debian/watch: Correct filenamemangle.

Wrong syntax for multiple rules, and leading components left unstripped.

Suppress the mbed TLS version check too (#1000358).

Rename debian/patches/suppress_gnutls_version_check to
suppress_tls_version_checks accordingly.

routine-update: watch file standard 4

routine-update: Standards-Version: 4.6.0

debian/patches: Update for new upstream release (2.12.0[+ds]).

* fix_lib_deps, fix_unit_tests, spelling: Formally refresh to eliminate
  fuzz.
* fix_x86isms: Retire (fully incorporated upstream.)
* run_perl_directly: Formally update to reflect current $Id$ comment.
* support_x32: Forward-port.
* tune_lmdb_defaults: Keep just the MIPS tuneup; upstream's settings
  should now be fine elsewhere.

Merge tag 'upstream/2.12.0+ds'

Upstream version 2.12.0(+ds).

New upstream version 2.12.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.11.0+ds-1 for unstable.

routine-update: debhelper-compat 13

routine-update: Standards-Version: 4.5.1

debian/patches: Update for new release (2.11.0+ds).

* bm-6.4.0: Retire (fully incorporated upstream).
* fix_lib_deps: Formally refresh to eliminate fuzz.
* run_perl_directly: Formally update to reflect current $Id$ comment.
* tune_lmdb_defaults: Port to new setup, conveniently macro-driven.

changelog: Note Steffen's post-2.10.1+ds-1 metadata format cleanup.

Merge tag 'upstream/2.11.0+ds'

Upstream version 2.11.0(+ds).

New upstream version 2.11.0+ds

Update metadata - fixed indenting.

Finalize ncbi-blast+ 2.10.1+ds-1 for unstable.

debian/source/lintian-overrides: Extend ncbi_menu*.js overrides.

Override source-contains-prebuilt-javascript-object in addition to
source-is-missing.  (These files are editable despite long lines.)

debian/copyright: Correct typos for c++/src/html/ncbi_menu*.js.

* Replace duplicate .../ncbi_menu_dnd.js by .../ncbi_menu_dyn.js.
* Correct capitalization of Gary Smith's last name.
* Remove duplicate 1997-1999 for Netscape Communications Corp.

debian/{copyright,watch}: Update for repack without .../ptb_gui/bin.

* copyright: Set Files-Excluded accordingly.
* watch: Set dversionmangle and repacksuffix options accordingly.

Update upstream source from tag 'upstream/2.10.1+ds'

Update to upstream version '2.10.1+ds'.

Repack without c++/src/build-system/project_tree_builder_gui/bin.
Debian builds make no use of this (Java) GUI or supporting third-party
jars, and could do without prebuilt binaries even if they did use it.

New upstream version 2.10.1+ds

ncbi-blast+ 2.10.1-3: Fix makeblastdb V5 mode on mipsel.

debian/patches/tune_lmdb_defaults: Scale down slightly more on 32-bit
mips* (just mipsel in practice these days).  The sizes at this point
are 640 MiB there, 750 MB on other 32-bit platforms, and 20 GB on
64-bit platforms.

ncbi-blast+ 2.10.1-2: Update embedded copy of BitMagic to 6.4.0.

debian/patches/bm-6.4.0 (new): Update embedded copy of BitMagic to
version 6,4.0 (from 6.0.0), addressing new "inlining failed in call to
'always_inline'" errors on mips*el.  (The bmagic package currently has
version 6.3.0, slightly predating the necessary fix.)

Finalize ncbi-blast+ 2.10.1-1 for unstable.

Adjust default v5 map size even on 64-bit platforms (#969608).

debian/patches/tune_lmdb_defaults: Rename from tune_32bit_lmdb_defaults;
scale down somewhat even on 64-bit platforms to account for potential
use of qemu.

debian/patches/fix_x86isms: New.

Conditionally stub out CCpuFeatures::InstructionSet::InstructionSet,
which compiles only on x86.

debian/patches: Update existing patches for 2.10.1.

* {hurd_fixes,run_perl_directly}: Rebase.
* support_gcc10: Drop build-system portions, incorporated upstream as
  of this release.

Merge tag 'upstream/2.10.1' into master (#970344).

Upstream version 2.10.1.  Among other changes, "fix tblastn mt issue".

New upstream version 2.10.1

Revert "Merge branch 'blastdbv4' into 'master'"

Fixed on the C++ side in #969608.  This reverts commit
762364cedeed8cbf9ed6acc5d42e479ddcf72b48, reversing changes made to
e46881b79153db2f10891dbb81fef89844ba1ab8.

Merge branch 'blastdbv4' into 'master'

run-unit-test: Pass -blastdb_version 4 to fix tests on 32 bit

See merge request med-team/ncbi-blastplus!1

ncbi-blast+ 2.10.0-3: Tweak debian/patches/tune_32bit_lmdb_defaults.

* For 64-bit platforms, use an explicit UL suffix on one factor to avoid
  overflow.
* For 32-bit platforms, avoid tying up quite so much address space, since
  opening a pair of databases is a distinct possibility.
* Generally parenthesize expressions per best macro practice.

Finalize ncbi-blast+ 2.10.0-2 for unstable, urgency high per #969608.

tune_32bit_lmdb_defaults (new): Conditionalize dflt map sz (#969608).

Patch to avoid allocation failures on 32-bit platforms.

d/p/support_gcc10: Additionally avoid narrowing errors on e.g. i386.

Tweak ncbifile.cpp to avoid narrowing errors on some platforms.

