adapt patches to new release
authorOlivier Sallou <osallou@debian.org>
Sat, 22 Nov 2014 14:32:04 +0000 (14:32 +0000)
committerOlivier Sallou <osallou@debian.org>
Sat, 22 Nov 2014 14:32:04 +0000 (14:32 +0000)
debian/changelog
debian/patches/fix_lib_deps
debian/patches/no_multiarch_rpath
debian/patches/series
debian/patches/use_pie_for_apps

index 96ebffcd0f01d04483ed89c00802a055dfd33c8f..9ebad7c601e50ddc8dcb9aae53b62623c54260b2 100644 (file)
@@ -2,7 +2,8 @@ ncbi-blast+ (2.2.30-1) UNRELEASED; urgency=medium
 
   * New upstream release
   * d/control: switch to Standards 3.9.6 
-    [TODO] updates patches to new release
+    [TODO] fix missing Makefile.flat
+    [DONE] updates patches to new release
 
  -- Olivier Sallou <osallou@debian.org>  Fri, 21 Nov 2014 18:21:26 +0100
 
index 7063fd5b6d1c4436926b705f412be8add3d775cb..4e1a626ec21f00eb91171bb5b4826e8db239fd4e 100644 (file)
@@ -13,13 +13,14 @@ Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
 Last-Update: 2011-08-28
 --- a/c++/src/algo/blast/core/Makefile.blast.lib
 +++ b/c++/src/algo/blast/core/Makefile.blast.lib
-@@ -21,5 +21,6 @@
+@@ -21,6 +21,7 @@
  CFLAGS  = $(FAST_CFLAGS)  
  LDFLAGS = $(FAST_LDFLAGS) 
  
 +DLL_LIB = composition_adjustment xconnect tables
  
- WATCHERS = maning madden camacho
+ WATCHERS = madden camacho
 --- a/c++/src/algo/blast/dbindex/Makefile.xalgoblastdbindex.lib
 +++ b/c++/src/algo/blast/dbindex/Makefile.xalgoblastdbindex.lib
 @@ -11,6 +11,8 @@
@@ -33,22 +34,27 @@ Last-Update: 2011-08-28
  WATCHERS = morgulis
 --- a/c++/src/algo/blast/format/Makefile.xblastformat.lib
 +++ b/c++/src/algo/blast/format/Makefile.xblastformat.lib
-@@ -7,6 +7,7 @@
+@@ -7,7 +7,8 @@
  
  CPPFLAGS = -DNCBI_MODULE=BLASTFORMAT $(ORIG_CPPFLAGS)
  
--DLL_LIB = align_format blastxml xhtml xcgi
+-DLL_LIB = align_format blastxml blastxml2 xhtml xcgi
 +DLL_LIB = xblast align_format xalnmgr xobjmgr xnetblast scoremat blastxml \
-+          seq general xser tables xncbi
++          seq general xser tables xncbi blastxml2
  
  WATCHERS = jianye zaretska madden camacho fongah2
 --- a/c++/src/algo/winmask/Makefile.xalgowinmask.lib
 +++ b/c++/src/algo/winmask/Makefile.xalgowinmask.lib
-@@ -21,3 +21,4 @@
+@@ -21,7 +21,7 @@
  CXXFLAGS = $(FAST_CXXFLAGS)
  LDFLAGS  = $(FAST_LDFLAGS)
  
+-
 +DLL_LIB = seqmasks_io xobjread xobjutil xobjmgr seq xncbi
+ USES_LIBRARIES =  \
+     seqmasks_io
 --- a/c++/src/cgi/Makefile.cgi.lib
 +++ b/c++/src/cgi/Makefile.cgi.lib
 @@ -9,6 +9,8 @@
@@ -62,21 +68,25 @@ Last-Update: 2011-08-28
  WATCHERS = vakatov
 --- a/c++/src/html/Makefile.html.lib
 +++ b/c++/src/html/Makefile.html.lib
-@@ -7,4 +7,6 @@
+@@ -7,6 +7,8 @@
        commentdiag indentstream html_exception writer_htmlenc
  LIB = xhtml
  
