New suppress_gnutls_version_check patch.

Prevent bailing when the exact compile-time and runtime GNU TLS versions
differ; trust dpkg to disallow combinations that are actually incompatible.

Start work on ncbi-blast+ 2.5.0-3.

Finalize ncbi-blast+ 2.5.0-2 for upload to unstable.

Fully take blast2 over from ncbi-tools6.

The C implementation has retired.

B-D on libgnutls28-dev to enable HTTPS support.

fix_lib_deps: Also patch Makefile.blast_macros.mk.

Add blast to BLAST_LIBS to clear up link errors that could otherwise occur.

Start work on ncbi-blast+ 2.5.0-2.

new upstream release 2.5.0, update patches to match release

Updated version 2.5.0 from 'upstream/2.5.0'

with Debian dir e6f7d6e5bafd2b66fe885214be2aeb69a94e79f6

New upstream version 2.5.0

Finalize ncbi-blast+ 2.4.0-3 for upload to unstable.

debian/rules: Comment out nostrip check.

It yielded a useless dbgsym package.

Add a new support_x32 patch (#833541).

Avoid picking up wrong inline assembly.

Reinstate and refresh the hurd_fixes patch (#833539).

It mostly still applies.

d/rules: Properly build run_with_lock (#833538).

Don't actually install it, of course.

Start work on ncbi-blast+ 2.4.0-3, to fix FTBFS on a few architectures.

Finalize ncbi-blast+ 2.4.0-2 for upload to unstable.

debian/rules: Automatically determine which libraries are needed.

The hand-maintained blacklist was incomplete.

Import upstream patch for remaining Boost compatibility issues (#833451).

Call it debian/patches/support_recent_boost.

Start work on ncbi-blast+ 2.4.0-2, mainly for #833451.

Finalize ncbi-blast+ 2.4.0-1 for upload to unstable.

debian/control: Go ahead and add myself to Uploaders.

debian/rules: Build --without-downloaded-vdb.

Avoid trying to go to Github for code that BLAST+ doesn't even use.
(Other parts of the C++ Toolkit do.)

fix_lib_deps: Generally fix remaining underlinkage.

Several cases were longstanding.

fix_lib_deps: List taxon1 in align_format's overridden DLL_LIB.

Top concern: its headers might otherwise not be generated on time.

Import upstream patch to fix Boost version detection.

Import a fix that missed the 2.4.0 release branch as
debian/patches/fix_version_extraction.

Refresh patches; drop fix_kfreebsd_ftbs.patch (applied upstream).

Imported Upstream version 2.4.0

Imported Upstream version 2.4.0

Imported Upstream version 2.4.0

upload upstream release 2.3.0

Autopkgtest added

Imported Upstream version 2.3.0

Merge tag 'upstream/2.3.0'

Upstream version 2.3.0

upload new upstream release 2.3.0

fix dep name libc-dev-bin

use libc-bin-dev

Adapt patches to new upstream version (please verify!)

New upstream version

Merge tag 'upstream/2.3.0'

Upstream version 2.3.0

Imported Upstream version 2.3.0

drop get-orig-source target which is simply the usual uscan call

Moved packaging to Git, cme fix dpkg-control

Re-add debian/ dir

Merge tag 'upstream/2.2.31'

Upstream version 2.2.31

Imported Upstream version 2.2.31

Save time and do nothing for architecture independent builds

Really enable building architecture independent package separately

DEP5 fixes and upload to unstable

DEP5 fixes

Override false lintian error

Enable building architecture independent package separately

There seems to be no change of upstream source any more

Drop explicite mentioning of quilt

fix missing colon causing FTBS on some archs

upload release 2.2.31

prepare new upstream release 2.2.31

Really finalize ncbi-blast+ 2.2.30-4 for upload to unstable.

Finalize ncbi-blast+ 2.2.30-4 for upload to unstable.

d/patches/fix_compilation: Add an upstream patch to
include/util/bitset/bmconst.h to fix builds with GCC 5 on platforms
such as arm64 on which char is unsigned.  (Closes: #790667.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.30-4, to address #790667 (compilation
errors with GCC 5 on platforms such as arm64 on which char is unsigned).

add changelog entry for unstable upload after experimental

upload to unstable

Finalize ncbi-blast+ 2.2.30-2 for upload to experimental.

d/patches/allow_gcc5 (new): Allow compilation with GCC 5, per upstream.
(Closes: #778021.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.30-2, to address GCC 5 FTBFS #778021.

changelog: 2.2.30-1 went to experimental.

update changes and patch header

update patches to fix compilation issues

adapt patches to new release, add status to changelog

adapt patches to new release

update patch to match new release

prepare new release 2.2.30

Finalize ncbi-blast+ 2.2.29-3 for upload to unstable.

Standards-Version: 3.9.4.  (Already compliant.)

debian/patches/include_typeinfo: Patch include/corelib/ncbistl.hpp to
ensure sufficient coverage; fix typos in patch headers.  (Closes: #753190.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.29-3, to fix #753190 for real.

add patch headers

fix include issue with recent compiler

prevent cleanup of configure.orig

fix fuzz in patch

prepare new upload 2.2.29

add missing dep on submit

Add patch to fix way to find configure script for Debian build

update patches for new upstream release 2.2.29

Finalize ncbi-blast+ 2.2.28-2 for upload to unstable.

Standards-Version: 3.9.4.  (Already compliant.)

* debian/patches/use_pie_for_apps: Explicitly build all executables with
  -fPIE -pie, to avoid giving project_tree_builder a partial PIE
  treatment that now fails on mips and mipsel.  (Closes: #710807.)
* debian/rules: Retire redundant APP_LDFLAGS override.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.28-2, to fix mips* FTBFS (#710807).

add info on fortify lintian warnings

add missing dep

add headers to patches, prepare for upload

remove deprecated parameter

new upstream 2.2.28, include updates from T. Booth from Ubuntu to compile this release

add patch to series

fix tab issue

release to fix conflict with blast2

add info for sparc buildd errors

rename seedtop to seedtop+ to fix #688684

add patch for arm/mips FTBS