Start work on ncbi-blast+ 2.10.0-2, primarily for #969608.

run-unit-test: Pass -blastdb_version 4 to fix tests on 32 bit

Finalize ncbi-blast+ 2.10.0-1 for unstable.

Wrap long lines in changelog entries: 2.2.25-6.

Fixes: lintian: debian-changelog-line-too-long
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-changelog-line-too-long.html

routine-update: Add salsa-ci file

debian/rules: Half clean up -Wl,-as-needed.

Stop directly injecting -Wl,--as-needed into LDFLAGS, but keep
DEB_LDFLAGS_MAINT_APPEND for the sake of backports, along with a
comment that they can't rely on GCC 9+.

+ d/patches/run_perl_directly for update_blastdb(.pl)'s #! line.

override_dh_install-arch: No .py for new cleanup-blastdb-volumes.

+ d/patches/support_gcc10 for formal support of GCC 10+ (#957581).

override_dh_clean: rm -rf fakehome c++/include/common/ncbi_revision.h

debian/patches: Formally refresh for 2.10.0 release.

A few files needed straightforward manual intervention.

Update upstream source from tag 'upstream/2.10.0'

Update to upstream version '2.10.0'
with Debian dir 04a3ae98df1e480c186e2c1ca26e6ece3e683e75
(plus an initial changelog entry for 2.10.0-1).

New upstream version 2.10.0

Finalize ncbi-blast+ 2.9.0-4 for upload to unstable.

Urgency high because it just involves two one-line changes (plus the
requisite changelog stanza), one of which addresses an important
portability bug (#951280) and the other of which is a pure formality.

debian/control: Standards-Version: 4.5.0 (already compliant).

d/rules: DEB_CONFIGURE_COMMON_FLAGS += --without-sse42 (#951280).

Start work on ncbi-blast+ 2.9.0-4, mainly for #951280 (SSE4.2-isms).

really release to unstable

2to3: don't make a backup

Revert "more optional build-deps"

This reverts commit a3dd5f4948a32ad279c926691bf8c9b8df81232d.

set up a HOME directory

delete spurious usr/bin/windowmasker_2.2.22_adapter.bak

reprobuild fixup

more optional build-deps

debian/watch: use a secure URL

remove some __FILE__ references

fix some spelling typos

improve reproducibility

Upload to unstable

ignore config.{guess,sub}

Remove obsolete fields Name, Contact from debian/upstream/metadata.

d/u/metadata: yamllint

use --sourcedirectory= longopt for better readability

Set upstream metadata fields: Contact, Name.

Move source package lintian overrides to debian/source.

Fixes lintian: package-uses-deprecated-source-override-location
See https://lintian.debian.org/tags/package-uses-deprecated-source-override-location.html for more details.

Use secure URI in Homepage field.

Fixes lintian: homepage-field-uses-insecure-uri
See https://lintian.debian.org/tags/homepage-field-uses-insecure-uri.html for more details.

Remove trailing whitespace in debian/changelog

Secure URI in copyright format

debhelper-compat 12

remove unneeded lintian-override

document some patches

remove unused patches

copyright refresh

Drop transitional blast2 package

Finalize ncbi-blast+ 2.9.0-2 for upload to unstable.

debian/control: Standards-Version: 4.4.1 (already compliant).

debian/copyright: Remove redundant ncbi_menu_*.js stanza.

debian/rules: Install get_species_taxids without the .sh suffix.

debian/rules: Allow for cross-building (Closes: #930240).

- Factor a DEB_CONFIGURE_COMMON_FLAGS macro out of
  DEB_CONFIGURE_EXTRA_FLAGS for flags that also make sense for native
  builds of internal helpers.
- Conditionally supply --build=... and --host= to the main
  (historically, only) configure run per Helmut Grohne's suggestion.
  (dh_auto_configure would take care of this, but insists on passing
  a --runstatedir=... flag this configure script doesn't accept.)
- Conditionally add a rule for building native datatool and
  project_tree_builder binaries (in a parallel build tree established
  via another configure invocation), make it a dependency of
  override_dh_auto_configure-arch, and arrange for everything else to
  use these binaries as needed.
- Honor DEB_BUILD_OPTIONS="... nocheck ...", also per Helmut.
- Rework logic to install (possibly indirect) local library
  dependencies to use readelf rather than ldd, making as many passes
  as necessary (four at present, but no hardcoded count).

debian/rules: Use /usr/share/dpkg/{architecture,buildflags}.mk.

Delegate dpkg-{architecture,buildflags} calls to
/usr/share/dpkg/{architecture,buildflags}.mk respectively.

Start work on ncbi-blast+ 2.9.0-2, primarily for #930240.

Added ref to conda

fix lint override and upload for 2.9.0

ignore some lintian errors and remove unnecessary dep

remove fuzz

tab missing

manage cleanup

new upstream release 2.9.0

Update upstream source from tag 'upstream/2.9.0'

Update to upstream version '2.9.0'
with Debian dir dbc20f511073a2bf86dff5e0633f4809b3ac5a22

New upstream version 2.9.0

ncbi-blast+ 2.8.1-2: Convert Python script via 2to3 (#937121).

Convert windowmasker_2.2.22_adapter to Python 3 via 2to3;
update (build-)dependencies accordingly.  (Closes: #937121.)

Finalize ncbi-blast+ 2.8.1-1 for unstable.

debian/control: Rules-Requires-Root: no.

debian/control: Standards-Version: 4.3.0 (already compliant).

Advance to Debhelper 11.

* debian/compat: Advance to Debhelper 11.
* debian/control: Advance Debhelper requirement to 11~.