Import scipy_1.8.1-14+rpi1.debian.tar.xz
authorPeter Michael Green <plugwash@raspbian.org>
Mon, 26 Sep 2022 01:12:43 +0000 (02:12 +0100)
committerPeter Michael Green <plugwash@raspbian.org>
Mon, 26 Sep 2022 01:12:43 +0000 (02:12 +0100)
[dgit import tarball scipy 1.8.1-14+rpi1 scipy_1.8.1-14+rpi1.debian.tar.xz]

26 files changed:
changelog [new file with mode: 0644]
control [new file with mode: 0644]
copyright [new file with mode: 0644]
patches/Use-system-LBFGSB.patch [new file with mode: 0644]
patches/build_sh4_FE.patch [new file with mode: 0644]
patches/hppa-boost-long-double-config.patch [new file with mode: 0644]
patches/manage_tests.patch [new file with mode: 0644]
patches/pythran_type_PR16646.patch [new file with mode: 0644]
patches/qhull-lfs.patch [new file with mode: 0644]
patches/series [new file with mode: 0644]
patches/use_local_mathjax.patch [new file with mode: 0644]
python-scipy-doc.doc-base [new file with mode: 0644]
python-scipy-doc.docs [new file with mode: 0644]
python-scipy-doc.lintian-overrides [new file with mode: 0644]
python3-scipy.lintian-overrides [new file with mode: 0644]
rules [new file with mode: 0755]
source/format [new file with mode: 0644]
source/lintian-overrides [new file with mode: 0644]
tests/atlas [new symlink]
tests/blis [new symlink]
tests/control [new file with mode: 0644]
tests/openblas [new file with mode: 0755]
tests/python3 [new file with mode: 0755]
tests/python3-smoke [new file with mode: 0755]
upstream/metadata [new file with mode: 0644]
watch [new file with mode: 0644]

diff --git a/changelog b/changelog
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ff9e02d
--- /dev/null
+++ b/changelog
@@ -0,0 +1,1525 @@
+scipy (1.8.1-14+rpi1) bookworm-staging; urgency=medium
+
+  * Disable testsuite.
+  * Add build-conflicts on git, the documenation seems to fail to
+    build if it is installed.
+
+ -- Peter Michael Green <plugwash@raspbian.org>  Mon, 26 Sep 2022 01:12:43 +0000
+
+scipy (1.8.1-14) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * debian/tests: skip all test_complex* tests on i386 with blis
+  * once again drop pythran support on armhf.
+    Still causes many packages to fail tests even after revised
+    version of PR16646 (possibly due to memory exhaustion?)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 08 Sep 2022 16:01:54 +0200
+
+scipy (1.8.1-13) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * skip build-time tests
+    - armel: test_random_exact in linalg/tests/test_basic.py (segfaults)
+  * update debian patch pythran_type_PR16646.patch to latest PR16646
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 07 Sep 2022 09:53:04 +0200
+
+scipy (1.8.1-12) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * skip build-time tests
+    - armel: linalg/tests/test_decomp.py (started segfaulting)
+    - hppa: test_nodata test_cont_basic[500-200-semicircular-arg89]
+    - riscv64: test_vector test_iterative_refinements_dense (segfaults)
+  * skip more tests in debian/test
+    - i386 with blis: test_complex_dotc (segfaults)
+    - armhf with openblas: test_solver_selection
+    - ppc64el with atlas: sparse test_svd_v0, test_svd_random_state{_2}
+  * update debian patch pythran_type_PR16646.patch to latest PR16646
+    - reinstate TestMLS tests
+    - reinstate pythran on armhf to test if PR16646 now fixes problems
+    - Closes: #1017862
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 30 Aug 2022 20:12:18 +0200
+
+scipy (1.8.1-11) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * skip more tests in debian/tests
+    - arm64: test_atol[cgs] with blis
+    - armel: skip linalg test_aligned_mem in test_decomp.py
+    - armhf with openblas: some optimize tests in TestRRSVD, TestDogbox
+    - i386 with blis: test_complex_dotu
+    - ppc64el: test_svds_parameter_tol, test_bug_6139 (with atlas)
+    - s390x with atlas: test_bug_6139, test_solver_select
+    - riscv64: avoid failures and segfaults
+  * skip tests failing on powerpc in stats/tests/test_stats.py:
+    overflow encountered in _hypergeom_*. Skip test_hypergeom_cdf,
+    test_hypergeom_sf, test_nch_hypergeom, test_precision,
+    test_precise, test_less_greater
+  * debian/tests: restrict openblas tests to supported architectures
+    only (i.e. not armel)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 26 Aug 2022 00:29:59 +0200
+
+scipy (1.8.1-10) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * skip TestSmirnovp (test_kolmogorov) also on hurd-i386
+  * skip test_first_step and test_classes on mips64el
+    (integrate/_ivp/tests/test_ivp.py)
+    See https://github.com/scipy/scipy/issues/16883
+  * skip test_large_rank_deficient on armhf with blis. Segfaults in
+    test_lsq_linear.py::TestBVLS
+  * once again drop pythran support on armhf.
+    It does work successfully, but shifts numerical results enough to
+    break tests on a dozen packages (astropy, pandas, pyfai, skimage etc)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 24 Aug 2022 11:43:19 +0200
+
+scipy (1.8.1-9) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * drop asyncio_mode=auto from debian patch manage_tests.patch.
+    Only relevant when python3-pytest-asyncio is installed
+    (causes errors if not installed, but scipy doesn't need it)
+  * use runtests.py to manage build-time tests
+  * skip failing tests
+    - signal TestMLS fails due to broken pythran support on 32 bit
+      arches. See Bug#1017862.
+    - special test_kolmogorov.py (TestSmirnovp) segfaults on i386.
+      Closes: Bug#1017864.
+    - stats test_cont_basic[500-200-ncf-arg74] fails with
+      IntegrationWarning. See upstream Issue 14519
+  * update debian/watch (uscan) for latest github format
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 22 Aug 2022 17:24:17 +0200
+
+scipy (1.8.1-8) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * overhaul debian/tests to run debci tests using upstream's
+    runtests.py. Previous approach was overcomplicated and unable to
+    skip test_hermitian_modes for blis on i386. Keep specific skips for
+    BLAS tests but drop general tests previously skipped in order to
+    verify if they still need skipping.
+  * debian patch pythran_type_PR16646.patch applies upstream PR#16646
+    to properly define pythran types for 32 bit arches.
+    - reinstate pythran support on armhf
+  * fix determination of python3 versions in debian/rules
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 25 Jul 2022 00:20:58 +0200
+
+scipy (1.8.1-7) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * drop pythran completely from armhf. Still causes errors from built
+    components even if pythran is not installed at runtime.
+    cf. https://github.com/serge-sans-paille/pythran/issues/2002
+  * reorganise test skip list in debian/tests to ensure i386 properly
+    skips test_hermitian_modes
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 18 Jul 2022 13:36:40 +0200
+
+scipy (1.8.1-6) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * on armhf, demote python3-scipy Depends: pythran to Suggests.
+    Causes armhf debci test failure on dozens of dependent packages,
+    mainly with MemoryError. Only individual tests fail, probably
+    depends on the specific usage.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 30 Jun 2022 22:14:11 +0200
+
+scipy (1.8.1-5) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * debian/tests: skip more blas-specific tests
+    - armhf/openblas: test_large_rank_deficient and all TestTRF
+      (in optimize/tests/test_lsq_linear.py; times out or segfaults)
+    - armhf/openblas: test_disp in optimize/tests/test_linprog.py
+      (times out)
+    - armhf/atlas: test_aligned_mem in linalg/tests/test_decomp.py
+      (illegal value for DHSEQR parameter)
+    - fix i386 skip of test_hermitian_modes (_eigen not eigen)
+  * update debian patch manage_tests.patch
+    - alpha: special test_round.py skip all
+  * Depends: python3-pythran on all arches. Even arches without full
+    SIMD support should benefit from the dynamic C++ compilation.
+    cf. https://github.com/scipy/scipy/issues/13308#issuecomment-1168579164
+    Closes: #1013568.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 29 Jun 2022 01:17:22 +0200
+
+scipy (1.8.1-4) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * update debian patch manage_tests.patch
+    - add asyncio_mode=auto to pytest.ini. Required in order to launch
+      tests from toplevel source directory.
+    - hppa (parisc64): io/arff test_arffread.py
+      skip TestNoData
+    - hppa (parisc64): special test_round.py skip all
+    - hurd: platform.machine() is 'i686-AT386', so use
+      machine.startswith('i686') instead of machine=='i686'
+      to skip tests for both i386 (linux) and hurd-i386
+  * return an exit code from scipy.test() otherwise 0 is always
+    returned so test failure is not detected
+  * disable pythran support on i386 because of test errors
+    "TypeError: Invalid call to pythranized function"
+    cf. https://github.com/serge-sans-paille/pythran/issues/1025
+    Revisit once pythran 0.11.0 is packaged.
+  * debian/tests: skip test_hermitian_modes with BLIS on i386
+    (in sparse/linalg/eigen/arpack/arpack.py). Closes: Bug#1003880.
+  * in BLAS tests, only use first alternative for BLAS implementation
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 15 Jun 2022 18:35:03 +0200
+
+scipy (1.8.1-3) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * debian/tests specific blas tests Depend on -dev versions of blas
+    packages in order to not hardcode ABI versions
+    (blis recently bumped to libblis.so.4)
+  * update debian patch manage_tests.patch:
+    - mips64el: fft test_fftlog.py skip test_fht_special_cases
+    - mips64el: sparse/csgraph test_shortest_path.py
+      skip test_NaN_warnings
+    - mips64el: stats test_distributions.py skip test_moments_warnings
+    - on i386 platform.machine() is 'i686' not 'i386'
+    - on armel and armhf platform.machine() is "armv7l' not simply 'arm'
+      Use startswith('arm') not =='arm' to allow the general case.
+    - on powerpc platform.machine() is "ppc"
+  * reinstate handling of nocheck in DEB_BUILD_OPTIONS to run tests
+  * run tests with set -e to ensure errors are not ignored.
+    Closes: #1003417.
+  * debian patch build_sh4_FE.patch ensures FE_UPWARD and FE_DOWNWARD
+    are defined for sh4 architecture. Closes: #1007769.
+  * add pythran support for i386
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 14 Jun 2022 16:11:24 +0200
+
+scipy (1.8.1-2) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * rename debian patch skip_tests.patch to manage_tests.patch and
+    update to increase test successes
+    - all: linalg test_lapack.py test_sygst
+      raise tol from 1e-4 to 2e-4
+    - armel, powerpc: stats test_stats skip various tests
+    - armel: special test_round.py skip all
+    - armel: optimize test_linprog.py skip test_bounds_infeasible_2
+    - armel: interpolate test_fitpack.py skip test_kink
+    - armhf: linalg test_interpolative.py
+      skip test_estimate_spectral_norm_diff
+    - i386: relax tolerance in spatial/transform test_rotation.py
+      and spatial test_distance.pytest_pdist_jensenshannon_iris
+    - i386: sparse/linalg/_isolve test_iterative.py skip
+      test_maxiter_worsening
+    - i386: signal test_spectral.py skip test_nd_axis_m1,
+      test_nd_axis_0
+    - s390x, powerpc, ppc64, sparc64: io/arff test_arffread.py
+      skip TestNoData
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 13 Jun 2022 01:36:20 +0200
+
+scipy (1.8.1-1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+    - Depends: python3-numpy (>= 1:1.17.3~)
+  * Build-Depends: pybuild-plugin-pyproject to use pyproject.toml.
+    Closes: #1008680.
+  * Simplify debian/rules back to minimal dh (with python,sphinxdoc)
+  * drop debian/python3-scipy.install: pybuild/pyproject installs
+    directly into debian package dirs
+  * launch build-time tests from /tmp (needs to start outside the
+    source dir)
+  * debian patch skip_tests.patch skips failing tests
+    - linalg: test_decomp.py TestSchur.test_sort and
+      test_solvers.py test_solve_discrete_are
+      see https://github.com/scipy/scipy/issues/14517
+    - optimize test_optimize.py: test_minimize_l_bfgs_maxls passes but
+      marked as expected to fail
+  * Standards-Version: 4.6.1
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 12 Jun 2022 02:03:37 +0200
+
+scipy (1.8.0-1exp2) experimental; urgency=medium
+
+  * build scipy with pythran support where available [amd64 arm64 m68k]
+    Depends: python3-pythran [amd64 arm64 m68k]
+    Closes: #991753.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 15 Feb 2022 01:41:52 +0100
+
+scipy (1.8.0-1exp1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+  * update debian/copyright: vendored libraries SuperLU and arpack
+    used by sparse/linalg are now treated as private via an
+    _underscore prefix (_dsolve, _eigen)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 11 Feb 2022 22:05:09 +0100
+
+scipy (1.7.3-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * debian patch hppa-boost-long-double-config.patch disables
+    LONG_DOUBLE in the boost submodule on hppa. Adapted from the boost
+    patch hppa-long-double-config.patch.
+    See https://github.com/scipy/scipy/issues/15260
+    for discussion of why boost has been vendored for scipy.
+    Closes: #1004197.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 11 Feb 2022 12:11:29 +0100
+
+scipy (1.7.3-1) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+  * Build-Depends-Indep: python3-sphinx-panels
+    Drop debian patch docs_skip_panels.patch. Closes: #991752.
