debian/copyright: Overhaul with much help from licenserecon (lrc).

Standards-Version: 4.7.2 (routine-update)

Build against VDB where available (amd64/arm64/x32) (#1100037).

* debian/control: Build-depend on libncbi-vdb-dev where available.
* debian/rules: Build against (packaged!) VDB where available, using
  logic cribbed from ncbi-igblast.

+ debian/patches/fix_bm_for_gcc15 (#1097434).

Cherry-pick a BitMagic fix needed for modern compilers, adjusting the
path appropriately.

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-6 for unstable.

debian/rules: Try disabling optimization altogether on sh4.

Reinstate big-endian builds, with default blastdb_version 4.

* debian/control: Reinstate big-endian builds, which can be salvaged
  adequately well.
* debian/patches/big_endian_workaround (new): On big-endian
  architectures, roll makeblastdb's and makeprofiledb's default
  blastdb_version back to 4 pending a proper fix.  Some things,
  including in particular q2-feature-classifier, will still explicitly
  request version 5, but everything else should be OK.  (See #1077777.)

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds-6 (yet more arch tuneups).

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-5 for unstable.

Extend -O1 cap to sh4, which still encountered VM exhaustion.

debian/rules: Try building with -fsection-anchors on alpha

... in hopes of satisfying the GOT size limit there too.

d/control: Forbid builds for big-endian archs, at least for now.

They nominally succeed, but two dependent autopkgtests (for cct and
kleborate) have started failing on s390x, and there's no evidence that
other BE architectures fare any better.  (See #1077777.)

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds5 (more arch tuneups).

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-4 for unstable.

Disable parallel building on sh4

... in hopes of avoiding buildd virtual memory exhaustion.

Compile with -ffunction-sections on hppa and -mxgot on mips*

... (mips64el in practice) due to having outgrown default settings.

debian/rules: Move architecture.mk inclusion to the very top

... for the sake of hypothetical builds bypassing dpkg-buildpackage.

Start ncbi-blast+ 2.16.0+ds-4 for more arch-specific tuneups.

ncbi-blast+ 2.16.0+ds-3: d/rules typo fix (missing parenthesis).

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 for unstable.

debian/patches/hurd_fixes: Extend to ncbi_localip.c.

It otherwise accommodates PATH_MAX's absence only under Windows.

debian/rules: Link with -latomic on most 32-bit architectures

... excepting only x86 and armhf, which succeed as is.

Start work on ncbi-blast+ 2.16.0+ds-2 to fix FTBFS on some archs.

Finalize ncbi-blast+ 2.16.0+ds-1 for unstable.

Update patches again for 2.16.0(+ds).

routine-update: Standards-Version: 4.7.0

Merge tag 'upstream/2.16.0+ds'

Upstream version 2.16.0(+ds).

New upstream version 2.16.0+ds

Stop relying on 2to3 at build time.

* debian/control: Stop building against 2to3, which may not be around
  much longer.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Drop build-time 2to3 invocation in favor of
  debian/patches/2to3.

debian/source/lintian-overrides: No more rapidjson10 (just ...11).

debian/rules: Extend generated-sources cleanup to objtools/eutils.

Not entirely straightforward due to input format variation.

debian/patches/series: Comment out reprobuild (overkill).

I'm all for reproducibility, but the package already automatically
builds with flags that make __FILE__ relative, and many of its uses
are in header-defined macros that intend to pick up their callers'
paths.

debian/rules: Add --without-strip, disable reproducible=timeless.

Tune flags: Add --without-strip to make --with-symbols effective;
switch off warnings from __DATE__/__TIME__ usage, since
dpkg-buildpackage's SOURCE_DATE_EPOCH injection should suffice.

Refresh patches after prepending allow_pcre2 and support_mbedtls3.

Make it possible to build against PCRE2, and do so (#891197).

* debian/control: Build against libpcre2-dev.
* debian/patches/allow_pcre2 (new): Allow use of PCRE2.
* debian/rules: Build against PCRE2.

Regenerate configure and config.h.in with Autoconf 2.69.

To that end, add a B-D on autoconf2.69.

d/p/support_mbedtls3 (new): Support Mbed TLS 3.x (#1075867).

Don't specifically require it, though.

Move debian/patches/system_mbedtls_only up and extend it.

