Support GCC 10+.

Debian-Bug: 957581.

* ncbifile.cpp (s_GetFileSystemInfo): Formally cast st.f_type to avoid
  narrowing errors for cases with the high bit set when that field is
  a 32-bit signed integer (as on i386).

Gbp-Pq: Name support_gcc10

Spelling fixes

Gbp-Pq: Name spelling

add missing lib for tests

Forwarded: Not-Needed
Last-Updated: 2018-02-11

Gbp-Pq: Name fix_unit_tests

Hang on to sequence data even if -parse_deflines recognized a non-local ID,

   on the condition that the environment variable BLAST_ALWAYS_KEEP_SEQUENCE
   (or configuration parameter [BLAST] always_keep_sequence) is set to a
   "true" value (English-only, case-insensitive true, t, yes, y, or 1).

Gbp-Pq: Name optionally_keep_sequence

suppress gnu TLS and mbed TLS version checks

   Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
   differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.
   Likewise for mbed TLS.

Gbp-Pq: Name suppress_tls_version_checks

Support x32

Avoid picking up wrong inline assembly.

Gbp-Pq: Name support_x32

fix path for debian build

Forwarded: no
Last-Updated: 2014-06-06

Gbp-Pq: Name fix_configure

remove network required test

Forwarded: no
Last-Updated: 2013-06-01

Gbp-Pq: Name skip_services_unit_test

build executables with -fPIE, not -fPIC

* -fPIC is only useful for shared libraries; substitute -fPIE (along
   with -pie at link time) when building executables.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2012-05-10

Gbp-Pq: Name use_pie_for_apps

avoid redundant rpath entries on multiarch systems

 * src/build-system/configure(.ac): when ensuring that executables
   will be able to find libstdc++, don't add rpath entries that files
   under /etc/ld.so.conf.d already specify, even if they don't resemble
   traditional single-architecture or biarch locations.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2011-08-28

Gbp-Pq: Name no_multiarch_rpath

ensure that all libraries link against all direct dependencies

 * src/**/Makefile.*.lib: set DLL_(D)LIB correctly.  Break the dependency
   loop between libxblast and libxalgoblastdbindex by having the former
   provide only the C++ BLAST API, leaving the C core only in libblast.
 * src/build-system/library_relations.txt: Change xblast's
   relationship to blast from includes to needs, accordingly.
 * src/algo/blast/Makefile.blast_macros.mk: Add blast to BLAST_LIBS.
 * src/algo/blast/dbindex*/*/Makefile.*.app: Link against libxconnect
   rather than libconnect for consistency with libblast, which uses the
   former to keep the aforementioned cycle-breaking from causing
   inconsistency elsewhere.

Debian-Bug: 633567.
Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2016-12-05

Gbp-Pq: Name fix_lib_deps

rename binary as blast+ for package coherency.

Last-Updated: 2011-10-03

Gbp-Pq: Name legacy_rename_rpsblast

fix portability issues that led to Hurd build failures

* src/build-system/configure(.ac):
  - Reflect the Hurd's support for -Wl,rpath,... .
* src/connect/ncbi_socket_cxx.cpp, src/connect/ext/ncbi_localnet.c:
  cope with missing PATH_MAX everywhere, not just under Windows.

Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
Last-Update: 2020-09-19

Gbp-Pq: Name hurd_fixes

clean after failure

Last-Updated: 2013-06-01
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name enable_clean_after_failed_compile

blast+ use optout to send usage reports over internet

Last-Updated: 202-02-10
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name optin_usage_report

[PATCH] Allow substituting PCRE2 for legacy PCRE by explicit request.

- For now, require opt-in via --with-components="...;PCRE2;..." (CMake),
  --with-pcre2 (traditional Unix build system), or uncommenting the
  relevant ThirdParty_PCRE2 setting in project_tree_builder.ini
  (traditional Windows build system).
- Likewise, hold off on switching the bundled copy to PCRE2 or checking
  for any functions or headers that will become of interest.
- Redundantly (for now) shun external PCRE2 in bin-release configurations.
- Otherwise favor (allowed!) external installations over the bundled
  copy, preferring PCRE2 over legacy PCRE when both are found and
  allowed but (in due course) external legacy PCRE over bundled PCRE2 in
  the absence of external PCRE2.
- In the traditional build system, have the widely used PCRE_LIBS macro
  correspond to whichever PCRE is default (when not falling back on a
  bundled copy), and add a PCRE_LEGACY_LIBS macro for the sake of
  anything using legacy PCRE directly (very occasionally seen).