+  * remove upper bound on python3-pybind11 build-dependency. It's not
+    used upstream in dev code, gets applied only to release versions
+    to make local pip virtualenv installations use known-good versions.
+    Closes: #1002065.
+  * remove upper bound in Build-Depends: python3-numpy, python3-wheel
+  * raise versioned Build-Depends python3-numpy (>= 1.21.4) for
+    python3.10 support.
+  * don't compress woff font files. Apply the same
+    override_dh_compress used for numpy.  Closes: #1003282.
+  * add a source lintian override for fortran-si4-11x1x10.dat
+    (source-contains-prebuilt-windows-binary). It's a test data
+    file, not a DOS executable.
+  * Standards-Version: 4.6.0
+  * update debian/copyright
+    - remove deprecated files debian/patches/css_font_OpenSans.patch,
+      doc/scipy-sphinx-theme/*, scipy/_lib/six.py
+    - acknowledge Jonathan Neal's code snippet "font-family: no-parens"
+      from https://codepen.io/jonneal/pen/bXLEdB (MIT licence)
+      in doc/source/_static/scipy.css
+    - scipy/fft/_pocketfft/ licence applies to all _pocketfft not only
+      pocketfft.cxx
+    - scipy/_lib/uarray/ renamed to _uarray
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 09 Jan 2022 14:11:52 +0100
+
+scipy (1.7.1-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Drop -dbg package; Closes: #994375
+
+ -- Sandro Tosi <morph@debian.org>  Wed, 10 Nov 2021 23:57:11 -0500
+
+scipy (1.7.1-1) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+
+  [ Debian Janitor ]
+  * Use secure URI in Homepage field.
+  * Set upstream metadata fields: Bug-Database, Bug-Submit, Repository,
+    Repository-Browse.
+
+  [ Drew Parsons ]
+  * New upstream release
+  * update upper-versioned Build-Depends
+    - python3-numpy (<< 1.23.0) (see pyproject.toml)
+    - python3-pybind11 (<< 2.8) (build is stable with pybind11 2.7)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 18 Aug 2021 02:07:15 +0200
+
+scipy (1.7.0-1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+    - deprecates debian patches css_font_OpenSans.patch and
+      css_font_local.patch
+  * Build with SCIPY_USE_PYTHRAN=0 since pythran is not yet available.
+    pythran packaging requested in Bug#991143.
+  * Build-Depends-Indep: python3-pydata-sphinx-theme,
+    python3-sphinx (>> 3.1)
+  * debian patch docs_skip_panels.patch skips use of sphinx-panels in
+    docs. Not available yet (RFP#991684).
+  * update debian/rules
+    - allow for spaces in filenames in override_dh_fixperms-arch.
+      sobol_vec.gz is no longer installed.
+    - drop special handling for weave. It was removed in scipy 0.15.0.
+  * mark python3-scipy as Multi-Arch: no
+  * lintian fixes
+    - mark scipy/optimize/lbfgsb_src/*.f as License: BSD-generic not BSD
+    - packages override bogus-mail-host-in-debian-changelog
+      Debian/i386 Build Daemon <buildd_i386-saens>
+    - source override obsolete-url-in-packaging debian/copyright
+      https://code.google.com/archive/p/ampgo
+  * remove deprecated debian/README.source
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 31 Jul 2021 01:40:57 +0200
+
+scipy (1.6.2-1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+    - fixes matrix dtypes. Closes: #983404.
+    - introduces upper-versioned Build-Depends: cython3 (<< 3.0),
+       python3-pybind11 (<< 2.7),
+       python3-wheel (<< 0.37.0)
+       (leave python3-setuptools uncapped)
+    - also Build-Depends: python3-all-dev (>= 3.7)
+  * Stop ignoring build-time errors in debian/rules. Closes: #967977.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 26 Mar 2021 19:21:49 +0100
+
+scipy (1.6.1-1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+  * Depends: python3-numpy (>= 1:1.16.5)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 21 Feb 2021 20:46:00 +0100
+
+scipy (1.6.0-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * upload new upstream version to unstable
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 16 Jan 2021 23:26:56 +1100
+
+scipy (1.6.0-1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+  * Standards-Version: 4.5.1
+  * drop debian/python3-scipy.docs: Thanks.txt no longer shipped.
+  * update debian/copyright for new features
+    - benchmarks/benchmarks/go_benchmark_functions/*.py
+      Copyright: 2013 Andrea Gavana <andrea.gavana@gmail.com>
+      License: expat
+    - scipy/fft/_pocketfft/pocketfft.cxx
+      Copyright: 2010-2019 Max-Planck-Society, Martin Reinecke
+      2019 Peter Bell. License: BSD-3-clause
+    - scipy/fft/_pocketfft/pocketfft_hdronly.h
+      Copyright: 2010-2019 Max-Planck-Society, Martin Reinecke
+      2019 Peter Bell, 2003,2007-2014 Matteo Frigo,
+      Massachusetts Institute of Technology. License: BSD-3-clause
+    - scipy/optimize/_highs/*
+      Copyright: 2020 ERGO-Code
+      License: Expat
+    - scipy/sparse/csgraph/_matching.pyx
+      Copyright: 1987, A. Volgenant/Amsterdam School of Economics,
+      University of Amsterdam. License: BSD-3-clause
+    - scipy/_lib/uarray/*
+      Copyright: 2018, Quansight-Labs
+      License: BSD-3-clause
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 06 Jan 2021 19:57:43 +1100
+
+scipy (1.5.4-1) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 14 Nov 2020 13:36:06 +0800
+
+scipy (1.5.3-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * push new upstream release to unstable
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 05 Nov 2020 03:33:52 +0800
+
+scipy (1.5.3-1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+
+  [ Ondřej Nový ]
+  * d/control: Update Maintainer field with new Debian Python Team
+    contact address.
+  * d/control: Update Vcs-* fields with new Debian Python Team Salsa
+    layout.
+
+  [ Drew Parsons ]
+  * New upstream release.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 03 Nov 2020 13:32:21 +0800
+
+scipy (1.5.2-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * debian/tests (autopkgtest): add a new test case using BLAS=libblis3
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 01 Aug 2020 12:49:57 +0800
+
+scipy (1.5.2-1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+    - update versioned Build-Depends: cython3 (>= 0.29.18),
+      python3-numpy (>= 1:1.14.5), python3-pybind11 (>= 2.4.3)
+    - builds with gfortran 10. Closes: #957780.
+  * debhelper compatibility level 13
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 24 Jul 2020 15:17:18 +0800
+
+scipy (1.4.1-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * bring new upstream version to unstable
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 18 Apr 2020 11:08:42 +0800
+
+scipy (1.4.1-1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+    - applies debian patches fix_custom_sampling_input_2b3ed61.patch
+      and fix_test_NAN_input_iv_7806757.diff
+    - deprecates debian patch use_local_objects.inv.patch
+    - Build-Depends: python3-pybind11 (>= 2.4.0)
+    - Build-Depends-Indep: python3-sphinx (>= 2~)
+  * provide PYTHONPATH as env variable with make doc
+  * Standards-Version: 4.5.0
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 17 Apr 2020 01:11:18 +0800
+
+scipy (1.3.3-3) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * skip sparsetools.TestInt32Overflow tests test_bsr_1_block and
+    test_bsr_n_block (they regularly timeout)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 06 Dec 2019 10:22:05 +0800
+
+scipy (1.3.3-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * add debian patches to avoid internet connections when using docs
+    - css_font_OpenSans.patch adapts font settings from
+      https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans
+      (Apache 2.0 licence)
+    - css_font_local.patch uses local font_OpenSans.css from
+      css_font_OpenSans.patch
+    - python-scipy-doc Depends: fonts-open-sans
+    - Closes: #873433.
+  * debian patch fix_custom_sampling_input_2b3ed61.patch applies
+    upstream commit 2b3ed61 to fix syntax. Closes: #945093.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 05 Dec 2019 00:30:25 +0800
+
+scipy (1.3.3-1) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+  * change source package name to scipy for python3-only, to
+    distinguish from python-scipy which supports python2.
+  * update Vcs salsa repo name to scipy (from python-scipy)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 27 Nov 2019 20:53:58 +0800
+
+python-scipy (1.3.1-1exp3) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * update versioned Build-Depends: python3-numpy (>= 1:1.13.3)
+    and cython3 (>= 0.29.2)
+  * Patch fix_test_NAN_input_iv_7806757.diff applies upstream commit
+    7806757 to fix tests on hppa, riscv64, sparc64. Closes: #934806.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 16 Aug 2019 13:20:27 +0800
+
+python-scipy (1.3.1-1exp2) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * build binaries before building docs
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 13 Aug 2019 18:45:38 +0800
+
+python-scipy (1.3.1-1exp1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+    - drops support for Python 2 (python-scipy is no longer provided)
+    - applies patches
+      matrix_API_614847c5.patch
+      matrix_API_filter_check_87e48c3c5.patch
+      matrix_API_more_e0cfa29e2.patch
+      fix_test_optim_canonical_constraint_2d7e7e8c.patch
+  * adjust skipping of spatial tests according to context of test
+    (openblas,atlas specify scipy.spatial)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 13 Aug 2019 15:04:07 +0800
+
+python-scipy (1.2.2-8) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+
+  [ Ondřej Nový ]
+  * Bump Standards-Version to 4.4.1.
+
+  [ Drew Parsons ]
+  * only build docs for default python3. Closes: #942794.
+    - apply dh_auto_install to arch-dependent packages only
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 19 Nov 2019 02:32:19 +0800
+
+python-scipy (1.2.2-7) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * Patch fix_test_NAN_input_iv_7806757.diff applies upstream commit
+    7806757 to fix tests on mipsel, hppa, riscv64, sparc64
+    (taken from 1.3.1-1exp3)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 25 Aug 2019 20:37:32 +0800
+
+python-scipy (1.2.2-6) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * atlas, openblas tests Depends: python3
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sun, 25 Aug 2019 01:47:34 +0800
+
+python-scipy (1.2.2-5) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * adjust skipping of sparse and spatial tests according to context
+    of test (openblas and atlas specify scipy.sparse, scipy.spatial)
+  * run atlas and openblas tests with python3 not python2
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Sat, 24 Aug 2019 11:42:02 +0800
+
+python-scipy (1.2.2-4) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * debian patch Use-system-LBFGSB.patch:
+    run test_minimize_l_bfgs_maxls with rtol=1e-5
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 30 Jul 2019 09:28:55 +0800
+
+python-scipy (1.2.2-3) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * run build-time tests over all versions of python3
+  * Build-Depends: liblbfgsb-dev and add Debian patch
+    Use-system-LBFGSB.patch to use the system L-BFGS-B library (which
+    uses LAPACK rather than the scipy-bundled LINPACK)
+    Enables test_minimize_l_bfgs_maxls in scipy.optimize to succeed.
+    Thanks Gard Spreemann. Closes: #778635.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Tue, 30 Jul 2019 00:26:20 +0800
+
+python-scipy (1.2.2-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * debhelper compatibility level 12
+    - run configure build step through pybuild to get consistent
+      build directories
+    - set PYLIBPATH to pybuild build directory
+  * debian/rules: use AUTOPKGTEST_TMP instead of ADTTMP to run tests
+  * v1.2.2 fixes indexing in fftpack. Closes: #924396.
+  * drop ignore_DeprecationWarning_diff1.2.patch (already applied in
+    scipy 1.2)
+  * Register docs with doc-base. Closes: #846253.
+  * debian/tests/python3: skip tests of
+    scipy.spatial.tests.test__plotutils.TestPlotting
+    (see https://github.com/scipy/scipy/issues/9946)
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Mon, 29 Jul 2019 18:43:34 +0800
+
+python-scipy (1.2.2-1) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+  * configure debian/watch to grab tar.xz rather than tar.gz
+    (for smaller tarballs)
+  * debian/rules: build with dh --buildsystem=pybuild
+  * Standards-Version: 4.4.0
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 26 Jul 2019 15:22:36 +0800
+
+python-scipy (1.2.1-1exp1) experimental; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * New upstream release.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 28 Feb 2019 11:16:38 +0800
+
+python-scipy (1.2.0-1) experimental; urgency=medium
+
+  * New upstream release
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Tue, 15 Jan 2019 12:27:45 +0100
+
+python-scipy (1.1.0-7) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * Patch fix_test_optim_canonical~onstraint_2d7e7e8c.patch applies
+    upstream patch 2d7e7e8 to fix occasional random failures in
+    test_canonical_constraint.test_concatenation.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 12 Apr 2019 00:46:35 +0800
+
+python-scipy (1.1.0-6) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * skip sparsetools.TestInt32Overflow matvec tests on python3 also.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 11 Apr 2019 09:38:17 +0800
+
+python-scipy (1.1.0-5) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * Skip sparsetools.TestInt32Overflow matvec tests on python2
+    (MemoryError). Closes: #919929.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Wed, 10 Apr 2019 16:41:47 +0800
+
+python-scipy (1.1.0-4) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * Replace patch ignore_DeprecationWarning_diff1.2.patch with
+      matrix_API_614847c5.patch
+      matrix_API_filter_check_87e48c3c5.patch
+      matrix_API_more_e0cfa29e2.patch
+    adapting the indicated upstream commits to scipy 1.1.0
+    (use numpy.matmul instead of @ for matrix multiplication, since @
+    is not available in python2)
+    Removes sources of matrix DeprecationWarnings.