 +DLL_LIB = xncbi
 +
  WATCHERS = ivanov
 --- a/c++/src/objects/blast/Makefile.xnetblastcli.lib
 +++ b/c++/src/objects/blast/Makefile.xnetblastcli.lib
-@@ -2,3 +2,5 @@
+@@ -3,6 +3,7 @@
  LIB = xnetblastcli
  SRC = blastclient blastclient_
-+
 +DLL_LIB = xnetblast xser xconnect xutil xncbi
+ USES_LIBRARIES =  \
+     xconnect xnetblast
 --- a/c++/src/objtools/align_format/Makefile.align_format.lib
 +++ b/c++/src/objtools/align_format/Makefile.align_format.lib
 @@ -13,6 +13,10 @@
@@ -92,24 +102,29 @@ Last-Update: 2011-08-28
  # CXXFLAGS = $(FAST_CXXFLAGS)
 --- a/c++/src/objtools/alnmgr/Makefile.alnmgr.lib
 +++ b/c++/src/objtools/alnmgr/Makefile.alnmgr.lib
-@@ -12,3 +12,5 @@
+@@ -12,7 +12,7 @@
  
  WATCHERS = todorov dicuccio grichenk
  
+-
 +DLL_LIB = xobjmgr seqset seq xser tables xncbi
-+
+ USES_LIBRARIES =  \
+     tables xobjutil
 --- a/c++/src/objtools/readers/Makefile.xobjread.lib
 +++ b/c++/src/objtools/readers/Makefile.xobjread.lib
-@@ -20,5 +20,5 @@
+@@ -21,7 +21,7 @@
        message_listener line_error
  
  
 -DLL_LIB = creaders
 +DLL_LIB = submit seqset seq pub general xser creaders sequtil xutil xncbi
  
 --- a/c++/src/objtools/seqmasks_io/Makefile.seqmasks_io.lib
 +++ b/c++/src/objtools/seqmasks_io/Makefile.seqmasks_io.lib
-@@ -12,6 +12,6 @@
+@@ -12,7 +12,7 @@
  mask_writer_blastdb_maskinfo
  
  ASN_DEP = seqset
@@ -117,6 +132,7 @@ Last-Update: 2011-08-28
 +DLL_LIB = seqdb xobjread xobjutil xobjmgr blastdb seqset seq xser xncbi
  
  WATCHERS = morgulis camacho
 --- a/c++/src/objtools/simple/Makefile.xobjsimple.lib
 +++ b/c++/src/objtools/simple/Makefile.xobjsimple.lib
 @@ -7,6 +7,8 @@
@@ -141,13 +157,15 @@ Last-Update: 2011-08-28
  CXXFLAGS = $(FAST_CXXFLAGS)
 --- a/c++/src/objtools/data_loaders/blastdb/Makefile.ncbi_xloader_blastdb.lib
 +++ b/c++/src/objtools/data_loaders/blastdb/Makefile.ncbi_xloader_blastdb.lib
-@@ -7,4 +7,6 @@
+@@ -7,6 +7,8 @@
  
  ASN_DEP = blastdb seqset
  
 +DLL_LIB = seqdb xobjmgr seqset seq xncbi
 +
  WATCHERS = camacho
 --- a/c++/src/objtools/data_loaders/blastdb/Makefile.ncbi_xloader_blastdb_rmt.lib
 +++ b/c++/src/objtools/data_loaders/blastdb/Makefile.ncbi_xloader_blastdb_rmt.lib
 @@ -5,6 +5,8 @@
@@ -159,14 +177,6 @@ Last-Update: 2011-08-28
  ASN_DEP = blastdb xnetblast
  
