resetting the test directory to original as there were many files that didnt belong there

Packages build fine. The test suite in tests/pysam_data/ doesnt seem to be complete.

cant seem to make run-noseX-tests excutable when installed

overriding autotest as there is nothing to test until pysam is installed. nose tests are now executables

now properly python version dependent test and hopefuly python-x.y-nose dependency will work

tests are now python version dependent

changed upstream source in copyright file. Tidy up of control file

commented out all the overrides. 4 packages build fine. Tested installation on my mahcine and the test suite seems to work

still trying to understand what is happening with the auto_test override;

simplifying rules and adding install files for the python3 stuff

three packages lintian clean, but python3-pysam-tests is empty

Merge tag 'upstream/0.8.1'

Upstream version 0.8.1

Imported Upstream version 0.8.1

Imported Upstream version 0.8.1

watch file set to look at git repository rather than pypi

Added the tests directory as I think this will solve all the non building problems

concluding merge

package builds but I dont understand whats happening in the rule dh_auto_test

Imported Upstream version 0.8.1

removing undeed files for the time being

Python3 support in place, but package not building yet

adding debian folder once again after pristine tar deleted it

Merge tag 'upstream/0.8.1'

Upstream version 0.8.1

Imported Upstream version 0.8.1

Adding lib source code. Probably won't be needed

Adding individual files form new upstream

Deleting files that are no longer used by upstream

Copied the new source to the package

lost debian folder when importing pristine-tar, so reuploading from previous commit

Merge tag 'upstream/0.8.1'

Upstream version 0.8.1

Imported Upstream version 0.8.1

starting to implement python 3 support

In case we try to build with Git checkout which does not contain Cython generated files check for these files before trying to move them

Try to explicitly set HTSLIB_LIBRARY_DIR as recommended in https://github.com/pysam-developers/pysam/issues/34 but failed anyway

Reenable check to ask for help on Debian Python list

Try linking against htslib; ATTENTION: Testsuite fails with
     ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/pysam/csamfile.x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: sam_itr_queryi
This needs to be tracked down

New upstream version

Merge tag 'upstream/0.8.0'

Upstream version 0.8.0

Imported Upstream version 0.8.0

Requires Python 2.7 or higher.

python-pysam (0.7.7-1) unstable; urgency=medium

  * New upstream releases.
  * Upstream source code moved to GitHub.
  * Watch the Python Package Index since there are no relevant tags on GitHub.
  * Added a git-buildpackage configuration file to mark its usage.
  * Build-depend samtools (>= 0.1.19); this is needed for the regression tests
    in Wheezy.
  * debian/patches/offline-tests.patch: correction from a later release.

 -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Sat, 19 Apr 2014 14:17:42 +0900

Build-depend samtools (>= 0.1.19).

This is needed for the regression tests in Wheezy, where I would like to make
a backport.

Correct an error in the upstream test suite.

This is already corrected upstrem.

Refresh patches.

Add back files that were accidentally deleted when merging upstream release.

New upstream release; no new copyright nor license notice.

Merge tag 'upstream/0.7.7'

Upstream version 0.7.7

# gpg: Signature faite le sam. 19 avril 2014 11:42:03 JST avec la clef RSA d'identifiant 2295D502
# gpg: Bonne signature de « Charles Plessy <plessy@debian.org> »

Imported Upstream version 0.7.7

Merge tag 'upstream/0.7.6'

Upstream version 0.7.6

Conflicts:
debian/changelog
debian/control
debian/copyright
debian/python-pysam-tests.README.Debian
debian/python-pysam-tests.install
debian/rules
debian/tests/control
debian/tests/run-unit-test
debian/watch

Imported Upstream version 0.7.6

Add a git-buildpackage configuration file to mark its usage.

Watch the Python Package Index since there are no relevant tags on GitHub.

Moved to GitHub.

Add make to autopkgtest dependencies

Remove duplicated (useless) cd

Upload to unstable

Fix autopkgtest

Do not provide a code copy of the test script in README.Debian but rather provide the script for execution; create temp dir using mktemp; upload to unstable

Tests should not be world writable

Upload to unstable

Apply patch by Piotr Ożarowski <piotr@debian.org> to properly run test on all architectures

Enhance copyright according to ftpmaster

Test needs samtools

Initial release to Debian

Imported Upstream version 0.7.5

Cleanup changelog from never released versions; move git repository and source package from pysam to python-pysam

Make sure we can purge the package properly

Add autopkgtest

Do not leave any remainings from testing

Hopefully finalising debian/copyright

Duplicated code was verified.  It seems to be quite hard to link against Debian packaged samtools - so work down the draft in debian/copyright and upload

Additional hint to Python Library Style Guide

Spelling

Tests are now working in /var/lib/pysam

Only install needed files

Enable running tests (needs more work)

Enable proper cleaning by preserving original Cython created files.

Next try to install python-pysam

This does not work ...

Add package carrying test data

Test suite needs installed samtools.

Enable proper cleanup after running tests

Add DEP3 comment

Ensure that test suite is really running and we are not trying to fetch files from upstream (== removing four tests from test suite in a patch)

Fix format of debian/copyright

According to lintian the section should be python

Prevent uploading distribute_setup

Add X-Python-Version: >= 2.6

cme fix dpkg-control; I need this package for just injected fitgpc

Corrected version number.

Debhelper 9.

Normalised with config-model-edit.

Merge tag 'upstream/0.7.5'

Upstream version 0.7.5

# gpg: Signature made Fri 09 Aug 2013 18:34:40 JST using RSA key ID 2295D502
# gpg: Good signature from "Charles Plessy <plessy@debian.org>"

Imported Upstream version 0.7.5

Merge tag 'upstream/0.7.4'

Upstream version 0.7.4

# gpg: Signature made Fri 09 Aug 2013 18:34:36 JST using RSA key ID 2295D502
# gpg: Good signature from "Charles Plessy <plessy@debian.org>"

Imported Upstream version 0.7.4

Merge tag 'upstream/0.7.3'

Upstream version 0.7.3

# gpg: Signature made Fri 09 Aug 2013 18:34:33 JST using RSA key ID 2295D502
# gpg: Good signature from "Charles Plessy <plessy@debian.org>"

Imported Upstream version 0.7.3

Merge tag 'upstream/0.7.2'

Upstream version 0.7.2

# gpg: Signature made Fri 09 Aug 2013 18:34:29 JST using RSA key ID 2295D502
# gpg: Good signature from "Charles Plessy <plessy@debian.org>"

Imported Upstream version 0.7.2