scipy (1.8.1-22) unstable; urgency=medium
authorDrew Parsons <dparsons@debian.org>
Wed, 25 Jan 2023 14:32:10 +0000 (14:32 +0000)
committerDrew Parsons <dparsons@debian.org>
Wed, 25 Jan 2023 14:32:10 +0000 (14:32 +0000)
  * Team upload.
  * skip test_atol[bicg] on s390x. Closes: #1029550.

[dgit import unpatched scipy 1.8.1-22]

40 files changed:
1  2 
debian/changelog
debian/control
debian/copyright
debian/patches/0008-Don-t-treat-warnings-as-errors-in-pytest.patch
debian/patches/0009-Remove-some-documentation-referencing-the-source.patch
debian/patches/0010-Allow-test_svds_parameter_k_which-to-fail-on-armel.patch
debian/patches/0011-BUG-fix-syevr-series-segfault-by-explicitly-specifyi.patch
debian/patches/0012-MAINT-Handle-numpy-s-deprecation-of-accepting-out-of.patch
debian/patches/0013-MAINT-casting-errstate-for-NumPy-1.24.patch
debian/patches/0014-MAINT-fix-up-_sputils.get_index_dtype-for-NEP-50-cas.patch
debian/patches/0015-TST-fix-test-issues-with-casting-related-warnings-wi.patch
debian/patches/0016-BUG-Fix-power-operator-behaviour-for-sparse-arrays-t.patch
debian/patches/0017-MAINT-fix-umfpack-test-failure-with-numpy-1.23.patch
debian/patches/0018-Drop-intersphinx.patch
debian/patches/0019-Ignore-sphinx-warnings.patch
debian/patches/0020-DOC-MAINT-remove-use-of-inspect.formatargspec-dusing.patch
debian/patches/Use-system-LBFGSB.patch
debian/patches/build_sh4_FE.patch
debian/patches/fix_numpy1.24_PR17035.patch
debian/patches/hppa-boost-long-double-config.patch
debian/patches/manage_tests.patch
debian/patches/pythran_type_PR16646.patch
debian/patches/qhull-lfs.patch
debian/patches/series
debian/patches/use_local_mathjax.patch
debian/python-scipy-doc.doc-base
debian/python-scipy-doc.docs
debian/python-scipy-doc.lintian-overrides
debian/python3-scipy.lintian-overrides
debian/rules
debian/source/format
debian/source/lintian-overrides
debian/tests/atlas
debian/tests/blis
debian/tests/control
debian/tests/openblas
debian/tests/python3
debian/tests/python3-smoke
debian/upstream/metadata
debian/watch

index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..46927ff231571f486faed327a48b969e3e429399
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1579 @@@
++scipy (1.8.1-22) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * skip test_atol[bicg] on s390x. Closes: #1029550.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 25 Jan 2023 15:32:10 +0100
++
++scipy (1.8.1-21) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * debian patch fix_numpy1.24_PR17035.patch applies upstream PR17035
++    to fix build with numpy 1.24. Closes: #1027244
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 19 Jan 2023 14:54:51 +0100
++
++scipy (1.8.1-20) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Fix sphinx build with Python 3.11
++
++ -- Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>  Tue, 03 Jan 2023 21:59:59 +0100
++
++scipy (1.8.1-19) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Add upstream patch to fix flapack (Closes: #1027460)
++  * Add upstream patch for numpy 1.24
++  * Use dh-sequence-*
++
++ -- Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>  Tue, 03 Jan 2023 11:32:39 +0100
++
++scipy (1.8.1-18) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Skip one more failing test on ppc64el
++
++ -- Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>  Mon, 26 Dec 2022 09:33:52 +0100
++
++scipy (1.8.1-17) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Ignore some test in autopkgtests
++
++ -- Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>  Sun, 25 Dec 2022 12:03:29 +0100
++
++scipy (1.8.1-16) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Ignore some failing unit tests on some archs
++
++ -- Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>  Fri, 23 Dec 2022 23:53:47 +0100
++
++scipy (1.8.1-15) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Fix FTBFS with new numpy (deprecated numpy.distutils)
++    (Closes: #1026210, #1026342, #1026516)
++  * Add workaround for FTBFS with new sphinx
++  * Ignore test failure on armel (Closes: #1025699)
++
++ -- Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>  Tue, 20 Dec 2022 19:47:35 +0100
++
++scipy (1.8.1-14) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * debian/tests: skip all test_complex* tests on i386 with blis
++  * once again drop pythran support on armhf.
++    Still causes many packages to fail tests even after revised
++    version of PR16646 (possibly due to memory exhaustion?)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 08 Sep 2022 16:01:54 +0200
++
++scipy (1.8.1-13) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * skip build-time tests
++    - armel: test_random_exact in linalg/tests/test_basic.py (segfaults)
++  * update debian patch pythran_type_PR16646.patch to latest PR16646
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 07 Sep 2022 09:53:04 +0200
++
++scipy (1.8.1-12) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * skip build-time tests
++    - armel: linalg/tests/test_decomp.py (started segfaulting)
++    - hppa: test_nodata test_cont_basic[500-200-semicircular-arg89]
++    - riscv64: test_vector test_iterative_refinements_dense (segfaults)
++  * skip more tests in debian/test
++    - i386 with blis: test_complex_dotc (segfaults)
++    - armhf with openblas: test_solver_selection
++    - ppc64el with atlas: sparse test_svd_v0, test_svd_random_state{_2}
++  * update debian patch pythran_type_PR16646.patch to latest PR16646
++    - reinstate TestMLS tests
++    - reinstate pythran on armhf to test if PR16646 now fixes problems
++    - Closes: #1017862
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 30 Aug 2022 20:12:18 +0200
++
++scipy (1.8.1-11) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * skip more tests in debian/tests
++    - arm64: test_atol[cgs] with blis
++    - armel: skip linalg test_aligned_mem in test_decomp.py
++    - armhf with openblas: some optimize tests in TestRRSVD, TestDogbox
++    - i386 with blis: test_complex_dotu
++    - ppc64el: test_svds_parameter_tol, test_bug_6139 (with atlas)
++    - s390x with atlas: test_bug_6139, test_solver_select
++    - riscv64: avoid failures and segfaults
++  * skip tests failing on powerpc in stats/tests/test_stats.py:
++    overflow encountered in _hypergeom_*. Skip test_hypergeom_cdf,
++    test_hypergeom_sf, test_nch_hypergeom, test_precision,
++    test_precise, test_less_greater
++  * debian/tests: restrict openblas tests to supported architectures
++    only (i.e. not armel)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 26 Aug 2022 00:29:59 +0200
++
++scipy (1.8.1-10) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * skip TestSmirnovp (test_kolmogorov) also on hurd-i386
++  * skip test_first_step and test_classes on mips64el
++    (integrate/_ivp/tests/test_ivp.py)
++    See https://github.com/scipy/scipy/issues/16883
++  * skip test_large_rank_deficient on armhf with blis. Segfaults in
++    test_lsq_linear.py::TestBVLS
++  * once again drop pythran support on armhf.
++    It does work successfully, but shifts numerical results enough to
++    break tests on a dozen packages (astropy, pandas, pyfai, skimage etc)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 24 Aug 2022 11:43:19 +0200
++
++scipy (1.8.1-9) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * drop asyncio_mode=auto from debian patch manage_tests.patch.
++    Only relevant when python3-pytest-asyncio is installed
++    (causes errors if not installed, but scipy doesn't need it)
++  * use runtests.py to manage build-time tests
++  * skip failing tests
++    - signal TestMLS fails due to broken pythran support on 32 bit
++      arches. See Bug#1017862.
++    - special test_kolmogorov.py (TestSmirnovp) segfaults on i386.
++      Closes: Bug#1017864.
++    - stats test_cont_basic[500-200-ncf-arg74] fails with
++      IntegrationWarning. See upstream Issue 14519
++  * update debian/watch (uscan) for latest github format
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 22 Aug 2022 17:24:17 +0200
++
++scipy (1.8.1-8) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * overhaul debian/tests to run debci tests using upstream's
++    runtests.py. Previous approach was overcomplicated and unable to
++    skip test_hermitian_modes for blis on i386. Keep specific skips for
++    BLAS tests but drop general tests previously skipped in order to
++    verify if they still need skipping.
++  * debian patch pythran_type_PR16646.patch applies upstream PR#16646
++    to properly define pythran types for 32 bit arches.
++    - reinstate pythran support on armhf
++  * fix determination of python3 versions in debian/rules
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 25 Jul 2022 00:20:58 +0200
++
++scipy (1.8.1-7) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * drop pythran completely from armhf. Still causes errors from built
++    components even if pythran is not installed at runtime.
++    cf. https://github.com/serge-sans-paille/pythran/issues/2002
++  * reorganise test skip list in debian/tests to ensure i386 properly
++    skips test_hermitian_modes
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 18 Jul 2022 13:36:40 +0200
++
++scipy (1.8.1-6) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * on armhf, demote python3-scipy Depends: pythran to Suggests.
++    Causes armhf debci test failure on dozens of dependent packages,
++    mainly with MemoryError. Only individual tests fail, probably
++    depends on the specific usage.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 30 Jun 2022 22:14:11 +0200
++
++scipy (1.8.1-5) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * debian/tests: skip more blas-specific tests
++    - armhf/openblas: test_large_rank_deficient and all TestTRF
++      (in optimize/tests/test_lsq_linear.py; times out or segfaults)
++    - armhf/openblas: test_disp in optimize/tests/test_linprog.py
++      (times out)
++    - armhf/atlas: test_aligned_mem in linalg/tests/test_decomp.py
++      (illegal value for DHSEQR parameter)
++    - fix i386 skip of test_hermitian_modes (_eigen not eigen)
++  * update debian patch manage_tests.patch
++    - alpha: special test_round.py skip all
++  * Depends: python3-pythran on all arches. Even arches without full
++    SIMD support should benefit from the dynamic C++ compilation.
++    cf. https://github.com/scipy/scipy/issues/13308#issuecomment-1168579164
++    Closes: #1013568.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 29 Jun 2022 01:17:22 +0200
++
++scipy (1.8.1-4) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * update debian patch manage_tests.patch
++    - add asyncio_mode=auto to pytest.ini. Required in order to launch
++      tests from toplevel source directory.
++    - hppa (parisc64): io/arff test_arffread.py
++      skip TestNoData
++    - hppa (parisc64): special test_round.py skip all
++    - hurd: platform.machine() is 'i686-AT386', so use
++      machine.startswith('i686') instead of machine=='i686'
++      to skip tests for both i386 (linux) and hurd-i386
++  * return an exit code from scipy.test() otherwise 0 is always
++    returned so test failure is not detected
++  * disable pythran support on i386 because of test errors
++    "TypeError: Invalid call to pythranized function"
++    cf. https://github.com/serge-sans-paille/pythran/issues/1025
++    Revisit once pythran 0.11.0 is packaged.
++  * debian/tests: skip test_hermitian_modes with BLIS on i386
++    (in sparse/linalg/eigen/arpack/arpack.py). Closes: Bug#1003880.
++  * in BLAS tests, only use first alternative for BLAS implementation
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 15 Jun 2022 18:35:03 +0200
++
++scipy (1.8.1-3) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * debian/tests specific blas tests Depend on -dev versions of blas
++    packages in order to not hardcode ABI versions
++    (blis recently bumped to libblis.so.4)
++  * update debian patch manage_tests.patch:
++    - mips64el: fft test_fftlog.py skip test_fht_special_cases
++    - mips64el: sparse/csgraph test_shortest_path.py
++      skip test_NaN_warnings
++    - mips64el: stats test_distributions.py skip test_moments_warnings
++    - on i386 platform.machine() is 'i686' not 'i386'
++    - on armel and armhf platform.machine() is "armv7l' not simply 'arm'
++      Use startswith('arm') not =='arm' to allow the general case.
++    - on powerpc platform.machine() is "ppc"
++  * reinstate handling of nocheck in DEB_BUILD_OPTIONS to run tests
++  * run tests with set -e to ensure errors are not ignored.
++    Closes: #1003417.
++  * debian patch build_sh4_FE.patch ensures FE_UPWARD and FE_DOWNWARD
++    are defined for sh4 architecture. Closes: #1007769.
++  * add pythran support for i386
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 14 Jun 2022 16:11:24 +0200
++
++scipy (1.8.1-2) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * rename debian patch skip_tests.patch to manage_tests.patch and
++    update to increase test successes
++    - all: linalg test_lapack.py test_sygst
++      raise tol from 1e-4 to 2e-4
++    - armel, powerpc: stats test_stats skip various tests
++    - armel: special test_round.py skip all
++    - armel: optimize test_linprog.py skip test_bounds_infeasible_2
++    - armel: interpolate test_fitpack.py skip test_kink
++    - armhf: linalg test_interpolative.py
++      skip test_estimate_spectral_norm_diff
++    - i386: relax tolerance in spatial/transform test_rotation.py
++      and spatial test_distance.pytest_pdist_jensenshannon_iris
++    - i386: sparse/linalg/_isolve test_iterative.py skip
++      test_maxiter_worsening
++    - i386: signal test_spectral.py skip test_nd_axis_m1,
++      test_nd_axis_0
++    - s390x, powerpc, ppc64, sparc64: io/arff test_arffread.py
++      skip TestNoData
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 13 Jun 2022 01:36:20 +0200
++
++scipy (1.8.1-1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++    - Depends: python3-numpy (>= 1:1.17.3~)
++  * Build-Depends: pybuild-plugin-pyproject to use pyproject.toml.
++    Closes: #1008680.
++  * Simplify debian/rules back to minimal dh (with python,sphinxdoc)
++  * drop debian/python3-scipy.install: pybuild/pyproject installs
++    directly into debian package dirs
++  * launch build-time tests from /tmp (needs to start outside the
++    source dir)
++  * debian patch skip_tests.patch skips failing tests
++    - linalg: test_decomp.py TestSchur.test_sort and
++      test_solvers.py test_solve_discrete_are
++      see https://github.com/scipy/scipy/issues/14517
++    - optimize test_optimize.py: test_minimize_l_bfgs_maxls passes but
++      marked as expected to fail
++  * Standards-Version: 4.6.1
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 12 Jun 2022 02:03:37 +0200
++
++scipy (1.8.0-1exp2) experimental; urgency=medium
++
++  * build scipy with pythran support where available [amd64 arm64 m68k]
++    Depends: python3-pythran [amd64 arm64 m68k]
++    Closes: #991753.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 15 Feb 2022 01:41:52 +0100
++
++scipy (1.8.0-1exp1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++  * update debian/copyright: vendored libraries SuperLU and arpack
++    used by sparse/linalg are now treated as private via an
++    _underscore prefix (_dsolve, _eigen)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 11 Feb 2022 22:05:09 +0100
++
++scipy (1.7.3-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * debian patch hppa-boost-long-double-config.patch disables
++    LONG_DOUBLE in the boost submodule on hppa. Adapted from the boost
++    patch hppa-long-double-config.patch.
++    See https://github.com/scipy/scipy/issues/15260
++    for discussion of why boost has been vendored for scipy.
++    Closes: #1004197.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 11 Feb 2022 12:11:29 +0100
++
++scipy (1.7.3-1) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++  * Build-Depends-Indep: python3-sphinx-panels
++    Drop debian patch docs_skip_panels.patch. Closes: #991752.
++  * remove upper bound on python3-pybind11 build-dependency. It's not
++    used upstream in dev code, gets applied only to release versions
++    to make local pip virtualenv installations use known-good versions.
++    Closes: #1002065.
++  * remove upper bound in Build-Depends: python3-numpy, python3-wheel
++  * raise versioned Build-Depends python3-numpy (>= 1.21.4) for
++    python3.10 support.
++  * don't compress woff font files. Apply the same
++    override_dh_compress used for numpy.  Closes: #1003282.
++  * add a source lintian override for fortran-si4-11x1x10.dat
++    (source-contains-prebuilt-windows-binary). It's a test data
++    file, not a DOS executable.
++  * Standards-Version: 4.6.0
++  * update debian/copyright
++    - remove deprecated files debian/patches/css_font_OpenSans.patch,
++      doc/scipy-sphinx-theme/*, scipy/_lib/six.py
++    - acknowledge Jonathan Neal's code snippet "font-family: no-parens"
++      from https://codepen.io/jonneal/pen/bXLEdB (MIT licence)
++      in doc/source/_static/scipy.css
++    - scipy/fft/_pocketfft/ licence applies to all _pocketfft not only
++      pocketfft.cxx
++    - scipy/_lib/uarray/ renamed to _uarray
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 09 Jan 2022 14:11:52 +0100
++
++scipy (1.7.1-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Drop -dbg package; Closes: #994375
++
++ -- Sandro Tosi <morph@debian.org>  Wed, 10 Nov 2021 23:57:11 -0500
++
++scipy (1.7.1-1) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++
++  [ Debian Janitor ]
++  * Use secure URI in Homepage field.
++  * Set upstream metadata fields: Bug-Database, Bug-Submit, Repository,
++    Repository-Browse.
++
++  [ Drew Parsons ]
++  * New upstream release
++  * update upper-versioned Build-Depends
++    - python3-numpy (<< 1.23.0) (see pyproject.toml)
++    - python3-pybind11 (<< 2.8) (build is stable with pybind11 2.7)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 18 Aug 2021 02:07:15 +0200
++
++scipy (1.7.0-1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++    - deprecates debian patches css_font_OpenSans.patch and
++      css_font_local.patch
++  * Build with SCIPY_USE_PYTHRAN=0 since pythran is not yet available.
++    pythran packaging requested in Bug#991143.
++  * Build-Depends-Indep: python3-pydata-sphinx-theme,
++    python3-sphinx (>> 3.1)
++  * debian patch docs_skip_panels.patch skips use of sphinx-panels in
++    docs. Not available yet (RFP#991684).
++  * update debian/rules
++    - allow for spaces in filenames in override_dh_fixperms-arch.
++      sobol_vec.gz is no longer installed.
++    - drop special handling for weave. It was removed in scipy 0.15.0.
++  * mark python3-scipy as Multi-Arch: no
++  * lintian fixes
++    - mark scipy/optimize/lbfgsb_src/*.f as License: BSD-generic not BSD
++    - packages override bogus-mail-host-in-debian-changelog
++      Debian/i386 Build Daemon <buildd_i386-saens>
++    - source override obsolete-url-in-packaging debian/copyright
++      https://code.google.com/archive/p/ampgo
++  * remove deprecated debian/README.source
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 31 Jul 2021 01:40:57 +0200
++
++scipy (1.6.2-1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++    - fixes matrix dtypes. Closes: #983404.
++    - introduces upper-versioned Build-Depends: cython3 (<< 3.0),
++       python3-pybind11 (<< 2.7),
++       python3-wheel (<< 0.37.0)
++       (leave python3-setuptools uncapped)
++    - also Build-Depends: python3-all-dev (>= 3.7)
++  * Stop ignoring build-time errors in debian/rules. Closes: #967977.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 26 Mar 2021 19:21:49 +0100
++
++scipy (1.6.1-1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++  * Depends: python3-numpy (>= 1:1.16.5)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 21 Feb 2021 20:46:00 +0100
++
++scipy (1.6.0-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * upload new upstream version to unstable
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 16 Jan 2021 23:26:56 +1100
++
++scipy (1.6.0-1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++  * Standards-Version: 4.5.1
++  * drop debian/python3-scipy.docs: Thanks.txt no longer shipped.
++  * update debian/copyright for new features
++    - benchmarks/benchmarks/go_benchmark_functions/*.py
++      Copyright: 2013 Andrea Gavana <andrea.gavana@gmail.com>
++      License: expat
++    - scipy/fft/_pocketfft/pocketfft.cxx
++      Copyright: 2010-2019 Max-Planck-Society, Martin Reinecke
++      2019 Peter Bell. License: BSD-3-clause
++    - scipy/fft/_pocketfft/pocketfft_hdronly.h
++      Copyright: 2010-2019 Max-Planck-Society, Martin Reinecke
++      2019 Peter Bell, 2003,2007-2014 Matteo Frigo,
++      Massachusetts Institute of Technology. License: BSD-3-clause
++    - scipy/optimize/_highs/*
++      Copyright: 2020 ERGO-Code
++      License: Expat
++    - scipy/sparse/csgraph/_matching.pyx
++      Copyright: 1987, A. Volgenant/Amsterdam School of Economics,
++      University of Amsterdam. License: BSD-3-clause
++    - scipy/_lib/uarray/*
++      Copyright: 2018, Quansight-Labs
++      License: BSD-3-clause
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 06 Jan 2021 19:57:43 +1100
++
++scipy (1.5.4-1) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 14 Nov 2020 13:36:06 +0800
++
++scipy (1.5.3-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * push new upstream release to unstable
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 05 Nov 2020 03:33:52 +0800
++
++scipy (1.5.3-1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++
++  [ OndÅ™ej Nový ]
++  * d/control: Update Maintainer field with new Debian Python Team
++    contact address.
++  * d/control: Update Vcs-* fields with new Debian Python Team Salsa
++    layout.