  WATCHERS = camacho
---- a/c++/src/objtools/blast/gene_info_reader/Makefile.gene_info.lib
-+++ b/c++/src/objtools/blast/gene_info_reader/Makefile.gene_info.lib
-@@ -5,3 +5,5 @@
- CPPFLAGS = -DNCBI_MODULE=GENEINFO $(ORIG_CPPFLAGS)
- LIB = gene_info
- SRC = gene_info gene_info_reader file_utils
-+
-+DLL_LIB = xncbi
 --- a/c++/src/algo/blast/api/Makefile.xblast.lib
 +++ b/c++/src/algo/blast/api/Makefile.xblast.lib
 @@ -74,14 +74,15 @@
@@ -224,70 +234,73 @@ Last-Update: 2011-08-28
  WATCHERS = lavr
 --- a/c++/src/connect/ext/Makefile.xconnext.lib
 +++ b/c++/src/connect/ext/Makefile.xconnext.lib
-@@ -6,4 +6,6 @@
+@@ -6,6 +6,8 @@
  
  LIB      = xconnext
  
 +DLL_LIB = xconnect xncbi
 +
  WATCHERS = lavr
 --- a/c++/src/objects/blast/Makefile.blast.lib
 +++ b/c++/src/objects/blast/Makefile.blast.lib
-@@ -1,4 +1,6 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = xnetblast
  SRC = blast__ blast___ names
  
 +DLL_LIB = scoremat seqset seq xser xncbi
 +
  WATCHERS = camacho
 --- a/c++/src/objects/blastxml/Makefile.blastxml.lib
 +++ b/c++/src/objects/blastxml/Makefile.blastxml.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = blastxml
  SRC = blastxml__ blastxml___
-+
-+DLL_LIB = xser xncbi
---- a/c++/src/objects/entrez2/Makefile.entrez2.lib
-+++ b/c++/src/objects/entrez2/Makefile.entrez2.lib
-@@ -2,3 +2,5 @@
  
- LIB = entrez2
- SRC = entrez2__ entrez2___
-+
 +DLL_LIB = xser xncbi
---- a/c++/src/objects/entrez2/Makefile.entrez2cli.lib
-+++ b/c++/src/objects/entrez2/Makefile.entrez2cli.lib
-@@ -4,3 +4,5 @@
- LIB = entrez2cli
- SRC = entrez2_client entrez2_client_
 +
-+DLL_LIB = entrez2 xser xconnect xutil xncbi
+ USES_LIBRARIES =  \
+     xser
 --- a/c++/src/objects/scoremat/Makefile.scoremat.lib
 +++ b/c++/src/objects/scoremat/Makefile.scoremat.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = scoremat
  SRC = scoremat__ scoremat___
-+
 +DLL_LIB = seqset seq general xser xncbi
++
+ USES_LIBRARIES =  \
+     seqset
 --- a/c++/src/objects/seqedit/Makefile.seqedit.lib
 +++ b/c++/src/objects/seqedit/Makefile.seqedit.lib
-@@ -1,3 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,7 @@
  LIB = seqedit
  SRC = seqedit__ seqedit___
 - 
 +
 +DLL_LIB = seqset seq general xser xncbi
+ USES_LIBRARIES =  \
 --- a/c++/src/objects/submit/Makefile.submit.lib
 +++ b/c++/src/objects/submit/Makefile.submit.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = submit
  SRC = submit__ submit___
-+
 +DLL_LIB = seqset seq biblio general xser xncbi
++
+ USES_LIBRARIES =  \
+     seqset
 --- a/c++/src/objmgr/util/Makefile.util.lib
 +++ b/c++/src/objmgr/util/Makefile.util.lib
-@@ -8,5 +8,7 @@
+@@ -8,6 +8,8 @@
  SRC = weight sequence feature seqtitle create_defline obj_sniff seq_loc_util seq_align_util seq_trimmer bioseqgaps_ci
  LIB = xobjutil
  
@@ -295,6 +308,7 @@ Last-Update: 2011-08-28
 +
  WATCHERS = ucko vasilche kornbluh
  
