ismrmrd (1.3.3-1+rpi1) stretch-staging; urgency=medium
authorPeter Michael Green <plugwash@raspbian.org>
Thu, 8 Dec 2016 19:10:10 +0000 (19:10 +0000)
committerPeter Michael Green <plugwash@raspbian.org>
Thu, 8 Dec 2016 19:10:10 +0000 (19:10 +0000)
  * Disable testsuite.

[dgit import unpatched ismrmrd 1.3.3-1+rpi1]

24 files changed:
1  2 
debian/changelog
debian/compat
debian/control
debian/copyright
debian/gbp.conf
debian/ismrmrd-schema.install
debian/ismrmrd-tools.install
debian/ismrmrd-tools.lintian-overrides
debian/libismrmrd-dev.install
debian/libismrmrd-doc.doc-base
debian/libismrmrd-doc.docs
debian/libismrmrd-doc.examples
debian/libismrmrd1.3.install
debian/patches/Add-support-for-multiarch.patch
debian/patches/Disable-HTML-timestamps.patch
debian/patches/Fix-CMake-package-configuration.patch
debian/patches/Fix-CMake-package-detection.patch
debian/patches/Fix-HDF5-detection-with-CMake-3.6.patch
debian/patches/Use-explicit-64-bit-shifts-in-testsuite.patch
debian/patches/series
debian/rules
debian/source/format
debian/tests/control
debian/watch

index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..b85e7ce5cd306420a78929c4d1643784c3f2677e
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,137 @@@
++ismrmrd (1.3.3-1+rpi1) stretch-staging; urgency=medium
++
++  * Disable testsuite.
++
++ -- Peter Michael Green <plugwash@raspbian.org>  Thu, 08 Dec 2016 19:10:10 +0000
++
++ismrmrd (1.3.3-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream version 1.3.3
++  * Update patch queue.
++    - Drop Explicit-64-bit-shifts-for-flags.patch, applied upstream.
++    - Refresh Fix-HDF5-detection-with-CMake-3.6.patch.
++    - Refresh Use-Debian-CMake-find-module-location.patch.
++    - Drop hdf5-1.10.patch, applied upstream.
++  * Fix usability of ISMRMRD CMake packaging.
++    - New patch Fix-CMake-package-configuration.patch.
++    - New patch Fix-CMake-package-detection.patch.
++    - Drop Use-Debian-CMake-find-module-location.patch, no longer required.
++    - Install CMake configuration to -dev package.
++  * Upgrade packaging to debhelper 10.
++  * Drop superfluous Testsuite field.
++  * Simplify the packaging testsuite.
++  * Enable multiarch installation of binaries.
++    - New patch Add-support-for-multiarch.patch.
++    - Update install paths of lib and dev packages.
++    - Add Multi-Arch fields to all binary packages.
++  * Keep doxygen generated instance of jQuery.
++  * Miscellaneous changes to control file:
++    - Replace build dependency on libhdf5-serial-dev with libhdf5-dev.
++    - Add missing install dependency on libhdf5-dev for the -dev package.
++  * Miscellaneous changes to rules file:
++    - Disable verbosity by default.
++    - Reformat content of dh_auto_build override.
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Sat, 26 Nov 2016 11:45:27 +0000
++
++ismrmrd (1.3.2-4.1) unstable; urgency=medium
++
++  * Non-maintainer upload
++  * New patch to support HDF5 1.10 (closes: #841959)
++
++ -- Gilles Filippini <pini@debian.org>  Sun, 30 Oct 2016 17:54:19 +0100
++
++ismrmrd (1.3.2-4) unstable; urgency=medium
++
++  * Fix FTBFS due to buggy HDF5 detection with CMake 3.6.
++    Thanks to Lucas Nussbaum for reporting. (Closes: #835679)
++  * Update description of binary packages.
++  * Add missing Section field for some binary packages.
++  * Bump standards version to 3.9.8, no changes required.
++  * Use HTTPS for Format field in copyright file.
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Fri, 02 Sep 2016 11:27:37 +0100
++
++ismrmrd (1.3.2-3) unstable; urgency=medium
++
++  * d/rules: add missing maintainer CXXFLAGS.
