DEP5 fixes and upload to unstable

DEP5 fixes

Override false lintian error

Enable building architecture independent package separately

There seems to be no change of upstream source any more

Drop explicite mentioning of quilt

fix missing colon causing FTBS on some archs

upload release 2.2.31

prepare new upstream release 2.2.31

Really finalize ncbi-blast+ 2.2.30-4 for upload to unstable.

Finalize ncbi-blast+ 2.2.30-4 for upload to unstable.

d/patches/fix_compilation: Add an upstream patch to
include/util/bitset/bmconst.h to fix builds with GCC 5 on platforms
such as arm64 on which char is unsigned.  (Closes: #790667.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.30-4, to address #790667 (compilation
errors with GCC 5 on platforms such as arm64 on which char is unsigned).

add changelog entry for unstable upload after experimental

upload to unstable

Finalize ncbi-blast+ 2.2.30-2 for upload to experimental.

d/patches/allow_gcc5 (new): Allow compilation with GCC 5, per upstream.
(Closes: #778021.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.30-2, to address GCC 5 FTBFS #778021.

changelog: 2.2.30-1 went to experimental.

update changes and patch header

update patches to fix compilation issues

adapt patches to new release, add status to changelog

adapt patches to new release

update patch to match new release

prepare new release 2.2.30

Finalize ncbi-blast+ 2.2.29-3 for upload to unstable.

Standards-Version: 3.9.4.  (Already compliant.)

debian/patches/include_typeinfo: Patch include/corelib/ncbistl.hpp to
ensure sufficient coverage; fix typos in patch headers.  (Closes: #753190.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.29-3, to fix #753190 for real.

add patch headers

fix include issue with recent compiler

prevent cleanup of configure.orig

fix fuzz in patch

prepare new upload 2.2.29

add missing dep on submit

Add patch to fix way to find configure script for Debian build

update patches for new upstream release 2.2.29

Finalize ncbi-blast+ 2.2.28-2 for upload to unstable.

Standards-Version: 3.9.4.  (Already compliant.)

* debian/patches/use_pie_for_apps: Explicitly build all executables with
  -fPIE -pie, to avoid giving project_tree_builder a partial PIE
  treatment that now fails on mips and mipsel.  (Closes: #710807.)
* debian/rules: Retire redundant APP_LDFLAGS override.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.28-2, to fix mips* FTBFS (#710807).

add info on fortify lintian warnings

add missing dep

add headers to patches, prepare for upload

remove deprecated parameter

new upstream 2.2.28, include updates from T. Booth from Ubuntu to compile this release

add patch to series

fix tab issue

release to fix conflict with blast2

add info for sparc buildd errors

rename seedtop to seedtop+ to fix #688684

add patch for arm/mips FTBS

remove fuzzy patch data

set new upstream release 2.2.27

update patches for new release

fix clean target

remove fixed bug patches

Finalize ncbi-blast+ 2.2.26-3 for upload to unstable.

ncbi-blast+: Use upstream's new --with-symbols flag in nostrip builds.

ncbi-blast+: Enable full hardening flags, introducing a small patch
(use_pie_for_apps) to reflect the need to build executables and
libraries differently.

ncbi-blast+: Wrap and sort build dependencies to ease maintenance thereof.

debian/patches/fix_gcc47_errors: fix various GCC 4.7 compilation
errors and warnings.  (Closes: #669679.)
* Explicitly qualify more dependent names originating in base templates.
* Directly #include headers as needed.
* Use modern syntax for making protected base members public.
* Add forward declarations as needed.

ncbi-blast+: Note Andreas's Vcs-* modernization in debian/changelog.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.26-3.

Fix Vcs fields globally in all remaining packages because I'm bored by warnings in logfiles when investigating machine readable files of not yet uploaded packages

fixed rpath issuer on patch, set back to unstable for upload

revert to UNRELEASE, need more fixes in patch

fix upstream bug for Hurd build

change my uploader address, change URL of copyright format

set back to unstable for upload after patches update

fix offset/fuzz errors in patch after upstream release update

revert to UNRELEASED, need to update patches for offset/fuzz errors

update for new upstream release

Added upstream contact

Patch description

Patch for more sensible output of a perl script; Depends python (as needed by a python script); DEP5 fixes

add patch info, reduce log size

fix typo

add comments regarding bug 642991 and add gene_info_reader to package

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-5 for upload to unstable.

Address ncbi-blast+'s continued failure to build on the Hurd
(accidentally broken by the fix for #633567):
* debian/patches/hurd_fixes: further patch configure(.ac) to reflect
  -Wl,rpath,... support.  (Closes: #629656.)
* debian/patches/fix_lib_deps: link makembindex and srsearch against
  libxconnect rather than libconnect for consistency with libblast,
  which uses the former for consistency with other projects.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.25-5.

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-4 for upload to unstable.

debian/control: Declare both binary packages as Multi-Arch: foreign.

debian/patches/no_multiarch_rpath: new; avoid redundant rpath entries
on multiarch systems (courtesy of overzealous logic to ensure
executables will be able to find libstdc++.)

debian/rules: tweak LDFLAGS, supplying -Wl,--as-needed across the
board (as it is now safe to do so) and adding -Wl,--enable-new-dtags
to allow LD_LIBRARY_PATH to override the private rpath.

debian/patches/fix_lib_deps: new; ensure that all libraries link against
all direct dependencies.  (Break the dependency loop between libxblast
and libxalgoblastdbindex by having the former provide only the C++ BLAST
API, leaving the C core only in libblast.)  (Closes: #633567.)

d/control: B-D += libc0.3-dev (>= 2.13-9~) [hurd-i386] to avoid #630180;
in conjunction with the hurd_fixes patch, finally closes #629656.

Enhances t-coffee

I'm backporting this to Ubuntu LTS.  Explicitly specifying newer version of autotools-dev
allows me to build this using the PPA system.

Fix one more PATH_MAX assumption, in src/connect/ext/ncbi_localnet.c.

debian/patches/hurd_fixes: new; fix hurd-specific issues.
(Closes: #629656, this time for sure. ;-)

debian/patches/support_other_cpus: belatedly add a descriptive header.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.25-4, as Hurd builds still fail (#629656).

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-3 for upload to unstable, hopefully
closing #629656 for real.

debian/rules: Force CONFIG_SHELL=/bin/bash to avoid lossage that can occur
with zsh4 masquerading as ksh, which configure otherwise favors (due to
complaints from users with broken BASH_ENV scripts that change directories).

debian/rules: Export MAKE to override an internal upstream build
script that otherwise incorrectly defaults to gmake on non-Linux
architectures. (Really closes: #629656, with any luck.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.25-3, to address remaining build
failures (on non-Linux architectures) per #629656.

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-2 for upload to unstable, closing #629656.

Correct backwards test in previous revision, which accidentally kept
-O2 *only* on mips(el).