Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

update

REMOVE-BEFORE and GETTIMESTAMP proxying

For clusters, the timestamps have to be translated, since each node can
have its own idea about what time it is. To translate a timestamp, the
proxy remembers what time it asked the node for a timestamp in
GETTIMESTAMP, and applies the delta as an offset in REMOVE-BEFORE.

This does mean that a remove from a cluster has to call GETTIMESTAMP on
every node before dropping from nodes. Not very efficient. Although
currently it tries to drop from every single node anyway, which is also
not very efficient.

I thought about caching the GETTIMESTAMP from the nodes on the first
call. That would improve efficiency. But, since monotonic clocks on
!Linux don't advance when the computer is suspended, consider what might
happen if one node was suspended for a while, then came back. Its
monotonic timestamp would end up behind where the proxying expects it to
be. Would that result in removing when it shouldn't, or refusing to
remove when it should? Have not thought it through. Either way, a
cluster behaving strangly for an extended period of time because one
of its nodes was briefly asleep doesn't seem like good behavior.

use REMOVE-BEFORE in P2P protocol

Only clusters still need to be fixed to close this todo.

toward SafeDropProof expiry checking

Added Maybe POSIXTime to SafeDropProof, which gets set when the proof is
based on a LockedCopy. If there are several LockedCopies, it uses the
closest expiry time. That is not optimal, it may be that the proof
expires based on one LockedCopy but another one has not expired. But
that seems unlikely to really happen, and anyway the user can just
re-run a drop if it fails due to expiry.

Pass the SafeDropProof to removeKey, which is responsible for checking
it for expiry in situations where that could be a problem. Which really
only means in Remote.Git.

Made Remote.Git check expiry when dropping from a local remote.

Checking expiry when dropping from a P2P remote is not yet implemented.
P2P.Protocol.remove has SafeDropProof plumbed through to it for that
purpose.

Fixing the remaining 2 build warnings should complete this work.

Note that the use of a POSIXTime here means that if the clock gets set
forward while git-annex is in the middle of a drop, it may say that
dropping took too long. That seems ok. Less ok is that if the clock gets
turned back a sufficient amount (eg 5 minutes), proof expiry won't be
noticed. It might be better to use the Monotonic clock, but that doesn't
advance when a laptop is suspended, and while there is the linux
Boottime clock, that is not available on other systems. Perhaps a
combination of POSIXTime and the Monotonic clock could detect laptop
suspension and also detect clock being turned back?

There is a potential future flag day where
p2pDefaultLockContentRetentionDuration is not assumed, but is probed
using the P2P protocol, and peers that don't support it can no longer
produce a LockedCopy. Until that happens, when git-annex is
communicating with older peers there is a risk of data loss when
a ssh connection closes during LOCKCONTENT.

Merge branch 'master' into p2p_locking

use Boottime clock on linux

Better to advance while suspended, that way a stale content retention
lock will expire while suspended.

The fallback the Monotonic to support older kernels assumes that there
are not systems where Boottime sometimes succeeds and sometimes fails.
If that ever happened, the clock would probably not monotonically
advance as it read from different clocks on different calls! I don't see
any indication in clock_gettime(2) errono list that it can fail
intermittently so probably this is ok.

factor out Utility.MonotonicClock

status

REMOVE-BEFORE and GETTIMESTAMP

Only implemented server side, not used client side yet.

And not yet implemented for proxies/clusters, for which there's a build
warning about unhandled cases.

This is P2P protocol version 3. Probably will be the only change in that
version..

Added a dependency on clock to access a monotonic clock.
On i386-ancient, that is at version 0.2.0.0.

Added a comment

Merge branch 'master' into p2p_locking

update

status

add content retention files

This allows lockContentShared to lock content for eg, 10 minutes and
if the process then gets terminated before it can unlock, the content
will remain locked for that amount of time.

The Windows implementation is not yet tested.

In P2P.Annex, a duration of 10 minutes is used. This way, when p2pstdio
or remotedaemon is serving the P2P protocol, and is asked to
LOCKCONTENT, and that process gets killed, the content will not be
subject to deletion. This is not a perfect solution to
doc/todo/P2P_locking_connection_drop_safety.mdwn yet, but it gets most
of the way there, without needing any P2P protocol changes.