++  * Add packaging testsuite.
++  * Add patch fixing compilation of examples with the installed find module.
++    File: Use-Debian-CMake-find-module-location
++  * Bump standards version to 3.9.7, no changes required.
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Sat, 05 Mar 2016 17:13:18 +0000
++
++ismrmrd (1.3.2-2) unstable; urgency=medium
++
++  * d/control: use secure VCS-Git URI.
++  * Add patch fixing FTBFS in testsuite.
++    File: Use-explicit-64-bit-shifts-in-testsuite.patch.
++    Thanks to Emilio Pozuelo Monfort (Closes: #802172)
++  * Provide examples in doc package.
++  * d/control: cme fix, wrap and sort.
++  * Fix usage of embedded jquery.
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Wed, 03 Feb 2016 19:32:00 +0000
++
++ismrmrd (1.3.2-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream release.
++  * Refresh patch queue:
++    - Drop fixing-check-after-free-in-unit-tests.patch, applied upstream.
++    - Drop cmake-install-docs.patch, now using alternative via d/rules.
++    - Rename make-build-reproducible.patch to Disable-HTML-timestamps.patch.
++    - Add Explicit-64-bit-shifts-for-flags.patch from upstream, should solve
++      issues with failing testsuite on some architectures.
++  * Simplify packaging of documentation.
++  * d/rules: add call to dh_doxygen.
++  * Update copyright information:
++    - Add upstream contact.
++    - Replace MIT by Expat.
++    - Wrap and sort.
++  * Add gbp.conf file.
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Mon, 26 Oct 2015 10:34:42 +0000
++
++ismrmrd (1.3.1-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream release.
++  * Bump soname of shared library package.
++  * Enable test suite, requires build dependency on libboost-test-dev.
++  * Use stricter hardening.
++  * Make documentation targets architecture-independent:
++    - d/control: move documentation dependencies to Build-Depends-Indep,
++    - d/p/cmake-install-docs.patch: enable installation of documentation,
++    - d/*-doc.install: use installation path set by the above patch,
++    - d/rules: split older rules to -arch and -indep.
++  * Remove jquery symlink in documentation package.
++  * Add d/p/fixing-check-after-free-in-unit-tests.patch, fixes an upstream bug
++    in the test suite.
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Fri, 18 Sep 2015 09:44:41 +0100
++
++ismrmrd (1.2.3-3) unstable; urgency=medium
++
++  * Team upload.
++  * Rebuild with g++ 5
++    Closes: #799107
++
++ -- Andreas Tille <tille@debian.org>  Wed, 16 Sep 2015 08:29:53 +0200
++
++ismrmrd (1.2.3-2) unstable; urgency=medium
++
++  * Make package build reproducible.
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Thu, 02 Jul 2015 18:33:32 +0100
++
++ismrmrd (1.2.3-1) unstable; urgency=medium
++
++  * New upstream release. 
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Thu, 18 Jun 2015 17:19:20 +0100
++
++ismrmrd (1.2.1-1) unstable; urgency=low
++
++  * Initial release (Closes: #732360)
++
++ -- Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>  Fri, 20 Feb 2015 16:28:54 +0000
diff --cc debian/compat
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..f599e28b8ab0d8c9c57a486c89c4a5132dcbd3b2
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++10
diff --cc debian/control
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..bc4d38c0b990b28c9e06e72b545af59e658ddd6e
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,108 @@@
++Source: ismrmrd
++Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
++Uploaders: Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>
++Section: science
++Priority: optional
++Build-Depends: cmake,
++               debhelper (>= 10),
++               libboost-program-options-dev,
++               libboost-test-dev,
++               libfftw3-dev,
++               libhdf5-dev,
++               libpugixml-dev
++Build-Depends-Indep: doxygen
++Standards-Version: 3.9.8
++Vcs-Browser: https://anonscm.debian.org/cgit/debian-med/ismrmrd.git
++Vcs-Git: https://anonscm.debian.org/git/debian-med/ismrmrd.git
++Homepage: http://ismrmrd.github.io/
++
++Package: libismrmrd1.3
++Architecture: any
++Multi-Arch: same
++Section: libs
++Depends: ${misc:Depends},
++         ${shlibs:Depends}
++Description: ISMRM Raw Data format (ISMRMRD)
++ The ISMRMRD format combines a mix of flexible data structures (XML header) 
++ and fixed structures (equivalent to C-structs) to represent MRI data.