+    Addresses: Bug#919929.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Thu, 14 Mar 2019 14:12:00 +0800
+
+python-scipy (1.1.0-3) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * Debian patch ignore_DeprecationWarning_diff1.2.patch applies diff
+    of pytest.ini between scipy 1.1 and 1.2 to ignore
+    DeprecationWarnings from numpy 1.16. Addresses Bug#919929.
+  * Use default gfortran-8 on s390x. unroll-loops was fixed in
+    gcc-8 8.2.0-18. Closes: #906198, #915738.
+
+ -- Drew Parsons <dparsons@debian.org>  Fri, 08 Mar 2019 00:31:29 +0800
+
+python-scipy (1.1.0-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Team upload.
+  * Remove Alexandre Fayolle from the Uploaders list.  Thanks for your
+    previous contributions!  Closes: #833329
+  * Use gfortran-7 on s390x to work around a regression causing the imexam
+    test suite to fail when scipy is built with gfortran 8.  Addresses: #906198
+  * Add some Multi-Arch markers suggested by the m-a hinter.
+
+ -- Mattia Rizzolo <mattia@debian.org>  Sun, 04 Nov 2018 19:01:19 +0100
+
+python-scipy (1.1.0-1) unstable; urgency=medium
+
+  [ Julian Taylor ]
+  *  New upstream release
+     Closes: #896060, #901380, #896635
+  * update to debian/compat 9 and standard 4.1.4
+
+  [ Ondřej Nový ]
+  * d/control: Set Vcs-* to salsa.debian.org
+  * d/copyright: Use https protocol in Format field
+  * d/tests: Use AUTOPKGTEST_TMP instead of ADTTMP
+  * d/control: Remove ancient X-Python-Version field
+  * d/control: Remove ancient X-Python3-Version field
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sun, 01 Jul 2018 14:34:28 +0200
+
+python-scipy (0.19.1-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Replace python-imaging recomments with python-pil (Closes: #866468)
+  * build documentation with python3-sphinx
+  * Fix atlas and openblas tests for openblas and atlas multiarch locations
+    Thanks to Matthias Klose for the patch (Closes: #876007)
+  * Depend on python-all-dbg for autopkgtests
+    Thanks to Michael Hudson-Doyle for the patch (Closes: #864699)
+  * bump standard to 4.1.3
+    - debian/control: replace priority extra with optional
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sun, 07 Jan 2018 14:38:57 +0100
+
+python-scipy (0.19.1-1) unstable; urgency=medium
+
+  * New upstream release
+  * weave has been removed, drop its patch blitz++.patch
+  * drop cap-ld-precision.patch, fixed in numpy
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Wed, 06 Sep 2017 18:07:38 +0200
+
+python-scipy (0.18.1-2.1) unstable; urgency=high
+
+  * Non-maintainer upload.
+  * No-change rebuild to build without _PyFPE symbols.
+
+ -- Matthias Klose <doko@ubuntu.com>  Tue, 05 Sep 2017 16:36:34 +0200
+
+python-scipy (0.18.1-2) unstable; urgency=medium
+
+  * fix dbg package import (Closes: #840264)
+  * add dbg package import adt tests
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 21 Oct 2016 16:10:57 +0200
+
+python-scipy (0.18.1-1) unstable; urgency=medium
+
+  [ Julian Taylor ]
+  * New upstream bugfix release
+
+  [ Sebastian Humenda ]
+  * make the build-indep target execute the build target to allow the usage of
+    the module for generating the documentation (Closes: #806867)
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sun, 25 Sep 2016 11:25:21 +0200
+
+python-scipy (0.18.0-1) unstable; urgency=medium
+
+  * New upstream release
+  * add python-setuptools to build depends
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sat, 30 Jul 2016 19:05:17 +0200
+
+python-scipy (0.17.1-1) unstable; urgency=medium
+
+  [ Julian Taylor ]
+  * New upstream bugfix release
+  * enable parallel build based on DEB_BUILD_OPTIONS
+  * bump standard to 3.9.7, no changes required
+
+  [ Ondřej Nový ]
+  * Fixed VCS URL (https)
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 23 May 2016 20:02:14 +0200
+
+python-scipy (0.17.0-1) unstable; urgency=medium
+
+  * New upstream release
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sat, 23 Jan 2016 20:39:44 +0100
+
+python-scipy (0.16.1-1) unstable; urgency=medium
+
+  * New upstream bugfix release
+  * update adt-tests to new layout
+  * remove duplicate files in -doc package
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sun, 25 Oct 2015 11:51:34 +0100
+
+python-scipy (0.16.0-2) unstable; urgency=medium
+
+  [ Julian Taylor ]
+  * bump cython build-depend to required 0.22
+
+  [ Jean-Christophe Jaskula ]
+  * fix build of documentation in arch only builds
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 24 Aug 2015 09:51:10 +0200
+
+python-scipy (0.16.0-1) unstable; urgency=medium
+
+  [ Varun Hiremath ]
+  * New upstream release
+  * Bump Standards-Version to 3.9.6
+  * Remove upstream applied patches:
+    - fitpack-alias.patch
+    - fix-undefined-behavior-in-alngam.patch
+    - relax-bounds-of-interpolate-test.patch
+  * d/rules: minor build fixes
+
+  [ Jean-Christophe Jaskula ]
+  * Pointed debian/watch to github.com (cleaner sources)
+  * d/control:
+    - Added dh_python to B-d
+    - Removed unnecessary XS-Testsuite field
+  * Linking to local javascript libraries
+    - use_local_mathjax.patch
+  * Using local intersphinx objects
+    - use_local_objects.patch
+  * Cleaned debian/copyright
+
+ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Sun, 23 Aug 2015 23:01:46 -0400
+
+python-scipy (0.14.1-1) unstable; urgency=medium
+
+  * New upstream bugfix release
+    remove upstream applied patches:
+     - numpy-version-fix.patch
+     - numpy_ufunc.patch
+     - put-_gen-classes-back.patch
+     - put-back-veccdf.patch
+     - sparse-fix-omitted-types.patch
+     - sparse-superlu-fix.patch
+  * add python-gmpy2 dependency to autopkgtest to speed up mpmath tests
+  * add suggest on python-scipy-doc (Closes: #760522)
+  * debian/copyright: add bootstrap Apache 2.0 license
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 05 Sep 2014 18:56:54 +0200
+
+python-scipy (0.14.0-2) unstable; urgency=medium
+
+  * add patches to fix test failures on i386 and mips:
+    - fix-undefined-behavior-in-alngam.patch (Closes: #756905)
+    - relax-bounds-of-interpolate-test.patch
+  * add patches from 0.14.x maintenance branch:
+    - sparse-superlu-fix.patch: fix crash
+    - sparse-fix-omitted-types.patch: fix crash
+    - put-back-veccdf.patch: restore stats api
+    - put-_gen-classes-back.patch: restore stats api
+    - numpy-version-fix.patch: fix wrong version check
+    - numpy_ufunc.patch: compatibility with numpy 1.9
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Wed, 27 Aug 2014 14:40:24 +0200
+
+python-scipy (0.14.0-1) unstable; urgency=low
+
+  [ Denis Laxalde ]
+  * Add the documentation binary package (Closes: #600547).
+
+  [ Julian Taylor ]
+  * New upstream release
+  * drop not swig build dependency and reswig.patch, not needed anymore
+  * use embedded six, current unstable version not compatible
+  * fitpack-alias.patch: fix wrong aliasing in interpolate.splder
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 23 May 2014 10:37:06 +0200
+
+python-scipy (0.13.3-2) unstable; urgency=medium
+
+  * upload to unstable
+  * add build-essential dependency to adt tests, needed for weave
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 31 Mar 2014 23:32:16 +0200
+
+python-scipy (0.13.3-1) experimental; urgency=low
+
+  * New upstream release
+  * ignore TestSplder.test_kink adt failure, probably numerical error
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Tue, 04 Feb 2014 19:48:01 +0100
+
+python-scipy (0.13.2-1) experimental; urgency=low
+
+  * New upstream release
+  * update X-Python-Version to >= 2.6
+  * require python3-numpy (>= 1:1.7.2) for hashing fixes
+  * bump standard to 3.9.5, no changes required
+  * bump cython dependency to >= 0.19 to avoid leaks with fused types
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 21 Oct 2013 18:59:29 +0200
+
+python-scipy (0.13.0~b1-1) experimental; urgency=low
+
+  [ Julian Taylor ]
+  * New upstream beta release
+  * require python-six >= 1.3.0, scipy ships a slightly patched 1.2.0,
+    version 1.3.0 includes the patches
+
+  [ Varun Hiremath ]
+  * Fix debian/watch file
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Sat, 07 Sep 2013 18:06:00 +0200
+
+python-scipy (0.12.0-3) unstable; urgency=high
+
+  * temporary-directory-usage.patch:
+    fix insecure temporary directory usage of weave module. (Closes: #726093)
+    Thanks to Tomas Tomecek for the patch.
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Tue, 22 Oct 2013 23:44:47 +0200
+
+python-scipy (0.12.0-2) unstable; urgency=low
+
+  * ignore testsuite failures to not block python3.3 transition
+    only masks issues on hardly used ports
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Mon, 01 Jul 2013 20:09:40 +0200
+
+python-scipy (0.12.0-1) unstable; urgency=low
+
+  [ Julian Taylor ]
+  * New upstream release, no repackaging required anymore
+    - Closes: #707315
+    - Closes: #691254
+  * also fail on test failures not only test errors
+  * skip failing test_mio on big endian python3 >= 3.2
+  * print skipped tests and unused skips in autopkgtest scripts
+  * add-swig-filetypes.patch, reswig.patch:
+    reswigging from setup.py, dropped from debian/rules
+  * cython-wraparound.patch: fix issue in ckdtree.pyx
+  * qhull-lfs.patch: enable large file support
+  * cap-ld-precision.patch: fix test failures due to broken np.finfo on ppc
+  * refresh patches and remove upstream applied:
+    - BUG-fix-dependency-on-dict-ordering-in-test.patch
+    - BUG-remove-inline-statement-rejected-by-cython.patch
+    - fix-dbg-crash.patch
+    - fix-f2py-dependencies.patch
+    - fix-test_basic.py-cephes_vs_amos_mass_te.patch
+    - python3.3-incdir.diff
+  * Bump standard to 3.9.4, no changes required
+  * drop unused sharutils build depend and python-profiler from suggests
+  * use system python-six and python-decorator instead of embedded copies
+  * don't install setup.py and generator scripts
+
+  [ Jakub Wilk ]
+  * Use canonical URIs for Vcs-* fields.
+  * Remove DM-Upload-Allowed; it's no longer used by the archive
+    software.
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Thu, 09 May 2013 11:35:07 +0200
+
+python-scipy (0.11.0+dfsg1-1) experimental; urgency=low
+
+  * New upstream release
+  * bump required cython to >= 0.17
+  * refresh patches:
+    - drop upstream applied:
+      - interpnd-generator.patch
+      - dtype.diff,
+      - kolmogorov.diff,
+      - up_minpack_ints.diff
+      - kde.diff
+    - new patches for python3.3 compatibility and test fixing:
+      - BUG-remove-inline-statement-rejected-by-cython.patch
+      - BUG-fix-dependency-on-dict-ordering-in-test.patch
+      - fix-test_basic.py-cephes_vs_amos_mass_te.patch
+      - python3.3-incdir.diff
+      - fix-dbg-crash.patch
+      - fix-f2py-dependencies.patch
+  * add autopkgtests
+  * run fast tests during build
+  * update debian/copyright to dep5
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 25 Jan 2013 23:54:43 +0100
+
+python-scipy (0.10.1+dfsg2-1) unstable; urgency=low
+
+  * add missing cython and swig sources from git tag (Closes: #589731)
+  * generate cython c files, requires python-mako and cython build depends
+  * ensure that all swig files are regenerated
+  * update debian/orig-tar.sh appropriately
+  * interpnd-generator.patch: fix the interpnd.pyx generation
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Thu, 29 Nov 2012 21:56:31 +0100
+
+python-scipy (0.10.1+dfsg1-4) unstable; urgency=low
+
+  [ Julian Taylor ]
+  * use dh_numpy3
+    - build depend on python3-numpy >= 1:1.6.2~rc1-1~
+  * debian/rules: remove reference to pyshared
+
+  [ Varun Hiremath ]
+  * debian/patches:
+    - add dtype.diff (Closes: #682030)
+    - add up_minpack_ints.diff, thanks to Yaroslav Halchenko (Closes: #681270)
+
+ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Sat, 21 Jul 2012 17:23:02 -0400
+
+python-scipy (0.10.1+dfsg1-3) unstable; urgency=low
+
+  * wrap-and-sort debian folder
+  * add python3 packages (Closes: #664785)
+  * debian/rules:
+    - split the build into build and install step
+    - use .install files instead of direct setup.py install
+
+ -- Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>  Fri, 20 Apr 2012 21:59:33 +0200
+
+python-scipy (0.10.1+dfsg1-2) unstable; urgency=low
+
+  * debian/control:
+    - Recommends: python-imaging (Closes: #648036)
+    - Recommends: python-dev (Closes: #651760)
+  * debian/patches:
+    - Add kolmogorov.diff, thanks to Yaroslav Halchenko (Closes: #653948)
+    - Add kde.diff (Closes: #648034)
+
+ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Fri, 20 Apr 2012 02:37:28 -0400
+
+python-scipy (0.10.1+dfsg1-1) unstable; urgency=low
+
+  * New upstream release (Closes: #653262)
+  * Update debian/orig-tar.sh script
+  * debian/patches
+    - updated restore_sys_argv.patch
+    - removed string_exception.patch, not needed
+
+ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Thu, 19 Apr 2012 16:14:28 -0400
+
+python-scipy (0.9.0+dfsg1-1) unstable; urgency=low
+
+  * New upstream release (Closes: #614407, #579041, #569008)
+  * Convert to dh_python2 (Closes: #617028)
+
+ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Wed, 06 Apr 2011 21:26:25 -0400
+
+python-scipy (0.8.0+dfsg1-1) experimental; urgency=low
+
+  [ Varun Hiremath ]
+  * New upstream release
+  * Build-Depend on python-numpy-* (>= 1:1.5.1)
+  * Update all the debian/patches/*
+
+  [ Luca Falavigna ]
+  * Remove myself from Uploaders.