++
++  [ Drew Parsons ]
++  * New upstream release.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 03 Nov 2020 13:32:21 +0800
++
++scipy (1.5.2-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * debian/tests (autopkgtest): add a new test case using BLAS=libblis3
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 01 Aug 2020 12:49:57 +0800
++
++scipy (1.5.2-1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++    - update versioned Build-Depends: cython3 (>= 0.29.18),
++      python3-numpy (>= 1:1.14.5), python3-pybind11 (>= 2.4.3)
++    - builds with gfortran 10. Closes: #957780.
++  * debhelper compatibility level 13
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 24 Jul 2020 15:17:18 +0800
++
++scipy (1.4.1-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * bring new upstream version to unstable
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 18 Apr 2020 11:08:42 +0800
++
++scipy (1.4.1-1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++    - applies debian patches fix_custom_sampling_input_2b3ed61.patch
++      and fix_test_NAN_input_iv_7806757.diff
++    - deprecates debian patch use_local_objects.inv.patch
++    - Build-Depends: python3-pybind11 (>= 2.4.0)
++    - Build-Depends-Indep: python3-sphinx (>= 2~)
++  * provide PYTHONPATH as env variable with make doc
++  * Standards-Version: 4.5.0
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 17 Apr 2020 01:11:18 +0800
++
++scipy (1.3.3-3) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * skip sparsetools.TestInt32Overflow tests test_bsr_1_block and
++    test_bsr_n_block (they regularly timeout)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 06 Dec 2019 10:22:05 +0800
++
++scipy (1.3.3-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * add debian patches to avoid internet connections when using docs
++    - css_font_OpenSans.patch adapts font settings from
++      https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans
++      (Apache 2.0 licence)
++    - css_font_local.patch uses local font_OpenSans.css from
++      css_font_OpenSans.patch
++    - python-scipy-doc Depends: fonts-open-sans
++    - Closes: #873433.
++  * debian patch fix_custom_sampling_input_2b3ed61.patch applies
++    upstream commit 2b3ed61 to fix syntax. Closes: #945093.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 05 Dec 2019 00:30:25 +0800
++
++scipy (1.3.3-1) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++  * change source package name to scipy for python3-only, to
++    distinguish from python-scipy which supports python2.
++  * update Vcs salsa repo name to scipy (from python-scipy)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 27 Nov 2019 20:53:58 +0800
++
++python-scipy (1.3.1-1exp3) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * update versioned Build-Depends: python3-numpy (>= 1:1.13.3)
++    and cython3 (>= 0.29.2)
++  * Patch fix_test_NAN_input_iv_7806757.diff applies upstream commit
++    7806757 to fix tests on hppa, riscv64, sparc64. Closes: #934806.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 16 Aug 2019 13:20:27 +0800
++
++python-scipy (1.3.1-1exp2) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * build binaries before building docs
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 13 Aug 2019 18:45:38 +0800
++
++python-scipy (1.3.1-1exp1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++    - drops support for Python 2 (python-scipy is no longer provided)
++    - applies patches
++      matrix_API_614847c5.patch
++      matrix_API_filter_check_87e48c3c5.patch
++      matrix_API_more_e0cfa29e2.patch
++      fix_test_optim_canonical_constraint_2d7e7e8c.patch
++  * adjust skipping of spatial tests according to context of test
++    (openblas,atlas specify scipy.spatial)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 13 Aug 2019 15:04:07 +0800
++
++python-scipy (1.2.2-8) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++
++  [ OndÅ™ej Nový ]
++  * Bump Standards-Version to 4.4.1.
++
++  [ Drew Parsons ]
++  * only build docs for default python3. Closes: #942794.
++    - apply dh_auto_install to arch-dependent packages only
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 19 Nov 2019 02:32:19 +0800
++
++python-scipy (1.2.2-7) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Patch fix_test_NAN_input_iv_7806757.diff applies upstream commit
++    7806757 to fix tests on mipsel, hppa, riscv64, sparc64
++    (taken from 1.3.1-1exp3)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 25 Aug 2019 20:37:32 +0800
++
++python-scipy (1.2.2-6) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * atlas, openblas tests Depends: python3
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 25 Aug 2019 01:47:34 +0800
++
++python-scipy (1.2.2-5) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * adjust skipping of sparse and spatial tests according to context
++    of test (openblas and atlas specify scipy.sparse, scipy.spatial)
++  * run atlas and openblas tests with python3 not python2
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 24 Aug 2019 11:42:02 +0800
++
++python-scipy (1.2.2-4) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * debian patch Use-system-LBFGSB.patch:
++    run test_minimize_l_bfgs_maxls with rtol=1e-5
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 30 Jul 2019 09:28:55 +0800
++
++python-scipy (1.2.2-3) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * run build-time tests over all versions of python3
++  * Build-Depends: liblbfgsb-dev and add Debian patch
++    Use-system-LBFGSB.patch to use the system L-BFGS-B library (which
++    uses LAPACK rather than the scipy-bundled LINPACK)
++    Enables test_minimize_l_bfgs_maxls in scipy.optimize to succeed.
++    Thanks Gard Spreemann. Closes: #778635.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 30 Jul 2019 00:26:20 +0800
++
++python-scipy (1.2.2-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * debhelper compatibility level 12
++    - run configure build step through pybuild to get consistent
++      build directories
++    - set PYLIBPATH to pybuild build directory
++  * debian/rules: use AUTOPKGTEST_TMP instead of ADTTMP to run tests
++  * v1.2.2 fixes indexing in fftpack. Closes: #924396.
++  * drop ignore_DeprecationWarning_diff1.2.patch (already applied in
++    scipy 1.2)
++  * Register docs with doc-base. Closes: #846253.
++  * debian/tests/python3: skip tests of
++    scipy.spatial.tests.test__plotutils.TestPlotting
++    (see https://github.com/scipy/scipy/issues/9946)
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 29 Jul 2019 18:43:34 +0800
++
++python-scipy (1.2.2-1) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++  * configure debian/watch to grab tar.xz rather than tar.gz
++    (for smaller tarballs)
++  * debian/rules: build with dh --buildsystem=pybuild
++  * Standards-Version: 4.4.0
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 26 Jul 2019 15:22:36 +0800
++
++python-scipy (1.2.1-1exp1) experimental; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * New upstream release.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 28 Feb 2019 11:16:38 +0800
++
++python-scipy (1.2.0-1) experimental; urgency=medium
++
++  * New upstream release
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Tue, 15 Jan 2019 12:27:45 +0100
++
++python-scipy (1.1.0-7) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Patch fix_test_optim_canonical~onstraint_2d7e7e8c.patch applies
++    upstream patch 2d7e7e8 to fix occasional random failures in
++    test_canonical_constraint.test_concatenation.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 12 Apr 2019 00:46:35 +0800
++
++python-scipy (1.1.0-6) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * skip sparsetools.TestInt32Overflow matvec tests on python3 also.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 11 Apr 2019 09:38:17 +0800
++
++python-scipy (1.1.0-5) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Skip sparsetools.TestInt32Overflow matvec tests on python2
++    (MemoryError). Closes: #919929.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 10 Apr 2019 16:41:47 +0800
++
++python-scipy (1.1.0-4) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Replace patch ignore_DeprecationWarning_diff1.2.patch with
++      matrix_API_614847c5.patch
++      matrix_API_filter_check_87e48c3c5.patch
++      matrix_API_more_e0cfa29e2.patch
++    adapting the indicated upstream commits to scipy 1.1.0
++    (use numpy.matmul instead of @ for matrix multiplication, since @
++    is not available in python2)
++    Removes sources of matrix DeprecationWarnings.
++    Addresses: Bug#919929.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 14 Mar 2019 14:12:00 +0800
++
++python-scipy (1.1.0-3) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Debian patch ignore_DeprecationWarning_diff1.2.patch applies diff
++    of pytest.ini between scipy 1.1 and 1.2 to ignore
++    DeprecationWarnings from numpy 1.16. Addresses Bug#919929.
++  * Use default gfortran-8 on s390x. unroll-loops was fixed in
++    gcc-8 8.2.0-18. Closes: #906198, #915738.
++
++ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 08 Mar 2019 00:31:29 +0800
++
++python-scipy (1.1.0-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Remove Alexandre Fayolle from the Uploaders list.  Thanks for your
++    previous contributions!  Closes: #833329
++  * Use gfortran-7 on s390x to work around a regression causing the imexam
++    test suite to fail when scipy is built with gfortran 8.  Addresses: #906198
++  * Add some Multi-Arch markers suggested by the m-a hinter.
++
++ -- Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>  Sun, 04 Nov 2018 19:01:19 +0100
++
++python-scipy (1.1.0-1) unstable; urgency=medium
++
++  [ Julian Taylor ]
++  *  New upstream release
++     Closes: #896060, #901380, #896635
++  * update to debian/compat 9 and standard 4.1.4
++
++  [ OndÅ™ej Nový ]
++  * d/control: Set Vcs-* to salsa.debian.org
++  * d/copyright: Use https protocol in Format field
++  * d/tests: Use AUTOPKGTEST_TMP instead of ADTTMP
++  * d/control: Remove ancient X-Python-Version field
++  * d/control: Remove ancient X-Python3-Version field
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sun, 01 Jul 2018 14:34:28 +0200
++
++python-scipy (0.19.1-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Replace python-imaging recomments with python-pil (Closes: #866468)
++  * build documentation with python3-sphinx
++  * Fix atlas and openblas tests for openblas and atlas multiarch locations
++    Thanks to Matthias Klose for the patch (Closes: #876007)
++  * Depend on python-all-dbg for autopkgtests
++    Thanks to Michael Hudson-Doyle for the patch (Closes: #864699)
++  * bump standard to 4.1.3
++    - debian/control: replace priority extra with optional
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sun, 07 Jan 2018 14:38:57 +0100
++
++python-scipy (0.19.1-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream release
++  * weave has been removed, drop its patch blitz++.patch
++  * drop cap-ld-precision.patch, fixed in numpy
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Wed, 06 Sep 2017 18:07:38 +0200
++
++python-scipy (0.18.1-2.1) unstable; urgency=high
++
++  * Non-maintainer upload.
++  * No-change rebuild to build without _PyFPE symbols.
++
++ -- Matthias Klose <doko@ubuntu.com>  Tue, 05 Sep 2017 16:36:34 +0200
++
++python-scipy (0.18.1-2) unstable; urgency=medium
++
++  * fix dbg package import (Closes: #840264)
++  * add dbg package import adt tests
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 21 Oct 2016 16:10:57 +0200
++
++python-scipy (0.18.1-1) unstable; urgency=medium
++
++  [ Julian Taylor ]
++  * New upstream bugfix release
++
++  [ Sebastian Humenda ]
++  * make the build-indep target execute the build target to allow the usage of
++    the module for generating the documentation (Closes: #806867)
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sun, 25 Sep 2016 11:25:21 +0200
++
++python-scipy (0.18.0-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream release
++  * add python-setuptools to build depends
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sat, 30 Jul 2016 19:05:17 +0200
++
++python-scipy (0.17.1-1) unstable; urgency=medium
++
++  [ Julian Taylor ]
++  * New upstream bugfix release
++  * enable parallel build based on DEB_BUILD_OPTIONS
++  * bump standard to 3.9.7, no changes required
++
++  [ OndÅ™ej Nový ]
++  * Fixed VCS URL (https)
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 23 May 2016 20:02:14 +0200
++
++python-scipy (0.17.0-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream release
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sat, 23 Jan 2016 20:39:44 +0100
++
++python-scipy (0.16.1-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream bugfix release
++  * update adt-tests to new layout
++  * remove duplicate files in -doc package
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sun, 25 Oct 2015 11:51:34 +0100
++
++python-scipy (0.16.0-2) unstable; urgency=medium
++
++  [ Julian Taylor ]
++  * bump cython build-depend to required 0.22
++
++  [ Jean-Christophe Jaskula ]
++  * fix build of documentation in arch only builds
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 24 Aug 2015 09:51:10 +0200
++
++python-scipy (0.16.0-1) unstable; urgency=medium
++
++  [ Varun Hiremath ]
++  * New upstream release
++  * Bump Standards-Version to 3.9.6
++  * Remove upstream applied patches:
++    - fitpack-alias.patch
++    - fix-undefined-behavior-in-alngam.patch
++    - relax-bounds-of-interpolate-test.patch
++  * d/rules: minor build fixes
++
++  [ Jean-Christophe Jaskula ]
++  * Pointed debian/watch to github.com (cleaner sources)
++  * d/control:
++    - Added dh_python to B-d
++    - Removed unnecessary XS-Testsuite field
++  * Linking to local javascript libraries
++    - use_local_mathjax.patch
++  * Using local intersphinx objects
++    - use_local_objects.patch
++  * Cleaned debian/copyright
++
++ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Sun, 23 Aug 2015 23:01:46 -0400
++
++python-scipy (0.14.1-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream bugfix release
++    remove upstream applied patches:
++     - numpy-version-fix.patch
++     - numpy_ufunc.patch
++     - put-_gen-classes-back.patch
++     - put-back-veccdf.patch
++     - sparse-fix-omitted-types.patch
++     - sparse-superlu-fix.patch
++  * add python-gmpy2 dependency to autopkgtest to speed up mpmath tests
++  * add suggest on python-scipy-doc (Closes: #760522)
++  * debian/copyright: add bootstrap Apache 2.0 license
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 05 Sep 2014 18:56:54 +0200
++
++python-scipy (0.14.0-2) unstable; urgency=medium
++
++  * add patches to fix test failures on i386 and mips:
++    - fix-undefined-behavior-in-alngam.patch (Closes: #756905)
++    - relax-bounds-of-interpolate-test.patch
++  * add patches from 0.14.x maintenance branch:
++    - sparse-superlu-fix.patch: fix crash
++    - sparse-fix-omitted-types.patch: fix crash
++    - put-back-veccdf.patch: restore stats api
++    - put-_gen-classes-back.patch: restore stats api
++    - numpy-version-fix.patch: fix wrong version check
++    - numpy_ufunc.patch: compatibility with numpy 1.9
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Wed, 27 Aug 2014 14:40:24 +0200
++
++python-scipy (0.14.0-1) unstable; urgency=low
++
++  [ Denis Laxalde ]
++  * Add the documentation binary package (Closes: #600547).
++
++  [ Julian Taylor ]
++  * New upstream release
++  * drop not swig build dependency and reswig.patch, not needed anymore
++  * use embedded six, current unstable version not compatible
++  * fitpack-alias.patch: fix wrong aliasing in interpolate.splder
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 23 May 2014 10:37:06 +0200
++
++python-scipy (0.13.3-2) unstable; urgency=medium
++
++  * upload to unstable
++  * add build-essential dependency to adt tests, needed for weave
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 31 Mar 2014 23:32:16 +0200
++
++python-scipy (0.13.3-1) experimental; urgency=low
++
++  * New upstream release
++  * ignore TestSplder.test_kink adt failure, probably numerical error
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Tue, 04 Feb 2014 19:48:01 +0100
++
++python-scipy (0.13.2-1) experimental; urgency=low
++
++  * New upstream release
++  * update X-Python-Version to >= 2.6
++  * require python3-numpy (>= 1:1.7.2) for hashing fixes
++  * bump standard to 3.9.5, no changes required
++  * bump cython dependency to >= 0.19 to avoid leaks with fused types
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 21 Oct 2013 18:59:29 +0200
++
++python-scipy (0.13.0~b1-1) experimental; urgency=low
++
++  [ Julian Taylor ]
++  * New upstream beta release
++  * require python-six >= 1.3.0, scipy ships a slightly patched 1.2.0,
++    version 1.3.0 includes the patches
++
++  [ Varun Hiremath ]
++  * Fix debian/watch file
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sat, 07 Sep 2013 18:06:00 +0200
++
++python-scipy (0.12.0-3) unstable; urgency=high
++
++  * temporary-directory-usage.patch:
++    fix insecure temporary directory usage of weave module. (Closes: #726093)
++    Thanks to Tomas Tomecek for the patch.
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Tue, 22 Oct 2013 23:44:47 +0200
++
++python-scipy (0.12.0-2) unstable; urgency=low
++
++  * ignore testsuite failures to not block python3.3 transition
++    only masks issues on hardly used ports
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 01 Jul 2013 20:09:40 +0200
++
++python-scipy (0.12.0-1) unstable; urgency=low
++
++  [ Julian Taylor ]
++  * New upstream release, no repackaging required anymore
++    - Closes: #707315
++    - Closes: #691254
++  * also fail on test failures not only test errors
++  * skip failing test_mio on big endian python3 >= 3.2
++  * print skipped tests and unused skips in autopkgtest scripts
++  * add-swig-filetypes.patch, reswig.patch:
++    reswigging from setup.py, dropped from debian/rules
++  * cython-wraparound.patch: fix issue in ckdtree.pyx
++  * qhull-lfs.patch: enable large file support
++  * cap-ld-precision.patch: fix test failures due to broken np.finfo on ppc
++  * refresh patches and remove upstream applied:
++    - BUG-fix-dependency-on-dict-ordering-in-test.patch
++    - BUG-remove-inline-statement-rejected-by-cython.patch
++    - fix-dbg-crash.patch
++    - fix-f2py-dependencies.patch
++    - fix-test_basic.py-cephes_vs_amos_mass_te.patch
++    - python3.3-incdir.diff
++  * Bump standard to 3.9.4, no changes required
++  * drop unused sharutils build depend and python-profiler from suggests
++  * use system python-six and python-decorator instead of embedded copies
++  * don't install setup.py and generator scripts
++
++  [ Jakub Wilk ]
++  * Use canonical URIs for Vcs-* fields.
++  * Remove DM-Upload-Allowed; it's no longer used by the archive
++    software.
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Thu, 09 May 2013 11:35:07 +0200
++
++python-scipy (0.11.0+dfsg1-1) experimental; urgency=low
++
++  * New upstream release
++  * bump required cython to >= 0.17
++  * refresh patches:
++    - drop upstream applied:
++      - interpnd-generator.patch
++      - dtype.diff,
++      - kolmogorov.diff,
++      - up_minpack_ints.diff
++      - kde.diff
++    - new patches for python3.3 compatibility and test fixing:
++      - BUG-remove-inline-statement-rejected-by-cython.patch
++      - BUG-fix-dependency-on-dict-ordering-in-test.patch
++      - fix-test_basic.py-cephes_vs_amos_mass_te.patch
++      - python3.3-incdir.diff
++      - fix-dbg-crash.patch
++      - fix-f2py-dependencies.patch
++  * add autopkgtests
++  * run fast tests during build
++  * update debian/copyright to dep5
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 25 Jan 2013 23:54:43 +0100
++
++python-scipy (0.10.1+dfsg2-1) unstable; urgency=low
++
++  * add missing cython and swig sources from git tag (Closes: #589731)
++  * generate cython c files, requires python-mako and cython build depends
++  * ensure that all swig files are regenerated
++  * update debian/orig-tar.sh appropriately
++  * interpnd-generator.patch: fix the interpnd.pyx generation
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Thu, 29 Nov 2012 21:56:31 +0100
++
++python-scipy (0.10.1+dfsg1-4) unstable; urgency=low
++
++  [ Julian Taylor ]
++  * use dh_numpy3
++    - build depend on python3-numpy >= 1:1.6.2~rc1-1~
++  * debian/rules: remove reference to pyshared
++
++  [ Varun Hiremath ]
++  * debian/patches:
++    - add dtype.diff (Closes: #682030)
++    - add up_minpack_ints.diff, thanks to Yaroslav Halchenko (Closes: #681270)
++
++ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Sat, 21 Jul 2012 17:23:02 -0400
++
++python-scipy (0.10.1+dfsg1-3) unstable; urgency=low
++
++  * wrap-and-sort debian folder
++  * add python3 packages (Closes: #664785)
++  * debian/rules:
++    - split the build into build and install step
++    - use .install files instead of direct setup.py install
++
++ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 20 Apr 2012 21:59:33 +0200
++
++python-scipy (0.10.1+dfsg1-2) unstable; urgency=low
++
++  * debian/control:
++    - Recommends: python-imaging (Closes: #648036)
++    - Recommends: python-dev (Closes: #651760)
++  * debian/patches:
++    - Add kolmogorov.diff, thanks to Yaroslav Halchenko (Closes: #653948)
++    - Add kde.diff (Closes: #648034)
++
++ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Fri, 20 Apr 2012 02:37:28 -0400
++
++python-scipy (0.10.1+dfsg1-1) unstable; urgency=low
++
++  * New upstream release (Closes: #653262)
++  * Update debian/orig-tar.sh script
++  * debian/patches
++    - updated restore_sys_argv.patch
++    - removed string_exception.patch, not needed
++
++ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Thu, 19 Apr 2012 16:14:28 -0400
++
++python-scipy (0.9.0+dfsg1-1) unstable; urgency=low
++
++  * New upstream release (Closes: #614407, #579041, #569008)
++  * Convert to dh_python2 (Closes: #617028)
++
++ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Wed, 06 Apr 2011 21:26:25 -0400
++
++python-scipy (0.8.0+dfsg1-1) experimental; urgency=low
++
++  [ Varun Hiremath ]
++  * New upstream release
++  * Build-Depend on python-numpy-* (>= 1:1.5.1)
++  * Update all the debian/patches/*
++
++  [ Luca Falavigna ]
++  * Remove myself from Uploaders.