++ .
++ In addition, the ISMRMRD format also specifies an image header for storing 
++ reconstructed images and the accompanying C++ library provides a convenient 
++ way of writing such images into HDF5 files along with generic arrays for 
++ storing less well defined data structures, e.g. coil sensitivity maps or 
++ other calibration data.
++ .
++ This package provides the shared library.
++
++Package: libismrmrd-dev
++Architecture: any
++Multi-Arch: same
++Section: libdevel
++Depends: ${misc:Depends},
++         libhdf5-dev,
++         libismrmrd1.3 (= ${binary:Version})
++Suggests: libismrmrd-doc
++Description: development files for ISMRMRD
++ The ISMRMRD format combines a mix of flexible data structures (XML header) 
++ and fixed structures (equivalent to C-structs) to represent MRI data.
++ .
++ In addition, the ISMRMRD format also specifies an image header for storing 
++ reconstructed images and the accompanying C++ library provides a convenient 
++ way of writing such images into HDF5 files along with generic arrays for 
++ storing less well defined data structures, e.g. coil sensitivity maps or 
++ other calibration data.
++ .
++ This package provides the development files.
++
++Package: libismrmrd-doc
++Architecture: all
++Multi-Arch: foreign
++Section: doc
++Depends: ${misc:Depends}
++Description: documentation for ISMRMRD
++ The ISMRMRD format combines a mix of flexible data structures (XML header) 
++ and fixed structures (equivalent to C-structs) to represent MRI data.
++ .
++ In addition, the ISMRMRD format also specifies an image header for storing 
++ reconstructed images and the accompanying C++ library provides a convenient 
++ way of writing such images into HDF5 files along with generic arrays for 
++ storing less well defined data structures, e.g. coil sensitivity maps or 
++ other calibration data.
++ .
++ This package provides the documentation.
++
++Package: ismrmrd-tools
++Architecture: any
++Multi-Arch: foreign
++Section: utils
++Depends: ${misc:Depends},
++         ${shlibs:Depends},
++         ismrmrd-schema
++Description: command-line tools for ISMRMRD
++ The ISMRMRD format combines a mix of flexible data structures (XML header) 
++ and fixed structures (equivalent to C-structs) to represent MRI data.
++ .
++ In addition, the ISMRMRD format also specifies an image header for storing 
++ reconstructed images and the accompanying C++ library provides a convenient 
++ way of writing such images into HDF5 files along with generic arrays for 
++ storing less well defined data structures, e.g. coil sensitivity maps or 
++ other calibration data.
++ .
++ This package provides the command-line tools.
++
++Package: ismrmrd-schema
++Architecture: all
++Multi-Arch: foreign
++Section: misc
++Depends: ${misc:Depends}
++Description: schema for ISMRMRD
++ The ISMRMRD format combines a mix of flexible data structures (XML header) 
++ and fixed structures (equivalent to C-structs) to represent MRI data.
++ .
++ In addition, the ISMRMRD format also specifies an image header for storing 
++ reconstructed images and the accompanying C++ library provides a convenient 
++ way of writing such images into HDF5 files along with generic arrays for 
++ storing less well defined data structures, e.g. coil sensitivity maps or 
++ other calibration data.
++ .
++ This package provides the XML schema.
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..181fa4c2cbccfedbf824e9e68823f592707d7fd1
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,47 @@@
++Format: https://www.debian.org/doc/packaging-manuals/copyright-format/1.0/
++Upstream-Name: ismrmrd
++Upstream-Contact: michael.hansen@nih.gov
++Source: http://ismrmrd.github.io/
++
++Files: *
++Copyright: 2013-2014 Michael S. Hansen <michael.hansen@nih.gov>
++           2013-2014 The ISMRMRD developers and contributors
++License: Expat
++
++Files: debian/*
++Copyright: 2014 Ghislain Vaillant <ghisvail@gmail.com>
++License: Expat
++
++Files: libsrc/pugiconfig.hpp
++       libsrc/pugixml.cpp
++       libsrc/pugixml.hpp
++Copyright: 2006-2014 Arseny Kapoulkine <arseny.kapoulkine@gmail.com>
++License: Expat
++
++License: Expat
++ The MIT License
++ .