 --- a/c++/src/objtools/blast/blastdb_format/Makefile.blastdb_format.lib
 +++ b/c++/src/objtools/blast/blastdb_format/Makefile.blastdb_format.lib
 @@ -11,6 +11,7 @@
@@ -318,7 +332,7 @@ Last-Update: 2011-08-28
  CXXFLAGS = $(FAST_CXXFLAGS)
 --- a/c++/src/objtools/data_loaders/genbank/Makefile.ncbi_xloader_genbank.lib
 +++ b/c++/src/objtools/data_loaders/genbank/Makefile.ncbi_xloader_genbank.lib
-@@ -12,4 +12,7 @@
+@@ -12,6 +12,9 @@
  # Dependencies for shared library
  DLL_LIB = ncbi_xreader$(DLL)
  
@@ -326,9 +340,11 @@ Last-Update: 2011-08-28
 +           xobjmgr seq xutil xncbi
 +
  WATCHERS = vasilche
 --- a/c++/src/objtools/data_loaders/genbank/Makefile.ncbi_xreader.lib
 +++ b/c++/src/objtools/data_loaders/genbank/Makefile.ncbi_xreader.lib
-@@ -15,4 +15,7 @@
+@@ -15,6 +15,9 @@
  DLL_LIB = 
  DLL_DLIB = $(GENBANK_READER_LDEP)
  
@@ -336,6 +352,8 @@ Last-Update: 2011-08-28
 +           xser xconnect xcompress xutil xncbi
 +
  WATCHERS = vasilche
 --- a/c++/src/objtools/data_loaders/genbank/cache/Makefile.ncbi_xreader_cache.lib
 +++ b/c++/src/objtools/data_loaders/genbank/cache/Makefile.ncbi_xreader_cache.lib
 @@ -12,6 +12,8 @@
@@ -360,7 +378,7 @@ Last-Update: 2011-08-28
  WATCHERS = vasilche
 --- a/c++/src/objtools/data_loaders/genbank/id2/Makefile.ncbi_xreader_id2.lib
 +++ b/c++/src/objtools/data_loaders/genbank/id2/Makefile.ncbi_xreader_id2.lib
-@@ -12,6 +12,9 @@
+@@ -12,7 +12,10 @@
  CPPFLAGS = $(ORIG_CPPFLAGS) $(Z_INCLUDE)
  
  # Dependencies for shared library (disabled due to problems on Darwin)
@@ -371,6 +389,7 @@ Last-Update: 2011-08-28
 +
  
  WATCHERS = vasilche
 --- a/c++/src/util/compress/api/Makefile.compress.lib
 +++ b/c++/src/util/compress/api/Makefile.compress.lib
 @@ -7,7 +7,7 @@
@@ -384,17 +403,19 @@ Last-Update: 2011-08-28
  WATCHERS = ivanov
 --- a/c++/src/util/sequtil/Makefile.sequtil.lib
 +++ b/c++/src/util/sequtil/Makefile.sequtil.lib
-@@ -3,4 +3,6 @@
+@@ -3,6 +3,8 @@
  LIB = sequtil
  SRC = sequtil sequtil_convert sequtil_convert_imp sequtil_manip sequtil_tables sequtil_shared
  
 +DLL_LIB = xncbi
 +
  WATCHERS = shomrat
 --- a/c++/src/corelib/Makefile.test_boost.lib
 +++ b/c++/src/corelib/Makefile.test_boost.lib
 @@ -3,6 +3,8 @@
- SRC = test_boost
+ SRC = test_boost teamcity_messages
  LIB = test_boost
  
 +DLL_LIB = xncbi
@@ -415,15 +436,19 @@ Last-Update: 2011-08-28
  USE_PCH = no
 --- a/c++/src/objects/biblio/Makefile.biblio.lib
 +++ b/c++/src/objects/biblio/Makefile.biblio.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = biblio
  SRC = biblio__ biblio___ citation_base
-+
 +DLL_LIB = general xser xncbi
++
+ USES_LIBRARIES =  \
+     general
 --- a/c++/src/objects/blastdb/Makefile.blastdb.lib
 +++ b/c++/src/objects/blastdb/Makefile.blastdb.lib
 @@ -1,5 +1,7 @@
- # $Id: Makefile.blastdb.lib 395653 2013-04-12 14:33:22Z vakatov $
+ # $Id: Makefile.blastdb.lib 427424 2014-02-20 13:38:50Z gouriano $
  