+
+  [ Stefano Rivera ]
+  * debian/patches/blitz++.patch: Fix scipy.weave.inline compilations. Thanks
+    to Sameer Morar (Closes: #598520, LP: #302649)
+
+ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Fri, 24 Dec 2010 08:20:54 -0500
+
+python-scipy (0.7.2+dfsg1-1) unstable; urgency=low
+
+  * Release with a new source tarball with missing cython source files
+  * debian/rules: Add get-orig-source target
+  * Add debian/README.source explaining the repackaging of source tarball
+  * Add debian/orig-tar.sh to add missing cython source files to the
+    source tarball (Closes: #589731)
+  * debian/rules: add call to dh_numpy to generate stricter versioned
+    depends on python-numpy (Closes: #590763)
+  * Bump Standards-Version to 3.9.1
+  * Add myself to Uploaders
+
+ -- Varun Hiremath <varun@debian.org>  Fri, 30 Jul 2010 18:29:18 -0400
+
+python-scipy (0.7.2-2) unstable; urgency=low
+
+  * debian/patches/string_exceptions.patch:
+    - Do not use string exceptions, not supported by Python 2.6.
+
+ -- Luca Falavigna <dktrkranz@debian.org>  Mon, 07 Jun 2010 14:52:40 +0200
+
+python-scipy (0.7.2-1) unstable; urgency=low
+
+  * New upstream release.
+  * Switch to debhelper 7.
+  * Provide python-scipy-dbg package (Closes: #525329).
+  * Add myself to Uploaders.
+
+ -- Luca Falavigna <dktrkranz@debian.org>  Sun, 25 Apr 2010 17:21:21 +0200
+
+python-scipy (0.7.1-1) unstable; urgency=low
+
+  [ Sandro Tosi ]
+  * debian/control
+    - removed Marco Presi from uploaders: thanks for your work!
+
+  [ Luca Falavigna ]
+  * New upstream release.
+    - Fix KeyError exception in sparse module (Closes: #525109).
+    - Fix SyntaxWarning exception with python2.6 (Closes: #567148).
+  * debian/patches/restore_sys_argv.patch:
+    - Restore sys.argv in case of exception (Closes: #500814).
+  * debian/control:
+    - Depend on ${misc:Depends}.
+    - Drop useless Conflicts/Replaces fields.
+    - Bump Standards-Version to 3.8.4, no changes required.
+  * debian/README.Debian:
+    - Remove obsolete information.
+  * debian/pycompat:
+    - Remove, useless.
+
+ -- Debian Python Modules Team <python-modules-team@lists.alioth.debian.org>  Mon, 05 Apr 2010 17:10:56 +0200
+
+python-scipy (0.7.0-2) unstable; urgency=medium
+
+  [ Julien Lavergne ]
+  * debian/copyright : Update Copyright holders (Closes: #524131)
+  * From Ubuntu, prepare for the future python transition:
+   - debian/rules:
+    + Include /usr/share/python/python.mk
+    + Add $(py_setup_install_args) to setup.py install
+    + Replace site-packages by *-packages
+   - debian/control:
+    + Bump build-depends to python-all-dev (>= 2.5.4-1~)
+
+  [ Luca Falavigna ]
+  * Remove patches, they are no longer needed and also causing FTBFS with
+    recent python-numpy. Remove quilt machinery too (Closes: #545606).
+  * debian/copyright: add missing copyright holder (Closes: #540504).
+  * debian/control: bump Standards-Version to 3.8.3, no changes required.
+  * debian/watch: fix regex to report correct upstream stable version.
+
+ -- Debian Python Modules Team <python-modules-team@lists.alioth.debian.org>  Tue, 15 Sep 2009 23:30:12 +0200
+
+python-scipy (0.7.0-1) unstable; urgency=low
+
+  [ Ondrej Certik ]
+  * Beta version
+  * debian/patches: scipy_include_fix.diff and segfault.patch removed (applied
+    upstream),  swig_ftbfs.dpatch and umfpack.dpatch updated to new paths
+
+  [ Sandro Tosi ]
+  * debian/control
+    - switch Vcs-Browser field to viewsvn
+
+  [ David Cournapeau ]
+  * New upstream version
+  * Remove obsolete dependencies on libfftw3-dev, libx11-dev and libnetcdf-dev
+  * Update version for numpy dependency: scipy requires version >= 1.2.0
+  * Set ATLAS to None when building scipy to avoid depending on ATLAS API, and
+  only use BLAS/LAPACK public API, even when ATLAS is installed on the build
+  machine
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Sun, 08 Mar 2009 18:47:03 -0700
+
+python-scipy (0.6.0-12) unstable; urgency=low
+
+  * The description updated to match the current SciPy (Closes: #489149).
+  * Standards-Version bumped to 3.8.0 (no action needed)
+  * Build-Depends: netcdf-dev changed to libnetcdf-dev
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Mon, 16 Jun 2008 22:58:01 +0200
+
+python-scipy (0.6.0-11.1) unstable; urgency=low
+
+  * Non-maintainer upload.
+  * Change description to refer to python-numpy package instead of Numeric
+    to avoid confusion with python-numeric package.
+
+ -- Chris AtLee <chris@atlee.ca>  Wed, 23 Apr 2008 15:45:22 -0400
+
+python-scipy (0.6.0-11) unstable; urgency=low
+
+  * Fixes FTBFS, by unexporting LDFLAGS and setting FFLAGS directly, the same
+    hack as in numpy (Closes: #475990)
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Mon, 14 Apr 2008 14:53:57 +0200
+
+python-scipy (0.6.0-10) unstable; urgency=low
+
+  [Sandro Tosi]
+  * Fixes a dangling symlink (Closes: #471825)
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Thu, 20 Mar 2008 14:50:31 +0100
+
+python-scipy (0.6.0-9) unstable; urgency=medium
+
+  * Uses correct pycentral locations (Closes: #471549)
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Wed, 19 Mar 2008 21:41:12 +0100
+
+python-scipy (0.6.0-8) unstable; urgency=low
+
+  * Build depend on libsuitesparse (>= 3.1.0-3)
+  * Build depends fixed to use gfortran based lapack and blas (Closes: #466868)
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Sat, 23 Feb 2008 01:21:51 +0100
+
+python-scipy (0.6.0-7) unstable; urgency=low
+
+  * Bumped the version, because python-numpy conflicts with python-scipy (<=
+    0.6.0-6). This compiles against the old suitesparse, but it makes the
+    package installable and working again.
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Thu, 21 Feb 2008 15:38:00 +0100
+
+python-scipy (0.6.0-6) UNRELEASED; urgency=low
+
+  * debian/control
+    - uniforming both Vcs-Svn and Vcs-Browser fields
+
+ -- Sandro Tosi <matrixhasu@gmail.com>  Thu, 03 Jan 2008 12:18:46 +0100
+
+python-scipy (0.6.0-5.1) unstable; urgency=low
+
+  * Non-maintainer upload.
+  * Changed `fftw3-dev' to `libfftw3-dev' to get rid of that dependency
+    on a virtual package.
+  * Fix FTBFS with relation to swig with a patch provided by
+    Kumar Appaiah (Closes: #456892)
+
+ -- Philipp Kern <pkern@debian.org>  Mon, 31 Dec 2007 13:45:10 +0100
+
+python-scipy (0.6.0-5) unstable; urgency=low
+
+  * DM-Upload-Allowed changed to XS-DM-Upload-Allowed
+  * standards-version made uptodate (3.7.3)
+  * don't create an empty dir usr/share/doc/python-scipy/weave/
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Tue, 04 Dec 2007 22:27:48 +0100
+
+python-scipy (0.6.0-4) unstable; urgency=low
+
+  * Use quilt (much eaiser to use) instead of dpatch
+  * Paul's patch added (Closes: #452991)
+  * Add DM-Upload-Allowed: yes
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Mon, 03 Dec 2007 15:33:24 +0100
+
+python-scipy (0.6.0-3) unstable; urgency=low
+
+  [ Piotr Ożarowski ]
+  * Rename XS-Vcs-* fields to Vcs-* (dpkg supports them now)
+
+  [ Ondrej Certik ]
+  * Depending on libsuitesparse-dev directly instead of libufsparse-dev
+    (Closes: #445771)
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Mon, 15 Oct 2007 20:09:07 +0200
+
+python-scipy (0.6.0-2) unstable; urgency=medium
+
+  * Replaced fftw-dev with fftw3-dev in Build-Depends (closes: #444124)
+
+ -- Piotr Ożarowski <piotr@debian.org>  Wed, 26 Sep 2007 23:52:25 +0200
+
+python-scipy (0.6.0-1) unstable; urgency=low
+
+  [Ondřej Čertík]
+  * New upstream release
+  * watch file added
+
+  [Piotr Ożarowski]
+  * Homepage field added
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Sun, 23 Sep 2007 16:14:35 +0200
+
+python-scipy (0.5.2.1-2) unstable; urgency=low
+
+  * Got rid of all lintian and linda warnings (removed "SciPy is an open
+    source library of scientific tools for Python" (first sentence) from the
+    long description)
+  * debian/control: Added XS-Vcs-Svn and XS-Vcs-Browser fields to the Source
+    section
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Fri, 31 Aug 2007 04:29:55 +0200
+
+python-scipy (0.5.2.1-1) unstable; urgency=low
+
+  * Adopting the package
+  * New upstream release (Closes: #426012)
+  * Removed unnecessary patches
+  * Removing LICENSE.txt, since it is unnecessary (and it fixes a lintian
+    warning)
+
+ -- Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>  Tue, 28 Aug 2007 12:03:29 +0200
+
+python-scipy (0.5.2-9) experimental; urgency=low
+
+  * Added Build-Dep on python-numpy (Closes: 422389)
+  * Made build independent of the python version (Closes: 414626)
+  * Added a new patch on sandbox/montecarlo to fix py2.5 compatibility
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Fri, 18 May 2007 11:12:31 +0100
+
+python-scipy (0.5.2-8) experimental; urgency=low
+
+  * Fixed compatibility with numpy >= 1.0.2, by importing parts from upstream svn
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sat, 21 Apr 2007 22:46:29 +0100
+
+python-scipy (0.5.2-7+b1) unstable; urgency=low
+
+  * Binary-only non-maintainer upload for i386; no source changes.
+  * Rebuild to fix binaries built against experimental
+
+ -- Debian/i386 Build Daemon <buildd_i386-saens>  Tue, 27 Feb 2007 02:01:45 -0600
+
+python-scipy (0.5.2-7) unstable; urgency=low
+
+  * Added 'm86k' among the archs on which xplt should not build.
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sat, 24 Feb 2007 13:40:42 +0000
+
+python-scipy (0.5.2-6) unstable; urgency=low
+
+  * Merged patch for image viwer from upstream svn
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sat, 24 Feb 2007 01:39:18 +0000
+
+python-scipy (0.5.2-5) experimental; urgency=low
+
+  * Added a fix in sandbox/montecarlo tests that prevented installation
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Thu, 22 Feb 2007 01:33:18 +0000
+
+python-scipy (0.5.2-4) experimental; urgency=low
+
+  * Incorporated code from setup_without_xplt.py into patches/sandbox.dpatch, in order to
+    build sandbox/xplt only on supported archs (Closes: #407869).
+  * Added libx11-dev among Build-Deps to support xplt.
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Thu, 22 Feb 2007 00:33:51 +0000
+
+python-scipy (0.5.2-3) experimental; urgency=low
+
+  * Added netcdfg-dev Build-Deps (completed sandbox inclusion)
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Tue, 20 Feb 2007 23:28:43 +0000
+
+python-scipy (0.5.2-2) experimental; urgency=low
+
+  * Enabled sandbox modules. To this aim randomkit.[ch] are included from
+    pyhon-numpy sources. See debian/patches/sandbox.dpatch
+    (Closes: #407869).
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Mon, 19 Feb 2007 19:26:22 +0000
+
+python-scipy (0.5.2-1) unstable; urgency=low
+
+  * Fixed scipy.signal segfault (closes: #410757)
+  * Replaced hard-coded xv command with "see" (from mime-support).
+    Additionally, the environment variable SCIPY_PIL_IMAGE_VIEWER can be set.
+    (Closes: #395198)
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sun, 18 Feb 2007 16:22:03 +0000
+
+python-scipy (0.5.2-0.1) unstable; urgency=medium
+
+  * Remove build dependency on python-numpy-dev.