JIRA: CXX-12761,

git-svn-id: https://anonsvn.ncbi.nlm.nih.gov/repos/v1/trunk/c++@102806 78c7ea69-d796-4a43-9a09-de51944f1b03

Irrelevant (and inapplicable) changes to c++/src/build-system/cmake/,
c++/src/build-system/configure (which will be regenerated anyway), and
c++/src/build-system/project_tree_builder.ini elided.

Gbp-Pq: Name allow_pcre2

[PATCH] Accommodate Mbed TLS 3.x (specifically, 3.6.0 LTS).

- Conditionally pass mbedtls_pk_parse_key the existing pRNG and its state.
- Call psa_crypto_init during setup, as PSA may be in play even when not
  explicitly enabled.  Documentation suggests calling it as early as
  possible; in practice, though, holding off until after pRNG
  initialization avoids "insufficient entropy" errors under 2.x (at least
  2.28.8 LTS on Linux) and still works fine as of 3.6.0.
- At least for now, ensure that MBEDTLS_SSL_VERIFY_NONE remains effective
  by additionally capping the TLS version at 1.2; as of 1.3, certificate
  checking has become mandatory, and Mbed TLS respects that requirement.
- Additional tuneups to ncbi_mbedtls.c-only code:
-- Account for error-code macro repertoire changes by conditionalizing
   major-version-specific macros on their availability and specifically
   checking for or emitting MBEDTLS_ERR_PLATFORM_FEATURE_UNSUPPORTED (new)
   as appropriate,
-- x_ErrorToStatus: Conditionally use MBEDTLS_PRIVATE for p_bio, which has
   no accessor.
-- x_MbedTlsWrite: Substitute mbedtls_ssl_get_max_out_record_payload for
   mbedtls_ssl_get_output_max_frag_len, which didn't account for other
   relevant considerations and is now fully private.

https://github.com/Mbed-TLS/mbedtls/blob/development/docs/3.0-migration-guide.md
supplied useful guidance.  JIRA: CXX-13565.

git-svn-id: https://anonsvn.ncbi.nlm.nih.gov/repos/v1/trunk/c++@102329 78c7ea69-d796-4a43-9a09-de51944f1b03

Gbp-Pq: Name support_mbedtls3

Omit convenience mbed TLS copy

Gbp-Pq: Name system_mbedtls_only

ncbi-blast+ 2.16.0+ds-3: d/rules typo fix (missing parenthesis).

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 for unstable.

debian/patches/hurd_fixes: Extend to ncbi_localip.c.

It otherwise accommodates PATH_MAX's absence only under Windows.

debian/rules: Link with -latomic on most 32-bit architectures

... excepting only x86 and armhf, which succeed as is.

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 to fix FTBFS on some archs.

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-1 for unstable.

Update patches again for 2.16.0(+ds).

routine-update: Standards-Version: 4.7.0

Merge tag 'upstream/2.16.0+ds'

Upstream version 2.16.0(+ds).

New upstream version 2.16.0+ds

Stop relying on 2to3 at build time.

* debian/control: Stop building against 2to3, which may not be around
  much longer.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Drop build-time 2to3 invocation in favor of
  debian/patches/2to3.

debian/source/lintian-overrides: No more rapidjson10 (just ...11).

debian/rules: Extend generated-sources cleanup to objtools/eutils.

Not entirely straightforward due to input format variation.

debian/patches/series: Comment out reprobuild (overkill).

I'm all for reproducibility, but the package already automatically
builds with flags that make __FILE__ relative, and many of its uses
are in header-defined macros that intend to pick up their callers'
paths.

debian/rules: Add --without-strip, disable reproducible=timeless.

Tune flags: Add --without-strip to make --with-symbols effective;
switch off warnings from __DATE__/__TIME__ usage, since
dpkg-buildpackage's SOURCE_DATE_EPOCH injection should suffice.

Refresh patches after prepending allow_pcre2 and support_mbedtls3.

Make it possible to build against PCRE2, and do so (#891197).

* debian/control: Build against libpcre2-dev.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Build against PCRE2.

Regenerate configure and config.h.in with Autoconf 2.69.