 +
 +DLL_LIB = seq xser xncbi
@@ -432,93 +457,125 @@ Last-Update: 2011-08-28
  
 --- a/c++/src/objects/general/Makefile.general.lib
 +++ b/c++/src/objects/general/Makefile.general.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = general
  SRC = general__ general___ uoconv
-+
 +DLL_LIB = xser xncbi
++
+ USES_LIBRARIES =  \
+     xser
 --- a/c++/src/objects/genomecoll/Makefile.genome_collection.lib
 +++ b/c++/src/objects/genomecoll/Makefile.genome_collection.lib
-@@ -3,4 +3,6 @@
+@@ -3,6 +3,8 @@
  LIB = genome_collection
  SRC = genome_collection__ genome_collection___
  
 +DLL_LIB = seq general xser xncbi
 +
  WATCHERS = dicuccio
 --- a/c++/src/objects/id1/Makefile.id1.lib
 +++ b/c++/src/objects/id1/Makefile.id1.lib
-@@ -3,4 +3,6 @@
+@@ -3,6 +3,8 @@
  LIB = id1
  SRC = id1__ id1___
  
 +DLL_LIB = seqset seq xser xncbi
 +
  WATCHERS = vasilche
 --- a/c++/src/objects/id2/Makefile.id2.lib
 +++ b/c++/src/objects/id2/Makefile.id2.lib
-@@ -1,4 +1,6 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = id2
  SRC = id2__ id2___
  
 +DLL_LIB = seqsplit seq xser xncbi
 +
  WATCHERS = vasilche
 --- a/c++/src/objects/medline/Makefile.medline.lib
 +++ b/c++/src/objects/medline/Makefile.medline.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = medline
  SRC = medline__ medline___
-+
 +DLL_LIB = biblio general xser xncbi
++
+ USES_LIBRARIES =  \
+     biblio
 --- a/c++/src/objects/pub/Makefile.pub.lib
 +++ b/c++/src/objects/pub/Makefile.pub.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = pub
  SRC = pub__ pub___
-+
 +DLL_LIB = medline biblio xser xncbi
++
+ USES_LIBRARIES =  \
+     medline
 --- a/c++/src/objects/seq/Makefile.seq.lib
 +++ b/c++/src/objects/seq/Makefile.seq.lib
-@@ -12,4 +12,6 @@
+@@ -12,6 +12,8 @@
        seq_loc_mapper_base seq_align_mapper_base seqlocinfo sofa_map \
        seq_loc_from_string seq_loc_reverse_complementer
  
 +DLL_LIB = seqcode pub biblio general xser sequtil xutil xncbi
 +
  WATCHERS = vasilche grichenk
 --- a/c++/src/objects/seqcode/Makefile.seqcode.lib
 +++ b/c++/src/objects/seqcode/Makefile.seqcode.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = seqcode
  SRC = seqcode__ seqcode___
-+
 +DLL_LIB = xser xncbi
++
+ USES_LIBRARIES =  \
+     xser
 --- a/c++/src/objects/seqset/Makefile.seqset.lib
 +++ b/c++/src/objects/seqset/Makefile.seqset.lib
-@@ -1,2 +1,4 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = seqset
  SRC = seqset__ seqset___ gb_release_file
-+
 +DLL_LIB = seq general xser xncbi
++
+ USES_LIBRARIES =  \
+     $(SEQ_LIBS) pub
 --- a/c++/src/objects/seqsplit/Makefile.seqsplit.lib
 +++ b/c++/src/objects/seqsplit/Makefile.seqsplit.lib
-@@ -1,4 +1,6 @@
+@@ -1,6 +1,8 @@
  LIB = seqsplit
  SRC = seqsplit__ seqsplit___
  