++
++  [ Stefano Rivera ]
++  * debian/patches/blitz++.patch: Fix scipy.weave.inline compilations. Thanks
++    to Sameer Morar (Closes: #598520, LP: #302649)
++
++ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Fri, 24 Dec 2010 08:20:54 -0500
++
++python-scipy (0.7.2+dfsg1-1) unstable; urgency=low
++
++  * Release with a new source tarball with missing cython source files
++  * debian/rules: Add get-orig-source target
++  * Add debian/README.source explaining the repackaging of source tarball
++  * Add debian/orig-tar.sh to add missing cython source files to the
++    source tarball (Closes: #589731)
++  * debian/rules: add call to dh_numpy to generate stricter versioned
++    depends on python-numpy (Closes: #590763)
++  * Bump Standards-Version to 3.9.1
++  * Add myself to Uploaders
++
++ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Fri, 30 Jul 2010 18:29:18 -0400
++
++python-scipy (0.7.2-2) unstable; urgency=low
++
++  * debian/patches/string_exceptions.patch:
++    - Do not use string exceptions, not supported by Python 2.6.
++
++ -- Luca Falavigna <dktrkranz@debian.org>  Mon, 07 Jun 2010 14:52:40 +0200
++
++python-scipy (0.7.2-1) unstable; urgency=low
++
++  * New upstream release.
++  * Switch to debhelper 7.
++  * Provide python-scipy-dbg package (Closes: #525329).
++  * Add myself to Uploaders.
++
++ -- Luca Falavigna <dktrkranz@debian.org>  Sun, 25 Apr 2010 17:21:21 +0200
++
++python-scipy (0.7.1-1) unstable; urgency=low
++
++  [ Sandro Tosi ]
++  * debian/control
++    - removed Marco Presi from uploaders: thanks for your work!
++
++  [ Luca Falavigna ]
++  * New upstream release.
++    - Fix KeyError exception in sparse module (Closes: #525109).
++    - Fix SyntaxWarning exception with python2.6 (Closes: #567148).
++  * debian/patches/restore_sys_argv.patch:
++    - Restore sys.argv in case of exception (Closes: #500814).
++  * debian/control:
++    - Depend on ${misc:Depends}.
++    - Drop useless Conflicts/Replaces fields.
++    - Bump Standards-Version to 3.8.4, no changes required.
++  * debian/README.Debian:
++    - Remove obsolete information.
++  * debian/pycompat:
++    - Remove, useless.
++
++ -- Debian Python Modules Team <python-modules-team@lists.alioth.debian.org>  Mon, 05 Apr 2010 17:10:56 +0200
++
++python-scipy (0.7.0-2) unstable; urgency=medium
++
++  [ Julien Lavergne ]
++  * debian/copyright : Update Copyright holders (Closes: #524131)
++  * From Ubuntu, prepare for the future python transition:
++   - debian/rules:
++    + Include /usr/share/python/python.mk
++    + Add $(py_setup_install_args) to setup.py install
++    + Replace site-packages by *-packages
++   - debian/control:
++    + Bump build-depends to python-all-dev (>= 2.5.4-1~)
++
++  [ Luca Falavigna ]
++  * Remove patches, they are no longer needed and also causing FTBFS with
++    recent python-numpy. Remove quilt machinery too (Closes: #545606).
++  * debian/copyright: add missing copyright holder (Closes: #540504).
++  * debian/control: bump Standards-Version to 3.8.3, no changes required.
++  * debian/watch: fix regex to report correct upstream stable version.
++
++ -- Debian Python Modules Team <python-modules-team@lists.alioth.debian.org>  Tue, 15 Sep 2009 23:30:12 +0200
++
++python-scipy (0.7.0-1) unstable; urgency=low
++
++  [ Ondrej Certik ]
++  * Beta version
++  * debian/patches: scipy_include_fix.diff and segfault.patch removed (applied
++    upstream),  swig_ftbfs.dpatch and umfpack.dpatch updated to new paths
++
++  [ Sandro Tosi ]
++  * debian/control
++    - switch Vcs-Browser field to viewsvn
++
++  [ David Cournapeau ]
++  * New upstream version
++  * Remove obsolete dependencies on libfftw3-dev, libx11-dev and libnetcdf-dev
++  * Update version for numpy dependency: scipy requires version >= 1.2.0
++  * Set ATLAS to None when building scipy to avoid depending on ATLAS API, and
++  only use BLAS/LAPACK public API, even when ATLAS is installed on the build
++  machine
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Sun, 08 Mar 2009 18:47:03 -0700
++
++python-scipy (0.6.0-12) unstable; urgency=low
++
++  * The description updated to match the current SciPy (Closes: #489149).
++  * Standards-Version bumped to 3.8.0 (no action needed)
++  * Build-Depends: netcdf-dev changed to libnetcdf-dev
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Mon, 16 Jun 2008 22:58:01 +0200
++
++python-scipy (0.6.0-11.1) unstable; urgency=low
++
++  * Non-maintainer upload.
++  * Change description to refer to python-numpy package instead of Numeric
++    to avoid confusion with python-numeric package.
++
++ -- Chris AtLee <chris@atlee.ca>  Wed, 23 Apr 2008 15:45:22 -0400
++
++python-scipy (0.6.0-11) unstable; urgency=low
++
++  * Fixes FTBFS, by unexporting LDFLAGS and setting FFLAGS directly, the same
++    hack as in numpy (Closes: #475990)
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Mon, 14 Apr 2008 14:53:57 +0200
++
++python-scipy (0.6.0-10) unstable; urgency=low
++
++  [Sandro Tosi]
++  * Fixes a dangling symlink (Closes: #471825)
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Thu, 20 Mar 2008 14:50:31 +0100
++
++python-scipy (0.6.0-9) unstable; urgency=medium
++
++  * Uses correct pycentral locations (Closes: #471549)
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Wed, 19 Mar 2008 21:41:12 +0100
++
++python-scipy (0.6.0-8) unstable; urgency=low
++
++  * Build depend on libsuitesparse (>= 3.1.0-3)
++  * Build depends fixed to use gfortran based lapack and blas (Closes: #466868)
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Sat, 23 Feb 2008 01:21:51 +0100
++
++python-scipy (0.6.0-7) unstable; urgency=low
++
++  * Bumped the version, because python-numpy conflicts with python-scipy (<=
++    0.6.0-6). This compiles against the old suitesparse, but it makes the
++    package installable and working again.
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Thu, 21 Feb 2008 15:38:00 +0100
++
++python-scipy (0.6.0-6) UNRELEASED; urgency=low
++
++  * debian/control
++    - uniforming both Vcs-Svn and Vcs-Browser fields
++
++ -- Sandro Tosi <matrixhasu@gmail.com>  Thu, 03 Jan 2008 12:18:46 +0100
++
++python-scipy (0.6.0-5.1) unstable; urgency=low
++
++  * Non-maintainer upload.
++  * Changed `fftw3-dev' to `libfftw3-dev' to get rid of that dependency
++    on a virtual package.
++  * Fix FTBFS with relation to swig with a patch provided by
++    Kumar Appaiah (Closes: #456892)
++
++ -- Philipp Kern <pkern@debian.org>  Mon, 31 Dec 2007 13:45:10 +0100
++
++python-scipy (0.6.0-5) unstable; urgency=low
++
++  * DM-Upload-Allowed changed to XS-DM-Upload-Allowed
++  * standards-version made uptodate (3.7.3)
++  * don't create an empty dir usr/share/doc/python-scipy/weave/
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Tue, 04 Dec 2007 22:27:48 +0100
++
++python-scipy (0.6.0-4) unstable; urgency=low
++
++  * Use quilt (much eaiser to use) instead of dpatch
++  * Paul's patch added (Closes: #452991)
++  * Add DM-Upload-Allowed: yes
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Mon, 03 Dec 2007 15:33:24 +0100
++
++python-scipy (0.6.0-3) unstable; urgency=low
++
++  [ Piotr Ożarowski ]
++  * Rename XS-Vcs-* fields to Vcs-* (dpkg supports them now)
++
++  [ Ondrej Certik ]
++  * Depending on libsuitesparse-dev directly instead of libufsparse-dev
++    (Closes: #445771)
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Mon, 15 Oct 2007 20:09:07 +0200
++
++python-scipy (0.6.0-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Replaced fftw-dev with fftw3-dev in Build-Depends (closes: #444124)
++
++ -- Piotr Ożarowski <piotr@debian.org>  Wed, 26 Sep 2007 23:52:25 +0200
++
++python-scipy (0.6.0-1) unstable; urgency=low
++
++  [OndÅ™ej ÄŒertík]
++  * New upstream release
++  * watch file added
++
++  [Piotr Ożarowski]
++  * Homepage field added
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Sun, 23 Sep 2007 16:14:35 +0200
++
++python-scipy (0.5.2.1-2) unstable; urgency=low
++
++  * Got rid of all lintian and linda warnings (removed "SciPy is an open
++    source library of scientific tools for Python" (first sentence) from the
++    long description)
++  * debian/control: Added XS-Vcs-Svn and XS-Vcs-Browser fields to the Source
++    section
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Fri, 31 Aug 2007 04:29:55 +0200
++
++python-scipy (0.5.2.1-1) unstable; urgency=low
++
++  * Adopting the package
++  * New upstream release (Closes: #426012)
++  * Removed unnecessary patches
++  * Removing LICENSE.txt, since it is unnecessary (and it fixes a lintian
++    warning)
++
++ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Tue, 28 Aug 2007 12:03:29 +0200
++
++python-scipy (0.5.2-9) experimental; urgency=low
++
++  * Added Build-Dep on python-numpy (Closes: 422389)
++  * Made build independent of the python version (Closes: 414626)
++  * Added a new patch on sandbox/montecarlo to fix py2.5 compatibility
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Fri, 18 May 2007 11:12:31 +0100
++
++python-scipy (0.5.2-8) experimental; urgency=low
++
++  * Fixed compatibility with numpy >= 1.0.2, by importing parts from upstream svn
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sat, 21 Apr 2007 22:46:29 +0100
++
++python-scipy (0.5.2-7+b1) unstable; urgency=low
++
++  * Binary-only non-maintainer upload for i386; no source changes.
++  * Rebuild to fix binaries built against experimental
++
++ -- Debian/i386 Build Daemon <buildd_i386-saens>  Tue, 27 Feb 2007 02:01:45 -0600
++
++python-scipy (0.5.2-7) unstable; urgency=low
++
++  * Added 'm86k' among the archs on which xplt should not build.
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sat, 24 Feb 2007 13:40:42 +0000
++
++python-scipy (0.5.2-6) unstable; urgency=low
++
++  * Merged patch for image viwer from upstream svn
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sat, 24 Feb 2007 01:39:18 +0000
++
++python-scipy (0.5.2-5) experimental; urgency=low
++
++  * Added a fix in sandbox/montecarlo tests that prevented installation
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Thu, 22 Feb 2007 01:33:18 +0000
++
++python-scipy (0.5.2-4) experimental; urgency=low
++
++  * Incorporated code from setup_without_xplt.py into patches/sandbox.dpatch, in order to
++    build sandbox/xplt only on supported archs (Closes: #407869).
++  * Added libx11-dev among Build-Deps to support xplt.
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Thu, 22 Feb 2007 00:33:51 +0000
++
++python-scipy (0.5.2-3) experimental; urgency=low
++
++  * Added netcdfg-dev Build-Deps (completed sandbox inclusion)
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Tue, 20 Feb 2007 23:28:43 +0000
++
++python-scipy (0.5.2-2) experimental; urgency=low
++
++  * Enabled sandbox modules. To this aim randomkit.[ch] are included from
++    pyhon-numpy sources. See debian/patches/sandbox.dpatch
++    (Closes: #407869).
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Mon, 19 Feb 2007 19:26:22 +0000
++
++python-scipy (0.5.2-1) unstable; urgency=low
++
++  * Fixed scipy.signal segfault (closes: #410757)
++  * Replaced hard-coded xv command with "see" (from mime-support).
++    Additionally, the environment variable SCIPY_PIL_IMAGE_VIEWER can be set.
++    (Closes: #395198)
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sun, 18 Feb 2007 16:22:03 +0000
++
++python-scipy (0.5.2-0.1) unstable; urgency=medium
++
++  * Remove build dependency on python-numpy-dev.
++  * python-scipy: Depend on python-numpy instead of python-numpy-dev.
++  * Package builds on other archs than i386. Closes: #402783.
++
++ -- Matthias Klose <doko@debian.org>  Sun,  7 Jan 2007 14:12:12 +0100
++
++python-scipy (0.5.2-0) experimental; urgency=low
++
++  * New upstream version (compatible with python-numpy-1.0.x).
++  * (Build-)depend on python-numpy (>= 1:1.0.1).
++  * Remove redundant (build-)dependencies.
++  * weave examples and docs are removed from the upstream tarball.
++
++ -- Matthias Klose <doko@debian.org>  Wed,  3 Jan 2007 22:37:49 +0100
++
++python-scipy (0.5.1-3) unstable; urgency=low
++
++  * Moved weave/examples into /usr/share/doc/python-scipy/
++    and removed *.so files that prevented building on non x86 archs
++    (closes: #397241)
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sat, 16 Sep 2006 18:46:56 +0200
++
++python-scipy (0.5.1-2) unstable; urgency=low
++
++  * Added swig and libufsparse-dev among Build-deps
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Mon, 11 Sep 2006 22:05:45 +0200
++
++python-scipy (0.5.1-1) unstable; urgency=low
++
++  * New upstream release
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Thu,  7 Sep 2006 00:32:07 +0200
++
++python-scipy (0.5.0-3) unstable; urgency=low
++
++  * Re-compiled to reflect C-API changes in numpy.
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Fri, 18 Aug 2006 01:06:06 +0200
++
++python-scipy (0.5.0-2) unstable; urgency=low
++
++  * Re-added fftw-dev among build-deps.
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Tue,  8 Aug 2006 17:34:44 -0400
++
++python-scipy (0.5.0-1) unstable; urgency=low
++
++  * New upstream release
++  * Removed debian/patches/python2.3.dpatch now included in upstream release
++
++ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sun, 30 Jul 2006 00:33:21 +0200
++
++python-scipy (0.4.9-2) unstable; urgency=low
++
++  * Build against new release of python-numpy.
++
++ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Wed, 05 Jul 2006 18:06:41 +0100
++
++python-scipy (0.4.9-1) unstable; urgency=low
++
++  * New upstream version.
++
++ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Tue, 04 Jul 2006 16:11:01 +0100
++
++python-scipy (0.3.2-9) unstable; urgency=low
++
++  * Updated to new python policy (closes: #373352)
++  * Updated standards to 3.7.2
++
++ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Thu, 15 Jun 2006 17:10:49 +0200
++
++python-scipy (0.3.2-8) unstable; urgency=low
++
++  * Changed dependency on libwxgtk2.4-1-python to python-wxgtk2.4 (closes: #333795)
++  * Added cow progress bar fix by Glen W. Mabey (closes: #322796)
++
++ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Tue,  8 Nov 2005 11:56:51 +0100
++
++python-scipy (0.3.2-7) unstable; urgency=low
++
++  * Depend on libwxgtk2.4-1-python due to new C++ ABI.
++  * Do not depend on obsolete blas-dev (Closes: #320441)
++  * Drop the python2.2 version due to python2.2-numeric removal.
++  * Applied Andreas Jochens' patch fixing gcc4.0 storage class
++    error (Closes: #302598)
++
++ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Sun, 31 Jul 2005 11:11:42 +0100
++
++python-scipy (0.3.2-6) unstable; urgency=low
++
++  * Added a Suggests: python2.X-profiler in debian/control, made the
++    import of pstats optional by patching stats/__init__.py
++    (Closes: #296796)
++
++ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Fri, 11 Mar 2005 10:54:35 +0100
++
++python-scipy (0.3.2-5) unstable; urgency=low
++
++  * Applied Adam Conrad's patch to allow build on m68k (Closes: #292919)
++  * Applied Andreas Jochens' patch fixing gcc4.0 incompatibility and
++    syntax error in debian/control (Closes: #288181)
++
++ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Thu, 17 Feb 2005 14:49:03 +0100
++
++python-scipy (0.3.2-4) unstable; urgency=low
++
++  * Build for python 2.4.
++
++ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Mon, 24 Jan 2005 12:25:16 +0000
++
++python-scipy (0.3.2-3) unstable; urgency=low
++
++  * fixed build dependencies on arm (Closes: #277897)
++
++ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Sat, 23 Oct 2004 11:28:51 +0200
++
++python-scipy (0.3.2-2) unstable; urgency=low
++
++  * Updated package description
++  * removed scipy.xplt on hppa, s390, ia64, mips, mipsel (Closes: #277485)
++  * Added note about the missing module in README.Debian
++
++ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Fri, 22 Oct 2004 15:05:00 +0200
++
++python-scipy (0.3.2-1) unstable; urgency=low
++
++  * New version.
++
++ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Mon, 18 Oct 2004 16:28:16 +0100
++
++python-scipy (0.3.0+266.4239-1) unstable; urgency=low
++
++  * Updated to release.
++  * Recommends c++-compiler.
++  * Dropped python2.1 support.
++  * Official package (closes: #126037).
++  * Added Alexandre Fayolle and Marco Presi as uploaders
++  * Added missing build dependencies
++
++ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Mon, 13 Sep 2004 23:04:34 +0200
++
++python-scipy (0.2.0+cvs20031002-1) unstable; urgency=low
++
++  * Moved scipy_core into a seperate package.
++  * Default to python-2.3.
++
++ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Thu, 02 Oct 2003 13:31:30 +0100
++
++python-scipy (0.2.0+alpha144.4350-1) unstable; urgency=low
++
++  * Initial Release.
++
++ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Tue, 01 Jul 2003 13:35:03 +0100
diff --cc debian/control
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..a28197f59f7bcbe33df8db2209cec22e9a24560c
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,86 @@@
++Source: scipy
++Section: python
++Priority: optional
++Maintainer: Debian Python Team <team+python@tracker.debian.org>
++Uploaders: Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>,
++           David Cournapeau <cournape@gmail.com>,
++           Varun Hiremath <varun@debian.org>
++Build-Depends: cython3 (>= 0.29.18), cython3 (<< 3.0),
++               debhelper-compat (= 13),
++               dh-sequence-python3,
++               pybuild-plugin-pyproject,
++               gfortran,
++               libblas-dev,
++               liblapack-dev,
++               liblbfgsb-dev,
++               libsuitesparse-dev (>= 3.1.0-3),
++               python3-all-dev (>= 3.7),
++               python3-decorator,
++               python3-numpy (>= 1:1.21.4),
++               python3-pybind11 (>= 2.4.3),
++               python3-pytest,
++               python3-setuptools,
++               python3-wheel,
++               python3-pythran [!armhf]
++Build-Depends-Indep: dvipng,
++                     dh-sequence-sphinxdoc,
++                     python3-doc,
++                     python3-docutils,
++                     python3-matplotlib,
++                     python3-numpydoc,
++                     python3-pydata-sphinx-theme,
++                     python3-sphinx,
++                     python3-sphinx-panels,
++                     rdfind,
++                     symlinks,
++                     texlive-latex-base,
++                     texlive-latex-extra
++Standards-Version: 4.6.1
++Homepage: https://www.scipy.org/
++Vcs-Git: https://salsa.debian.org/python-team/packages/scipy.git
++Vcs-Browser: https://salsa.debian.org/python-team/packages/scipy
++
++Package: python3-scipy
++Architecture: any
++Multi-Arch: no
++Depends: python3-decorator,
++         python3-numpy (>= 1:1.17.3~),
++         python3-pythran [!armhf],
++         ${misc:Depends},
++         ${python3:Depends},
++         ${shlibs:Depends}
++Recommends: g++ | c++-compiler, python3-pil
++Suggests: python-scipy-doc
++Description: scientific tools for Python 3
++ SciPy supplements the popular NumPy module (python-numpy package), gathering a
++ variety of high level science and engineering modules together as a single
++ package.
++ .
++ SciPy is a set of Open Source scientific and numeric tools for Python. It
++ currently supports special functions, integration, ordinary differential
++ equation (ODE) solvers, gradient optimization, genetic algorithms, parallel
++ programming tools, an expression-to-C++ compiler for fast execution, and
++ others.
++
++Package: python-scipy-doc
++Depends: fonts-open-sans,
++         libjs-jquery,
++         libjs-mathjax,
++         libjs-underscore,
++         ${misc:Depends},
++         ${sphinxdoc:Depends}
++Section: doc
++Architecture: all
++Multi-Arch: foreign
++Description: scientific library for Python - documentation
++ SciPy supplements the popular NumPy module (python-numpy package), gathering a
++ variety of high level science and engineering modules together as a single
++ package.
++ .