This is only done in v10 and higher repositories (or on Windows). It
might be possible to backport it to v8 or earlier, but it would
complicate locking even further, and without a separate lock file, might
be hard. I think that by the time this fix reaches a given user, they
will probably have been running git-annex 10.x long enough that their v8
repositories will have upgraded to v10 after the 1 year wait. And it's
not as if git-annex hasn't already been subject to this problem (though
I have not heard of any data loss caused by it) for 6 years already, so
waiting another fraction of a year on top of however long it takes this
fix to reach users is unlikely to be a problem.

todo

Merge branch 'assistantpointerrace'

update

update

drafting P2P protocol over http

add news item for git-annex 10.20240701

fix build on old ghc

getStdRandom used to be an IO action

assistant: Fix a race condition that could cause a pointer file to get ingested into the annex

This was caused by commit fb8ab2469d389e5b1e554831eeb8b7c7a072d5d7 putting
an isPointerFile check in the wrong place. So if the file was not a pointer
file at that point, but got replaced by one before the file got locked
down, the pointer file would be ingested into the annex.

The fix is simply to move the isPointerFile check to after safeToAdd locks
down the file. Now if the file changes to a pointer file after the
isPointerFile check, ingestion will see that it changed after lockdown,
and will refuse to add it to the annex.

Sponsored-by: the NIH-funded NICEMAN (ReproNim TR&D3) project

reproduced bug

prep release

reorder

update

toc

document proxying to special remotes

update

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

update

Merge branch 'master' into proxy-specialremotes

fix display when proxied GET yields ERROR

The error message is not displayed to the use, but this mirrors the
behavior when a regular get from a special remote fails. At least now
there is not a protocol error.

avoid populating proxy's object file when storing on special remote

Now that storeKey can have a different object file passed to it, this
complication is not needed. This avoids a lot of strange situations,
and will also be needed if streaming is eventually supported.

add optional object file location to storeKey

This will be used by the next commit to simplify the proxy.

dup stdio handles for P2P proxy

Special remotes might output to stdout, or read from stdin, which would
mess up the P2P protocol. So dup the handles to avoid any such problem.

initial report on file jumping from locked to unlocked

Tab completion of many commands like info and trust now includes remotes

Especially useful with proxied remotes and clusters, where the user may not
be entirely familiar with the name and can learn by tab completion.

original report on change in behavior with addurl --batch

wording

Merge branch 'master' into proxy-specialremotes

list proxied remotes and cluster gateways in git-annex info

Wanted to also list a cluster's nodes when showing info for the cluster,
but that's hard because it needs getting the name of the proxying
remote, which is some prefix of the cluster's name, but if the names
contain dashes there's no good way to know which prefix it is.

todo

PUT to proxied special remote working

Still needs some work.

The reason that the waitv is necessary is because without it,
runNet loops back around and reads the next protocol message. But it's
not finished reading the whole bytestring yet, and so it reads some part
of it.

GET from proxied special remote

Working, but lots of room for improvement...

Without streaming, so there is a delay before download begins as the
file is retreived from the special remote.

And when resuming it retrieves the whole file from the special remote
*again*.

Also, if the special remote throws an exception, currently it
shows as "protocol error".

fix handling of ERROR in response to REMOVE

This allows an error message from a proxied special remote to be
displayed to the client.

In the case where removal from several nodes of a cluster fails,
there can be several errors. What to do? I decided to only show
the first error to the user. Probably in this case the user is not in a
position to do anything about an error message, so best keep it simple.
If the problem with the first node is fixed, they'll see the error from
the next node.

fix handling of ERROR in response to CHECKPRESENT

That error is now rethrown on the client, so it will be displayed.

For example:

$ git-annex fsck x --fast --from AMS-dir
fsck x (special remote reports: directory /home/joey/tmp/bench2/dir is not accessible) failed

No protocol version check is needed. Because in order to talk to a
proxied special remote, the client has to be running the upcoming
git-annex release. Which has this fix in it.

proxying special remotes

This is early, but already working for CHECKPRESENT.

However, when the special remote throws an exception on checkPresent,
this happens:

[2024-06-28 13:22:18.520884287] (P2P.IO) [ThreadId 4] P2P > ERROR directory /home/joey/tmp/bench2/dir is not accessible
[2024-06-28 13:22:18.521053135] (P2P.IO) [ThreadId 4] P2P < ERROR expected SUCCESS or FAILURE
git-annex: client error: expected SUCCESS or FAILURE
(fixing location log) p2pstdio: 1 failed

  ** Based on the location log, x
  ** was expected to be present, but its content is missing.
failed

shut down RemoteSides cleanly

Before it just exited without actually shutting down the RemoteSides,
when the client hung up.

support a P2PConnection that uses TMVars rather than Handles

This will allow having an internal thread speaking P2P protocol,
which will be needed to support proxying to external special remotes.