+  * python-scipy: Depend on python-numpy instead of python-numpy-dev.
+  * Package builds on other archs than i386. Closes: #402783.
+
+ -- Matthias Klose <doko@debian.org>  Sun,  7 Jan 2007 14:12:12 +0100
+
+python-scipy (0.5.2-0) experimental; urgency=low
+
+  * New upstream version (compatible with python-numpy-1.0.x).
+  * (Build-)depend on python-numpy (>= 1:1.0.1).
+  * Remove redundant (build-)dependencies.
+  * weave examples and docs are removed from the upstream tarball.
+
+ -- Matthias Klose <doko@debian.org>  Wed,  3 Jan 2007 22:37:49 +0100
+
+python-scipy (0.5.1-3) unstable; urgency=low
+
+  * Moved weave/examples into /usr/share/doc/python-scipy/
+    and removed *.so files that prevented building on non x86 archs
+    (closes: #397241)
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sat, 16 Sep 2006 18:46:56 +0200
+
+python-scipy (0.5.1-2) unstable; urgency=low
+
+  * Added swig and libufsparse-dev among Build-deps
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Mon, 11 Sep 2006 22:05:45 +0200
+
+python-scipy (0.5.1-1) unstable; urgency=low
+
+  * New upstream release
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Thu,  7 Sep 2006 00:32:07 +0200
+
+python-scipy (0.5.0-3) unstable; urgency=low
+
+  * Re-compiled to reflect C-API changes in numpy.
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Fri, 18 Aug 2006 01:06:06 +0200
+
+python-scipy (0.5.0-2) unstable; urgency=low
+
+  * Re-added fftw-dev among build-deps.
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Tue,  8 Aug 2006 17:34:44 -0400
+
+python-scipy (0.5.0-1) unstable; urgency=low
+
+  * New upstream release
+  * Removed debian/patches/python2.3.dpatch now included in upstream release
+
+ -- Marco Presi (Zufus) <zufus@debian.org>  Sun, 30 Jul 2006 00:33:21 +0200
+
+python-scipy (0.4.9-2) unstable; urgency=low
+
+  * Build against new release of python-numpy.
+
+ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Wed, 05 Jul 2006 18:06:41 +0100
+
+python-scipy (0.4.9-1) unstable; urgency=low
+
+  * New upstream version.
+
+ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Tue, 04 Jul 2006 16:11:01 +0100
+
+python-scipy (0.3.2-9) unstable; urgency=low
+
+  * Updated to new python policy (closes: #373352)
+  * Updated standards to 3.7.2
+
+ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Thu, 15 Jun 2006 17:10:49 +0200
+
+python-scipy (0.3.2-8) unstable; urgency=low
+
+  * Changed dependency on libwxgtk2.4-1-python to python-wxgtk2.4 (closes: #333795)
+  * Added cow progress bar fix by Glen W. Mabey (closes: #322796)
+
+ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Tue,  8 Nov 2005 11:56:51 +0100
+
+python-scipy (0.3.2-7) unstable; urgency=low
+
+  * Depend on libwxgtk2.4-1-python due to new C++ ABI.
+  * Do not depend on obsolete blas-dev (Closes: #320441)
+  * Drop the python2.2 version due to python2.2-numeric removal.
+  * Applied Andreas Jochens' patch fixing gcc4.0 storage class
+    error (Closes: #302598)
+
+ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Sun, 31 Jul 2005 11:11:42 +0100
+
+python-scipy (0.3.2-6) unstable; urgency=low
+
+  * Added a Suggests: python2.X-profiler in debian/control, made the
+    import of pstats optional by patching stats/__init__.py
+    (Closes: #296796)
+
+ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Fri, 11 Mar 2005 10:54:35 +0100
+
+python-scipy (0.3.2-5) unstable; urgency=low
+
+  * Applied Adam Conrad's patch to allow build on m68k (Closes: #292919)
+  * Applied Andreas Jochens' patch fixing gcc4.0 incompatibility and
+    syntax error in debian/control (Closes: #288181)
+
+ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Thu, 17 Feb 2005 14:49:03 +0100
+
+python-scipy (0.3.2-4) unstable; urgency=low
+
+  * Build for python 2.4.
+
+ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Mon, 24 Jan 2005 12:25:16 +0000
+
+python-scipy (0.3.2-3) unstable; urgency=low
+
+  * fixed build dependencies on arm (Closes: #277897)
+
+ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Sat, 23 Oct 2004 11:28:51 +0200
+
+python-scipy (0.3.2-2) unstable; urgency=low
+
+  * Updated package description
+  * removed scipy.xplt on hppa, s390, ia64, mips, mipsel (Closes: #277485)
+  * Added note about the missing module in README.Debian
+
+ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Fri, 22 Oct 2004 15:05:00 +0200
+
+python-scipy (0.3.2-1) unstable; urgency=low
+
+  * New version.
+
+ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Mon, 18 Oct 2004 16:28:16 +0100
+
+python-scipy (0.3.0+266.4239-1) unstable; urgency=low
+
+  * Updated to release.
+  * Recommends c++-compiler.
+  * Dropped python2.1 support.
+  * Official package (closes: #126037).
+  * Added Alexandre Fayolle and Marco Presi as uploaders
+  * Added missing build dependencies
+
+ -- Alexandre Fayolle <afayolle@debian.org>  Mon, 13 Sep 2004 23:04:34 +0200
+
+python-scipy (0.2.0+cvs20031002-1) unstable; urgency=low
+
+  * Moved scipy_core into a seperate package.
+  * Default to python-2.3.
+
+ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Thu, 02 Oct 2003 13:31:30 +0100
+
+python-scipy (0.2.0+alpha144.4350-1) unstable; urgency=low
+
+  * Initial Release.
+
+ -- José Fonseca <j_r_fonseca@yahoo.co.uk>  Tue, 01 Jul 2003 13:35:03 +0100
diff --git a/control b/control
new file mode 100644 (file)
index 0000000..778f87f
--- /dev/null
+++ b/control
@@ -0,0 +1,86 @@
+Source: scipy
+Section: python
+Priority: optional
+Maintainer: Debian Python Team <team+python@tracker.debian.org>
+Uploaders: Ondrej Certik <ondrej@certik.cz>,
+           David Cournapeau <cournape@gmail.com>,
+           Varun Hiremath <varun@debian.org>
+Build-Depends: cython3 (>= 0.29.18), cython3 (<< 3.0),
+               debhelper-compat (= 13),
+               dh-python,
+               pybuild-plugin-pyproject,
+               gfortran,
+               libblas-dev,
+               liblapack-dev,
+               liblbfgsb-dev,
+               libsuitesparse-dev (>= 3.1.0-3),
+               python3-all-dev (>= 3.7),
+               python3-decorator,
+               python3-numpy (>= 1:1.21.4),
+               python3-pybind11 (>= 2.4.3),
+               python3-pytest,
+               python3-setuptools,
+               python3-sphinx | sphinx,
+               python3-wheel,
+               python3-pythran [!armhf]
+Build-Depends-Indep: dvipng,
+                     python3-doc,
+                     python3-docutils,
+                     python3-matplotlib,
+                     python3-numpydoc,
+                     python3-pydata-sphinx-theme,
+                     python3-sphinx-panels,
+                     rdfind,
+                     symlinks,
+                     texlive-latex-base,
+                     texlive-latex-extra
+Build-Conflicts: git
+Standards-Version: 4.6.1
+Homepage: https://www.scipy.org/
+Vcs-Git: https://salsa.debian.org/python-team/packages/scipy.git
+Vcs-Browser: https://salsa.debian.org/python-team/packages/scipy
+
+Package: python3-scipy
+Architecture: any
+Multi-Arch: no
+Depends: python3-decorator,
+         python3-numpy (>= 1:1.17.3~),
+         python3-pythran [!armhf],
+         ${misc:Depends},
+         ${python3:Depends},
+         ${shlibs:Depends}
+Recommends: g++ | c++-compiler, python3-pil
+Suggests: python-scipy-doc
+Description: scientific tools for Python 3
+ SciPy supplements the popular NumPy module (python-numpy package), gathering a
+ variety of high level science and engineering modules together as a single
+ package.
+ .
+ SciPy is a set of Open Source scientific and numeric tools for Python. It
+ currently supports special functions, integration, ordinary differential
+ equation (ODE) solvers, gradient optimization, genetic algorithms, parallel
+ programming tools, an expression-to-C++ compiler for fast execution, and
+ others.
+
+Package: python-scipy-doc
+Depends: fonts-open-sans,
+         libjs-jquery,
+         libjs-mathjax,
+         libjs-underscore,
+         ${misc:Depends},
+         ${sphinxdoc:Depends}
+Section: doc
+Architecture: all
+Multi-Arch: foreign
+Description: scientific library for Python - documentation
+ SciPy supplements the popular NumPy module (python-numpy package), gathering a
+ variety of high level science and engineering modules together as a single
+ package.
+ .
+ SciPy is a set of Open Source scientific and numeric tools for Python. It
+ currently supports special functions, integration, ordinary differential
+ equation (ODE) solvers, gradient optimization, genetic algorithms, parallel
+ programming tools, an expression-to-C++ compiler for fast execution, and
+ others.
+ .
+ This package contains documentation for the SciPy library.
diff --git a/copyright b/copyright
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a01c62b
--- /dev/null
+++ b/copyright
@@ -0,0 +1,411 @@
+Format: https://www.debian.org/doc/packaging-manuals/copyright-format/1.0/
+Upstream-Name: SciPy
+Source: http://www.scipy.org/
+
+Files: *
+Copyright: 2003-2019 SciPy Developers
+ 1999-2005 Travis Oliphant
+ 2001-2002 Enthought, Inc.
+ 2002 Eric Jones
+ 2002 Patrick J. Miller
+ 2002-2003 Jochen Kuepper
+ 2002-2004 Pearu Peterson
+ 2002-2005 Jean-Sebastien Roy
+ 2003-2005 Peter J. Verveer
+ 2003-2006 Ed Schofield
+ 2003-2012 SciPy Developers.
+ 2004 David M. Cooke
+ 2006 Bart Vandereycken
+ 2006 BasSw
+ 2006 Johannes Loehnert
+ 2007 Andrew D Straw
+ 2007 John Travers, Robert Hetland
+ 2007-2008 Damian Eads
+ 2008 Tiziano Zito
+ Gary Strangman
+ 2010 Pauli Virtanen
+ 2010, 2011 Pim Schellart
+ 2009 Yosef Meller
+License: BSD-3-clause
+Comment: the files in scipy/io/tests/data/*.sav are IDL formatted test data files
+ and can be read with the functions in scipy/io/idl.py
+ they contain a EULA notice which is likely invalid and ignored by debian, see
+ also https://lists.debian.org/debian-legal/2014/06/msg00001.html
+
+Files: doc/source/_static/scipy-mathjax/*
+Copyright: 2009-2017 The MathJax Consortium
+License: Apache-2.0
+
+Files: doc/source/_static/scipy.css
+Copyright: 2009-2017 The MathJax Consortium
+  2019 Jonathan Neal "font-family: no-parens"
+Comments:
+ Code snippet "font-family: no-parens" retrieved
+ from https://codepen.io/jonneal/pen/bXLEdB (MIT)
+License: Apache-2.0+MIT
+ Code snippet "font-family: no-parens" under MIT licence:
+ Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
+ a copy of this software and associated documentation files (the
+ "Software"), to deal in the Software without restriction, including
+ without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
+ distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
+ permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
+ the following conditions:
+ .
+ The above copyright notice and this permission notice shall be
+ included in all copies or substantial portions of the Software.
+ .
+ THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+ EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
+ MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
+ NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
+ BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
+ ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
+ CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+ SOFTWARE.
+ .
+ Other parts of scipy.css released under the standard SciPy Apache-2.0
+ licence.
+
+Files: doc/sphinxext/* doc/sphinxext/numpydoc/*
+Copyright: 2008 Stefan van der Walt <stefan@mentat.za.net>,
+ Pauli Virtanen <pav@iki.fi>
+License: BSD-2-clause
+
+Files: benchmarks/benchmarks/go_benchmark_functions/*.py
+Copyright: 2013 Andrea Gavana <andrea.gavana@gmail.com>
+License: expat
+Comment: Functions for testing global optimizers,
+ forked from the AMPGO project, https://code.google.com/archive/p/ampgo
+
+Files: scipy/fft/_pocketfft/*
+Copyright: 2010-2019 Max-Planck-Society
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/fft/_pocketfft/pocketfft_hdronly.h
+Copyright: 2010-2019 Max-Planck-Society, Martin Reinecke
+ 2019 Peter Bell
+ 2003,2007-2014 Matteo Frigo, Massachusetts Institute of Technology
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/linalg/src/id_dist/*
+Copyright: 2014, P.-G. Martinsson, V. Rokhlin, Y. Shkolnisky, M. Tygert
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/misc/ascent.dat
+Copyright: public-domain
+License: public-domain
+ No permission whatsoever is needed to copy or use public domain works. Public
+ domain material is available for anyone to use for any purpose, private and
+ commercial. Public domain works can serve as the foundation for new creative
+ works. Public domain works can also be copied and distributed without any
+ permission or paying royalties
+
+Files: scipy/ndimage/*
+Copyright: 2003-2005, Peter J. Verveer
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/optimize/_highs/*
+Copyright: 2020 ERGO-Code
+License: Expat
+
+Files: scipy/optimize/lbfgsb_src/*.f
+Copyright: 2011 Ciyou Zhu, Richard Byrd, and Jorge Nocedal <nocedal@ece.nwu.edu>
+License: BSD-generic
+ The version included here (in lbfgsb.f) is 3.0 (released April 25, 2011). It was
+ written by Ciyou Zhu, Richard Byrd, and Jorge Nocedal <nocedal@ece.nwu.edu>. It
+ carries the following condition for use:
+ .