++ SciPy is a set of Open Source scientific and numeric tools for Python. It
++ currently supports special functions, integration, ordinary differential
++ equation (ODE) solvers, gradient optimization, genetic algorithms, parallel
++ programming tools, an expression-to-C++ compiler for fast execution, and
++ others.
++ .
++ This package contains documentation for the SciPy library.
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..a01c62bc9403b4b6aff52f339bedef81a2cdf2ab
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,411 @@@
++Format: https://www.debian.org/doc/packaging-manuals/copyright-format/1.0/
++Upstream-Name: SciPy
++Source: http://www.scipy.org/
++
++Files: *
++Copyright: 2003-2019 SciPy Developers
++ 1999-2005 Travis Oliphant
++ 2001-2002 Enthought, Inc.
++ 2002 Eric Jones
++ 2002 Patrick J. Miller
++ 2002-2003 Jochen Kuepper
++ 2002-2004 Pearu Peterson
++ 2002-2005 Jean-Sebastien Roy
++ 2003-2005 Peter J. Verveer
++ 2003-2006 Ed Schofield
++ 2003-2012 SciPy Developers.
++ 2004 David M. Cooke
++ 2006 Bart Vandereycken
++ 2006 BasSw
++ 2006 Johannes Loehnert
++ 2007 Andrew D Straw
++ 2007 John Travers, Robert Hetland
++ 2007-2008 Damian Eads
++ 2008 Tiziano Zito
++ Gary Strangman
++ 2010 Pauli Virtanen
++ 2010, 2011 Pim Schellart
++ 2009 Yosef Meller
++License: BSD-3-clause
++Comment: the files in scipy/io/tests/data/*.sav are IDL formatted test data files
++ and can be read with the functions in scipy/io/idl.py
++ they contain a EULA notice which is likely invalid and ignored by debian, see
++ also https://lists.debian.org/debian-legal/2014/06/msg00001.html
++
++Files: doc/source/_static/scipy-mathjax/*
++Copyright: 2009-2017 The MathJax Consortium
++License: Apache-2.0
++
++Files: doc/source/_static/scipy.css
++Copyright: 2009-2017 The MathJax Consortium
++  2019 Jonathan Neal "font-family: no-parens"
++Comments:
++ Code snippet "font-family: no-parens" retrieved
++ from https://codepen.io/jonneal/pen/bXLEdB (MIT)
++License: Apache-2.0+MIT
++ Code snippet "font-family: no-parens" under MIT licence:
++ Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
++ a copy of this software and associated documentation files (the
++ "Software"), to deal in the Software without restriction, including
++ without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
++ distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
++ permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
++ the following conditions:
++ .
++ The above copyright notice and this permission notice shall be
++ included in all copies or substantial portions of the Software.
++ .
++ THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
++ EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
++ MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
++ NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
++ BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
++ ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
++ CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
++ SOFTWARE.
++ .
++ Other parts of scipy.css released under the standard SciPy Apache-2.0
++ licence.
++
++Files: doc/sphinxext/* doc/sphinxext/numpydoc/*
++Copyright: 2008 Stefan van der Walt <stefan@mentat.za.net>,
++ Pauli Virtanen <pav@iki.fi>
++License: BSD-2-clause
++
++Files: benchmarks/benchmarks/go_benchmark_functions/*.py
++Copyright: 2013 Andrea Gavana <andrea.gavana@gmail.com>
++License: expat
++Comment: Functions for testing global optimizers,
++ forked from the AMPGO project, https://code.google.com/archive/p/ampgo
++
++Files: scipy/fft/_pocketfft/*
++Copyright: 2010-2019 Max-Planck-Society
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/fft/_pocketfft/pocketfft_hdronly.h
++Copyright: 2010-2019 Max-Planck-Society, Martin Reinecke
++ 2019 Peter Bell
++ 2003,2007-2014 Matteo Frigo, Massachusetts Institute of Technology
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/linalg/src/id_dist/*
++Copyright: 2014, P.-G. Martinsson, V. Rokhlin, Y. Shkolnisky, M. Tygert
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/misc/ascent.dat
++Copyright: public-domain
++License: public-domain
++ No permission whatsoever is needed to copy or use public domain works. Public
++ domain material is available for anyone to use for any purpose, private and
++ commercial. Public domain works can serve as the foundation for new creative
++ works. Public domain works can also be copied and distributed without any
++ permission or paying royalties
++
++Files: scipy/ndimage/*
++Copyright: 2003-2005, Peter J. Verveer
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/optimize/_highs/*
++Copyright: 2020 ERGO-Code
++License: Expat
++
++Files: scipy/optimize/lbfgsb_src/*.f
++Copyright: 2011 Ciyou Zhu, Richard Byrd, and Jorge Nocedal <nocedal@ece.nwu.edu>
++License: BSD-generic
++ The version included here (in lbfgsb.f) is 3.0 (released April 25, 2011). It was
++ written by Ciyou Zhu, Richard Byrd, and Jorge Nocedal <nocedal@ece.nwu.edu>. It
++ carries the following condition for use:
++ .
++   """
++   This software is freely available, but we expect that all publications
++   describing work using this software, or all commercial products using it,
++   quote at least one of the references given below. This software is released
++   under the BSD License.
++ .
++   References
++     * R. H. Byrd, P. Lu and J. Nocedal. A Limited Memory Algorithm for Bound
++       Constrained Optimization, (1995), SIAM Journal on Scientific and
++       Statistical Computing, 16, 5, pp. 1190-1208.
++     * C. Zhu, R. H. Byrd and J. Nocedal. L-BFGS-B: Algorithm 778: L-BFGS-B,
++       FORTRAN routines for large scale bound constrained optimization (1997),
++       ACM Transactions on Mathematical Software, 23, 4, pp. 550 - 560.
++     * J.L. Morales and J. Nocedal. L-BFGS-B: Remark on Algorithm 778: L-BFGS-B,
++       FORTRAN routines for large scale bound constrained optimization (2011),
++       ACM Transactions on Mathematical Software, 38, 1.
++   """
++
++Files: scipy/optimize/lbfgsb_src/lbfgsb.pyf
++Copyright: 2004 David M. Cooke <cookedm@physics.mcmaster.ca>
++ 2012 Joonas Paalasmaa
++License: Expat
++
++Files: scipy/sparse/csgraph/_matching.pyx
++Copyright: 1987, A. Volgenant/Amsterdam School of Economics,
++                 University of Amsterdam
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/sparse/linalg/_dsolve/SuperLU/*
++Copyright: 2003, The Regents of the University of California,
++ through Lawrence Berkeley National Laboratory (subject to receipt
++ of any required approvals from U.S. Dept. of Energy)
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/sparse/linalg/_eigen/arpack/*
++Copyright: 1996-2008 Rice University,
++ 1996-2008 D.C. Sorensen, R.B. Lehoucq, C. Yang, and K. Maschhoff
++ 2001-2011 Scilab Enterprises, Allan Cornet, Sylvestre Ledru
++ 2007 - Sébastien Fabbro (gentoo patch)
++ 2010 - Jordi Gutiérrez Hermoso (Octave patch)
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/spatial/qhull_src/*
++Copyright: 1993-2015, The Geometry Center (University of Minnesota)
++ 1993-2015, C.B. Barber
++License: qhullbsd
++ This software includes Qhull from C.B. Barber and The Geometry Center.
++ Qhull is copyrighted as noted above.  Qhull is free software and may
++ be obtained via http from www.qhull.org.  It may be freely copied, modified,
++ and redistributed under the following conditions:
++ .
++ 1. All copyright notices must remain intact in all files.
++ .
++ 2. A copy of this text file must be distributed along with any copies
++    of Qhull that you redistribute; this includes copies that you have
++    modified, or copies of programs or other software products that
++    include Qhull.
++ .
++ 3. If you modify Qhull, you must include a notice giving the
++    name of the person performing the modification, the date of
++    modification, and the reason for such modification.
++ .
++ 4. When distributing modified versions of Qhull, or other software
++    products that include Qhull, you must provide notice that the original
++    source code may be obtained as noted above.
++ .
++ 5. There is no warranty or other guarantee of fitness for Qhull, it is
++    provided solely "as is".  Bug reports or fixes may be sent to
++    qhull_bug@qhull.org; the authors may or may not act on them as
++    they desire.
++
++Files: scipy/special/cephes/*
++Copyright: 1984, 1987, 1989, 2000 Stephen L. Moshier
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/special/cephes/dd_*.c scipy/special/cephes/dd_*.h
++Copyright: 2003-2009, The Regents of the University of California,
++ through Lawrence Berkeley National Laboratory (subject to receipt of
++ any required approvals from U.S. Dept. of Energy)
++License: BSD-LBNL
++Comment: This work was supported by the Director, Office of Science, Division
++ of Mathematical, Information, and Computational Sciences of the
++ U.S. Department of Energy under contract numbers DE-AC03-76SF00098 and
++ DE-AC02-05CH11231.
++
++Files: scipy/special/Faddeeva.cc scipy/special/Faddeeva.hh
++Copyright: 2012 Massachusetts Institute of Technology
++License: Expat
++
++Files: scipy/_lib/_uarray/*
++Copyright: 2018, Quansight-Labs
++License: BSD-3-clause
++
++Files: scipy/_lib/decorator.py
++Copyright: 2005-2015 Michele Simionato <michele.simionato@gmail.com>
++License: bsdlike
++ All rights reserved.
++ .
++ Redistributions of source code must retain the above copyright
++ notice, this list of conditions and the following disclaimer.
++ Redistributions in bytecode form must reproduce the above copyright
++ notice, this list of conditions and the following disclaimer in
++ the documentation and/or other materials provided with the
++ distribution.
++ .
++ THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
++ "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
++ LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
++ A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
++ HOLDERS OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT,
++ INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING,
++ BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS
++ OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
++ ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR
++ TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE
++ USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
++ DAMAGE.
++
++License: Apache-2.0
++ Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); you may not
++ use this file except in compliance with the License. You may obtain a copy
++ of the License at
++ .
++     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
++ .
++ Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
++ distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, WITHOUT
++ WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. See the
++ License for the specific language governing permissions and limitations
++ under the License.
++ .
++ On Debian systems, the full text of the Apache License, Version 2.0
++ can be found in the file
++ `/usr/share/common-licenses/Apache-2.0'.
++
++License: BSD-2-clause
++ Redistribution and use in source and binary forms, with or without
++ modification, are permitted provided that the following conditions are
++ met:
++ .
++  1. Redistributions of source code must retain the above copyright
++     notice, this list of conditions and the following disclaimer.
++  2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
++     notice, this list of conditions and the following disclaimer in
++     the documentation and/or other materials provided with the
++     distribution.
++ .
++ THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE AUTHOR ``AS IS'' AND ANY EXPRESS OR
++ IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
++ WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
++ DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR BE LIABLE FOR ANY DIRECT,
++ INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
++ (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
++ SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION)
++ HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT,
++ STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING
++ IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
++ POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
++
++License: BSD-3-clause
++ Redistribution and use in source and binary forms, with or without
++ modification, are permitted provided that the following conditions are met:
++ .
++   a. Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
++      this list of conditions and the following disclaimer.
++   b. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
++      notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
++      documentation and/or other materials provided with the distribution.
++   c. Neither the name of Enthought nor the names of the SciPy Developers
++      may be used to endorse or promote products derived from this software
++      without specific prior written permission.
++ .
++ .
++ THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
++ AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
++ IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
++ ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE REGENTS OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR
++ ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
++ DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
++ SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
++ CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT
++ LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY
++ OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
++ DAMAGE.
++
++License: BSD-LBNL
++ 1. Redistribution and use in source and binary forms, with or
++ without modification, are permitted provided that the following
++ conditions are met:
++ .
++ (1) Redistributions of source code must retain the copyright
++ notice, this list of conditions and the following disclaimer.
++ .
++ (2) Redistributions in binary form must reproduce the copyright
++ notice, this list of conditions and the following disclaimer in
++ the documentation and/or other materials provided with the
++ distribution.
++ .
++ (3) Neither the name of the University of California, Lawrence
++ Berkeley National Laboratory, U.S. Dept. of Energy nor the names
++ of its contributors may be used to endorse or promote products
++ derived from this software without specific prior written
++ permission.
++ .
++ 2. THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
++ "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
++ LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
++ A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
++ OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
++ SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
++ LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
++ DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
++ THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
++ (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
++ OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
++ .
++ 3. You are under no obligation whatsoever to provide any bug fixes,
++ patches, or upgrades to the features, functionality or performance of
++ the source code ("Enhancements") to anyone; however, if you choose to
++ make your Enhancements available either publicly, or directly to
++ Lawrence Berkeley National Laboratory, without imposing a separate
++ written license agreement for such Enhancements, then you hereby grant
++ the following license: a non-exclusive, royalty-free perpetual license
++ to install, use, modify, prepare derivative works, incorporate into
++ other computer software, distribute, and sublicense such enhancements
++ or derivative works thereof, in binary and source code form.
++Comment: modified BSD license
++
++License: Expat
++ Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
++ this software and associated documentation files (the "Software"), to deal in the
++ Software without restriction, including without limitation the rights to use,
++ copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the
++ Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do so,
++ subject to the following conditions:
++ .
++ The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
++ copies or substantial portions of the Software.
++ .
++ THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
++ IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS
++ FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR
++ COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN
++ AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION
++ WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
++
++License: PSF-2
++ PYTHON SOFTWARE FOUNDATION LICENSE VERSION 2
++ .
++ 1. This LICENSE AGREEMENT is between the Python Software Foundation
++ ("PSF"), and the Individual or Organization ("Licensee") accessing and
++ otherwise using this software ("Python") in source or binary form and
++ its associated documentation.
++ .
++ 2. Subject to the terms and conditions of this License Agreement, PSF hereby
++ grants Licensee a nonexclusive, royalty-free, world-wide license to reproduce,
++ analyze, test, perform and/or display publicly, prepare derivative works,
++ distribute, and otherwise use Python alone or in any derivative version,
++ provided, however, that PSF's License Agreement and PSF's notice of copyright,
++ i.e., "Copyright (c) 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010,
++ 2011, 2012, 2013 Python Software Foundation; All Rights Reserved" are retained
++ in Python alone or in any derivative version prepared by Licensee.
++ .
++ 3. In the event Licensee prepares a derivative work that is based on
++ or incorporates Python or any part thereof, and wants to make
++ the derivative work available to others as provided herein, then
++ Licensee hereby agrees to include in any such work a brief summary of
++ the changes made to Python.
++ .
++ 4. PSF is making Python available to Licensee on an "AS IS"
++ basis.  PSF MAKES NO REPRESENTATIONS OR WARRANTIES, EXPRESS OR
++ IMPLIED.  BY WAY OF EXAMPLE, BUT NOT LIMITATION, PSF MAKES NO AND
++ DISCLAIMS ANY REPRESENTATION OR WARRANTY OF MERCHANTABILITY OR FITNESS
++ FOR ANY PARTICULAR PURPOSE OR THAT THE USE OF PYTHON WILL NOT
++ INFRINGE ANY THIRD PARTY RIGHTS.
++ .
++ 5. PSF SHALL NOT BE LIABLE TO LICENSEE OR ANY OTHER USERS OF PYTHON
++ FOR ANY INCIDENTAL, SPECIAL, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR LOSS AS
++ A RESULT OF MODIFYING, DISTRIBUTING, OR OTHERWISE USING PYTHON,
++ OR ANY DERIVATIVE THEREOF, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY THEREOF.
++ .
++ 6. This License Agreement will automatically terminate upon a material
++ breach of its terms and conditions.
++ .
++ 7. Nothing in this License Agreement shall be deemed to create any
++ relationship of agency, partnership, or joint venture between PSF and
++ Licensee.  This License Agreement does not grant permission to use PSF
++ trademarks or trade name in a trademark sense to endorse or promote
++ products or services of Licensee, or any third party.
++ .
++ 8. By copying, installing or otherwise using Python, Licensee
++ agrees to be bound by the terms and conditions of this License
++ Agreement.
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..ca510b828228af1f250de16101a2f5d8acfd6207
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,20 @@@
++From: Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>
++Date: Sun, 18 Dec 2022 10:33:23 +0100
++Subject: Don't treat warnings as errors in pytest
++
++---
++ pytest.ini | 1 -
++ 1 file changed, 1 deletion(-)
++
++diff --git a/pytest.ini b/pytest.ini
++index a4deb42..3438da8 100644
++--- a/pytest.ini
+++++ b/pytest.ini
++@@ -3,7 +3,6 @@ addopts = -l
++ junit_family=xunit2
++ 
++ filterwarnings =
++-    error
++     always::scipy._lib._testutils.FPUModeChangeWarning
++     ignore:.*deprecated and ignored since IPython.*:DeprecationWarning
++     once:.*LAPACK bug 0038.*:RuntimeWarning
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..5b5b355b7cc6d7f58ac9347e060b5f55f2054357
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,125 @@@
++From: Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>
++Date: Tue, 20 Dec 2022 09:45:22 +0100
++Subject: Remove some documentation referencing the source
++
++These break in sbuild with:
++
++Traceback (most recent call last):
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/cmd/build.py", line 281, in build_main
++    app.build(args.force_all, args.filenames)
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/application.py", line 341, in build
++    self.builder.build_update()
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/builders/__init__.py", line 310, in build_update
++    self.build(to_build,
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/builders/__init__.py", line 376, in build
++    self.write(docnames, list(updated_docnames), method)
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/builders/__init__.py", line 571, in write
++    self._write_serial(sorted(docnames))
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/builders/__init__.py", line 574, in _write_serial
++    with logging.pending_warnings():
++  File "/usr/lib/python3.10/contextlib.py", line 142, in __exit__
++    next(self.gen)
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/util/logging.py", line 218, in pending_warnings
++    memhandler.flushTo(logger)
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/util/logging.py", line 183, in flushTo
++    logger.handle(record)
++  File "/usr/lib/python3.10/logging/__init__.py", line 1634, in handle
++    self.callHandlers(record)
++  File "/usr/lib/python3.10/logging/__init__.py", line 1696, in callHandlers
++    hdlr.handle(record)
++  File "/usr/lib/python3.10/logging/__init__.py", line 964, in handle
++    rv = self.filter(record)
++  File "/usr/lib/python3.10/logging/__init__.py", line 821, in filter
++    result = f.filter(record)
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/util/logging.py", line 499, in filter
++    record.location = get_node_location(location)
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/util/logging.py", line 519, in get_node_location
++    source = abspath(source)
++  File "/usr/lib/python3/dist-packages/sphinx/util/osutil.py", line 136, in abspath
++    pathdir = path.abspath(pathdir)
++  File "/usr/lib/python3.10/posixpath.py", line 378, in abspath
++    path = os.fspath(path)
++TypeError: expected str, bytes or os.PathLike object, not StringList
++---
++ doc/source/reference/optimize.qap-2opt.rst          | 8 --------
++ doc/source/reference/optimize.qap-faq.rst           | 8 --------
++ doc/source/reference/sparse.linalg.svds-arpack.rst  | 8 --------
++ doc/source/reference/sparse.linalg.svds-lobpcg.rst  | 8 --------
++ doc/source/reference/sparse.linalg.svds-propack.rst | 8 --------
++ 5 files changed, 40 deletions(-)
++ delete mode 100644 doc/source/reference/optimize.qap-2opt.rst
++ delete mode 100644 doc/source/reference/optimize.qap-faq.rst
++ delete mode 100644 doc/source/reference/sparse.linalg.svds-arpack.rst
++ delete mode 100644 doc/source/reference/sparse.linalg.svds-lobpcg.rst
++ delete mode 100644 doc/source/reference/sparse.linalg.svds-propack.rst
++
++diff --git a/doc/source/reference/optimize.qap-2opt.rst b/doc/source/reference/optimize.qap-2opt.rst
++deleted file mode 100644
++index f2ac70e..0000000
++--- a/doc/source/reference/optimize.qap-2opt.rst
+++++ /dev/null
++@@ -1,8 +0,0 @@
++-.. _optimize.qap-2opt:
++-
++-quadratic_assignment(method='2opt')
++-----------------------------------------
++-
++-.. scipy-optimize:function:: scipy.optimize.quadratic_assignment
++-   :impl: scipy.optimize._qap._quadratic_assignment_2opt
++-   :method: 2opt
++diff --git a/doc/source/reference/optimize.qap-faq.rst b/doc/source/reference/optimize.qap-faq.rst
++deleted file mode 100644
++index 385274a..0000000
++--- a/doc/source/reference/optimize.qap-faq.rst
+++++ /dev/null
++@@ -1,8 +0,0 @@
++-.. _optimize.qap-faq:
++-
++-quadratic_assignment(method='faq')
++-----------------------------------------
++-
++-.. scipy-optimize:function:: scipy.optimize.quadratic_assignment
++-   :impl: scipy.optimize._qap._quadratic_assignment_faq
++-   :method: faq
++diff --git a/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-arpack.rst b/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-arpack.rst
++deleted file mode 100644
++index 6651c94..0000000
++--- a/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-arpack.rst
+++++ /dev/null
++@@ -1,8 +0,0 @@
++-.. _sparse.linalg.svds-arpack:
++-
++-svds(solver='arpack')
++-----------------------------------------
++-
++-.. scipy-optimize:function:: scipy.sparse.linalg.svds
++-   :impl: scipy.sparse.linalg._eigen._svds_doc._svds_arpack_doc
++-   :method: arpack
++diff --git a/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-lobpcg.rst b/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-lobpcg.rst
++deleted file mode 100644
++index 52e91e6..0000000
++--- a/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-lobpcg.rst
+++++ /dev/null
++@@ -1,8 +0,0 @@
++-.. _sparse.linalg.svds-lobpcg:
++-
++-svds(solver='lobpcg')
++-----------------------------------------
++-
++-.. scipy-optimize:function:: scipy.sparse.linalg.svds
++-   :impl: scipy.sparse.linalg._eigen._svds_doc._svds_lobpcg_doc
++-   :method: lobpcg
++diff --git a/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-propack.rst b/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-propack.rst
++deleted file mode 100644
++index ac282f9..0000000
++--- a/doc/source/reference/sparse.linalg.svds-propack.rst
+++++ /dev/null
++@@ -1,8 +0,0 @@
++-.. _sparse.linalg.svds-propack:
++-
++-svds(solver='propack')
++-----------------------------------------
++-
++-.. scipy-optimize:function:: scipy.sparse.linalg.svds
++-   :impl: scipy.sparse.linalg._eigen._svds_doc._svds_propack_doc
++-   :method: propack
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..01771d35701a2de86d1e386321ee5408fa7a2bd3
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,27 @@@
++From: Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>
++Date: Tue, 20 Dec 2022 19:29:15 +0100
++Subject: Allow test_svds_parameter_k_which to fail on armel
++
++---
++ scipy/sparse/linalg/_eigen/tests/test_svds.py | 3 +++
++ 1 file changed, 3 insertions(+)
++
++diff --git a/scipy/sparse/linalg/_eigen/tests/test_svds.py b/scipy/sparse/linalg/_eigen/tests/test_svds.py
++index cd4c531..2be52fd 100644
++--- a/scipy/sparse/linalg/_eigen/tests/test_svds.py
+++++ b/scipy/sparse/linalg/_eigen/tests/test_svds.py
++@@ -1,4 +1,5 @@
++ import os
+++import platform
++ import re
++ import copy
++ import numpy as np
++@@ -245,6 +246,8 @@ class SVDSCommonTests:
++         _check_svds(A, k, *res, which=which, atol=8e-10)
++ 
++     # loop instead of parametrize for simplicity
+++    @pytest.mark.xfail(platform.machine() == 'armv8l',
+++                       reason="fails on armel")
++     def test_svds_parameter_tol(self):
++         if self.solver == 'propack':
++             if not has_propack:
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..de05ba31172f7c6847d1f3efeaa3141f7bf3ab21
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,84 @@@
++From: Mamoru TASAKA <mtasaka@fedoraproject.org>
++Date: Sun, 3 Jul 2022 16:11:18 +0900
++Subject: BUG: fix syevr series segfault by explicitly specifying operator
++ priority
++
++With numpy 1.22.x f2py, dimension of isuppz in syevr is mistranslated.
