add missing dep on submit

Add patch to fix way to find configure script for Debian build

update patches for new upstream release 2.2.29

Finalize ncbi-blast+ 2.2.28-2 for upload to unstable.

Standards-Version: 3.9.4.  (Already compliant.)

* debian/patches/use_pie_for_apps: Explicitly build all executables with
  -fPIE -pie, to avoid giving project_tree_builder a partial PIE
  treatment that now fails on mips and mipsel.  (Closes: #710807.)
* debian/rules: Retire redundant APP_LDFLAGS override.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.28-2, to fix mips* FTBFS (#710807).

add info on fortify lintian warnings

add missing dep

add headers to patches, prepare for upload

remove deprecated parameter

new upstream 2.2.28, include updates from T. Booth from Ubuntu to compile this release

add patch to series

fix tab issue

release to fix conflict with blast2

add info for sparc buildd errors

rename seedtop to seedtop+ to fix #688684

add patch for arm/mips FTBS

remove fuzzy patch data

set new upstream release 2.2.27

update patches for new release

fix clean target

remove fixed bug patches

Finalize ncbi-blast+ 2.2.26-3 for upload to unstable.

ncbi-blast+: Use upstream's new --with-symbols flag in nostrip builds.

ncbi-blast+: Enable full hardening flags, introducing a small patch
(use_pie_for_apps) to reflect the need to build executables and
libraries differently.

ncbi-blast+: Wrap and sort build dependencies to ease maintenance thereof.

debian/patches/fix_gcc47_errors: fix various GCC 4.7 compilation
errors and warnings.  (Closes: #669679.)
* Explicitly qualify more dependent names originating in base templates.
* Directly #include headers as needed.
* Use modern syntax for making protected base members public.
* Add forward declarations as needed.

ncbi-blast+: Note Andreas's Vcs-* modernization in debian/changelog.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.26-3.

Fix Vcs fields globally in all remaining packages because I'm bored by warnings in logfiles when investigating machine readable files of not yet uploaded packages

fixed rpath issuer on patch, set back to unstable for upload

revert to UNRELEASE, need more fixes in patch

fix upstream bug for Hurd build

change my uploader address, change URL of copyright format

set back to unstable for upload after patches update

fix offset/fuzz errors in patch after upstream release update

revert to UNRELEASED, need to update patches for offset/fuzz errors

update for new upstream release

Added upstream contact

Patch description

Patch for more sensible output of a perl script; Depends python (as needed by a python script); DEP5 fixes

add patch info, reduce log size

fix typo

add comments regarding bug 642991 and add gene_info_reader to package

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-5 for upload to unstable.

Address ncbi-blast+'s continued failure to build on the Hurd
(accidentally broken by the fix for #633567):
* debian/patches/hurd_fixes: further patch configure(.ac) to reflect
  -Wl,rpath,... support.  (Closes: #629656.)
* debian/patches/fix_lib_deps: link makembindex and srsearch against
  libxconnect rather than libconnect for consistency with libblast,
  which uses the former for consistency with other projects.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.25-5.

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-4 for upload to unstable.

debian/control: Declare both binary packages as Multi-Arch: foreign.

debian/patches/no_multiarch_rpath: new; avoid redundant rpath entries
on multiarch systems (courtesy of overzealous logic to ensure
executables will be able to find libstdc++.)

debian/rules: tweak LDFLAGS, supplying -Wl,--as-needed across the
board (as it is now safe to do so) and adding -Wl,--enable-new-dtags
to allow LD_LIBRARY_PATH to override the private rpath.

debian/patches/fix_lib_deps: new; ensure that all libraries link against
all direct dependencies.  (Break the dependency loop between libxblast
and libxalgoblastdbindex by having the former provide only the C++ BLAST
API, leaving the C core only in libblast.)  (Closes: #633567.)

d/control: B-D += libc0.3-dev (>= 2.13-9~) [hurd-i386] to avoid #630180;
in conjunction with the hurd_fixes patch, finally closes #629656.

Enhances t-coffee

I'm backporting this to Ubuntu LTS.  Explicitly specifying newer version of autotools-dev
allows me to build this using the PPA system.

Fix one more PATH_MAX assumption, in src/connect/ext/ncbi_localnet.c.

debian/patches/hurd_fixes: new; fix hurd-specific issues.
(Closes: #629656, this time for sure. ;-)

debian/patches/support_other_cpus: belatedly add a descriptive header.

Start work on ncbi-blast+ 2.2.25-4, as Hurd builds still fail (#629656).

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-3 for upload to unstable, hopefully
closing #629656 for real.

debian/rules: Force CONFIG_SHELL=/bin/bash to avoid lossage that can occur
with zsh4 masquerading as ksh, which configure otherwise favors (due to
complaints from users with broken BASH_ENV scripts that change directories).

debian/rules: Export MAKE to override an internal upstream build
script that otherwise incorrectly defaults to gmake on non-Linux
architectures. (Really closes: #629656, with any luck.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.25-3, to address remaining build
failures (on non-Linux architectures) per #629656.

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-2 for upload to unstable, closing #629656.