 +DLL_LIB = seqset seq xser xncbi
 +
  WATCHERS = vasilche
 --- a/c++/src/serial/Makefile.serial.lib
 +++ b/c++/src/serial/Makefile.serial.lib
-@@ -18,4 +18,6 @@
+@@ -18,6 +18,8 @@
  
  LIB    = xser
  
 +DLL_LIB = xutil xncbi
 +
  WATCHERS = gouriano
 --- a/c++/src/util/Makefile.util.lib
 +++ b/c++/src/util/Makefile.util.lib
 @@ -12,6 +12,7 @@
@@ -553,7 +610,7 @@ Last-Update: 2011-08-28
  
 --- a/c++/src/objmgr/split/Makefile.id2_split.lib
 +++ b/c++/src/objmgr/split/Makefile.id2_split.lib
-@@ -17,6 +17,6 @@
+@@ -17,7 +17,7 @@
  
  CPPFLAGS = $(ORIG_CPPFLAGS) $(CMPRS_INCLUDE)
  
@@ -561,6 +618,7 @@ Last-Update: 2011-08-28
 +DLL_LIB = xobjmgr seqsplit seqset seq general xser xcompress xncbi
  
  WATCHERS = vasilche
 --- a/c++/src/objtools/blast/seqdb_writer/Makefile.writedb.lib
 +++ b/c++/src/objtools/blast/seqdb_writer/Makefile.writedb.lib
 @@ -8,6 +8,9 @@
index b9e30ad150fb98953aa9eabced70472a50476639..73b0d62588f5d2b3a4bf1fd7ab4077d16c1fa1bf 100644 (file)
@@ -10,7 +10,7 @@ Author: Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>
 Last-Update: 2011-08-28
 --- a/c++/src/build-system/configure
 +++ b/c++/src/build-system/configure
-@@ -5923,7 +5923,7 @@
+@@ -7479,7 +7479,7 @@
                 break
                 ;;
              /* )
@@ -21,7 +21,7 @@ Last-Update: 2011-08-28
          esac
 --- a/c++/src/build-system/configure.ac
 +++ b/c++/src/build-system/configure.ac
-@@ -1620,7 +1620,7 @@
+@@ -1836,7 +1836,7 @@
                 break
                 ;;
              /* )
index 0bc4d482d8024c11acc2f0b9af0adda0dd36d519..b74b155f2e4ee27dfe7d00e064f992842db22977 100644 (file)
@@ -6,4 +6,3 @@ no_multiarch_rpath
 use_pie_for_apps
 skip_services_unit_test
 fix_configure
-include_typeinfo
index 7e0b2c0d9e3284bb18869ebb0177585db4e08490..1900f33539e41afd658182d9088a11761dcca238 100644 (file)
@@ -18,9 +18,9 @@ Last-Update: 2012-05-10
  SOURCES      = @UNIX_SRC@ $(SRC)
  
  ### Standard application build rules
-@@ -122,7 +122,7 @@
+@@ -133,7 +133,7 @@
  else
- $(XAPP): $(XOBJ) $(XLIBDEP)
+ $(XAPP): $(XOBJ) $(XOBJ2) $(XLIBDEP)
        @-$(RM) .$(XAPP).stamp
 -      $(LINK_WRAPPER) $(LINK) $(LDFLAGS) $(APP_LDFLAGS) $(XOBJ) $(XOBJ2) $(PRE_LIBS) $(XLIB) $(XAPP_LIBS) @f_outexe@$(XAPP) $(LINK_FILTER)
 +      $(LINK_WRAPPER) $(LINK) $(LDFLAGS) $(APP_LDFLAGS) -fPIE -pie $(XOBJ) $(XOBJ2) $(PRE_LIBS) $(XLIB) $(XAPP_LIBS) @f_outexe@$(XAPP) $(LINK_FILTER)