++ Permission is hereby granted, free of charge, to any person
++ obtaining a copy of this software and associated
++ documentation files (the "Software"), to deal in the Software
++ without restriction, including without limitation the rights to
++ use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
++ and/or sell copies of the Software, and to permit persons to
++ whom the Software is furnished to do so, subject to the
++ following conditions:
++ .
++ The above copyright notice and this permission notice shall
++ be included in all copies or substantial portions of the
++ Software.
++ .
++ THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT
++ WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR IMPLIED,
++ INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
++ MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR
++ PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT
++ SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE
++ LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
++ LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT,
++ TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
++ CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
++ OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
diff --cc debian/gbp.conf
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..e4b2a8c279ad5a6860810e2a0004ffcff04062e1
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,9 @@@
++[DEFAULT]
++upstream-branch = upstream
++debian-branch = master
++upstream-tag = upstream/%(version)s
++debian-tag = debian/%(version)s
++pristine-tar = True
++
++[pq]
++patch-numbers = False
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..a1c957e7a1f832a1bb3ded2a06757153cc5099a2
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++usr/share/ismrmrd/schema/*
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..582ef72a5567c44d9642348cfd8fd1d14f2ef0fc
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,5 @@@
++usr/bin/ismrmrd_generate_cartesian_shepp_logan
++usr/bin/ismrmrd_info
++usr/bin/ismrmrd_read_timing_test
++usr/bin/ismrmrd_recon_cartesian_2d
++usr/bin/ismrmrd_test_xml
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..f640faab73f628e85f33be2e50c897b40d78c4e4
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,5 @@@
++ismrmrd-tools: binary-without-manpage usr/bin/ismrmrd_generate_cartesian_shepp_logan
++ismrmrd-tools: binary-without-manpage usr/bin/ismrmrd_info
++ismrmrd-tools: binary-without-manpage usr/bin/ismrmrd_read_timing_test
++ismrmrd-tools: binary-without-manpage usr/bin/ismrmrd_recon_cartesian_2d
++ismrmrd-tools: binary-without-manpage usr/bin/ismrmrd_test_xml
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..9af26b8e4ecfe8fe1a9f99f1d9cb2d987ac4a8b6
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,3 @@@
++usr/include/ismrmrd
++usr/lib/*/*.so
++usr/lib/*/cmake
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..05196f2b38f2839d95cc8d429637642424e797d3
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,10 @@@
++Document: libismrmrd-doc
++Title: ISMRMRD API Documentation
++Author: ISMRMRD developers
++Abstract: This documentation describes the ISMRMRD library API.
++Section: Science/Physics
++
++Format: HTML
++Index: /usr/share/doc/libismrmrd-doc/html/api/index.html
++Files: /usr/share/doc/libismrmrd-doc/html/api/*.html
++
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..32e5cb3cceed8b8580d9d77b1fa56938e7b49cf5
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++*/doc/html
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..e39721e20f0708703dc6d9b607634636d625e9b2
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++examples/*
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..3de3b10a49844edfe7e12e2fde3eb1357306fbfc
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++usr/lib/*/*.so.*
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..e547902d595dd4a74b96cd02bda68ce09213942c
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,45 @@@
++From: Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>
++Date: Fri, 11 Nov 2016 10:49:53 +0000
++Subject: Add support for multiarch.