++Avoid this by explicitly specifying operator priority with parenthesis.
++
++Fixes #16527
++---
++ scipy/linalg/flapack_sym_herm.pyf.src | 16 ++++++++--------
++ 1 file changed, 8 insertions(+), 8 deletions(-)
++
++diff --git a/scipy/linalg/flapack_sym_herm.pyf.src b/scipy/linalg/flapack_sym_herm.pyf.src
++index 8df741c..f07dbae 100644
++--- a/scipy/linalg/flapack_sym_herm.pyf.src
+++++ b/scipy/linalg/flapack_sym_herm.pyf.src
++@@ -772,10 +772,10 @@ subroutine <prefix2>syevr(compute_v,range,lower,n,a,lda,vl,vu,il,iu,abstol,w,z,m
++     integer intent(hide),dimension(liwork),depend(liwork) :: iwork
++ 
++     <ftype2> intent(out),dimension(n),depend(n) :: w
++-    <ftype2> intent(out),dimension((compute_v?MAX(0,n):0),(compute_v?(*range=='I'?iu-il+1:MAX(1,n)):0)),depend(n,compute_v,range,iu,il) :: z
+++    <ftype2> intent(out),dimension((compute_v?MAX(0,n):0),(compute_v?((*range=='I')?(iu-il+1):MAX(1,n)):0)),depend(n,compute_v,range,iu,il) :: z
++     integer intent(out) :: m
++     ! Only returned if range=='A' or range=='I' and il, iu = 1, n
++-    integer intent(out),dimension((compute_v?(2*(*range=='A'||(*range=='I' && iu-il+1==n)?n:0)):0)),depend(n,iu,il,compute_v,range) :: isuppz
+++    integer intent(out),dimension((compute_v?(2*((*range=='A')||((*range=='I') && (iu-il+1==n))?n:0)):0)),depend(n,iu,il,compute_v,range) :: isuppz
++     integer intent(out) :: info
++ 
++ end subroutine <prefix2>syevr
++@@ -844,7 +844,7 @@ subroutine <prefix2c>heevr(compute_v,range,lower,n,a,lda,vl,vu,il,iu,abstol,w,z,
++     integer intent(hide),dimension(liwork),depend(liwork) :: iwork
++ 
++     <ftype2> intent(out),dimension(n),depend(n) :: w
++-    <ftype2c> intent(out),dimension((compute_v?MAX(0,n):0),(compute_v?(*range=='I'?iu-il+1:MAX(1,n)):0)),depend(n,compute_v,range,iu,il) :: z
+++    <ftype2c> intent(out),dimension((compute_v?MAX(0,n):0),(compute_v?((*range=='I')?(iu-il+1):MAX(1,n)):0)),depend(n,compute_v,range,iu,il) :: z
++     integer intent(out) :: m
++     ! MKL implementation has a bug that still accesses isuppz array even if
++     ! range=='A' or range=='I' and il, iu = 1, n which is not the case for
++@@ -852,7 +852,7 @@ subroutine <prefix2c>heevr(compute_v,range,lower,n,a,lda,vl,vu,il,iu,abstol,w,z,
++     ! of the settings. It is wasteful but necessary. The bug is fixed in
++     ! mkl 2020 update 2 and when time comes change this line with
++     !
++-    ! integer intent(out),dimension((compute_v?(2*(*range=='A'||(*range=='I' && iu-il+1==n)?n:0)):0)),depend(n,iu,il,range,compute_v) :: isuppz
+++    ! integer intent(out),dimension((compute_v?(2*(*range=='A'||((*range=='I') && (iu-il+1==n))?n:0)):0)),depend(n,iu,il,range,compute_v) :: isuppz
++     !
++     integer intent(out),dimension(2*max(1,n)),depend(n) :: isuppz
++     integer intent(out) :: info
++@@ -919,7 +919,7 @@ subroutine <prefix2>syevx(compute_v,range,lower,n,a,lda,vl,vu,il,iu,abstol,w,z,m
++     integer intent(hide),dimension(5*n),depend(n) :: iwork
++ 
++     <ftype2> intent(out),dimension(n),depend(n) :: w
++-    <ftype2> intent(out),dimension((compute_v?MAX(0,n):0),(compute_v?(*range=='I'?iu-il+1:MAX(1,n)):0)),depend(n,compute_v,range,iu,il) :: z
+++    <ftype2> intent(out),dimension((compute_v?MAX(0,n):0),(compute_v?((*range=='I')?(iu-il+1):MAX(1,n)):0)),depend(n,compute_v,range,iu,il) :: z
++     integer intent(out) :: m
++     integer intent(out),dimension((compute_v?n:0)),depend(compute_v,n):: ifail
++     integer intent(out) :: info
++@@ -984,7 +984,7 @@ subroutine <prefix2c>heevx(compute_v,range,lower,n,a,lda,vl,vu,il,iu,abstol,w,z,
++     <ftype2> intent(hide),dimension(7*n),depend(n) :: rwork
++ 
++     <ftype2> intent(out),dimension(n),depend(n) :: w
++-    <ftype2c> intent(out),dimension((compute_v*n),(compute_v?(*range=='I'?iu-il+1:MAX(1,n)):0)),depend(compute_v,range,n,iu,il) :: z
+++    <ftype2c> intent(out),dimension((compute_v*n),(compute_v?((*range=='I')?(iu-il+1):MAX(1,n)):0)),depend(compute_v,range,n,iu,il) :: z
++     integer intent(out) :: m
++     integer intent(out),dimension(compute_v*n),depend(compute_v,n):: ifail
++     integer intent(out) :: info
++@@ -1222,7 +1222,7 @@ subroutine <prefix2>sygvx(itype,jobz,range,uplo,n,a,lda,b,ldb,vl,vu,il,iu,abstol
++     integer intent(hide),dimension(5*n),depend(n) :: iwork
++ 
++     <ftype2> intent(out),dimension(n),depend(n) :: w
++-    <ftype2> intent(out),dimension((jobz[0]=='V'?MAX(0,n):0),(jobz[0]=='V'?(range[0]=='I'?iu-il+1:MAX(1,n)):0)),depend(n,jobz,range,iu,il) :: z
+++    <ftype2> intent(out),dimension((jobz[0]=='V'?MAX(0,n):0),(jobz[0]=='V'?((range[0]=='I')?(iu-il+1):MAX(1,n)):0)),depend(n,jobz,range,iu,il) :: z
++     integer intent(out) :: m
++     integer intent(out),dimension((jobz[0]=='N'?0:n)),depend(jobz,n):: ifail
++     integer intent(out) :: info
++@@ -1293,7 +1293,7 @@ subroutine <prefix2c>hegvx(itype,jobz,range,uplo,n,a,lda,b,ldb,vl,vu,il,iu,absto
++     <ftype2> intent(hide),dimension(7*n),depend(n) :: rwork
++ 
++     <ftype2> intent(out),dimension(n),depend(n) :: w
++-    <ftype2c> intent(out),dimension((jobz[0]=='V'?MAX(0,n):0),(jobz[0]=='V'?(range[0]=='I'?iu-il+1:MAX(1,n)):0)),depend(n,jobz,range,iu,il) :: z
+++    <ftype2c> intent(out),dimension((jobz[0]=='V'?MAX(0,n):0),(jobz[0]=='V'?((range[0]=='I')?(iu-il+1):MAX(1,n)):0)),depend(n,jobz,range,iu,il) :: z
++     integer intent(out) :: m
++     integer intent(out),dimension((jobz[0]=='N'?0:n)),depend(jobz,n):: ifail
++     integer intent(out) :: info
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..e8d111f3745910eae4397cc64272036b5bf76df8
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,94 @@@
++From: warren <warren.weckesser@gmail.com>
++Date: Tue, 11 Oct 2022 21:41:23 -0400
++Subject: MAINT: Handle numpy's deprecation of accepting out-of-bound
++ integers.
++
++After the change in https://github.com/numpy/numpy/pull/22385, numpy
++raises a deprecation warning with calls such as np.int8(5000) and
++np.uint32(-1).  This change avoids such calls in the tests.
++---
++ scipy/sparse/tests/test_base.py        |  4 ++--
++ scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py | 13 ++++++++++---
++ scipy/spatial/tests/test_distance.py   |  7 ++++---
++ 3 files changed, 16 insertions(+), 8 deletions(-)
++
++diff --git a/scipy/sparse/tests/test_base.py b/scipy/sparse/tests/test_base.py
++index dc9e940..4362bde 100644
++--- a/scipy/sparse/tests/test_base.py
+++++ b/scipy/sparse/tests/test_base.py
++@@ -1011,8 +1011,8 @@ class _TestCommon:
++     def test_mean(self):
++         def check(dtype):
++             dat = array([[0, 1, 2],
++-                         [3, -4, 5],
++-                         [-6, 7, 9]], dtype=dtype)
+++                         [3, 4, 5],
+++                         [6, 7, 9]], dtype=dtype)
++             datsp = self.spmatrix(dat, dtype=dtype)
++ 
++             assert_array_almost_equal(dat.mean(), datsp.mean())
++diff --git a/scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py b/scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py
++index 8c725c1..06d3fcf 100644
++--- a/scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py
+++++ b/scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py
++@@ -14,6 +14,13 @@ import pytest
++ from pytest import raises as assert_raises
++ 
++ 
+++def int_to_int8(n):
+++    """
+++    Wrap an integer to the interval [-128, 127].
+++    """
+++    return (n + 128) % 256 - 128
+++
+++
++ def test_exception():
++     assert_raises(MemoryError, _sparsetools.test_throw_error)
++ 
++@@ -157,7 +164,7 @@ class TestInt32Overflow:
++         m = dia_matrix((data, offsets), shape=(n, n))
++         v = np.ones(m.shape[1], dtype=np.int8)
++         r = m.dot(v)
++-        assert_equal(r[0], np.int8(n))
+++        assert_equal(r[0], int_to_int8(n))
++         del data, offsets, m, v, r
++         gc.collect()
++ 
++@@ -219,7 +226,7 @@ class TestInt32Overflow:
++ 
++         # _matvecs
++         r = m.dot(np.ones((n, 2), dtype=np.int8))
++-        assert_equal(r[0,0], np.int8(n))
+++        assert_equal(r[0, 0], int_to_int8(n))
++ 
++     def _check_bsr_matvec(self, m):
++         m = m()
++@@ -227,7 +234,7 @@ class TestInt32Overflow:
++ 
++         # _matvec
++         r = m.dot(np.ones((n,), dtype=np.int8))
++-        assert_equal(r[0], np.int8(n))
+++        assert_equal(r[0], int_to_int8(n))
++ 
++     def _check_bsr_diagonal(self, m):
++         m = m()
++diff --git a/scipy/spatial/tests/test_distance.py b/scipy/spatial/tests/test_distance.py
++index a5b580f..ab38219 100644
++--- a/scipy/spatial/tests/test_distance.py
+++++ b/scipy/spatial/tests/test_distance.py
++@@ -2007,11 +2007,12 @@ def test_sqeuclidean_dtypes():
++         assert_(np.issubdtype(d.dtype, np.floating))
++ 
++     for dtype in [np.uint8, np.uint16, np.uint32, np.uint64]:
++-        d1 = wsqeuclidean([0], np.asarray([-1], dtype=dtype))
++-        d2 = wsqeuclidean(np.asarray([-1], dtype=dtype), [0])
+++        umax = np.iinfo(dtype).max
+++        d1 = wsqeuclidean([0], np.asarray([umax], dtype=dtype))
+++        d2 = wsqeuclidean(np.asarray([umax], dtype=dtype), [0])
++ 
++         assert_equal(d1, d2)
++-        assert_equal(d1, np.float64(np.iinfo(dtype).max)**2)
+++        assert_equal(d1, np.float64(umax)**2)
++ 
++     dtypes = [np.float32, np.float64, np.complex64, np.complex128]
++     for dtype in ['float16', 'float128']:
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..0e58637795d973623d6d104f1e558b3356d529a5
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,109 @@@
++From: Tyler Reddy <tyler.je.reddy@gmail.com>
++Date: Mon, 19 Dec 2022 20:22:21 -0700
++Subject: MAINT: casting errstate for NumPy 1.24
++
++* Attempts to deal with the ARM-specific portion
++of gh-17630 -- these issues appear to be the
++result of NumPy 1.24.0 change:
++https://numpy.org/devdocs/release/1.24.0-notes.html#numpy-now-gives-floating-point-errors-in-casts
++
++* I was able to reproduce and fix the issues
++in `scipy/sparse/tests/test_base` on an ARM node
++
++* however, for `test_decomp_update` I actually saw more severe
++problems when working on a Cavium ThunderX2 B0 node;
++for the latter cases, I'll paste what I saw below
++for some of the representative failures, but for now
++I just tried to patch the less severe casting errors I see
++in the CI for those tests to see if it helps (I'm hoping that
++my own flavor of OpenBLAS is just throwing things off locally
++and I can at least delay looking into that for now...)
++
++```
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_d::test_neg_strides_economic_rank_p - ValueError: array must not contain infs or NaNs
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_d::test_neg_strides_rank_p - ValueError: array must not contain infs or NaNs
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_d::test_non_itemsize_strides_rank_p - ValueError: array must not contain infs or NaNs
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_d::test_non_native_byte_order_economic_rank_1 - ValueError: array must not contain infs or NaNs
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_d::test_non_unit_strides_rank_p - ValueError: array must not contain infs or NaNs
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_D::test_economic_rank_p - AssertionError:
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_d::test_non_native_byte_order_rank_1 - ValueError: array must not contain infs or NaNs
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_D::test_Mx1_economic_rank_p - AssertionError:
++FAILED scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py::TestQRupdate_D::test_economic_rank_1 - AssertionError:
++```
++---
++ scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py |  9 ++++++---
++ scipy/sparse/tests/test_base.py          | 12 ++++++++----
++ 2 files changed, 14 insertions(+), 7 deletions(-)
++
++diff --git a/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py b/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py
++index 2477295..3306833 100644
++--- a/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py
+++++ b/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py
++@@ -581,7 +581,8 @@ class BaseQRdelete(BaseQRdeltas):
++         a, q0, r0 = self.generate('tall')
++         for dtype in dts:
++             q = q0.real.astype(dtype)
++-            r = r0.real.astype(dtype)
+++            with np.errstate(invalid="ignore"):
+++                r = r0.real.astype(dtype)
++             assert_raises(ValueError, qr_delete, q, r0, 0, 1, 'row')
++             assert_raises(ValueError, qr_delete, q, r0, 0, 2, 'row')
++             assert_raises(ValueError, qr_delete, q, r0, 0, 1, 'col')
++@@ -1125,7 +1126,8 @@ class BaseQRinsert(BaseQRdeltas):
++         a, q0, r0, u0 = self.generate('sqr', which='row')
++         for dtype in dts:
++             q = q0.real.astype(dtype)
++-            r = r0.real.astype(dtype)
+++            with np.errstate(invalid="ignore"):
+++                r = r0.real.astype(dtype)
++             u = u0.real.astype(dtype)
++             assert_raises(ValueError, qr_insert, q, r0, u0, 0, 'row')
++             assert_raises(ValueError, qr_insert, q, r0, u0, 0, 'col')
++@@ -1558,7 +1560,8 @@ class BaseQRupdate(BaseQRdeltas):
++         a, q0, r0, u0, v0 = self.generate('tall')
++         for dtype in dts:
++             q = q0.real.astype(dtype)
++-            r = r0.real.astype(dtype)
+++            with np.errstate(invalid="ignore"):
+++                r = r0.real.astype(dtype)
++             u = u0.real.astype(dtype)
++             v = v0.real.astype(dtype)
++             assert_raises(ValueError, qr_update, q, r0, u0, v0)
++diff --git a/scipy/sparse/tests/test_base.py b/scipy/sparse/tests/test_base.py
++index 4362bde..9e2ec87 100644
++--- a/scipy/sparse/tests/test_base.py
+++++ b/scipy/sparse/tests/test_base.py
++@@ -3241,11 +3241,13 @@ class _TestArithmetic:
++ 
++         # check conversions
++         for x in supported_dtypes:
++-            A = self.__A.astype(x)
+++            with np.errstate(invalid="ignore"):
+++                A = self.__A.astype(x)
++             Asp = self.spmatrix(A)
++             for y in supported_dtypes:
++                 if not np.issubdtype(y, np.complexfloating):
++-                    B = self.__B.real.astype(y)
+++                    with np.errstate(invalid="ignore"):
+++                        B = self.__B.real.astype(y)
++                 else:
++                     B = self.__B.astype(y)
++                 Bsp = self.spmatrix(B)
++@@ -3280,13 +3282,15 @@ class _TestArithmetic:
++                            self.__A @ self.__B.T)
++ 
++         for x in supported_dtypes:
++-            A = self.__A.astype(x)
+++            with np.errstate(invalid="ignore"):
+++                A = self.__A.astype(x)
++             Asp = self.spmatrix(A)
++             for y in supported_dtypes:
++                 if np.issubdtype(y, np.complexfloating):
++                     B = self.__B.astype(y)
++                 else:
++-                    B = self.__B.real.astype(y)
+++                    with np.errstate(invalid="ignore"):
+++                        B = self.__B.real.astype(y)
++                 Bsp = self.spmatrix(B)
++ 
++                 D1 = A @ B.T
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..b88dc9b8d915242e44b60e5d09b843e15c9f8ead
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,192 @@@
++From: Ralf Gommers <ralf.gommers@gmail.com>
++Date: Fri, 17 Jun 2022 16:22:40 +0200
++Subject: MAINT: fix up `_sputils.get_index_dtype` for NEP 50 casting rules
++
++The issue boiled down to `np.iinfo(np.int32).max` being a Python int,
++and comparisons between numpy scalars and Python scalars changing
++behavior - so avoid using Python scalars.
++
++Also fix other sparse issues in the test suite turned up by NEP 50
++And makes the tests more concise.