To that end, add a B-D on autoconf2.69.

d/p/support_mbedtls3 (new): Support Mbed TLS 3.x (#1075867).

Don't specifically require it, though.

Move debian/patches/system_mbedtls_only up and extend it.

* debian/patches/series: Move system_mbedtls_only up in conjunction
  with incorporating part of an upstream patch needed by
  support_mbedtls3.
* debian/patches/system_mbedtls: Extend to cover ncbi_mbedtls.c (as in
  https://github.com/ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public/commit/f9c7297dd1)
  and Makefile.xxconnect2.lib.

BDA on libnghttp2-dev, libsqlite3-dev, and libuv1-dev, newly needed.

d/patches: Update for new release (2.15.0[+ds]), mostly formally.

Merge tag 'upstream/2.15.0+ds' (#1074316).

Upstream version 2.15.0(+ds) should be (more than) new enough for
recent q2-feature-classifier, which merely needs at least 2.13.

New upstream version 2.15.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4 for unstable.

Avoid explicitly specifying -Wl,--as-needed linker flag.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: debian-rules-uses-as-needed-linker-flag
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-rules-uses-as-needed-linker-flag.html

Refer to common license file for Apache-2.0.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: copyright-does-not-refer-to-common-license-file
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-does-not-refer-to-common-license-file.html
Fixes: lintian: copyright-not-using-common-license-for-apache2
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-not-using-common-license-for-apache2.html

routine-update: Remove trailing whitespace in debian/changelog

routine-update: Standards-Version: 4.6.2

debian/source/lintian-overrides: Accommodate bracketed paths.

debian/control: Drop build dependency on libpcre3-dev (#891197).

PCRE2 support isn't ready yet, but there's a convenience copy of
classic PCRE that will suffice for now.  (Partly addresses #891197.)

Start work on ncbi-blast2+ 2.12.0+ds-4 to downgrade #891197.

change optout to optin strategy for usage reports sent over internet Closes #1005279

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2 for unstable.

d/p/system_mbedtls_only: Patch out use of local mbed TLS headers

... which formally rename all symbols.

Clean up spurious release-status comment from 2.12.0+ds-1.

Start work on ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2.

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-1 for unstable.

Simplify c++/src/html/ncbi_menu*.js overrides per current Lintian.

debian/watch: Correct filenamemangle.

Wrong syntax for multiple rules, and leading components left unstripped.

Suppress the mbed TLS version check too (#1000358).

Rename debian/patches/suppress_gnutls_version_check to
suppress_tls_version_checks accordingly.

routine-update: watch file standard 4

routine-update: Standards-Version: 4.6.0

debian/patches: Update for new upstream release (2.12.0[+ds]).

* fix_lib_deps, fix_unit_tests, spelling: Formally refresh to eliminate
  fuzz.
* fix_x86isms: Retire (fully incorporated upstream.)
* run_perl_directly: Formally update to reflect current $Id$ comment.
* support_x32: Forward-port.
* tune_lmdb_defaults: Keep just the MIPS tuneup; upstream's settings
  should now be fine elsewhere.

Merge tag 'upstream/2.12.0+ds'

Upstream version 2.12.0(+ds).

New upstream version 2.12.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.11.0+ds-1 for unstable.

routine-update: debhelper-compat 13

routine-update: Standards-Version: 4.5.1

debian/patches: Update for new release (2.11.0+ds).

* bm-6.4.0: Retire (fully incorporated upstream).
* fix_lib_deps: Formally refresh to eliminate fuzz.
* run_perl_directly: Formally update to reflect current $Id$ comment.
* tune_lmdb_defaults: Port to new setup, conveniently macro-driven.

changelog: Note Steffen's post-2.10.1+ds-1 metadata format cleanup.

Merge tag 'upstream/2.11.0+ds'

Upstream version 2.11.0(+ds).

New upstream version 2.11.0+ds

Update metadata - fixed indenting.

Finalize ncbi-blast+ 2.10.1+ds-1 for unstable.

debian/source/lintian-overrides: Extend ncbi_menu*.js overrides.

Override source-contains-prebuilt-javascript-object in addition to
source-is-missing.  (These files are editable despite long lines.)

debian/copyright: Correct typos for c++/src/html/ncbi_menu*.js.