Correct backwards test in previous revision, which accidentally kept
-O2 *only* on mips(el).

debian/rules (DEB_CONFIGURE_EXTRA_FLAGS): Limit C++ optimization level to -O
(rather than the default -O2) on mips(el), on which g++ otherwise crashes. :-/
[Also for #629656, which should be safe to close now with any luck.]

debian/rules (DEB_CONFIGURE_EXTRA_FLAGS): add --without-caution to override
the upstream build system's reluctance to build shared libraries on the Hurd
or kFreeBSD, which it doesn't specifically recognize.  [Also for #629656.]

debian/patches/support_other_cpus (new; committed upstream too):
build correctly on architectures that wound up defining
NCBI_SLOW_ATOMIC_SWAP (spuriously in the case of powerpc,
whose detection the patch fixes as well).  [Also for #629656.]

debian/rules (override_dh_install): Correctly support building only
architecture-dependent packages.  (Partially addresses #629656.)

Start work on ncbi-blast+ 2.2.25-2, which will aim to address several
build issues (consolidated into #629656).

Finalize ncbi-blast+ 2.2.25-1 for upload, updating changelog timestamp.

Update Vcs-* fields per move to ncbi-blast+ and new Alioth setup.

rename ncbi-blast-plus ot ncbi-blast+ as per package name

override_dh_auto_configure: respect existing LD_LIBRARY_PATH settings,
notably from fakeroot, though best practice remains to use it more
selectively (e.g., debuild -rfakeroot).

Formal cosmetic cleanups.
* debian/control: Drop leading "The" from ncbi-blast+'s short
  description; use appropriate amounts of whitespace throughout.
* debian/patches: Rename lecagy_rename_rpsblast (sic) to legacy_* and
  fix_gcc46_include_error to fix_gcc46_errors; update series accordingly.
* debian/rules: retire long-winded $(SOURCEDIR) and simply pass -Dc++ to dh;
  drop boilerplate "Sample debian/rules" comment and an extra blank line.

Clean up copyright file.
* Remove the stanza for (c++/)scripts/projects/xmlwrapp/*, whose LICENSE
  file documents material absent from the ncbi-blast+ archive.
* Adjust other upstream-related stanzas' Files speifications to prefix
  c++/ and cover include in addition to src as appropriate.

Invoke dh --with autotools_dev to ensure use of fresh config.{guess,sub} files.

Retire postinst and postrm scripts, obsolete as of r6878.

Build with DLL_LDFLAGS=-Wl,--as-needed, addressing some dpkg-shlibdeps warnings.

Rework override_dh_clean to clean *all* files produced at build time.

Report any test suite errors in more detail but otherwise ignore them, as some
tests will likely fail in unnetworked environments (as on some autobuilders).

Replace the old fix_checks patch (unnecessary when build-depending on time)
with a new one (freshly integrated upstream) that allows correct test
autodiscovery when unpacked under .../src/... directories.

Clean up build and runtime dependencies.
* Don't explicitly depend on runtime libraries or related utilities.
* Replace libpcre++-dev by libpcre3-dev, which suffices.  (NCBI uses
  its own C++ wrapper.)
* Don't build-depend on chrpath or cpio per recent installation changes.
* Add a build dependency on time for the test suite.
* Depend on ${python:Depends} rather than hard-coding python.

Rework override_dh_install; adjust debian/legacy/legacy.sh accordingly.
* Don't bother with ${CURDIR}, which just adds noise.
* Leave extensions off /usr/bin scripts per Policy 10.4.
  (Update legacy.sh accordingly, and have it exec legacy_blast for efficiency.)
* Clean up tests, demos, and internal build tools, but don't worry about
  anything that we now arrange not to install in the first place.

Override dh_auto_build to focus on selected subtrees and their dependencies
(as made possible by running configure --with-flat-makefile).

Rework configure invocation:
+ --with-runpath=/usr/lib/ncbi-blast+ (where the libraries will end up)
+ --with-flat-makefile (making it easier to skip irrelevant projects)
+ --without-lzo (to avoid picking up an extra dependency in some environments)
+ --without-autodep and --without-makefile-auto-update for streamlining.
+ --with-build-root=BUILD for predictable paths
* --without-debug -> --with-optimization when DEB_BUILD_OPTIONS contains
  nostrip.  Doing so unconditionally would be cleaner, as that change also
  switches from -DNDEBUG to -D_DEBUG, but that detail isn't worth demanding
  extra build-time resources by default.
- --without-gbench, --without-internal, and --with-3psw=std:netopt (superfluous)
- --bindir=*, --libdir=*, --prefix=* (files now installed directly)
Supply LD_LIBRARY_PATH so that project_tree_builder can find the libraries it
needs and --with-flat-makefile is effective.

Override dh_auto_install in favor of explicitly installing files of interest
(executables and shared libraries); supply the requisite ncbi-blast+.dirs.

missing misc depends

move to use/share legacy files

add legacy package for blast cmd line compatibility

add quilt depends

rename packages to blast+, update copyright for zlib, use libbooost-test instead of all

Various changes explained in e-mail to list.

Remove need for tarball repackage
Work around conflict with blast2
Some other minor tweaks

pbuilder requires cpio

gcc4.6 does not accept anymore such mutable

headers update, apply patch from upstream for gcc 4.6

gcc46 error patch

fix for pbuilder gcc 4.6 error on prtdiff

boost required by configure