* debian/patches/series: Move system_mbedtls_only up in conjunction
  with incorporating part of an upstream patch needed by
  support_mbedtls3.
* debian/patches/system_mbedtls: Extend to cover ncbi_mbedtls.c (as in
  https://github.com/ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public/commit/f9c7297dd1)
  and Makefile.xxconnect2.lib.

BDA on libnghttp2-dev, libsqlite3-dev, and libuv1-dev, newly needed.

d/patches: Update for new release (2.15.0[+ds]), mostly formally.

Merge tag 'upstream/2.15.0+ds' (#1074316).

Upstream version 2.15.0(+ds) should be (more than) new enough for
recent q2-feature-classifier, which merely needs at least 2.13.

New upstream version 2.15.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-4 for unstable.

Avoid explicitly specifying -Wl,--as-needed linker flag.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: debian-rules-uses-as-needed-linker-flag
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-rules-uses-as-needed-linker-flag.html

Refer to common license file for Apache-2.0.

Changes-By: lintian-brush
Fixes: lintian: copyright-does-not-refer-to-common-license-file
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-does-not-refer-to-common-license-file.html
Fixes: lintian: copyright-not-using-common-license-for-apache2
See-also: https://lintian.debian.org/tags/copyright-not-using-common-license-for-apache2.html

routine-update: Remove trailing whitespace in debian/changelog

routine-update: Standards-Version: 4.6.2

debian/source/lintian-overrides: Accommodate bracketed paths.

debian/control: Drop build dependency on libpcre3-dev (#891197).

PCRE2 support isn't ready yet, but there's a convenience copy of
classic PCRE that will suffice for now.  (Partly addresses #891197.)

Start work on ncbi-blast2+ 2.12.0+ds-4 to downgrade #891197.

change optout to optin strategy for usage reports sent over internet Closes #1005279

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2 for unstable.

d/p/system_mbedtls_only: Patch out use of local mbed TLS headers

... which formally rename all symbols.

Clean up spurious release-status comment from 2.12.0+ds-1.

Start work on ncbi-blast+ 2.12.0+ds-2.

Finalize ncbi-blast+ 2.12.0+ds-1 for unstable.

Simplify c++/src/html/ncbi_menu*.js overrides per current Lintian.

debian/watch: Correct filenamemangle.

Wrong syntax for multiple rules, and leading components left unstripped.

Suppress the mbed TLS version check too (#1000358).

Rename debian/patches/suppress_gnutls_version_check to
suppress_tls_version_checks accordingly.

routine-update: watch file standard 4

routine-update: Standards-Version: 4.6.0

debian/patches: Update for new upstream release (2.12.0[+ds]).

* fix_lib_deps, fix_unit_tests, spelling: Formally refresh to eliminate
  fuzz.
* fix_x86isms: Retire (fully incorporated upstream.)
* run_perl_directly: Formally update to reflect current $Id$ comment.
* support_x32: Forward-port.
* tune_lmdb_defaults: Keep just the MIPS tuneup; upstream's settings
  should now be fine elsewhere.

Merge tag 'upstream/2.12.0+ds'

Upstream version 2.12.0(+ds).

New upstream version 2.12.0+ds

Finalize ncbi-blast+ 2.11.0+ds-1 for unstable.

routine-update: debhelper-compat 13

routine-update: Standards-Version: 4.5.1

debian/patches: Update for new release (2.11.0+ds).

* bm-6.4.0: Retire (fully incorporated upstream).
* fix_lib_deps: Formally refresh to eliminate fuzz.
* run_perl_directly: Formally update to reflect current $Id$ comment.
* tune_lmdb_defaults: Port to new setup, conveniently macro-driven.

changelog: Note Steffen's post-2.10.1+ds-1 metadata format cleanup.

Merge tag 'upstream/2.11.0+ds'

Upstream version 2.11.0(+ds).

New upstream version 2.11.0+ds

Update metadata - fixed indenting.

Finalize ncbi-blast+ 2.10.1+ds-1 for unstable.

debian/source/lintian-overrides: Extend ncbi_menu*.js overrides.

Override source-contains-prebuilt-javascript-object in addition to
source-is-missing.  (These files are editable despite long lines.)

debian/copyright: Correct typos for c++/src/html/ncbi_menu*.js.

