doc

update upstream get scripts

add ncbi-blast-plus debian packaging stuff

Seed of a package of blast+