++
++---
++ CMakeLists.txt | 10 ++++++----
++ 1 file changed, 6 insertions(+), 4 deletions(-)
++
++diff --git a/CMakeLists.txt b/CMakeLists.txt
++index e6b7589..b614f71 100644
++--- a/CMakeLists.txt
+++++ b/CMakeLists.txt
++@@ -198,10 +198,12 @@ target_link_libraries(ismrmrd ${ISMRMRD_TARGET_LINK_LIBS})
++ list(APPEND ISMRMRD_LIBRARIES ismrmrd) # Add to list of libraries to be found
++ list(APPEND ISMRMRD_LIBRARY_DIRS ${CMAKE_BINARY_DIR} ) # Add to list of directories to find libaries
++ 
+++include(GNUInstallDirs)
+++
++ # install the main library
++ install(TARGETS ismrmrd EXPORT ISMRMRDTargets
++-   LIBRARY DESTINATION lib
++-   ARCHIVE DESTINATION lib
+++   LIBRARY DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}
+++   ARCHIVE DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}
++    RUNTIME DESTINATION bin
++    COMPONENT Devel
++ )
++@@ -257,7 +259,7 @@ configure_file(cmake/ISMRMRDConfig.cmake.in
++ 
++ set(CONFIG_ISMRMRD_SCHEMA_DIR   ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/ismrmrd/schema)
++ set(CONFIG_ISMRMRD_TARGET_INCLUDE_DIRS ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
++-set(CONFIG_ISMRMRD_LIBRARY_DIRS ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
+++set(CONFIG_ISMRMRD_LIBRARY_DIRS ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${CMAKE_INSTALL_LIBDIR})
++ if (ISMRMRD_DATASET_SUPPORT)
++   list(APPEND CONFIG_ISMRMRD_TARGET_INCLUDE_DIRS ${HDF5_INCLUDE_DIRS})
++   list(APPEND CONFIG_ISMRMRD_LIBRARY_DIRS ${HDF5_LIBRARY_DIRS})
++@@ -268,7 +270,7 @@ configure_file(cmake/ISMRMRDConfig.cmake.in
++   @ONLY
++ )
++ 
++-set(ConfigPackageLocation lib/cmake/ISMRMRD)
+++set(ConfigPackageLocation ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}/cmake/ISMRMRD)
++ install(
++   FILES
++     "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/InstallFiles/ISMRMRDConfig.cmake"
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..63190a990a5f7e38f510d03e0154b4b67955f8cf
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,22 @@@
++From: Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>
++Date: Wed, 18 Nov 2015 18:53:13 +0000
++Subject: Disable HTML timestamps.
++
++Reason: makes build reproducible.
++---
++ doc/Doxyfile.in | 2 +-
++ 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)
++
++diff --git a/doc/Doxyfile.in b/doc/Doxyfile.in
++index ff07a28..5346e9a 100644
++--- a/doc/Doxyfile.in
+++++ b/doc/Doxyfile.in
++@@ -1130,7 +1130,7 @@ HTML_COLORSTYLE_GAMMA  = 80
++ # The default value is: YES.
++ # This tag requires that the tag GENERATE_HTML is set to YES.
++ 
++-HTML_TIMESTAMP         = YES
+++HTML_TIMESTAMP         = NO
++ 
++ # If the HTML_DYNAMIC_SECTIONS tag is set to YES then the generated HTML
++ # documentation will contain sections that can be hidden and shown after the
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..5d7c99b478f3bfcb5f80a1b0279f2f45eed2031c
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,24 @@@
++From: Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>
++Date: Fri, 11 Nov 2016 12:36:34 +0000
++Subject: Fix CMake package configuration.
++
++---
++ CMakeLists.txt | 5 +++++
++ 1 file changed, 5 insertions(+)
++
++diff --git a/CMakeLists.txt b/CMakeLists.txt
++index 5e9b1a9..e6b7589 100644
++--- a/CMakeLists.txt
+++++ b/CMakeLists.txt
++@@ -258,6 +258,11 @@ configure_file(cmake/ISMRMRDConfig.cmake.in
++ set(CONFIG_ISMRMRD_SCHEMA_DIR   ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/ismrmrd/schema)
++ set(CONFIG_ISMRMRD_TARGET_INCLUDE_DIRS ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
++ set(CONFIG_ISMRMRD_LIBRARY_DIRS ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
+++if (ISMRMRD_DATASET_SUPPORT)
+++  list(APPEND CONFIG_ISMRMRD_TARGET_INCLUDE_DIRS ${HDF5_INCLUDE_DIRS})
+++  list(APPEND CONFIG_ISMRMRD_LIBRARY_DIRS ${HDF5_LIBRARY_DIRS})
+++  list(APPEND ISMRMRD_LIBRARIES ${HDF5_LIBRARIES})
+++endif ()
++ configure_file(cmake/ISMRMRDConfig.cmake.in
++   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/InstallFiles/ISMRMRDConfig.cmake"
++   @ONLY
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..379cae972d18c3452e9d6f5f6c8e01eabac02148
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,27 @@@
++From: Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>
++Date: Wed, 16 Nov 2016 10:29:41 +0000
++Subject: Fix CMake package detection.