+   """
+   This software is freely available, but we expect that all publications
+   describing work using this software, or all commercial products using it,
+   quote at least one of the references given below. This software is released
+   under the BSD License.
+ .
+   References
+     * R. H. Byrd, P. Lu and J. Nocedal. A Limited Memory Algorithm for Bound
+       Constrained Optimization, (1995), SIAM Journal on Scientific and
+       Statistical Computing, 16, 5, pp. 1190-1208.
+     * C. Zhu, R. H. Byrd and J. Nocedal. L-BFGS-B: Algorithm 778: L-BFGS-B,
+       FORTRAN routines for large scale bound constrained optimization (1997),
+       ACM Transactions on Mathematical Software, 23, 4, pp. 550 - 560.
+     * J.L. Morales and J. Nocedal. L-BFGS-B: Remark on Algorithm 778: L-BFGS-B,
+       FORTRAN routines for large scale bound constrained optimization (2011),
+       ACM Transactions on Mathematical Software, 38, 1.
+   """
+
+Files: scipy/optimize/lbfgsb_src/lbfgsb.pyf
+Copyright: 2004 David M. Cooke <cookedm@physics.mcmaster.ca>
+ 2012 Joonas Paalasmaa
+License: Expat
+
+Files: scipy/sparse/csgraph/_matching.pyx
+Copyright: 1987, A. Volgenant/Amsterdam School of Economics,
+                 University of Amsterdam
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/sparse/linalg/_dsolve/SuperLU/*
+Copyright: 2003, The Regents of the University of California,
+ through Lawrence Berkeley National Laboratory (subject to receipt
+ of any required approvals from U.S. Dept. of Energy)
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/sparse/linalg/_eigen/arpack/*
+Copyright: 1996-2008 Rice University,
+ 1996-2008 D.C. Sorensen, R.B. Lehoucq, C. Yang, and K. Maschhoff
+ 2001-2011 Scilab Enterprises, Allan Cornet, Sylvestre Ledru
+ 2007 - Sébastien Fabbro (gentoo patch)
+ 2010 - Jordi Gutiérrez Hermoso (Octave patch)
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/spatial/qhull_src/*
+Copyright: 1993-2015, The Geometry Center (University of Minnesota)
+ 1993-2015, C.B. Barber
+License: qhullbsd
+ This software includes Qhull from C.B. Barber and The Geometry Center.
+ Qhull is copyrighted as noted above.  Qhull is free software and may
+ be obtained via http from www.qhull.org.  It may be freely copied, modified,
+ and redistributed under the following conditions:
+ .
+ 1. All copyright notices must remain intact in all files.
+ .
+ 2. A copy of this text file must be distributed along with any copies
+    of Qhull that you redistribute; this includes copies that you have
+    modified, or copies of programs or other software products that
+    include Qhull.
+ .
+ 3. If you modify Qhull, you must include a notice giving the
+    name of the person performing the modification, the date of
+    modification, and the reason for such modification.
+ .
+ 4. When distributing modified versions of Qhull, or other software
+    products that include Qhull, you must provide notice that the original
+    source code may be obtained as noted above.
+ .
+ 5. There is no warranty or other guarantee of fitness for Qhull, it is
+    provided solely "as is".  Bug reports or fixes may be sent to
+    qhull_bug@qhull.org; the authors may or may not act on them as
+    they desire.
+
+Files: scipy/special/cephes/*
+Copyright: 1984, 1987, 1989, 2000 Stephen L. Moshier
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/special/cephes/dd_*.c scipy/special/cephes/dd_*.h
+Copyright: 2003-2009, The Regents of the University of California,
+ through Lawrence Berkeley National Laboratory (subject to receipt of
+ any required approvals from U.S. Dept. of Energy)
+License: BSD-LBNL
+Comment: This work was supported by the Director, Office of Science, Division
+ of Mathematical, Information, and Computational Sciences of the
+ U.S. Department of Energy under contract numbers DE-AC03-76SF00098 and
+ DE-AC02-05CH11231.
+
+Files: scipy/special/Faddeeva.cc scipy/special/Faddeeva.hh
+Copyright: 2012 Massachusetts Institute of Technology
+License: Expat
+
+Files: scipy/_lib/_uarray/*
+Copyright: 2018, Quansight-Labs
+License: BSD-3-clause
+
+Files: scipy/_lib/decorator.py
+Copyright: 2005-2015 Michele Simionato <michele.simionato@gmail.com>
+License: bsdlike
+ All rights reserved.
+ .
+ Redistributions of source code must retain the above copyright
+ notice, this list of conditions and the following disclaimer.
+ Redistributions in bytecode form must reproduce the above copyright
+ notice, this list of conditions and the following disclaimer in
+ the documentation and/or other materials provided with the
+ distribution.
+ .
+ THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
+ "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
+ LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
+ A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
+ HOLDERS OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT,
+ INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING,
+ BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS
+ OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
+ ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR
+ TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE
+ USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
+ DAMAGE.
+
+License: Apache-2.0
+ Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); you may not
+ use this file except in compliance with the License. You may obtain a copy
+ of the License at
+ .
+     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
+ .
+ Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
+ distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, WITHOUT
+ WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. See the
+ License for the specific language governing permissions and limitations
+ under the License.
+ .
+ On Debian systems, the full text of the Apache License, Version 2.0
+ can be found in the file
+ `/usr/share/common-licenses/Apache-2.0'.
+
+License: BSD-2-clause
+ Redistribution and use in source and binary forms, with or without
+ modification, are permitted provided that the following conditions are
+ met:
+ .
+  1. Redistributions of source code must retain the above copyright
+     notice, this list of conditions and the following disclaimer.
+  2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
+     notice, this list of conditions and the following disclaimer in
+     the documentation and/or other materials provided with the
+     distribution.
+ .
+ THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE AUTHOR ``AS IS'' AND ANY EXPRESS OR
+ IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
+ WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
+ DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE AUTHOR BE LIABLE FOR ANY DIRECT,
+ INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
+ (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
+ SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION)
+ HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT,
+ STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING
+ IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
+ POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
+
+License: BSD-3-clause
+ Redistribution and use in source and binary forms, with or without
+ modification, are permitted provided that the following conditions are met:
+ .
+   a. Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
+      this list of conditions and the following disclaimer.
+   b. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
+      notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
+      documentation and/or other materials provided with the distribution.
+   c. Neither the name of Enthought nor the names of the SciPy Developers
+      may be used to endorse or promote products derived from this software
+      without specific prior written permission.
+ .
+ .
+ THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
+ AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
+ IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
+ ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE REGENTS OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR
+ ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
+ DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
+ SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
+ CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT
+ LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY
+ OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
+ DAMAGE.
+
+License: BSD-LBNL
+ 1. Redistribution and use in source and binary forms, with or
+ without modification, are permitted provided that the following
+ conditions are met:
+ .
+ (1) Redistributions of source code must retain the copyright
+ notice, this list of conditions and the following disclaimer.
+ .
+ (2) Redistributions in binary form must reproduce the copyright
+ notice, this list of conditions and the following disclaimer in
+ the documentation and/or other materials provided with the
+ distribution.
+ .
+ (3) Neither the name of the University of California, Lawrence
+ Berkeley National Laboratory, U.S. Dept. of Energy nor the names
+ of its contributors may be used to endorse or promote products
+ derived from this software without specific prior written
+ permission.
+ .
+ 2. THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
+ "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
+ LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
+ A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
+ OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
+ SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
+ LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
+ DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
+ THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
+ (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
+ OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
+ .
+ 3. You are under no obligation whatsoever to provide any bug fixes,
+ patches, or upgrades to the features, functionality or performance of
+ the source code ("Enhancements") to anyone; however, if you choose to
+ make your Enhancements available either publicly, or directly to
+ Lawrence Berkeley National Laboratory, without imposing a separate
+ written license agreement for such Enhancements, then you hereby grant
+ the following license: a non-exclusive, royalty-free perpetual license
+ to install, use, modify, prepare derivative works, incorporate into
+ other computer software, distribute, and sublicense such enhancements
+ or derivative works thereof, in binary and source code form.
+Comment: modified BSD license
+
+License: Expat
+ Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
+ this software and associated documentation files (the "Software"), to deal in the
+ Software without restriction, including without limitation the rights to use,
+ copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the
+ Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do so,
+ subject to the following conditions:
+ .
+ The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
+ copies or substantial portions of the Software.
+ .
+ THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+ IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS
+ FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR
+ COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN
+ AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION
+ WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+
+License: PSF-2
+ PYTHON SOFTWARE FOUNDATION LICENSE VERSION 2
+ .
+ 1. This LICENSE AGREEMENT is between the Python Software Foundation
+ ("PSF"), and the Individual or Organization ("Licensee") accessing and
+ otherwise using this software ("Python") in source or binary form and
+ its associated documentation.
+ .
+ 2. Subject to the terms and conditions of this License Agreement, PSF hereby
+ grants Licensee a nonexclusive, royalty-free, world-wide license to reproduce,
+ analyze, test, perform and/or display publicly, prepare derivative works,
+ distribute, and otherwise use Python alone or in any derivative version,
+ provided, however, that PSF's License Agreement and PSF's notice of copyright,
+ i.e., "Copyright (c) 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010,
+ 2011, 2012, 2013 Python Software Foundation; All Rights Reserved" are retained
+ in Python alone or in any derivative version prepared by Licensee.
+ .
+ 3. In the event Licensee prepares a derivative work that is based on
+ or incorporates Python or any part thereof, and wants to make
+ the derivative work available to others as provided herein, then
+ Licensee hereby agrees to include in any such work a brief summary of
+ the changes made to Python.
+ .
+ 4. PSF is making Python available to Licensee on an "AS IS"
+ basis.  PSF MAKES NO REPRESENTATIONS OR WARRANTIES, EXPRESS OR
+ IMPLIED.  BY WAY OF EXAMPLE, BUT NOT LIMITATION, PSF MAKES NO AND
+ DISCLAIMS ANY REPRESENTATION OR WARRANTY OF MERCHANTABILITY OR FITNESS
+ FOR ANY PARTICULAR PURPOSE OR THAT THE USE OF PYTHON WILL NOT
+ INFRINGE ANY THIRD PARTY RIGHTS.
+ .
+ 5. PSF SHALL NOT BE LIABLE TO LICENSEE OR ANY OTHER USERS OF PYTHON
+ FOR ANY INCIDENTAL, SPECIAL, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR LOSS AS
+ A RESULT OF MODIFYING, DISTRIBUTING, OR OTHERWISE USING PYTHON,
+ OR ANY DERIVATIVE THEREOF, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY THEREOF.
+ .
+ 6. This License Agreement will automatically terminate upon a material
+ breach of its terms and conditions.
+ .
+ 7. Nothing in this License Agreement shall be deemed to create any
+ relationship of agency, partnership, or joint venture between PSF and
+ Licensee.  This License Agreement does not grant permission to use PSF
+ trademarks or trade name in a trademark sense to endorse or promote
+ products or services of Licensee, or any third party.
+ .
+ 8. By copying, installing or otherwise using Python, Licensee
+ agrees to be bound by the terms and conditions of this License
+ Agreement.
diff --git a/patches/Use-system-LBFGSB.patch b/patches/Use-system-LBFGSB.patch
new file mode 100644 (file)
index 0000000..eb59c05
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,24 @@
+From: Gard Spreemann <gspreemann@gmail.com>
+Date: Tue, 2 Apr 2019 11:25:26 +0200
+Subject: Use system LBFGSB.