++---
++ scipy/sparse/_sputils.py                   |  5 ++-
++ scipy/sparse/linalg/tests/test_matfuncs.py |  6 +--
++ scipy/sparse/tests/test_base.py            | 64 +++++++++++-------------------
++ scipy/sparse/tests/test_sputils.py         |  2 +-
++ 4 files changed, 30 insertions(+), 47 deletions(-)
++
++diff --git a/scipy/sparse/_sputils.py b/scipy/sparse/_sputils.py
++index 6d93b6f..add718f 100644
++--- a/scipy/sparse/_sputils.py
+++++ b/scipy/sparse/_sputils.py
++@@ -150,12 +150,13 @@ def get_index_dtype(arrays=(), maxval=None, check_contents=False):
++ 
++     """
++ 
++-    int32min = np.iinfo(np.int32).min
++-    int32max = np.iinfo(np.int32).max
+++    int32min = np.int32(np.iinfo(np.int32).min)
+++    int32max = np.int32(np.iinfo(np.int32).max)
++ 
++     # not using intc directly due to misinteractions with pythran
++     dtype = np.int32 if np.intc().itemsize == 4 else np.int64
++     if maxval is not None:
+++        maxval = np.int64(maxval)
++         if maxval > int32max:
++             dtype = np.int64
++ 
++diff --git a/scipy/sparse/linalg/tests/test_matfuncs.py b/scipy/sparse/linalg/tests/test_matfuncs.py
++index 2ea5d11..8f98455 100644
++--- a/scipy/sparse/linalg/tests/test_matfuncs.py
+++++ b/scipy/sparse/linalg/tests/test_matfuncs.py
++@@ -113,7 +113,7 @@ class TestExpM:
++             for scale in [1e-2, 1e-1, 5e-1, 1, 10]:
++                 A = scale * eye(3, dtype=dtype)
++                 observed = expm(A)
++-                expected = exp(scale) * eye(3, dtype=dtype)
+++                expected = exp(scale, dtype=dtype) * eye(3, dtype=dtype)
++                 assert_array_almost_equal_nulp(observed, expected, nulp=100)
++ 
++     def test_padecases_dtype_complex(self):
++@@ -121,7 +121,7 @@ class TestExpM:
++             for scale in [1e-2, 1e-1, 5e-1, 1, 10]:
++                 A = scale * eye(3, dtype=dtype)
++                 observed = expm(A)
++-                expected = exp(scale) * eye(3, dtype=dtype)
+++                expected = exp(scale, dtype=dtype) * eye(3, dtype=dtype)
++                 assert_array_almost_equal_nulp(observed, expected, nulp=100)
++ 
++     def test_padecases_dtype_sparse_float(self):
++@@ -129,7 +129,7 @@ class TestExpM:
++         dtype = np.float64
++         for scale in [1e-2, 1e-1, 5e-1, 1, 10]:
++             a = scale * speye(3, 3, dtype=dtype, format='csc')
++-            e = exp(scale) * eye(3, dtype=dtype)
+++            e = exp(scale, dtype=dtype) * eye(3, dtype=dtype)
++             with suppress_warnings() as sup:
++                 sup.filter(SparseEfficiencyWarning,
++                            "Changing the sparsity structure of a csc_matrix is expensive.")
++diff --git a/scipy/sparse/tests/test_base.py b/scipy/sparse/tests/test_base.py
++index 9e2ec87..c6c9589 100644
++--- a/scipy/sparse/tests/test_base.py
+++++ b/scipy/sparse/tests/test_base.py
++@@ -97,7 +97,11 @@ def with_64bit_maxval_limit(maxval_limit=None, random=False, fixed_dtype=None,
++ 
++     """
++     if maxval_limit is None:
++-        maxval_limit = 10
+++        maxval_limit = np.int64(10)
+++    else:
+++        # Ensure we use numpy scalars rather than Python scalars (matters for
+++        # NEP 50 casting rule changes)
+++        maxval_limit = np.int64(maxval_limit)
++ 
++     if assert_32bit:
++         def new_get_index_dtype(arrays=(), maxval=None, check_contents=False):
++@@ -409,21 +413,15 @@ class _TestCommon:
++             assert_array_equal_dtype(dat < dat2, datsp < dat2)
++             assert_array_equal_dtype(datcomplex < dat2, datspcomplex < dat2)
++             # sparse/scalar
++-            assert_array_equal_dtype((datsp < 2).toarray(), dat < 2)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp < 1).toarray(), dat < 1)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp < 0).toarray(), dat < 0)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp < -1).toarray(), dat < -1)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp < -2).toarray(), dat < -2)
+++            for val in [2, 1, 0, -1, -2]:
+++                val = np.int64(val)  # avoid Python scalar (due to NEP 50 changes)
+++                assert_array_equal_dtype((datsp < val).toarray(), dat < val)
+++                assert_array_equal_dtype((val < datsp).toarray(), val < dat)
+++
++             with np.errstate(invalid='ignore'):
++                 assert_array_equal_dtype((datsp < np.nan).toarray(),
++                                          dat < np.nan)
++ 
++-            assert_array_equal_dtype((2 < datsp).toarray(), 2 < dat)
++-            assert_array_equal_dtype((1 < datsp).toarray(), 1 < dat)
++-            assert_array_equal_dtype((0 < datsp).toarray(), 0 < dat)
++-            assert_array_equal_dtype((-1 < datsp).toarray(), -1 < dat)
++-            assert_array_equal_dtype((-2 < datsp).toarray(), -2 < dat)
++-
++             # data
++             dat = self.dat_dtypes[dtype]
++             datsp = self.datsp_dtypes[dtype]
++@@ -477,21 +475,15 @@ class _TestCommon:
++             assert_array_equal_dtype(dat > dat2, datsp > dat2)
++             assert_array_equal_dtype(datcomplex > dat2, datspcomplex > dat2)
++             # sparse/scalar
++-            assert_array_equal_dtype((datsp > 2).toarray(), dat > 2)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp > 1).toarray(), dat > 1)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp > 0).toarray(), dat > 0)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp > -1).toarray(), dat > -1)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp > -2).toarray(), dat > -2)
+++            for val in [2, 1, 0, -1, -2]:
+++                val = np.int64(val)  # avoid Python scalar (due to NEP 50 changes)
+++                assert_array_equal_dtype((datsp > val).toarray(), dat > val)
+++                assert_array_equal_dtype((val > datsp).toarray(), val > dat)
+++
++             with np.errstate(invalid='ignore'):
++                 assert_array_equal_dtype((datsp > np.nan).toarray(),
++                                          dat > np.nan)
++ 
++-            assert_array_equal_dtype((2 > datsp).toarray(), 2 > dat)
++-            assert_array_equal_dtype((1 > datsp).toarray(), 1 > dat)
++-            assert_array_equal_dtype((0 > datsp).toarray(), 0 > dat)
++-            assert_array_equal_dtype((-1 > datsp).toarray(), -1 > dat)
++-            assert_array_equal_dtype((-2 > datsp).toarray(), -2 > dat)
++-
++             # data
++             dat = self.dat_dtypes[dtype]
++             datsp = self.datsp_dtypes[dtype]
++@@ -545,15 +537,10 @@ class _TestCommon:
++             assert_array_equal_dtype(datsp <= dat2, dat <= dat2)
++             assert_array_equal_dtype(datspcomplex <= dat2, datcomplex <= dat2)
++             # sparse/scalar
++-            assert_array_equal_dtype((datsp <= 2).toarray(), dat <= 2)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp <= 1).toarray(), dat <= 1)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp <= -1).toarray(), dat <= -1)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp <= -2).toarray(), dat <= -2)
++-
++-            assert_array_equal_dtype((2 <= datsp).toarray(), 2 <= dat)
++-            assert_array_equal_dtype((1 <= datsp).toarray(), 1 <= dat)
++-            assert_array_equal_dtype((-1 <= datsp).toarray(), -1 <= dat)
++-            assert_array_equal_dtype((-2 <= datsp).toarray(), -2 <= dat)
+++            for val in [2, 1, -1, -2]:
+++                val = np.int64(val)  # avoid Python scalar (due to NEP 50 changes)
+++                assert_array_equal_dtype((datsp <= val).toarray(), dat <= val)
+++                assert_array_equal_dtype((val <= datsp).toarray(), val <= dat)
++ 
++             # data
++             dat = self.dat_dtypes[dtype]
++@@ -608,15 +595,10 @@ class _TestCommon:
++             assert_array_equal_dtype(datsp >= dat2, dat >= dat2)
++             assert_array_equal_dtype(datspcomplex >= dat2, datcomplex >= dat2)
++             # sparse/scalar
++-            assert_array_equal_dtype((datsp >= 2).toarray(), dat >= 2)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp >= 1).toarray(), dat >= 1)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp >= -1).toarray(), dat >= -1)
++-            assert_array_equal_dtype((datsp >= -2).toarray(), dat >= -2)
++-
++-            assert_array_equal_dtype((2 >= datsp).toarray(), 2 >= dat)
++-            assert_array_equal_dtype((1 >= datsp).toarray(), 1 >= dat)
++-            assert_array_equal_dtype((-1 >= datsp).toarray(), -1 >= dat)
++-            assert_array_equal_dtype((-2 >= datsp).toarray(), -2 >= dat)
+++            for val in [2, 1, -1, -2]:
+++                val = np.int64(val)  # avoid Python scalar (due to NEP 50 changes)
+++                assert_array_equal_dtype((datsp >= val).toarray(), dat >= val)
+++                assert_array_equal_dtype((val >= datsp).toarray(), val >= dat)
++ 
++             # dense data
++             dat = self.dat_dtypes[dtype]
++diff --git a/scipy/sparse/tests/test_sputils.py b/scipy/sparse/tests/test_sputils.py
++index 0eaf573..fadce9e 100644
++--- a/scipy/sparse/tests/test_sputils.py
+++++ b/scipy/sparse/tests/test_sputils.py
++@@ -94,7 +94,7 @@ class TestSparseUtils:
++             sputils.validateaxis(axis)
++ 
++     def test_get_index_dtype(self):
++-        imax = np.iinfo(np.int32).max
+++        imax = np.int64(np.iinfo(np.int32).max)
++         too_big = imax + 1
++ 
++         # Check that uint32's with no values too large doesn't return
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..772acca81dbdbc1fcdb2f612d5733f7c55e805cf
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,67 @@@
++From: Ralf Gommers <ralf.gommers@gmail.com>
++Date: Fri, 17 Jun 2022 07:12:24 +0200
++Subject: TST: fix test issues with casting-related warnings with numpy >1.23
++
++Closes gh-16403
++---
++ scipy/io/_mmio.py                      | 7 +++++--
++ scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py | 5 ++++-
++ scipy/spatial/tests/test_distance.py   | 4 ++++
++ 3 files changed, 13 insertions(+), 3 deletions(-)
++
++diff --git a/scipy/io/_mmio.py b/scipy/io/_mmio.py
++index f026065..f3c28f8 100644
++--- a/scipy/io/_mmio.py
+++++ b/scipy/io/_mmio.py
++@@ -13,6 +13,7 @@
++ import os
++ import sys
++ 
+++import numpy as np
++ from numpy import (asarray, real, imag, conj, zeros, ndarray, concatenate,
++                    ones, can_cast)
++ 
++@@ -382,8 +383,10 @@ class MMFile:
++             else:
++                 if issymm and aij != aji:
++                     issymm = False
++-                if isskew and aij != -aji:
++-                    isskew = False
+++                with np.errstate(over="ignore"):
+++                    # This can give a warning for uint dtypes, so silence that
+++                    if isskew and aij != -aji:
+++                        isskew = False
++                 if isherm and aij != conj(aji):
++                     isherm = False
++             if not (issymm or isskew or isherm):
++diff --git a/scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py b/scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py
++index 06d3fcf..dcada59 100644
++--- a/scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py
+++++ b/scipy/sparse/tests/test_sparsetools.py
++@@ -302,7 +302,10 @@ def test_upcast():
++             if np.issubdtype(b_dtype, np.complexfloating):
++                 b = b0.copy().astype(b_dtype)
++             else:
++-                b = b0.real.copy().astype(b_dtype)
+++                with np.errstate(invalid="ignore"):
+++                    # Casting a large value (2**32) to int8 causes a warning in
+++                    # numpy >1.23
+++                    b = b0.real.copy().astype(b_dtype)
++ 
++             if not (a_dtype == np.bool_ and b_dtype == np.bool_):
++                 c = np.zeros((2,), dtype=np.bool_)
++diff --git a/scipy/spatial/tests/test_distance.py b/scipy/spatial/tests/test_distance.py
++index ab38219..0ebbe6a 100644
++--- a/scipy/spatial/tests/test_distance.py
+++++ b/scipy/spatial/tests/test_distance.py
++@@ -219,6 +219,10 @@ def _weight_masked(arrays, weights, axis):
++ 
++ 
++ def _rand_split(arrays, weights, axis, split_per, seed=None):
+++    # Coerce `arrays` to float64 if integer, to avoid nan-to-integer issues
+++    arrays = [arr.astype(np.float64) if np.issubdtype(arr.dtype, np.integer)
+++              else arr for arr in arrays]
+++
++     # inverse operation for stats.collapse_weights
++     weights = np.array(weights, dtype=np.float64)  # modified inplace; need a copy
++     seeded_rand = np.random.RandomState(seed)
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..aaa90ed05ea3584d39d7b8ff538169e6b7b56b61
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,39 @@@
++From: Jake Bowhay <jb9.bowhay@gmail.com>
++Date: Sat, 18 Jun 2022 08:39:32 +0100
++Subject: BUG: Fix power operator behaviour for sparse arrays to be consistent
++ with numpy arrays
++
++---
++ scipy/sparse/_arrays.py              | 4 ++++
++ scipy/sparse/tests/test_array_api.py | 6 ++++++
++ 2 files changed, 10 insertions(+)
++
++diff --git a/scipy/sparse/_arrays.py b/scipy/sparse/_arrays.py
++index d272c10..5234339 100644
++--- a/scipy/sparse/_arrays.py
+++++ b/scipy/sparse/_arrays.py
++@@ -49,6 +49,10 @@ class _sparray:
++     def __rmul__(self, *args, **kwargs):
++         return self.multiply(*args, **kwargs)
++ 
+++    # Restore elementwise power
+++    def __pow__(self, *args, **kwargs):
+++        return self.power(*args, **kwargs)
+++
++ 
++ def _matrix_doc_to_array(docstr):
++     # For opimized builds with stripped docstrings
++diff --git a/scipy/sparse/tests/test_array_api.py b/scipy/sparse/tests/test_array_api.py
++index f00972a..a074cae 100644
++--- a/scipy/sparse/tests/test_array_api.py
+++++ b/scipy/sparse/tests/test_array_api.py
++@@ -331,3 +331,9 @@ def test_spilu():
++     ])
++     LU = spla.spilu(X)
++     npt.assert_allclose(LU.solve(np.array([1, 2, 3, 4])), [1, 0, 0, 0])
+++
+++
+++@parametrize_sparrays
+++def test_power_operator(A):
+++    # https://github.com/scipy/scipy/issues/15948
+++    npt.assert_equal((A**2).todense(), (A.todense())**2)
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..677db882b53f340b545e81df1da5d251facffafc
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,34 @@@
++From: Ralf Gommers <ralf.gommers@gmail.com>
++Date: Sun, 3 Jul 2022 13:12:56 +0200
++Subject: MAINT: fix umfpack test failure with numpy 1.23
++
++The reason is a divide-by-zero warning that our test suite settings
++convert to an error. So ignore these warnings, because they're
++coming from inside `scikit-umfpack`.
++
++This has been failing consistently in the Azure pre-release job.
++
++Closes gh-16523
++
++[skip github]
++---
++ scipy/sparse/linalg/_dsolve/linsolve.py | 6 +++++-
++ 1 file changed, 5 insertions(+), 1 deletion(-)
++
++diff --git a/scipy/sparse/linalg/_dsolve/linsolve.py b/scipy/sparse/linalg/_dsolve/linsolve.py
++index 35e6ba5..4a126d0 100644
++--- a/scipy/sparse/linalg/_dsolve/linsolve.py
+++++ b/scipy/sparse/linalg/_dsolve/linsolve.py
++@@ -485,7 +485,11 @@ def factorized(A):
++         umf.numeric(A)
++ 
++         def solve(b):
++-            return umf.solve(umfpack.UMFPACK_A, A, b, autoTranspose=True)
+++            with np.errstate(divide="ignore", invalid="ignore"):
+++                # Ignoring warnings with numpy >= 1.23.0, see gh-16523
+++                result = umf.solve(umfpack.UMFPACK_A, A, b, autoTranspose=True)
+++
+++            return result
++ 
++         return solve
++     else:
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..085333dcbdee9108e4481823ad0acc11ba088990
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,20 @@@
++From: Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>
++Date: Tue, 3 Jan 2023 14:35:03 +0100
++Subject: Drop intersphinx
++
++---
++ doc/source/conf.py | 1 -
++ 1 file changed, 1 deletion(-)
++
++diff --git a/doc/source/conf.py b/doc/source/conf.py
++index b311d27..6d03a04 100644
++--- a/doc/source/conf.py
+++++ b/doc/source/conf.py
++@@ -43,7 +43,6 @@ extensions = [
++     'sphinx.ext.autosummary',
++     'sphinx.ext.coverage',
++     'sphinx.ext.mathjax',
++-    'sphinx.ext.intersphinx',
++     'numpydoc',
++     'sphinx_panels',
++     'scipyoptdoc',
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..965a4ca78d2fa883c6a7da05a18d378c61bb458c
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,52 @@@
++From: Jochen Sprickerhof <jspricke@debian.org>
++Date: Tue, 3 Jan 2023 18:44:06 +0100
++Subject: Ignore sphinx warnings
++
++---
++ doc/source/conf.py | 33 ---------------------------------
++ 1 file changed, 33 deletions(-)
++
++diff --git a/doc/source/conf.py b/doc/source/conf.py
++index 6d03a04..7553e0c 100644
++--- a/doc/source/conf.py
+++++ b/doc/source/conf.py
++@@ -138,39 +138,6 @@ exclude_patterns = [  # glob-style
++ 
++ ]
++ 
++-# be strict about warnings in our examples, we should write clean code
++-# (exceptions permitted for pedagogical purposes below)
++-warnings.resetwarnings()
++-warnings.filterwarnings('error')
++-# allow these and show them
++-warnings.filterwarnings('default', module='sphinx')  # internal warnings
++-# global weird ones that can be safely ignored
++-for key in (
++-        r"'U' mode is deprecated",  # sphinx io
++-        r"OpenSSL\.rand is deprecated",  # OpenSSL package in linkcheck
++-        r"Using or importing the ABCs from",  # 3.5 importlib._bootstrap
++-        r"'contextfunction' is renamed to 'pass_context'",  # Jinja
++-        ):
++-    warnings.filterwarnings(  # deal with other modules having bad imports
++-        'ignore', message=".*" + key, category=DeprecationWarning)
++-warnings.filterwarnings(  # matplotlib<->pyparsing issue
++-    'ignore', message="Exception creating Regex for oneOf.*",
++-    category=SyntaxWarning)
++-# warnings in examples (mostly) that we allow
++-# TODO: eventually these should be eliminated!
++-for key in (
++-        'invalid escape sequence',  # numpydoc 0.8 has some bad escape chars
++-        'The integral is probably divergent',  # stats.mielke example
++-        'underflow encountered in square',  # signal.filtfilt underflow
++-        'underflow encountered in multiply',  # scipy.spatial.HalfspaceIntersection
++-        'underflow encountered in nextafter',  # tuterial/interpolate.rst
++-        # stats.skewnorm, stats.norminvgauss, stats.gaussian_kde,
++-        # tutorial/stats.rst (twice):
++-        'underflow encountered in exp',
++-        ):
++-    warnings.filterwarnings(
++-        'once', message='.*' + key)
++-
++ # -----------------------------------------------------------------------------
++ # HTML output
++ # -----------------------------------------------------------------------------
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..11f566ba1ec65e39579707986b0142d82eab690d
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,35 @@@
++From: Tirth Patel <tirthasheshpatel@gmail.com>
++Date: Fri, 28 Oct 2022 03:52:43 -0700
++Subject: DOC,MAINT: remove use of inspect.formatargspec dusing doc build
++ (#17301)
++
++---
++ doc/source/scipyoptdoc.py | 6 ++----
++ 1 file changed, 2 insertions(+), 4 deletions(-)
++
++diff --git a/doc/source/scipyoptdoc.py b/doc/source/scipyoptdoc.py
++index 75cd42d..d02c534 100644
++--- a/doc/source/scipyoptdoc.py
+++++ b/doc/source/scipyoptdoc.py
++@@ -20,10 +20,9 @@ Produces output similar to autodoc, except
++ - See Also link to the actual function documentation is inserted
++ 
++ """
++-import os, sys, re, pydoc
+++import sys, pydoc
++ import sphinx
++ import inspect
++-import collections
++ import textwrap
++ import warnings
++ 
++@@ -125,8 +124,7 @@ def wrap_mangling_directive(base_directive):
++             # XXX deprecation that we should fix someday using Signature (?)