No serialization is done on the internal P2P protocol of course.

When a ByteString is being exchanged, it may or may not be exactly
the length indicated by DATA. While that has to be carefully managed
for the serialized P2P protocol, here it would require buffering the
whole lazy bytestring in memory to check its length when sending,
so it's better to do length checks on the receiving side.

remove mention of XMPP which is no longer used

layout

layout

improve

merged the proxy branch into master!

Merge branch 'proxy'

Merge branch 'master' of ssh://git-annex.branchable.com

move clusters page to tips

also add a section on the front page highlighting major new features

make extendcluster also updatecluster

This avoids the user forgetting to do it and simplifies the
documentation.

update

give proxied cluster nodes a higher cost than the cluster gateway

This makes eg git-annex get default to using the cluster rather than an
arbitrary node, which is better UI.

The actual cost of accessing a proxied node vs using the cluster is
basically the same. But using the cluster allows smarter load-balancing
to be done on the cluster.

GET and CHECKPRESENT amoung lowest cost cluster nodes

Before it was using a node that might have had a higher cost.

Also threw in a random selection from amoung the low cost nodes. Of
course this is a poor excuse for load balancing, but it's better than
nothing. Most of the time...

update

remove a TODO marker

I have a todo item for this outside the code

remove viconfig item

it works when run on a client that has the cluster gateway as a remote,
just not when on the cluster gateway

document various multi-gateway cluster considerations

Perhaps this will avoid me needing to eg, implement spanning tree
protocol. ;-)

updates

update for clusters

Merge branch 'master' into proxy

remove unused import

avoid unfiltered debugging from git-annex-shell

When --debugfilter or annex.debugfilter is set, avoid propigating debug
output from git-annex-shell, since it cannot be filtered.

It would be possible to pass --debugfilter on to git-annex-shell,
but it only started accepting that option in 2022. So it would break
interop with older versions.

distributed cluster cycle prevention

Added BYPASS to P2P protocol, and use it to avoid cycling between
cluster gateways.

Distributed clusters are working well now!

avoid loop between cluster gateways

The VIA extension is still needed to avoid some extra work and ugly
messages, but this is enough that it actually works.

This filters out the RemoteSides that are a proxied connection via a
remote gateway to the cluster.

The VIA extension will not filter those out, but will send VIA to them
on connect, which will cause the ones that are accessed via the listed
gateways to be filtered out.

support multi-gateway clusters

VIA extension still needed otherwise a copy to a cluster can loop
forever.

update for multi-gateway clusters

fix cycle prevention code

git-annex-shell: proxy nodes located beyond remote cluster gateways

Walking a tightrope between security and convenience here, because
git-annex-shell needs to only proxy for things when there has been
an explicit, local action to configure them.

In this case, the user has to have run `git-annex extendcluster`,
which now sets annex-cluster-gateway on the remote.

Note that any repositories that the gateway is recorded to
proxy for will be proxied onward. This is not limited to cluster nodes,
because checking the node log would not add any security; someone could
add any uuid to it. The gateway of course then does its own
checking to determine if it will allow proxying for the remote.

set up proxies for cluster nodes that are themselves proxied via a remote

When there are multiple gateways to a cluster, this sets up proxying
for nodes that are accessed via a remote gateway.

Eg, when running in nyc and amsterdam is the remote gateway,
and it has node1 and node2, this sets up proxying for
amsterdam-node1 and amsterdam-node2. A client that has nyc as a remote
will see proxied remotes nyc-amsterdam-node1 and nyc-amsterdam-node2.

updatecluster: support multiple gateways

Just look at the existing proxied remotes that correspond to already
existing nodes of the cluster, and keep those nodes in the cluster.
While adding any remotes of the local repo that are configured as
cluster nodes. This allows removing cluster nodes from the local repo
and updating, without it also removing nodes provided by other gateways.

added git-annex extendcluster

This works, but updatecluster does not work yet in multi-gateway
clusters, nor do gateways relay to other gateways.

Added a comment

Do checkpresentkey with --debug set

todo

improve docs

update

design for distributed clusters

thoughts on cycles

Rejected the idea of automatically instantiating remotes for proxies-of-proxies.
That needs cycle protection, while the current behavior, which happened
for free, is that running git-annex updateproxy on the proxy can be used
to configure it, but only for topologies that actually exist.

support annex.jobs for clusters

improve handling of cluster nodes disconnecting

gave up on upload fanout to cluster's proxy

The problem with that idea is that the cluster's proxy is necessarily a
remote, and necessarily one that we'll want to sync with, since the git
repository is stored there. So when its preferred content wants a file,
and the cluster does too, the file will get uploaded to it as well as to
the cluster. With fanout, the upload to the cluster will populate the
proxy as well, avoiding a second upload. But only if the file is sent to
the cluster first. If it's sent to the proxy first, there will be two
uploads.

