ncbi-blast+.git
11 months ago[PATCH] Accommodate Mbed TLS 3.x (specifically, 3.6.0 LTS).
ucko [Tue, 23 Apr 2024 19:21:48 +0000 (19:21 +0000)]
[PATCH] Accommodate Mbed TLS 3.x (specifically, 3.6.0 LTS).

- Conditionally pass mbedtls_pk_parse_key the existing pRNG and its state.
- Call psa_crypto_init during setup, as PSA may be in play even when not
  explicitly enabled.  Documentation suggests calling it as early as
  possible; in practice, though, holding off until after pRNG
  initialization avoids "insufficient entropy" errors under 2.x (at least
  2.28.8 LTS on Linux) and still works fine as of 3.6.0.
- At least for now, ensure that MBEDTLS_SSL_VERIFY_NONE remains effective
  by additionally capping the TLS version at 1.2; as of 1.3, certificate
  checking has become mandatory, and Mbed TLS respects that requirement.
- Additional tuneups to ncbi_mbedtls.c-only code:
-- Account for error-code macro repertoire changes by conditionalizing
   major-version-specific macros on their availability and specifically
   checking for or emitting MBEDTLS_ERR_PLATFORM_FEATURE_UNSUPPORTED (new)
   as appropriate,
-- x_ErrorToStatus: Conditionally use MBEDTLS_PRIVATE for p_bio, which has
   no accessor.
-- x_MbedTlsWrite: Substitute mbedtls_ssl_get_max_out_record_payload for
   mbedtls_ssl_get_output_max_frag_len, which didn't account for other
   relevant considerations and is now fully private.

https://github.com/Mbed-TLS/mbedtls/blob/development/docs/3.0-migration-guide.md
supplied useful guidance.  JIRA: CXX-13565.

git-svn-id: https://anonsvn.ncbi.nlm.nih.gov/repos/v1/trunk/c++@102329 78c7ea69-d796-4a43-9a09-de51944f1b03

Gbp-Pq: Name support_mbedtls3

11 months agoOmit convenience mbed TLS copy
Aaron M. Ucko [Thu, 2 Dec 2021 04:33:11 +0000 (23:33 -0500)]
Omit convenience mbed TLS copy

Gbp-Pq: Name system_mbedtls_only

11 months agoncbi-blast+ (2.16.0+ds-6+rpi1) trixie-staging; urgency=medium
Peter Michael Green [Sun, 12 Jan 2025 14:25:01 +0000 (14:25 +0000)]
ncbi-blast+ (2.16.0+ds-6+rpi1) trixie-staging; urgency=medium

  * Link with libatomic on armhf too.

[dgit import unpatched ncbi-blast+ 2.16.0+ds-6+rpi1]

11 months agoImport ncbi-blast+_2.16.0+ds-6+rpi1.debian.tar.xz
Peter Michael Green [Sun, 12 Jan 2025 14:25:01 +0000 (14:25 +0000)]
Import ncbi-blast+_2.16.0+ds-6+rpi1.debian.tar.xz

[dgit import tarball ncbi-blast+ 2.16.0+ds-6+rpi1 ncbi-blast+_2.16.0+ds-6+rpi1.debian.tar.xz]

16 months agoImport ncbi-blast+_2.16.0+ds.orig.tar.xz
Aaron M. Ucko [Fri, 26 Jul 2024 00:07:36 +0000 (20:07 -0400)]
Import ncbi-blast+_2.16.0+ds.orig.tar.xz

[dgit import orig ncbi-blast+_2.16.0+ds.orig.tar.xz]