+
+---
+ scipy/optimize/setup.py | 4 +++-
+ 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-)
+
+Index: scipy/scipy/optimize/setup.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/optimize/setup.py 2022-02-11 18:56:19.803689586 +0100
++++ scipy/scipy/optimize/setup.py      2022-02-11 18:56:19.803689586 +0100
+@@ -63,8 +63,10 @@
+         pre_build_hook = None
+     lapack = combine_dict(lapack, numpy_nodepr_api)
++    lapack.setdefault('libraries', [])
++    lapack['libraries'].append('lbfgsb')
+-    sources = ['lbfgsb.pyf', 'lbfgsb.f', 'linpack.f', 'timer.f']
++    sources = ['lbfgsb.pyf']
+     ext = config.add_extension('_lbfgsb',
+                                sources=[join('lbfgsb_src', x)
+                                         for x in sources],
diff --git a/patches/build_sh4_FE.patch b/patches/build_sh4_FE.patch
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a1685a7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,17 @@
+Index: scipy/scipy/special/_round.h
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/special/_round.h  2021-08-17 17:46:09.254650951 +0200
++++ scipy/scipy/special/_round.h       2022-06-14 08:40:23.531748220 +0200
+@@ -69,5 +69,12 @@
+ #endif
++/* SH4 is not C99 compliant, see https://github.com/scipy/scipy/issues/15584 */
++#ifndef FE_UPWARD
++#define FE_UPWARD -1
++#endif
++#ifndef FE_DOWNWARD
++#define FE_DOWNWARD -1
++#endif
+ #endif /* _round.h */
diff --git a/patches/hppa-boost-long-double-config.patch b/patches/hppa-boost-long-double-config.patch
new file mode 100644 (file)
index 0000000..724c0eb
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,14 @@
+Index: scipy/scipy/_lib/boost/boost/math/tools/config.hpp
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/_lib/boost/boost/math/tools/config.hpp    2021-08-17 17:46:08.822648218 +0200
++++ scipy/scipy/_lib/boost/boost/math/tools/config.hpp 2022-01-10 13:11:06.796416639 +0100
+@@ -29,7 +29,8 @@
+ #include <boost/math/tools/user.hpp>
+ #if (defined(__CYGWIN__) || defined(__FreeBSD__) || defined(__NetBSD__) || defined(__EMSCRIPTEN__)\
+-   || (defined(__hppa) && !defined(__OpenBSD__)) || (defined(__NO_LONG_DOUBLE_MATH) && (DBL_MANT_DIG != LDBL_MANT_DIG))) \
++   || (defined(__hppa) && !defined(__OpenBSD__) && !defined(__linux__)) \
++   || (defined(__NO_LONG_DOUBLE_MATH) && (DBL_MANT_DIG != LDBL_MANT_DIG))) \
+    && !defined(BOOST_MATH_NO_LONG_DOUBLE_MATH_FUNCTIONS)
+ #  define BOOST_MATH_NO_LONG_DOUBLE_MATH_FUNCTIONS
+ #endif
diff --git a/patches/manage_tests.patch b/patches/manage_tests.patch
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f2839fd
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,332 @@
+Index: scipy/scipy/linalg/tests/test_decomp.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/linalg/tests/test_decomp.py       2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/linalg/tests/test_decomp.py    2022-07-26 22:50:06.195812392 +0200
+@@ -1909,6 +1909,7 @@
+         tc2, zc2 = rsf2csf(tc, zc)
+         assert_array_almost_equal(zc2 @ tc2 @ zc2.conj().T, a)
++    @pytest.mark.skip(reason="test fails, see https://github.com/scipy/scipy/issues/14517")
+     def test_sort(self):
+         a = [[4., 3., 1., -1.],
+              [-4.5, -3.5, -1., 1.],
+Index: scipy/scipy/linalg/tests/test_solvers.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/linalg/tests/test_solvers.py      2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/linalg/tests/test_solvers.py   2022-07-26 22:50:06.195812392 +0200
+@@ -306,7 +306,7 @@
+     for ind, case in enumerate(cases):
+         _test_factory(case, min_decimal[ind])
+-
++@pytest.mark.skip(reason="test fails, see https://github.com/scipy/scipy/issues/14517")
+ def test_solve_discrete_are():
+     cases = [
+Index: scipy/scipy/optimize/tests/test_optimize.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/optimize/tests/test_optimize.py   2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/optimize/tests/test_optimize.py        2022-07-26 22:50:06.195812392 +0200
+@@ -992,6 +992,7 @@
+             assert_allclose(v, self.func(self.solution), rtol=tol)
++    @pytest.mark.skip(reason="contradictory: expected to fail but succeeds")
+     def test_minimize_l_bfgs_maxls(self):
+         # check that the maxls is passed down to the Fortran routine
+         sol = optimize.minimize(optimize.rosen, np.array([-1.2, 1.0]),
+Index: scipy/scipy/linalg/tests/test_lapack.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/linalg/tests/test_lapack.py       2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/linalg/tests/test_lapack.py    2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
+@@ -1032,7 +1032,7 @@
+         eig, _, info = syevd(a)
+         assert_(info == 0)
+-        assert_allclose(eig, eig_gvd, rtol=1e-4)
++        assert_allclose(eig, eig_gvd, rtol=2e-4)
+ def test_hegst():
+Index: scipy/scipy/interpolate/tests/test_fitpack.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/interpolate/tests/test_fitpack.py 2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/interpolate/tests/test_fitpack.py      2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
+@@ -6,6 +6,7 @@
+                            assert_almost_equal, assert_array_almost_equal)
+ from pytest import raises as assert_raises
+ import pytest
++import platform
+ from scipy._lib._testutils import check_free_memory
+ from numpy import array, asarray, pi, sin, cos, arange, dot, ravel, sqrt, round
+@@ -353,6 +354,7 @@
+     def test_order0_diff(self):
+         assert_raises(ValueError, splder, self.spl, 4)
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
+     def test_kink(self):
+         # Should refuse to differentiate splines with kinks
+Index: scipy/scipy/optimize/tests/test_linprog.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/optimize/tests/test_linprog.py    2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/optimize/tests/test_linprog.py 2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
+@@ -13,6 +13,7 @@
+ from scipy.linalg import LinAlgWarning
+ import scipy.sparse
+ import pytest
++import platform
+ has_umfpack = True
+ try:
+@@ -527,6 +528,7 @@
+         if do_presolve:
+             assert_equal(res.nit, 0)
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
+     def test_bounds_infeasible_2(self):
+         # Test ill-valued bounds (lower inf, upper -inf)
+Index: scipy/scipy/special/tests/test_round.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/special/tests/test_round.py       2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/special/tests/test_round.py    2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
+@@ -1,8 +1,14 @@
+ import numpy as np
+ import pytest
++import platform
+ from scipy.special import _test_round
++machine=platform.machine()
++if ( machine.startswith('arm') or
++     machine=='alpha' or
++     machine=='parisc64' ):
++    pytest.skip("rounding tests known to fail on armel, alpha and hppa", allow_module_level=True)
+ @pytest.mark.skipif(not _test_round.have_fenv(), reason="no fenv()")
+ def test_add_round_up():
+Index: scipy/scipy/stats/tests/test_stats.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/stats/tests/test_stats.py 2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/stats/tests/test_stats.py      2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
+@@ -18,6 +18,7 @@
+                            assert_array_less)
+ import pytest
+ from pytest import raises as assert_raises
++import platform
+ import numpy.ma.testutils as mat
+ from numpy import array, arange, float32, float64, power
+ import numpy as np
+@@ -465,6 +466,7 @@
+     [1] 1.701815e-09
+     """
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine()=='ppc', reason="test known to fail on powerpc")
+     def test_basic(self):
+         fisher_exact = stats.fisher_exact
+@@ -5736,14 +5738,17 @@
+         with pytest.raises(ValueError, match='Invalid array input'):
+             stats.gstd('This should fail as it can not be cast to an array.')
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
+     def test_raises_value_error_zero_entry(self):
+         with pytest.raises(ValueError, match='Non positive value'):
+             stats.gstd(np.append(self.array_1d, [0]))
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
+     def test_raises_value_error_negative_entry(self):
+         with pytest.raises(ValueError, match='Non positive value'):
+             stats.gstd(np.append(self.array_1d, [-1]))
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armel")
+     def test_raises_value_error_inf_entry(self):
+         with pytest.raises(ValueError, match='Infinite value'):
+             stats.gstd(np.append(self.array_1d, [np.inf]))
+Index: scipy/scipy/signal/tests/test_spectral.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/signal/tests/test_spectral.py     2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/signal/tests/test_spectral.py  2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
+@@ -4,6 +4,7 @@
+                            assert_array_almost_equal_nulp, suppress_warnings)
+ import pytest
+ from pytest import raises as assert_raises
++import platform
+ from scipy import signal
+ from scipy.fft import fftfreq
+@@ -94,6 +95,7 @@
+         assert_raises(ValueError, periodogram, np.zeros(4, np.complex128),
+                 scaling='foo')
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('i686'), reason="test known to fail on i386 linux and hurd")
+     def test_nd_axis_m1(self):
+         x = np.zeros(20, dtype=np.float64)
+         x = x.reshape((2,1,10))
+@@ -104,6 +106,7 @@
+         f0, p0 = periodogram(x[0,0,:])
+         assert_array_almost_equal_nulp(p0[np.newaxis,:], p[1,:], 60)
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('i686'), reason="test known to fail on i386 linux and hurd")
+     def test_nd_axis_0(self):
+         x = np.zeros(20, dtype=np.float64)
+         x = x.reshape((10,2,1))
+Index: scipy/scipy/sparse/linalg/_isolve/tests/test_iterative.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/sparse/linalg/_isolve/tests/test_iterative.py     2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/sparse/linalg/_isolve/tests/test_iterative.py  2022-07-26 22:50:06.199812425 +0200
+@@ -10,6 +10,7 @@
+      assert_, assert_allclose, suppress_warnings)
+ import pytest
+ from pytest import raises as assert_raises
++import platform
+ from numpy import zeros, arange, array, ones, eye, iscomplexobj
+ from scipy.linalg import norm
+@@ -468,6 +469,7 @@
+     pytest.param(bicgstab, marks=pytest.mark.xfail),
+     pytest.param(gcrotmk, marks=pytest.mark.xfail),
+     pytest.param(tfqmr, marks=pytest.mark.xfail)])
++@pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('i686'), reason="needs tol=9 not 5 on i386 (linux and hurd)")
+ def test_maxiter_worsening(solver):
+     # Check error does not grow (boundlessly) with increasing maxiter.
+     # This can occur due to the solvers hitting close to breakdown,
+Index: scipy/scipy/spatial/tests/test_distance.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/spatial/tests/test_distance.py    2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/spatial/tests/test_distance.py 2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
+@@ -1155,7 +1155,7 @@
+     def test_pdist_jensenshannon_iris(self):
+         if _is_32bit():
+             # Test failing on 32-bit Linux on Azure otherwise, see gh-12810
+-            eps = 1.5e-10
++            eps = 2.5e-10
+         else:
+             eps = 1e-12
+Index: scipy/scipy/spatial/transform/tests/test_rotation.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/spatial/transform/tests/test_rotation.py  2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/spatial/transform/tests/test_rotation.py       2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
+@@ -1,4 +1,5 @@
+ import pytest
++import platform
+ import numpy as np
+ from numpy.testing import assert_equal, assert_array_almost_equal
+@@ -1115,9 +1116,14 @@
+ def test_align_vectors_single_vector():
++    if platform.machine().startswith("i686"):
++        # Test failing on 32-bit i386 (linux and hurd)
++        eps = 3e-8
++    else:
++        eps = 1e-16
+     with pytest.warns(UserWarning, match="Optimal rotation is not"):
+         r_estimate, rmsd = Rotation.align_vectors([[1, -1, 1]], [[1, 1, -1]])
+-        assert_allclose(rmsd, 0, atol=1e-16)
++        assert_allclose(rmsd, 0, atol=eps)
+ def test_align_vectors_invalid_input():
+Index: scipy/scipy/io/arff/tests/test_arffread.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/io/arff/tests/test_arffread.py    2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/io/arff/tests/test_arffread.py 2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
+@@ -11,6 +11,7 @@
+                            assert_array_equal, assert_equal, assert_)
+ import pytest
+ from pytest import raises as assert_raises
++import platform
+ from scipy.io.arff import loadarff
+ from scipy.io.arff._arffread import read_header, ParseArffError
+@@ -97,7 +98,12 @@
+         for i in ['yop', 'yap']:
+             assert_array_almost_equal(data[i], expect_missing[i])
+-
++machine=platform.machine()
++@pytest.mark.skipif(machine=='s390x'
++                    or machine.startswith('ppc')
++                    or machine=='parisc64'
++                    or machine=='sparc64',
++                    reason="test known to fail on s390x, powerpc, ppc64, hppa and sparc64")
+ class TestNoData:
+     def test_nodata(self):
+         # The file nodata.arff has no data in the @DATA section.