++             with warnings.catch_warnings(record=True):
++                 warnings.simplefilter('ignore')
++-                signature = inspect.formatargspec(
++-                    args, varargs, keywords, defaults)
+++                signature = str(inspect.signature(obj))
++ 
++             # Produce output
++             self.options['noindex'] = True
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..eb59c05c64c1a78a9da471c6dfff9b45fc3488c4
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,24 @@@
++From: Gard Spreemann <gspreemann@gmail.com>
++Date: Tue, 2 Apr 2019 11:25:26 +0200
++Subject: Use system LBFGSB.
++
++---
++ scipy/optimize/setup.py | 4 +++-
++ 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-)
++
++Index: scipy/scipy/optimize/setup.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/optimize/setup.py        2022-02-11 18:56:19.803689586 +0100
+++++ scipy/scipy/optimize/setup.py     2022-02-11 18:56:19.803689586 +0100
++@@ -63,8 +63,10 @@
++         pre_build_hook = None
++ 
++     lapack = combine_dict(lapack, numpy_nodepr_api)
+++    lapack.setdefault('libraries', [])
+++    lapack['libraries'].append('lbfgsb')
++ 
++-    sources = ['lbfgsb.pyf', 'lbfgsb.f', 'linpack.f', 'timer.f']
+++    sources = ['lbfgsb.pyf']
++     ext = config.add_extension('_lbfgsb',
++                                sources=[join('lbfgsb_src', x)
++                                         for x in sources],
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..a1685a79b8784d3a2c34fb2f0c03a031ffcc2923
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,17 @@@
++Index: scipy/scipy/special/_round.h
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/special/_round.h 2021-08-17 17:46:09.254650951 +0200
+++++ scipy/scipy/special/_round.h      2022-06-14 08:40:23.531748220 +0200
++@@ -69,5 +69,12 @@
++ 
++ #endif
++ 
+++/* SH4 is not C99 compliant, see https://github.com/scipy/scipy/issues/15584 */
+++#ifndef FE_UPWARD
+++#define FE_UPWARD -1
+++#endif
+++#ifndef FE_DOWNWARD
+++#define FE_DOWNWARD -1
+++#endif
++ 
++ #endif /* _round.h */
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..93c6ca2934c6eb9b881468dd2efe3e779191fcbd
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,35 @@@
++Index: scipy/scipy/sparse/_sputils.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/sparse/_sputils.py       2023-01-19 14:48:00.372177721 +0100
+++++ scipy/scipy/sparse/_sputils.py    2023-01-19 14:48:00.364177447 +0100
++@@ -11,7 +11,8 @@
++            'isshape', 'issequence', 'isdense', 'ismatrix', 'get_sum_dtype']
++ 
++ supported_dtypes = [np.bool_, np.byte, np.ubyte, np.short, np.ushort, np.intc,
++-                    np.uintc, np.int_, np.uint, np.longlong, np.ulonglong, np.single, np.double,
+++                    np.uintc, np.int_, np.uint, np.longlong, np.ulonglong,
+++                    np.single, np.double,
++                     np.longdouble, np.csingle, np.cdouble, np.clongdouble]
++ 
++ _upcast_memo = {}
++@@ -89,7 +90,19 @@
++ 
++ 
++ def to_native(A):
++-    return np.asarray(A, dtype=A.dtype.newbyteorder('native'))
+++    """
+++    Ensure that the data type of the NumPy array `A` has native byte order.
+++
+++    `A` must be a NumPy array.  If the data type of `A` does not have native
+++    byte order, a copy of `A` with a native byte order is returned. Otherwise
+++    `A` is returned.
+++    """
+++    dt = A.dtype
+++    if dt.isnative:
+++        # Don't call `asarray()` if A is already native, to avoid unnecessarily
+++        # creating a view of the input array.
+++        return A
+++    return np.asarray(A, dtype=dt.newbyteorder('native'))
++ 
++ 
++ def getdtype(dtype, a=None, default=None):
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..724c0eb5d95d304ae14020c1c92145d83324856f
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,14 @@@
++Index: scipy/scipy/_lib/boost/boost/math/tools/config.hpp
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/_lib/boost/boost/math/tools/config.hpp   2021-08-17 17:46:08.822648218 +0200
+++++ scipy/scipy/_lib/boost/boost/math/tools/config.hpp        2022-01-10 13:11:06.796416639 +0100
++@@ -29,7 +29,8 @@
++ #include <boost/math/tools/user.hpp>
++ 
++ #if (defined(__CYGWIN__) || defined(__FreeBSD__) || defined(__NetBSD__) || defined(__EMSCRIPTEN__)\
++-   || (defined(__hppa) && !defined(__OpenBSD__)) || (defined(__NO_LONG_DOUBLE_MATH) && (DBL_MANT_DIG != LDBL_MANT_DIG))) \
+++   || (defined(__hppa) && !defined(__OpenBSD__) && !defined(__linux__)) \
+++   || (defined(__NO_LONG_DOUBLE_MATH) && (DBL_MANT_DIG != LDBL_MANT_DIG))) \
++    && !defined(BOOST_MATH_NO_LONG_DOUBLE_MATH_FUNCTIONS)
++ #  define BOOST_MATH_NO_LONG_DOUBLE_MATH_FUNCTIONS
++ #endif
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..f2839fdfc1bc796970d5c52433f6cc1eeee1307d
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,332 @@@
++Index: scipy/scipy/linalg/tests/test_decomp.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/linalg/tests/test_decomp.py      2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/linalg/tests/test_decomp.py   2022-07-26 22:50:06.195812392 +0200
++@@ -1909,6 +1909,7 @@
++         tc2, zc2 = rsf2csf(tc, zc)
++         assert_array_almost_equal(zc2 @ tc2 @ zc2.conj().T, a)
++ 
+++    @pytest.mark.skip(reason="test fails, see https://github.com/scipy/scipy/issues/14517")
++     def test_sort(self):
++         a = [[4., 3., 1., -1.],
++              [-4.5, -3.5, -1., 1.],
++Index: scipy/scipy/linalg/tests/test_solvers.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/linalg/tests/test_solvers.py     2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/linalg/tests/test_solvers.py  2022-07-26 22:50:06.195812392 +0200
++@@ -306,7 +306,7 @@
++     for ind, case in enumerate(cases):
++         _test_factory(case, min_decimal[ind])
++ 
++-
+++@pytest.mark.skip(reason="test fails, see https://github.com/scipy/scipy/issues/14517")
++ def test_solve_discrete_are():
++ 
++     cases = [
++Index: scipy/scipy/optimize/tests/test_optimize.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/optimize/tests/test_optimize.py  2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/optimize/tests/test_optimize.py       2022-07-26 22:50:06.195812392 +0200
++@@ -992,6 +992,7 @@
++ 
++             assert_allclose(v, self.func(self.solution), rtol=tol)
++ 
+++    @pytest.mark.skip(reason="contradictory: expected to fail but succeeds")
++     def test_minimize_l_bfgs_maxls(self):
++         # check that the maxls is passed down to the Fortran routine
++         sol = optimize.minimize(optimize.rosen, np.array([-1.2, 1.0]),
++Index: scipy/scipy/linalg/tests/test_lapack.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/linalg/tests/test_lapack.py      2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/linalg/tests/test_lapack.py   2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
++@@ -1032,7 +1032,7 @@
++ 
++         eig, _, info = syevd(a)
++         assert_(info == 0)
++-        assert_allclose(eig, eig_gvd, rtol=1e-4)
+++        assert_allclose(eig, eig_gvd, rtol=2e-4)
++ 
++ 
++ def test_hegst():
++Index: scipy/scipy/interpolate/tests/test_fitpack.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/interpolate/tests/test_fitpack.py        2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/interpolate/tests/test_fitpack.py     2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
++@@ -6,6 +6,7 @@
++                            assert_almost_equal, assert_array_almost_equal)
++ from pytest import raises as assert_raises
++ import pytest
+++import platform
++ from scipy._lib._testutils import check_free_memory
++ 
++ from numpy import array, asarray, pi, sin, cos, arange, dot, ravel, sqrt, round
++@@ -353,6 +354,7 @@
++     def test_order0_diff(self):
++         assert_raises(ValueError, splder, self.spl, 4)
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
++     def test_kink(self):
++         # Should refuse to differentiate splines with kinks
++ 
++Index: scipy/scipy/optimize/tests/test_linprog.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/optimize/tests/test_linprog.py   2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/optimize/tests/test_linprog.py        2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
++@@ -13,6 +13,7 @@
++ from scipy.linalg import LinAlgWarning
++ import scipy.sparse
++ import pytest
+++import platform
++ 
++ has_umfpack = True
++ try:
++@@ -527,6 +528,7 @@
++         if do_presolve:
++             assert_equal(res.nit, 0)
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
++     def test_bounds_infeasible_2(self):
++ 
++         # Test ill-valued bounds (lower inf, upper -inf)
++Index: scipy/scipy/special/tests/test_round.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/special/tests/test_round.py      2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/special/tests/test_round.py   2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
++@@ -1,8 +1,14 @@
++ import numpy as np
++ import pytest
+++import platform
++ 
++ from scipy.special import _test_round
++ 
+++machine=platform.machine()
+++if ( machine.startswith('arm') or
+++     machine=='alpha' or
+++     machine=='parisc64' ):
+++    pytest.skip("rounding tests known to fail on armel, alpha and hppa", allow_module_level=True)
++ 
++ @pytest.mark.skipif(not _test_round.have_fenv(), reason="no fenv()")
++ def test_add_round_up():
++Index: scipy/scipy/stats/tests/test_stats.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/stats/tests/test_stats.py        2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/stats/tests/test_stats.py     2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
++@@ -18,6 +18,7 @@
++                            assert_array_less)
++ import pytest
++ from pytest import raises as assert_raises
+++import platform
++ import numpy.ma.testutils as mat
++ from numpy import array, arange, float32, float64, power
++ import numpy as np
++@@ -465,6 +466,7 @@
++     [1] 1.701815e-09
++     """
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine()=='ppc', reason="test known to fail on powerpc")
++     def test_basic(self):
++         fisher_exact = stats.fisher_exact
++ 
++@@ -5736,14 +5738,17 @@
++         with pytest.raises(ValueError, match='Invalid array input'):
++             stats.gstd('This should fail as it can not be cast to an array.')
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
++     def test_raises_value_error_zero_entry(self):
++         with pytest.raises(ValueError, match='Non positive value'):
++             stats.gstd(np.append(self.array_1d, [0]))
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
++     def test_raises_value_error_negative_entry(self):
++         with pytest.raises(ValueError, match='Non positive value'):
++             stats.gstd(np.append(self.array_1d, [-1]))
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
++     def test_raises_value_error_inf_entry(self):
++         with pytest.raises(ValueError, match='Infinite value'):
++             stats.gstd(np.append(self.array_1d, [np.inf]))
++Index: scipy/scipy/signal/tests/test_spectral.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/signal/tests/test_spectral.py    2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/signal/tests/test_spectral.py 2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
++@@ -4,6 +4,7 @@
++                            assert_array_almost_equal_nulp, suppress_warnings)
++ import pytest
++ from pytest import raises as assert_raises
+++import platform
++ 
++ from scipy import signal
++ from scipy.fft import fftfreq
++@@ -94,6 +95,7 @@
++         assert_raises(ValueError, periodogram, np.zeros(4, np.complex128),
++                 scaling='foo')
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('i686'), reason="test known to fail on i386 linux and hurd")
++     def test_nd_axis_m1(self):
++         x = np.zeros(20, dtype=np.float64)
++         x = x.reshape((2,1,10))
++@@ -104,6 +106,7 @@
++         f0, p0 = periodogram(x[0,0,:])
++         assert_array_almost_equal_nulp(p0[np.newaxis,:], p[1,:], 60)
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('i686'), reason="test known to fail on i386 linux and hurd")
++     def test_nd_axis_0(self):
++         x = np.zeros(20, dtype=np.float64)
++         x = x.reshape((10,2,1))
++Index: scipy/scipy/sparse/linalg/_isolve/tests/test_iterative.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/sparse/linalg/_isolve/tests/test_iterative.py    2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/sparse/linalg/_isolve/tests/test_iterative.py 2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
++@@ -10,6 +10,7 @@
++      assert_, assert_allclose, suppress_warnings)
++ import pytest
++ from pytest import raises as assert_raises
+++import platform
++ 
++ from numpy import zeros, arange, array, ones, eye, iscomplexobj
++ from scipy.linalg import norm
++@@ -468,6 +469,7 @@
++     pytest.param(bicgstab, marks=pytest.mark.xfail),
++     pytest.param(gcrotmk, marks=pytest.mark.xfail),
++     pytest.param(tfqmr, marks=pytest.mark.xfail)])
+++@pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('i686'), reason="needs tol=9 not 5 on i386 (linux and hurd)")
++ def test_maxiter_worsening(solver):
++     # Check error does not grow (boundlessly) with increasing maxiter.
++     # This can occur due to the solvers hitting close to breakdown,
++Index: scipy/scipy/spatial/tests/test_distance.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/spatial/tests/test_distance.py   2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/spatial/tests/test_distance.py        2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
++@@ -1155,7 +1155,7 @@
++     def test_pdist_jensenshannon_iris(self):
++         if _is_32bit():
++             # Test failing on 32-bit Linux on Azure otherwise, see gh-12810
++-            eps = 1.5e-10
+++            eps = 2.5e-10
++         else:
++             eps = 1e-12
++ 
++Index: scipy/scipy/spatial/transform/tests/test_rotation.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/spatial/transform/tests/test_rotation.py 2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/spatial/transform/tests/test_rotation.py      2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
++@@ -1,4 +1,5 @@
++ import pytest
+++import platform
++ 
++ import numpy as np
++ from numpy.testing import assert_equal, assert_array_almost_equal
++@@ -1115,9 +1116,14 @@
++ 
++ 
++ def test_align_vectors_single_vector():
+++    if platform.machine().startswith("i686"):
+++        # Test failing on 32-bit i386 (linux and hurd)
+++        eps = 3e-8
+++    else:
+++        eps = 1e-16
++     with pytest.warns(UserWarning, match="Optimal rotation is not"):
++         r_estimate, rmsd = Rotation.align_vectors([[1, -1, 1]], [[1, 1, -1]])
++-        assert_allclose(rmsd, 0, atol=1e-16)
+++        assert_allclose(rmsd, 0, atol=eps)
++ 
++ 
++ def test_align_vectors_invalid_input():
++Index: scipy/scipy/io/arff/tests/test_arffread.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/io/arff/tests/test_arffread.py   2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/io/arff/tests/test_arffread.py        2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
++@@ -11,6 +11,7 @@
++                            assert_array_equal, assert_equal, assert_)
++ import pytest
++ from pytest import raises as assert_raises
+++import platform
++ 
++ from scipy.io.arff import loadarff
++ from scipy.io.arff._arffread import read_header, ParseArffError
++@@ -97,7 +98,12 @@
++         for i in ['yop', 'yap']:
++             assert_array_almost_equal(data[i], expect_missing[i])
++ 
++-
+++machine=platform.machine()
+++@pytest.mark.skipif(machine=='s390x'
+++                    or machine.startswith('ppc')
+++                    or machine=='parisc64'
+++                    or machine=='sparc64',
+++                    reason="test known to fail on s390x, powerpc, ppc64, hppa and sparc64")
++ class TestNoData:
++     def test_nodata(self):
++         # The file nodata.arff has no data in the @DATA section.
++Index: scipy/scipy/linalg/tests/test_interpolative.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/linalg/tests/test_interpolative.py       2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/linalg/tests/test_interpolative.py    2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
++@@ -36,6 +36,7 @@
++                            assert_array_equal)
++ import pytest
++ from pytest import raises as assert_raises
+++import platform
++ import sys
++ _IS_32BIT = (sys.maxsize < 2**32)
++ 
++@@ -146,6 +147,7 @@
++         norm_2_est = pymatrixid.estimate_spectral_norm(A)
++         assert_allclose(norm_2_est, s[0], rtol=1e-6, atol=1e-8)
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armhf")
++     def test_estimate_spectral_norm_diff(self, A):
++         B = A.copy()
++         B[:, 0] *= 1.2
++Index: scipy/scipy/fft/tests/test_fftlog.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/fft/tests/test_fftlog.py 2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/fft/tests/test_fftlog.py      2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
++@@ -2,6 +2,7 @@
++ import numpy as np
++ from numpy.testing import assert_allclose
++ import pytest
+++import platform
++ 
++ from scipy.fft._fftlog import fht, ifht, fhtoffset
++ from scipy.special import poch
++@@ -99,6 +100,7 @@
++     assert_allclose(a, a_)
++ 
++ 
+++@pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('mips64'), reason="test known to fail on mips64el")
++ def test_fht_special_cases():
++     rng = np.random.RandomState(3491349965)
++ 
++Index: scipy/scipy/sparse/csgraph/tests/test_shortest_path.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/sparse/csgraph/tests/test_shortest_path.py       2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/sparse/csgraph/tests/test_shortest_path.py    2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
++@@ -7,6 +7,7 @@
++                                   NegativeCycleError)
++ import scipy.sparse
++ import pytest
+++import platform
++ 
++ directed_G = np.array([[0, 3, 3, 0, 0],
++                        [0, 0, 0, 2, 4],
++@@ -314,6 +315,7 @@
++     shortest_path(G, method=method)
++ 
++ 
+++@pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('mips64'), reason="test known to fail on mips64el")
++ def test_NaN_warnings():
++     with warnings.catch_warnings(record=True) as record:
++         shortest_path(np.array([[0, 1], [np.nan, 0]]))
++Index: scipy/scipy/stats/tests/test_distributions.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/stats/tests/test_distributions.py        2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
+++++ scipy/scipy/stats/tests/test_distributions.py     2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
++@@ -2261,6 +2261,7 @@
++         assert_(np.isfinite(s))
++         assert_(not np.isfinite(k))
++ 
+++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('mips64'), reason="test known to fail on mips64el")
++     def test_moments_warnings(self):
++         # no warnings should be generated for dfd = 2, 4, 6, 8 (div by zero)
++         with warnings.catch_warnings():
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..5923cefadfcd6ae6b0a22517ab367a009c91a088
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,82 @@@
++From 82ad101e8a9317a2c5d7640b64d31c3ecb53b022 Mon Sep 17 00:00:00 2001
++From: serge-sans-paille <serge.guelton@telecom-bretagne.eu>
++Date: Mon, 29 Aug 2022 08:15:49 +0200
++Subject: [PATCH] WIP
++
++---
++ scipy/optimize/_group_columns.py   | 8 ++++----
++ scipy/signal/_max_len_seq.py       | 5 +++--
++ scipy/signal/_max_len_seq_inner.py | 4 ++--
++ scipy/sparse/_sputils.py           | 3 ++-
++ 4 files changed, 11 insertions(+), 9 deletions(-)
++
++Index: scipy/scipy/optimize/_group_columns.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/optimize/_group_columns.py       2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
+++++ scipy/scipy/optimize/_group_columns.py    2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
++@@ -52,10 +52,10 @@
++     return groups
++ 
++ 
++-#pythran export group_sparse(int, int, intc[], intc[])
++-#pythran export group_sparse(int, int, int[], int[])
++-#pythran export group_sparse(int, int, intc[::], intc[::])
++-#pythran export group_sparse(int, int, int[::], int[::])
+++#pythran export group_sparse(int, int, int32[], int32[])
+++#pythran export group_sparse(int, int, int64[], int64[])
+++#pythran export group_sparse(int, int, int32[::], int32[::])
+++#pythran export group_sparse(int, int, int64[::], int64[::])
++ def group_sparse(m, n, indices, indptr):
++     groups = -np.ones(n, dtype=np.intp)
++     current_group = 0
++Index: scipy/scipy/signal/_max_len_seq.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/signal/_max_len_seq.py   2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
+++++ scipy/scipy/signal/_max_len_seq.py        2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
++@@ -101,14 +101,15 @@
++     >>> plt.show()
++ 
++     """
+++    taps_dtype = np.int32 if np.intp().itemsize == 4 else np.int64
++     if taps is None:
++         if nbits not in _mls_taps:
++             known_taps = np.array(list(_mls_taps.keys()))
++             raise ValueError('nbits must be between %s and %s if taps is None'
++                              % (known_taps.min(), known_taps.max()))
++-        taps = np.array(_mls_taps[nbits], np.intp)
+++        taps = np.array(_mls_taps[nbits], taps_dtype)
++     else:
++-        taps = np.unique(np.array(taps, np.intp))[::-1]
+++        taps = np.unique(np.array(taps, taps_dtype))[::-1]
++         if np.any(taps < 0) or np.any(taps > nbits) or taps.size < 1:
++             raise ValueError('taps must be non-empty with values between '
++                              'zero and nbits (inclusive)')
++Index: scipy/scipy/signal/_max_len_seq_inner.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/signal/_max_len_seq_inner.py     2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
+++++ scipy/scipy/signal/_max_len_seq_inner.py  2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
++@@ -3,8 +3,8 @@
++ 
++ import numpy as np
++ 
++-#pythran export _max_len_seq_inner(intp[], int8[], int, int, int8[])
++-#pythran export _max_len_seq_inner(int[], int8[], int, int, int8[])
+++#pythran export _max_len_seq_inner(int32[], int8[], int, int, int8[])
+++#pythran export _max_len_seq_inner(int64[], int8[], int, int, int8[])
++ 
++ # Fast inner loop of max_len_seq.