++
++---
++ examples/c/CMakeLists.txt | 8 +-------
++ 1 file changed, 1 insertion(+), 7 deletions(-)
++
++diff --git a/examples/c/CMakeLists.txt b/examples/c/CMakeLists.txt
++index 778ab5a..b9a30c4 100644
++--- a/examples/c/CMakeLists.txt
+++++ b/examples/c/CMakeLists.txt
++@@ -3,13 +3,7 @@ project(ISMRMRD-C-EXAMPLE)
++ 
++ # if building this example as a standalone project
++ if(CMAKE_SOURCE_DIR STREQUAL CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR)
++-    if(NOT DEFINED ENV{ISMRMRD_HOME})
++-        message(FATAL_ERROR "ISMRMRD_HOME environment variable must be defined")
++-    endif()
++-
++-    list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH "$ENV{ISMRMRD_HOME}/share/ismrmrd/cmake")
++-
++-    find_package(Ismrmrd REQUIRED)
+++    find_package(ISMRMRD REQUIRED)
++ 
++ # otherwise, building it as part of ISMRMRD itself
++ else()
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..fc560110ee8db9dcd1205fbbb334ac9fa5f146fa
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,30 @@@
++From: Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>
++Date: Thu, 1 Sep 2016 18:28:21 +0100
++Subject: Fix HDF5 detection with CMake 3.6.
++
++---
++ CMakeLists.txt | 4 ++--
++ 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-)
++
++diff --git a/CMakeLists.txt b/CMakeLists.txt
++index 665e106..5e9b1a9 100644
++--- a/CMakeLists.txt
+++++ b/CMakeLists.txt
++@@ -111,7 +111,7 @@ find_package(HDF5 1.8 COMPONENTS C)
++ if (HDF5_FOUND)
++     set (ISMRMRD_DATASET_SUPPORT true)
++     set (ISMRMRD_DATASET_SOURCES libsrc/dataset.c libsrc/dataset.cpp)
++-    set (ISMRMRD_DATASET_INCLUDE_DIR ${HDF5_C_INCLUDE_DIR})
+++    set (ISMRMRD_DATASET_INCLUDE_DIR ${HDF5_INCLUDE_DIRS})
++     set (ISMRMRD_DATASET_LIBRARIES ${HDF5_LIBRARIES})
++ else ()
++     set (ISMRMRD_DATASET_SUPPORT false)
++@@ -146,7 +146,7 @@ if (HDF5_FOUND AND WIN32 AND ISMRMRD_INSTALL_DEPENDENCIES)
++     if(DEFINED ENV{HDF5_ROOT})
++         set(HDF5_BIN_DIR $ENV{HDF5_ROOT}/bin)
++     else ()
++-        set(HDF5_BIN_DIR ${HDF5_C_INCLUDE_DIR}/../bin)
+++        set(HDF5_BIN_DIR ${HDF5_INCLUDE_DIRS}/../bin)
++     endif ()
++     message("Install hdf5 libraries from ${HDF5_BIN_DIR} ")
++     install( DIRECTORY ${HDF5_BIN_DIR} DESTINATION bin/.. FILES_MATCHING PATTERN "*.dll" )
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..fde8a8646bca36d895b5134cee26b5f236e76554
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,30 @@@
++From: Ghislain Antony Vaillant <ghisvail@gmail.com>
++Date: Wed, 3 Feb 2016 17:31:14 +0000
++Subject: Use explicit 64-bit shifts in testsuite.