* Replace duplicate .../ncbi_menu_dnd.js by .../ncbi_menu_dyn.js.
* Correct capitalization of Gary Smith's last name.
* Remove duplicate 1997-1999 for Netscape Communications Corp.

debian/{copyright,watch}: Update for repack without .../ptb_gui/bin.

* copyright: Set Files-Excluded accordingly.
* watch: Set dversionmangle and repacksuffix options accordingly.

Update upstream source from tag 'upstream/2.10.1+ds'

Update to upstream version '2.10.1+ds'.

Repack without c++/src/build-system/project_tree_builder_gui/bin.
Debian builds make no use of this (Java) GUI or supporting third-party
jars, and could do without prebuilt binaries even if they did use it.

New upstream version 2.10.1+ds

ncbi-blast+ 2.10.1-3: Fix makeblastdb V5 mode on mipsel.

debian/patches/tune_lmdb_defaults: Scale down slightly more on 32-bit
mips* (just mipsel in practice these days).  The sizes at this point
are 640 MiB there, 750 MB on other 32-bit platforms, and 20 GB on
64-bit platforms.

ncbi-blast+ 2.10.1-2: Update embedded copy of BitMagic to 6.4.0.

debian/patches/bm-6.4.0 (new): Update embedded copy of BitMagic to
version 6,4.0 (from 6.0.0), addressing new "inlining failed in call to
'always_inline'" errors on mips*el.  (The bmagic package currently has
version 6.3.0, slightly predating the necessary fix.)

Finalize ncbi-blast+ 2.10.1-1 for unstable.

Adjust default v5 map size even on 64-bit platforms (#969608).

debian/patches/tune_lmdb_defaults: Rename from tune_32bit_lmdb_defaults;
scale down somewhat even on 64-bit platforms to account for potential
use of qemu.

debian/patches/fix_x86isms: New.

Conditionally stub out CCpuFeatures::InstructionSet::InstructionSet,
which compiles only on x86.

debian/patches: Update existing patches for 2.10.1.

* {hurd_fixes,run_perl_directly}: Rebase.
* support_gcc10: Drop build-system portions, incorporated upstream as
  of this release.

Merge tag 'upstream/2.10.1' into master (#970344).

Upstream version 2.10.1.  Among other changes, "fix tblastn mt issue".

New upstream version 2.10.1

Revert "Merge branch 'blastdbv4' into 'master'"

Fixed on the C++ side in #969608.  This reverts commit
762364cedeed8cbf9ed6acc5d42e479ddcf72b48, reversing changes made to
e46881b79153db2f10891dbb81fef89844ba1ab8.

Merge branch 'blastdbv4' into 'master'

run-unit-test: Pass -blastdb_version 4 to fix tests on 32 bit

See merge request med-team/ncbi-blastplus!1

ncbi-blast+ 2.10.0-3: Tweak debian/patches/tune_32bit_lmdb_defaults.

* For 64-bit platforms, use an explicit UL suffix on one factor to avoid
  overflow.
* For 32-bit platforms, avoid tying up quite so much address space, since
  opening a pair of databases is a distinct possibility.
* Generally parenthesize expressions per best macro practice.

Finalize ncbi-blast+ 2.10.0-2 for unstable, urgency high per #969608.

tune_32bit_lmdb_defaults (new): Conditionalize dflt map sz (#969608).

Patch to avoid allocation failures on 32-bit platforms.

d/p/support_gcc10: Additionally avoid narrowing errors on e.g. i386.

Tweak ncbifile.cpp to avoid narrowing errors on some platforms.

Start work on ncbi-blast+ 2.10.0-2, primarily for #969608.

run-unit-test: Pass -blastdb_version 4 to fix tests on 32 bit

Finalize ncbi-blast+ 2.10.0-1 for unstable.

Wrap long lines in changelog entries: 2.2.25-6.

Fixes: lintian: debian-changelog-line-too-long
See-also: https://lintian.debian.org/tags/debian-changelog-line-too-long.html

routine-update: Add salsa-ci file

debian/rules: Half clean up -Wl,-as-needed.

Stop directly injecting -Wl,--as-needed into LDFLAGS, but keep
DEB_LDFLAGS_MAINT_APPEND for the sake of backports, along with a
comment that they can't rely on GCC 9+.

+ d/patches/run_perl_directly for update_blastdb(.pl)'s #! line.

override_dh_install-arch: No .py for new cleanup-blastdb-volumes.