++ def _max_len_seq_inner(taps, state, nbits, length, seq):
++Index: scipy/scipy/sparse/_sputils.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/sparse/_sputils.py       2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
+++++ scipy/scipy/sparse/_sputils.py    2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
++@@ -153,7 +153,8 @@
++     int32min = np.iinfo(np.int32).min
++     int32max = np.iinfo(np.int32).max
++ 
++-    dtype = np.intc
+++    # not using intc directly due to misinteractions with pythran
+++    dtype = np.int32 if np.intc().itemsize == 4 else np.int64
++     if maxval is not None:
++         if maxval > int32max:
++             dtype = np.int64
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..5f7aced731f0c8c29456f9b88565c4e67c6b5c19
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,26 @@@
++From: Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>
++Date: Mon, 12 Oct 2015 15:17:23 -0700
++Subject: enable large file support
++
++ probably not needed as the file open api of qhull is not available in python
++Forwarded: no
++
++Patch-Name: qhull-lfs.patch
++---
++ scipy/spatial/setup.py | 3 +++
++ 1 file changed, 3 insertions(+)
++
++Index: scipy/scipy/spatial/setup.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/scipy/spatial/setup.py 2022-02-11 18:59:49.481435693 +0100
+++++ scipy/scipy/spatial/setup.py      2022-02-11 18:59:49.477435659 +0100
++@@ -53,6 +53,9 @@
++     config.add_extension('_qhull',
++                          sources=['_qhull.c', 'qhull_misc.c'] + qhull_src,
++                          **cfg)
+++    cfg.setdefault('define_macros', []).append(('_FILE_OFFSET_BITS','64'))
+++    cfg.setdefault('define_macros', []).append(('_LARGEFILE_SOURCE','1'))
+++    cfg.setdefault('define_macros', []).append(('_LARGEFILE64_SOURCE','1'))
++ 
++     # cKDTree
++     ckdtree_src = ['query.cxx',
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..66f75ef1587d792db9fa2f68867ee59a1f07832d
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,21 @@@
++use_local_mathjax.patch
++qhull-lfs.patch
++Use-system-LBFGSB.patch
++hppa-boost-long-double-config.patch
++manage_tests.patch
++build_sh4_FE.patch
++pythran_type_PR16646.patch
++0008-Don-t-treat-warnings-as-errors-in-pytest.patch
++0009-Remove-some-documentation-referencing-the-source.patch
++0010-Allow-test_svds_parameter_k_which-to-fail-on-armel.patch
++0011-BUG-fix-syevr-series-segfault-by-explicitly-specifyi.patch
++0012-MAINT-Handle-numpy-s-deprecation-of-accepting-out-of.patch
++0013-MAINT-casting-errstate-for-NumPy-1.24.patch
++0014-MAINT-fix-up-_sputils.get_index_dtype-for-NEP-50-cas.patch
++0015-TST-fix-test-issues-with-casting-related-warnings-wi.patch
++0016-BUG-Fix-power-operator-behaviour-for-sparse-arrays-t.patch
++0017-MAINT-fix-umfpack-test-failure-with-numpy-1.23.patch
++0018-Drop-intersphinx.patch
++0019-Ignore-sphinx-warnings.patch
++0020-DOC-MAINT-remove-use-of-inspect.formatargspec-dusing.patch
++fix_numpy1.24_PR17035.patch
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..fc0870efc270027404132ca8f6a019d09d215e95
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,22 @@@
++From: SVN-Git Migration <python-modules-team@lists.alioth.debian.org>
++Date: Mon, 12 Oct 2015 15:17:20 -0700
++Subject: use_local_mathjax
++
++Setting mathjax_path variable to use the local mathjax javascript library
++Patch-Name: use_local_mathjax.patch
++---
++ doc/source/conf.py | 3 ++-
++ 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-)
++
++Index: scipy/doc/source/conf.py
++===================================================================
++--- scipy.orig/doc/source/conf.py     2022-06-13 17:46:20.658259519 +0200
+++++ scipy/doc/source/conf.py  2022-06-13 17:46:20.650259451 +0200
++@@ -224,6 +224,7 @@
++ htmlhelp_basename = 'scipy'
++ 
++ mathjax_path = "scipy-mathjax/MathJax.js?config=scipy-mathjax"
+++mathjax_path='/usr/share/javascript/mathjax/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'
++ 
++ 
++ # -----------------------------------------------------------------------------
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..0490e435532f4e0cb1e8f1de86594621d7bd0454
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,14 @@@
++Document: python-scipy-doc
++Title: SciPy Manual
++Author: The SciPy community
++Abstract: This guide is intended as an introductory overview of SciPy
++ and explains how to install and make use of the most important
++ features of SciPy.
++ There is also a tutorial and an API reference manual which details
++ functions, modules, and objects included in SciPy, describing what 
++ they are and what they do.
++Section: Programming/Python
++
++Format: HTML
++Index: /usr/share/doc/python-scipy-doc/html/index.html
++Files: /usr/share/doc/python-scipy-doc/html/*
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..8137b041cf99a0384d1a3c2c1f60c66d910a700c
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++doc/build/html
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..91bb3f73b6c5cba1a631a9863784d44af84489fc
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++bogus-mail-host-in-debian-changelog Debian/i386 Build Daemon <buildd_i386-saens> *
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..91bb3f73b6c5cba1a631a9863784d44af84489fc
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++bogus-mail-host-in-debian-changelog Debian/i386 Build Daemon <buildd_i386-saens> *
diff --cc debian/rules
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..6d1614264c99837f4f9dbd8e153fda04fd772f08
new file mode 100755 (executable)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,113 @@@
++#!/usr/bin/make -f
++
++export PYBUILD_NAME=scipy
++
++include /usr/share/dpkg/architecture.mk
++
++unexport LDFLAGS
++export FFLAGS="-fPIC"
++export ATLAS=None
++export PATH := $(CURDIR)/debian/extra_bin:$(PATH)
++export SCIPY_USE_PYTHRAN=0
++
++PY3VERS:= $(shell py3versions -v -s)
++PY3_DEFAULT:= $(shell py3versions -dv)
++TMPDIR := $(CURDIR)/build/tmp
++BASE=$(shell pwd)/debian
++
++ifneq (,$(filter parallel=%,$(DEB_BUILD_OPTIONS)))
++  export NPY_NUM_BUILD_JOBS = $(patsubst parallel=%,%,$(filter parallel=%,$(DEB_BUILD_OPTIONS)))
++endif
++
++export SCIPY_USE_PYTHRAN = $(shell if dpkg-query -s python3-pythran >/dev/null 2>/dev/null; then echo 1; else echo 0; fi )
++
++# stats/tests/test_continuous_basic.py::test_cont_basic[500-200-ncf-arg74] test fails with IntegrationWarning
++# https://github.com/scipy/scipy/issues/14519
++SKIP_TEST_LIST += "test_cont_basic[500-200-ncf-arg74]"
++
++ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), arm64))
++    SKIP_TEST_LIST += test_maxiter_worsening[lgmres]
++endif
++
++# linalg/tests/test_decomp.py started segfaulting on armel
++ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), armel))
++    SKIP_TEST_LIST += test_decomp test_random_exact
++endif
++
++# Bug#1017864 test_kolmogorov.py segfaults on i386 (including hurd)
++SKIP_KOLMOGOROV_ARCH_LIST := i386 hurd-i386
++ifneq (,$(findstring $(space)$(DEB_HOST_ARCH)$(space), $(space)$(SKIP_KOLMOGOROV_ARCH_LIST)$(space)))
++  SKIP_TEST_LIST += TestSmirnovp
++endif
++
++# integrate/_ivp/tests/test_ivp.py fail on mips64el
++# see https://github.com/scipy/scipy/issues/16883
++ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), mips64el))
++    SKIP_TEST_LIST += test_first_step test_classes
++endif
++
++ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), mipsel))
++    SKIP_TEST_LIST += test_NaN_warnings test_moments_warnings
++endif
++
++ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), hppa))
++    SKIP_TEST_LIST += test_nodata test_cont_basic[500-200-semicircular-arg89]
++endif
++
++# powerpc: failures in stats/tests/test_stats.py: overflow encountered in _hypergeom_*
++ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), powerpc))
++    SKIP_TEST_LIST += test_hypergeom_cdf test_hypergeom_sf test_nch_hypergeom test_precision test_precise test_less_greater
++endif
++
++ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), s390x))
++    SKIP_TEST_LIST += test_maxiter_worsening test_atol[bicg]
++endif
++
++%:
++      dh $@ --buildsystem=pybuild
++
++execute_after_dh_auto_clean:
++      rm -rf build .pybuild
++      -find $(CURDIR) -name __pycache__ -type d -exec rm -rf {} +
++      -rm -rf doc/source/fontList*
++      -rm -rf doc/source/reference/generated
++      -rm -rf doc/build
++
++execute_before_dh_auto_configure:
++      echo "Building scipy with SCIPY_USE_PYTHRAN=$(SCIPY_USE_PYTHRAN)"
++
++execute_before_dh_installdocs-indep:
++      (export MPLCONFIGDIR=. ; \
++      PYLIBPATH=`pybuild --print build_dir -p$(PY3_DEFAULT) | awk '{print $$3}'`; \
++      echo "building docs using PYLIBPATH=$$PYLIBPATH"; \
++      PYTHONPATH=$$PYLIBPATH make -C doc html PYTHONPATH=$$PYLIBPATH PYVER=3)
++
++override_dh_auto_test:
++      echo "Build-time tests will be run after the installation dir is installed"
++
++ifeq (,$(filter nocheck,$(DEB_BUILD_OPTIONS)))
++execute_after_dh_auto_install:
++      set -e; \
++      SKIP_TESTS=""; \
++      list_initialised=0; \
++      for t in $(SKIP_TEST_LIST); do \
++          if [ $${list_initialised} = 0 ]; then \
++              SKIP_TESTS=$$t; \
++              list_initialised=1; \
++          else \
++              SKIP_TESTS="$${SKIP_TESTS} or $$t"; \
++          fi; \
++      done; \
++      if [ "x$${SKIP_TESTS}" != "x" ]; then \
++          SKIP_TESTS="not ( $${SKIP_TESTS} )"; \
++      fi; \
++      echo "skipping tests: $${SKIP_TESTS}"; \
++      for py in $(PY3VERS); do \
++        PYLIBPATH=`pybuild --print build_dir -p$$py | awk '{print $$3}'`; \
++        PYTHONPATH=$$PYLIBPATH python$$py \
++              $(CURDIR)/runtests.py -n -- -k "$${SKIP_TESTS}"; \
++      done
++endif
++
++execute_after_dh_install:
++      dh_numpy3
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..163aaf8d82b6c54f23c45f32895dbdfdcc27b047
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++3.0 (quilt)
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..aed8072550283e902dfc9d232d9aa4b8a536753a
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,2 @@@
++obsolete-url-in-packaging https://code.google.com/archive/p/ampgo [debian/copyright]
++source-contains-prebuilt-windows-binary [scipy/io/tests/data/fortran-si4-11x1x10.dat]
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..6d65db3260b22fae357dc94e90ec558c5b583a7e
new file mode 120000 (symlink)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++openblas
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..6d65db3260b22fae357dc94e90ec558c5b583a7e
new file mode 120000 (symlink)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++openblas
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..cb0253ffb775a0df853d9b7e32eee9070c8d8a19
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,22 @@@
++Tests: python3
++Depends: build-essential, python3-scipy, python3-pytest, python3-all, python3-all-dev, python3-pil
++
++# short test on all python versions including debug
++Tests: python3-smoke
++Depends: python3-scipy, python3-pytest, python3-all
++
++#needs root for update-alternatives, build-essential for libc6-dev (ctype libm.so)
++Tests: openblas
++Restrictions: needs-root
++Depends: build-essential, python3-scipy, python3-pytest, python3, libopenblas-dev
++Architecture: amd64 arm64 armhf i386 powerpc ppc64el ppc64 kfreebsd-i386 kfreebsd-amd64 mips64el riscv64 sparc64 s390x
++
++#needs root for update-alternatives, build-essential for libc6-dev (ctype libm.so)
++Tests: atlas
++Restrictions: needs-root
++Depends: build-essential, python3-scipy, python3-pytest, python3, libatlas-base-dev
++
++#needs root for update-alternatives, build-essential for libc6-dev (ctype libm.so)
++Tests: blis
++Restrictions: needs-root
++Depends: build-essential, python3-scipy, python3-pytest, python3, libblis-dev
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..7cdc4cb04861011b46547dea4d4ee998edb3ea73
new file mode 100755 (executable)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,21 @@@
++#!/bin/sh
++set -efu
++ma=$(dpkg-architecture -qDEB_HOST_MULTIARCH)
++blaslib=$(update-alternatives --list libblas.so.3-$ma | grep -m1 $(basename $0))
++update-alternatives --set libblas.so.3-$ma $blaslib
++
++echo "=== testing "$(basename $0)" ==="
++
++# one python is enough
++PYS=${PYS:-"$(py3versions -d 2>/dev/null)"}
++
++#test only modules that link against libblas
++PYS=$PYS TESTPKG=odr debian/tests/python3
++PYS=$PYS TESTPKG=optimize debian/tests/python3
++PYS=$PYS TESTPKG=spatial debian/tests/python3
++PYS=$PYS TESTPKG=special debian/tests/python3
++PYS=$PYS TESTPKG=cluster debian/tests/python3
++PYS=$PYS TESTPKG=integrate debian/tests/python3
++PYS=$PYS TESTPKG=interpolate debian/tests/python3
++PYS=$PYS TESTPKG=sparse debian/tests/python3
++PYS=$PYS TESTPKG=linalg debian/tests/python3
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..67a728c8fd59497542bdf0179a0c16c1bc965566
new file mode 100755 (executable)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,117 @@@
++#!/bin/bash
++set -efu
++
++PYS=${PYS:-"$(py3versions -s 2>/dev/null)"}
++TESTMODE=${TESTMODE:-full}
++TESTPKG=${TESTPKG:-}
++export HOME=$AUTOPKGTEST_TMP
++export TMPDIR=$AUTOPKGTEST_TMP
++
++SUBMODULE=
++if [ "x${TESTPKG}" != "x" ]; then
++    SUBMODULE="-s ${TESTPKG}";
++fi
++
++MODE=
++if [ "x${TESTMODE}" != "xfull" ]; then
++    MODE="-m full";
++fi
++
++# some tests are expected to fail
++# so list tests to skip in array variable SKIP_TEST_LIST
++declare -a SKIP_TEST_LIST
++
++# some arches fail some tests with specific BLAS implementations
++# Bug#1003880: skip test_hermitian_modes with blis on i386 (sparse.linalg._eigen.arpack)
++arch=$(dpkg-architecture -qDEB_HOST_ARCH)
++ma=$(dpkg-architecture -qDEB_HOST_MULTIARCH)
++DEB_HOST_ARCH_BITS=$(dpkg-architecture -q DEB_HOST_ARCH_BITS)
++if [ "$arch" = "arm64" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q blis ; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_atol[cgs])
++fi
++if [ "$arch" = "i386" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q blis ; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_hermitian_modes test_complex_nonsymmetric_modes test_standard_nonsymmetric_starting_vector test_general_nonsymmetric_starting_vector test_svd_linop test_complex)
++fi
++if [ "$arch" = "armhf" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q openblas ; then
++    # test_large_rank_deficient in scipy/optimize/tests/test_lsq_linear.py times out or segfaults with openblas on armhf
++    # and other TestTRF tests time out
++    # test_disp in optimize/tests/test_linprog.py times out with openblas on armhf
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_large_rank_deficient TestTRF test_disp test_m_eq_n_sparse test_magic_square2 test_numerical_jac test_with_bounds test_bvp test_solver_selection)
++fi
++if [ "$arch" = "armhf" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q atlas ; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_aligned_mem)
++fi
++# segfaults in test_lsq_linear.py::TestBVLS
++# see https://ci.debian.net/data/autopkgtest/testing/armhf/s/scipy/25114019/log.gz
++if [ "$arch" = "armhf" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q blis ; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_large_rank_deficient)
++fi
++
++if [ "$arch" = "armel" ]; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_aligned_mem test_decomp)
++fi
++
++# Bug#1017864 test_kolmogorov.py segfaults on i386 (including hurd)
++if [ "$arch" = "i386" ] || [ "$arch" = "hurd-i386" ]; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} TestSmirnovp)
++fi
++
++# integrate/_ivp/tests/test_ivp.py fail on mips64el
++# see https://github.com/scipy/scipy/issues/16883
++if [ "$arch" = "mips64el" ]; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_first_step test_classes)
++fi
++
++if [ "$arch" = "ppc64el" ]; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_cossin test_cossin_separate testInitialization)
++fi
++
++if [ "$arch" = "s390x" ]; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_aligned_mem test_atol[bicg])
++fi
++
++if [ "$arch" = "ppc64el" ] || [ "$arch" = "arm64" ]; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_svds_parameter_tol)
++fi
++
++if [ "$arch" = "ppc64el" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q atlas ; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_bug_6139 test_svd_v0 test_svd_random_state test_svd_random_state_2)
++fi
++if [ "$arch" = "s390x" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q atlas ; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_bug_6139 test_solver_select)
++fi
++
++# avoid segfaults and other failures on riscv64
++if [ "$arch" = "riscv64" ]; then
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_kmeans2_high_dim test_krandinit test_kmeans2_kpp_high_dim)
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_banded_ode_solvers test_singular_term test_vode test_zvode test_odeint_banded_jacobian test_odeint_banded_jac)
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_vector test_iterative_refinements_dense)
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_sine_weighted_finite test_sine_weighted_infinite test_cosine_weighted_infinite)
++    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_scalar test_integrate_ppoly test_compare_dense_and_sparse)
++fi
++
++
++# stats/tests/test_continuous_basic.py::test_cont_basic[500-200-ncf-arg74] test fails with IntegrationWarning
++# https://github.com/scipy/scipy/issues/14519
++SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_cont_basic[500-200-ncf-arg74])
++
++SKIP_TESTS=""
++list_initialised=0
++for t in ${SKIP_TEST_LIST[@]}; do
++    if [ ${list_initialised} = 0 ]; then
++      SKIP_TESTS=$t
++      list_initialised=1
++    else
++      SKIP_TESTS="${SKIP_TESTS} or $t"
++    fi
++done
++if [ "x${SKIP_TESTS}" != "x" ]; then
++    SKIP_TESTS="not ( ${SKIP_TESTS} )"
++fi
++echo "skipping tests with SKIP_TEST_LIST=${SKIP_SKIP_TEST_LIST[@]}"
++
++for py in $PYS; do
++    echo "=== Testing: $py $TESTPKG ==="
++    $py runtests.py -n -v ${MODE} ${SUBMODULE} -- -k "${SKIP_TESTS}" 2>&1
++    echo "=== Done: $py $TESTPKG ==="
++done
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..2184d57791f8e234554cc4077be65d99a279164b
new file mode 100755 (executable)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,18 @@@
++#!/bin/sh
++set -efu
++echo "=== testing "$(basename $0)" ==="
++
++PYS=${PYS:-"$(py3versions -s 2>/dev/null)"}
++TESTMODE=${TESTMODE:-full}
++TESTPKG=${TESTPKG:-scipy}
++export HOME=$AUTOPKGTEST_TMP
++export TMPDIR=$AUTOPKGTEST_TMP
++
++cd "$AUTOPKGTEST_TMP"
++
++# test imports and a fast test
++for py in $PYS; do
++    echo "=== Testing: $py $TESTPKG ==="
++    $py -c "import scipy.interpolate, scipy.stats, scipy.ndimage; scipy.interpolate.test()" 2>&1
++    echo "=== Done: $py $TESTPKG ==="
++done
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..63aa7b5245c60cfcdd3674cef1bf8ec0bbd0a1b7
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,15 @@@
++---
++Bug-Database: https://github.com/scipy/scipy/issues
++Bug-Submit: https://github.com/scipy/scipy/issues/new
++Repository: https://github.com/scipy/scipy.git
++Repository-Browse: https://github.com/scipy/scipy
++Registry:
++ - Name: conda:conda-forge
++   Entry: scipy
++ - Name: bio.tools
++   Entry: NA
++   Checked: 2021-08-01
++ - Name: guix
++   Entry: python-scipy
++ - Name: SciCrunch
++   Entry: SCR_008058
diff --cc debian/watch
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..a20438ef2f1d0265084b128777512330aca26ef2
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,4 @@@
++version=4
++opts="filenamemangle=s%(?:.*?)?v?(\d[\d.]*@ARCHIVE_EXT@)%@PACKAGE@-$1%" \
++ https://github.com/scipy/scipy/tags \
++ (?:.*?/)?v?@ANY_VERSION@@ARCHIVE_EXT@