++
++---
++ tests/test_channels.cpp | 4 ++--
++ 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-)
++
++diff --git a/tests/test_channels.cpp b/tests/test_channels.cpp
++index 54a1c8a..ec110f5 100644
++--- a/tests/test_channels.cpp
+++++ b/tests/test_channels.cpp
++@@ -38,7 +38,7 @@ BOOST_AUTO_TEST_CASE(test_set_channel_on)
++ 
++     for (int chan = 0; chan < 64 * ISMRMRD_CHANNEL_MASKS; chan++) {
++         BOOST_CHECK_EQUAL(ismrmrd_set_channel_on(channel_mask, chan), ISMRMRD_NOERROR);
++-        uint64_t bitmask = 1 << (chan % 64);
+++        uint64_t bitmask = (uint64_t)1 << (chan % 64);
++         size_t offset = chan / 64;
++         BOOST_REQUIRE((channel_mask[offset] & bitmask) != 0);
++     }
++@@ -54,7 +54,7 @@ BOOST_AUTO_TEST_CASE(test_set_channel_off)
++     for (int chan = 0; chan < 64 * ISMRMRD_CHANNEL_MASKS; chan++) {
++         BOOST_CHECK_EQUAL(ismrmrd_set_channel_off(channel_mask, chan), ISMRMRD_NOERROR);
++ 
++-        uint64_t bitmask = 1 << (chan % 64);
+++        uint64_t bitmask = (uint64_t)1 << (chan % 64);
++         size_t offset = chan / 64;
++         BOOST_REQUIRE((channel_mask[offset] & bitmask) == 0);
++     }
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..36508a4e211f7b72676bf1abc0bee5887a03f354
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,6 @@@
++Disable-HTML-timestamps.patch
++Use-explicit-64-bit-shifts-in-testsuite.patch
++Fix-HDF5-detection-with-CMake-3.6.patch
++Fix-CMake-package-configuration.patch
++Fix-CMake-package-detection.patch
++Add-support-for-multiarch.patch
diff --cc debian/rules
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..51f2007de57a79bd5d2b0caba317ac7e3bcb5246
new file mode 100755 (executable)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,30 @@@
++#!/usr/bin/make -f
++# -*- makefile -*-
++
++# Uncomment this to turn on verbose mode.
++#export DH_VERBOSE=1
++
++# Hardening flags.
++export DEB_BUILD_MAINT_OPTIONS = hardening=+all
++export DEB_CFLAGS_MAINT_APPEND = -Wall -pedantic
++export DEB_CXXFLAGS_MAINT_APPEND = -Wall -pedantic
++export DEB_LDFLAGS_MAINT_APPEND = -Wl,--as-needed
++
++%:
++      dh $@
++
++override_dh_auto_configure:
++      dh_auto_configure -- -DUSE_SYSTEM_PUGIXML=ON
++
++override_dh_auto_build-indep:
++      dh_auto_build -- apidoc
++
++override_dh_auto_installdocs-indep:
++      dh_installdocs --indep
++      dh_doxygen --indep
++
++override_dh_compress:
++      dh_compress --exclude=examples
++
++override_dh_auto_test:
++      echo testsuite disabled
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..163aaf8d82b6c54f23c45f32895dbdfdcc27b047
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++3.0 (quilt)
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..4171a46aea3efadeb03dd824c1a887357a605803
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,6 @@@
++Test-Command: cd $AUTOPKGTEST_TMP
++ ; cmake /usr/share/doc/libismrmrd-doc/examples/c/
++ ; make -j$(nproc)
++ ; ./ismrmrd_c_example
++Depends: @, cmake, g++ | c++-compiler
++Restrictions: allow-stderr
diff --cc debian/watch
index 0000000000000000000000000000000000000000,0000000000000000000000000000000000000000..5da2aced21584bd20e573391384369189771ddc4
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,3 @@@
++version=3
++opts=filenamemangle=s/.+\/v?(\d\S*)\.tar\.gz/ismrmrd-$1\.tar\.gz/ \
++  https://github.com/ismrmrd/ismrmrd/tags .*/v?(\d\S*)\.tar\.gz