Another, lesser problem is that a repository can proxy for more than one
cluster. So when does it make sense to drop content from the repository?
It could be done when dropping from one cluster, but what of the other
one?

This complication was not necessary anyway. Instead, if it's desirable
to have some content accessed from close to the proxy, one of the
cluster nodes can just be put on the same filesystem as it. That will be
just as fast as storing the content on the proxy.

honor preferred content settings of cluster nodes

Except when no nodes want a file, it has to be stored somewhere, so
store it on all. Which is not really desirable, but neither is having to
pick one.

ProtoAssociatedFile deserialization is rather broken, and this could
possibly affect preferred content expressions that match on filenames.

The inability to roundtrip whitespace like tabs and newlines through is
not a problem because preferred content expressions can't be written
that match on whitespace such as a tab. For example:

joey@darkstar:~/tmp/bench/z>git-annex wanted  origin-node2 'exclude=*CTRL-VTab*'
wanted origin-node2
git-annex: Parse error: Parse failure: near "*"

But, the filtering of control characters could perhaps be a problem. I think
that filtering is now obsolete, git-annex has comprehensive filtering of
control characters when displaying filenames, that happens at a higher level.
However, I don't want to risk a security hole so am leaving in that filtering
in ProtoAssociatedFile deserialization for now.

PUT to cluster send to all nodes rather than none

If the location log says all nodes contain content, pass in all nodes,
rather than none.

The location log can be wrong. While it's good to avoid unncessessary
connections to nodes that already contain a key, it would be bad to
refuse to accept an upload at all when the location log is wrong.

Also, passing in no nodes leaves the proxy in an untenable state. It
can't proxy to no nodes. So it closes the connection. Passing in all
nodes means it has to do the work to connect to all of them, and see
that they say they already have the content, and then it can tell the
client that.

don't sync with cluster nodes by default

Avoid `git-annex sync --content` etc from operating on cluster nodes by default
since syncing with a cluster implicitly syncs with its nodes. This avoids a
lot of unncessary work when a cluster has a lot of nodes just in checking
if each node's preferred content is satisfied. And it avoids content
being sent to nodes individually, so instead syncing with clusters always
fanout uploads to nodes.

The downside is that there are situations where a cluster's preferred content
settings can be met, but those of its nodes are not. Or where a node does not
contain a key, but the cluster does, and there are not enough copies of the key
yet, so it would be desirable the send it there. I think that's an acceptable
tradeoff. These kind of situations are ones where the cluster itself should
probably be responsible for copying content to the node. Which it can do much
less expensively than a client can. Part of the balanced preferred content
design that I will be working on in a couple of months involves rebalancing
clusters, so I expect to revisit this.

The use of annex-sync config does allow running git-annex sync with a specific
node, or nodes, and it will sync with it. And it's also possible to set
annex-sync git configs to make it sync with a node by default. (Although that
will require setting up an explicit git remote for the node rather than relying
on the proxied remote.)

Logs.Cluster.Basic is needed because Remote.Git cannot import Logs.Cluster
due to a cycle. And the Annex.Startup load of clusters happens
too late for Remote.Git to use that. This does mean one redundant load
of the cluster log, though only when there is a proxy.

add annex-proxied

This makes git-annex sync and similar not treat proxied remotes as git
syncable remotes.

Also, display in git-annex info remote when the remote is proxied.

fix git-annex sync --content with proxied remotes

Loading the remote list a second time was removing all proxied remotes.
That happened because setting up the proxied remote added some config
fields to the in-memory git config, and on the second load, it saw those
configs and decided not to overwrite them with the proxy.

Now on the second load, that still happens. But now, the proxied
git configs are used to generate a remote same as if those configs were
all set. The reason that didn't happen before was twofold,
the gitremotes cache was not dropped, and the remote's url field was not
set correctly.

The problem with the remote's url field is that while it was marked as
proxy inherited, all other proxy inherited fields are annex- configs.
And the code to inherit didn't work for the url field.

Now it all works, but git-annex sync is left running git push/pull on
the proxied remote, which doesn't work. That still needs to be fixed.