* Replace duplicate .../ncbi_menu_dnd.js by .../ncbi_menu_dyn.js.
* Correct capitalization of Gary Smith's last name.
* Remove duplicate 1997-1999 for Netscape Communications Corp.

debian/{copyright,watch}: Update for repack without .../ptb_gui/bin.

* copyright: Set Files-Excluded accordingly.
* watch: Set dversionmangle and repacksuffix options accordingly.

Update upstream source from tag 'upstream/2.10.1+ds'

Update to upstream version '2.10.1+ds'.

Repack without c++/src/build-system/project_tree_builder_gui/bin.
Debian builds make no use of this (Java) GUI or supporting third-party
jars, and could do without prebuilt binaries even if they did use it.

New upstream version 2.10.1+ds

ncbi-blast+ 2.10.1-3: Fix makeblastdb V5 mode on mipsel.

debian/patches/tune_lmdb_defaults: Scale down slightly more on 32-bit
mips* (just mipsel in practice these days).  The sizes at this point
are 640 MiB there, 750 MB on other 32-bit platforms, and 20 GB on
64-bit platforms.

ncbi-blast+ 2.10.1-2: Update embedded copy of BitMagic to 6.4.0.

debian/patches/bm-6.4.0 (new): Update embedded copy of BitMagic to
version 6,4.0 (from 6.0.0), addressing new "inlining failed in call to
'always_inline'" errors on mips*el.  (The bmagic package currently has
version 6.3.0, slightly predating the necessary fix.)

Finalize ncbi-blast+ 2.10.1-1 for unstable.

Adjust default v5 map size even on 64-bit platforms (#969608).

debian/patches/tune_lmdb_defaults: Rename from tune_32bit_lmdb_defaults;
scale down somewhat even on 64-bit platforms to account for potential
use of qemu.

debian/patches/fix_x86isms: New.

Conditionally stub out CCpuFeatures::InstructionSet::InstructionSet,
which compiles only on x86.

debian/patches: Update existing patches for 2.10.1.

* {hurd_fixes,run_perl_directly}: Rebase.
* support_gcc10: Drop build-system portions, incorporated upstream as
  of this release.

Merge tag 'upstream/2.10.1' into master (#970344).

Upstream version 2.10.1.  Among other changes, "fix tblastn mt issue".

New upstream version 2.10.1

Revert "Merge branch 'blastdbv4' into 'master'"

Fixed on the C++ side in #969608.  This reverts commit
762364cedeed8cbf9ed6acc5d42e479ddcf72b48, reversing changes made to
e46881b79153db2f10891dbb81fef89844ba1ab8.

Merge branch 'blastdbv4' into 'master'

run-unit-test: Pass -blastdb_version 4 to fix tests on 32 bit

See merge request med-team/ncbi-blastplus!1

ncbi-blast+ 2.10.0-3: Tweak debian/patches/tune_32bit_lmdb_defaults.

* For 64-bit platforms, use an explicit UL suffix on one factor to avoid
  overflow.
* For 32-bit platforms, avoid tying up quite so much address space, since
  opening a pair of databases is a distinct possibility.
* Generally parenthesize expressions per best macro practice.

Finalize ncbi-blast+ 2.10.0-2 for unstable, urgency high per #969608.

tune_32bit_lmdb_defaults (new): Conditionalize dflt map sz (#969608).

Patch to avoid allocation failures on 32-bit platforms.

d/p/support_gcc10: Additionally avoid narrowing errors on e.g. i386.

Tweak ncbifile.cpp to avoid narrowing errors on some platforms.

Start work on ncbi-blast+ 2.10.0-2, primarily for #969608.

run-unit-test: Pass -blastdb_version 4 to fix tests on 32 bit

Finalize ncbi-blast+ 2.10.0-1 for unstable.

Wrap long lines in changelog entries: 2.2.25-6.

Fixes: lintian: debian-changelog-line-too-long
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-changelog-line-too-long.html

routine-update: Add salsa-ci file

debian/rules: Half clean up -Wl,-as-needed.

Stop directly injecting -Wl,--as-needed into LDFLAGS, but keep
DEB_LDFLAGS_MAINT_APPEND for the sake of backports, along with a
comment that they can't rely on GCC 9+.

+ d/patches/run_perl_directly for update_blastdb(.pl)'s #! line.

override_dh_install-arch: No .py for new cleanup-blastdb-volumes.