+Index: scipy/scipy/linalg/tests/test_interpolative.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/linalg/tests/test_interpolative.py        2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/linalg/tests/test_interpolative.py     2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
+@@ -36,6 +36,7 @@
+                            assert_array_equal)
+ import pytest
+ from pytest import raises as assert_raises
++import platform
+ import sys
+ _IS_32BIT = (sys.maxsize < 2**32)
+@@ -146,6 +147,7 @@
+         norm_2_est = pymatrixid.estimate_spectral_norm(A)
+         assert_allclose(norm_2_est, s[0], rtol=1e-6, atol=1e-8)
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('arm'), reason="test known to fail on armhf")
+     def test_estimate_spectral_norm_diff(self, A):
+         B = A.copy()
+         B[:, 0] *= 1.2
+Index: scipy/scipy/fft/tests/test_fftlog.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/fft/tests/test_fftlog.py  2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/fft/tests/test_fftlog.py       2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
+@@ -2,6 +2,7 @@
+ import numpy as np
+ from numpy.testing import assert_allclose
+ import pytest
++import platform
+ from scipy.fft._fftlog import fht, ifht, fhtoffset
+ from scipy.special import poch
+@@ -99,6 +100,7 @@
+     assert_allclose(a, a_)
++@pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('mips64'), reason="test known to fail on mips64el")
+ def test_fht_special_cases():
+     rng = np.random.RandomState(3491349965)
+Index: scipy/scipy/sparse/csgraph/tests/test_shortest_path.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/sparse/csgraph/tests/test_shortest_path.py        2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/sparse/csgraph/tests/test_shortest_path.py     2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
+@@ -7,6 +7,7 @@
+                                   NegativeCycleError)
+ import scipy.sparse
+ import pytest
++import platform
+ directed_G = np.array([[0, 3, 3, 0, 0],
+                        [0, 0, 0, 2, 4],
+@@ -314,6 +315,7 @@
+     shortest_path(G, method=method)
++@pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('mips64'), reason="test known to fail on mips64el")
+ def test_NaN_warnings():
+     with warnings.catch_warnings(record=True) as record:
+         shortest_path(np.array([[0, 1], [np.nan, 0]]))
+Index: scipy/scipy/stats/tests/test_distributions.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/stats/tests/test_distributions.py 2022-07-26 22:50:06.207812491 +0200
++++ scipy/scipy/stats/tests/test_distributions.py      2022-07-26 22:50:06.203812457 +0200
+@@ -2261,6 +2261,7 @@
+         assert_(np.isfinite(s))
+         assert_(not np.isfinite(k))
++    @pytest.mark.skipif(platform.machine().startswith('mips64'), reason="test known to fail on mips64el")
+     def test_moments_warnings(self):
+         # no warnings should be generated for dfd = 2, 4, 6, 8 (div by zero)
+         with warnings.catch_warnings():
diff --git a/patches/pythran_type_PR16646.patch b/patches/pythran_type_PR16646.patch
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5923cef
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,82 @@
+From 82ad101e8a9317a2c5d7640b64d31c3ecb53b022 Mon Sep 17 00:00:00 2001
+From: serge-sans-paille <serge.guelton@telecom-bretagne.eu>
+Date: Mon, 29 Aug 2022 08:15:49 +0200
+Subject: [PATCH] WIP
+
+---
+ scipy/optimize/_group_columns.py   | 8 ++++----
+ scipy/signal/_max_len_seq.py       | 5 +++--
+ scipy/signal/_max_len_seq_inner.py | 4 ++--
+ scipy/sparse/_sputils.py           | 3 ++-
+ 4 files changed, 11 insertions(+), 9 deletions(-)
+
+Index: scipy/scipy/optimize/_group_columns.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/optimize/_group_columns.py        2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
++++ scipy/scipy/optimize/_group_columns.py     2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
+@@ -52,10 +52,10 @@
+     return groups
+-#pythran export group_sparse(int, int, intc[], intc[])
+-#pythran export group_sparse(int, int, int[], int[])
+-#pythran export group_sparse(int, int, intc[::], intc[::])
+-#pythran export group_sparse(int, int, int[::], int[::])
++#pythran export group_sparse(int, int, int32[], int32[])
++#pythran export group_sparse(int, int, int64[], int64[])
++#pythran export group_sparse(int, int, int32[::], int32[::])
++#pythran export group_sparse(int, int, int64[::], int64[::])
+ def group_sparse(m, n, indices, indptr):
+     groups = -np.ones(n, dtype=np.intp)
+     current_group = 0
+Index: scipy/scipy/signal/_max_len_seq.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/signal/_max_len_seq.py    2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
++++ scipy/scipy/signal/_max_len_seq.py 2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
+@@ -101,14 +101,15 @@
+     >>> plt.show()
+     """
++    taps_dtype = np.int32 if np.intp().itemsize == 4 else np.int64
+     if taps is None:
+         if nbits not in _mls_taps:
+             known_taps = np.array(list(_mls_taps.keys()))
+             raise ValueError('nbits must be between %s and %s if taps is None'
+                              % (known_taps.min(), known_taps.max()))
+-        taps = np.array(_mls_taps[nbits], np.intp)
++        taps = np.array(_mls_taps[nbits], taps_dtype)
+     else:
+-        taps = np.unique(np.array(taps, np.intp))[::-1]
++        taps = np.unique(np.array(taps, taps_dtype))[::-1]
+         if np.any(taps < 0) or np.any(taps > nbits) or taps.size < 1:
+             raise ValueError('taps must be non-empty with values between '
+                              'zero and nbits (inclusive)')
+Index: scipy/scipy/signal/_max_len_seq_inner.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/signal/_max_len_seq_inner.py      2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
++++ scipy/scipy/signal/_max_len_seq_inner.py   2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
+@@ -3,8 +3,8 @@
+ import numpy as np
+-#pythran export _max_len_seq_inner(intp[], int8[], int, int, int8[])
+-#pythran export _max_len_seq_inner(int[], int8[], int, int, int8[])
++#pythran export _max_len_seq_inner(int32[], int8[], int, int, int8[])
++#pythran export _max_len_seq_inner(int64[], int8[], int, int, int8[])
+ # Fast inner loop of max_len_seq.
+ def _max_len_seq_inner(taps, state, nbits, length, seq):
+Index: scipy/scipy/sparse/_sputils.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/sparse/_sputils.py        2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
++++ scipy/scipy/sparse/_sputils.py     2022-09-07 09:51:42.992170041 +0200
+@@ -153,7 +153,8 @@
+     int32min = np.iinfo(np.int32).min
+     int32max = np.iinfo(np.int32).max
+-    dtype = np.intc
++    # not using intc directly due to misinteractions with pythran
++    dtype = np.int32 if np.intc().itemsize == 4 else np.int64
+     if maxval is not None:
+         if maxval > int32max:
+             dtype = np.int64
diff --git a/patches/qhull-lfs.patch b/patches/qhull-lfs.patch
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5f7aced
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,26 @@
+From: Julian Taylor <jtaylor.debian@googlemail.com>
+Date: Mon, 12 Oct 2015 15:17:23 -0700
+Subject: enable large file support
+
+ probably not needed as the file open api of qhull is not available in python
+Forwarded: no
+
+Patch-Name: qhull-lfs.patch
+---
+ scipy/spatial/setup.py | 3 +++
+ 1 file changed, 3 insertions(+)
+
+Index: scipy/scipy/spatial/setup.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/scipy/spatial/setup.py  2022-02-11 18:59:49.481435693 +0100
++++ scipy/scipy/spatial/setup.py       2022-02-11 18:59:49.477435659 +0100
+@@ -53,6 +53,9 @@
+     config.add_extension('_qhull',
+                          sources=['_qhull.c', 'qhull_misc.c'] + qhull_src,
+                          **cfg)
++    cfg.setdefault('define_macros', []).append(('_FILE_OFFSET_BITS','64'))
++    cfg.setdefault('define_macros', []).append(('_LARGEFILE_SOURCE','1'))
++    cfg.setdefault('define_macros', []).append(('_LARGEFILE64_SOURCE','1'))
+     # cKDTree
+     ckdtree_src = ['query.cxx',
diff --git a/patches/series b/patches/series
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2a539a8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,7 @@
+use_local_mathjax.patch
+qhull-lfs.patch
+Use-system-LBFGSB.patch
+hppa-boost-long-double-config.patch
+manage_tests.patch
+build_sh4_FE.patch
+pythran_type_PR16646.patch
diff --git a/patches/use_local_mathjax.patch b/patches/use_local_mathjax.patch
new file mode 100644 (file)
index 0000000..fc0870e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,22 @@
+From: SVN-Git Migration <python-modules-team@lists.alioth.debian.org>
+Date: Mon, 12 Oct 2015 15:17:20 -0700
+Subject: use_local_mathjax
+
+Setting mathjax_path variable to use the local mathjax javascript library
+Patch-Name: use_local_mathjax.patch
+---
+ doc/source/conf.py | 3 ++-
+ 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-)
+
+Index: scipy/doc/source/conf.py
+===================================================================
+--- scipy.orig/doc/source/conf.py      2022-06-13 17:46:20.658259519 +0200
++++ scipy/doc/source/conf.py   2022-06-13 17:46:20.650259451 +0200
+@@ -224,6 +224,7 @@
+ htmlhelp_basename = 'scipy'
+ mathjax_path = "scipy-mathjax/MathJax.js?config=scipy-mathjax"
++mathjax_path='/usr/share/javascript/mathjax/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'
+ # -----------------------------------------------------------------------------
diff --git a/python-scipy-doc.doc-base b/python-scipy-doc.doc-base
new file mode 100644 (file)
index 0000000..0490e43
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,14 @@
+Document: python-scipy-doc
+Title: SciPy Manual
+Author: The SciPy community
+Abstract: This guide is intended as an introductory overview of SciPy
+ and explains how to install and make use of the most important
+ features of SciPy.
+ There is also a tutorial and an API reference manual which details
+ functions, modules, and objects included in SciPy, describing what 
+ they are and what they do.
+Section: Programming/Python
+
+Format: HTML
+Index: /usr/share/doc/python-scipy-doc/html/index.html
+Files: /usr/share/doc/python-scipy-doc/html/*
diff --git a/python-scipy-doc.docs b/python-scipy-doc.docs
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8137b04
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+doc/build/html
diff --git a/python-scipy-doc.lintian-overrides b/python-scipy-doc.lintian-overrides
new file mode 100644 (file)
index 0000000..91bb3f7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+bogus-mail-host-in-debian-changelog Debian/i386 Build Daemon <buildd_i386-saens> *
diff --git a/python3-scipy.lintian-overrides b/python3-scipy.lintian-overrides
new file mode 100644 (file)
index 0000000..91bb3f7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+bogus-mail-host-in-debian-changelog Debian/i386 Build Daemon <buildd_i386-saens> *
diff --git a/rules b/rules
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..6ca8cf7
--- /dev/null
+++ b/rules
@@ -0,0 +1,101 @@
+#!/usr/bin/make -f
+
+export PYBUILD_NAME=scipy
+
+include /usr/share/dpkg/architecture.mk
+
+unexport LDFLAGS
+export FFLAGS="-fPIC"
+export ATLAS=None
+export PATH := $(CURDIR)/debian/extra_bin:$(PATH)
+export SCIPY_USE_PYTHRAN=0
+
+PY3VERS:= $(shell py3versions -v -s)
+PY3_DEFAULT:= $(shell py3versions -dv)
+TMPDIR := $(CURDIR)/build/tmp
+BASE=$(shell pwd)/debian
+
+ifneq (,$(filter parallel=%,$(DEB_BUILD_OPTIONS)))
+  export NPY_NUM_BUILD_JOBS = $(patsubst parallel=%,%,$(filter parallel=%,$(DEB_BUILD_OPTIONS)))
+endif
+
+export SCIPY_USE_PYTHRAN = $(shell if dpkg-query -s python3-pythran >/dev/null 2>/dev/null; then echo 1; else echo 0; fi )
+
+# stats/tests/test_continuous_basic.py::test_cont_basic[500-200-ncf-arg74] test fails with IntegrationWarning
+# https://github.com/scipy/scipy/issues/14519
+SKIP_TEST_LIST += "test_cont_basic[500-200-ncf-arg74]"
+
+# linalg/tests/test_decomp.py started segfaulting on armel
+ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), armel))
+    SKIP_TEST_LIST += test_decomp test_random_exact
+endif
+
+# Bug#1017864 test_kolmogorov.py segfaults on i386 (including hurd)
+SKIP_KOLMOGOROV_ARCH_LIST := i386 hurd-i386
+ifneq (,$(findstring $(space)$(DEB_HOST_ARCH)$(space), $(space)$(SKIP_KOLMOGOROV_ARCH_LIST)$(space)))
+  SKIP_TEST_LIST += TestSmirnovp
+endif
+
+# integrate/_ivp/tests/test_ivp.py fail on mips64el
+# see https://github.com/scipy/scipy/issues/16883
+ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), mips64el))
+    SKIP_TEST_LIST += test_first_step test_classes
+endif
+
+ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), hppa))
+    SKIP_TEST_LIST += test_nodata test_cont_basic[500-200-semicircular-arg89]
+endif
+
+# powerpc: failures in stats/tests/test_stats.py: overflow encountered in _hypergeom_*
+ifneq (,$(findstring $(DEB_HOST_ARCH), powerpc))
+    SKIP_TEST_LIST += test_hypergeom_cdf test_hypergeom_sf test_nch_hypergeom test_precision test_precise test_less_greater
+endif
+
+%:
+       dh $@ --with python3,sphinxdoc --buildsystem=pybuild
+
+execute_after_dh_auto_clean:
+       rm -rf build .pybuild
+       -find $(CURDIR) -name __pycache__ -type d -exec rm -rf {} +
+       -rm -rf doc/source/fontList*
+       -rm -rf doc/source/reference/generated
+       -rm -rf doc/build
+
+execute_before_dh_auto_configure:
+       echo "Building scipy with SCIPY_USE_PYTHRAN=$(SCIPY_USE_PYTHRAN)"
+
+execute_before_dh_installdocs-indep:
+       (export MPLCONFIGDIR=. ; \
+       PYLIBPATH=`pybuild --print build_dir -p$(PY3_DEFAULT) | awk '{print $$3}'`; \
+       echo "building docs using PYLIBPATH=$$PYLIBPATH"; \
+       PYTHONPATH=$$PYLIBPATH make -C doc html PYTHONPATH=$$PYLIBPATH PYVER=3)
+
+override_dh_auto_test:
+       echo "Build-time tests will be run after the installation dir is installed"
+
+ifeq (testsuitedisabled,$(filter nocheck,$(DEB_BUILD_OPTIONS)))
+execute_after_dh_auto_install:
+       set -e; \
+       SKIP_TESTS=""; \
+       list_initialised=0; \
+       for t in $(SKIP_TEST_LIST); do \
+           if [ $${list_initialised} = 0 ]; then \
+               SKIP_TESTS=$$t; \
+               list_initialised=1; \
+           else \
+               SKIP_TESTS="$${SKIP_TESTS} or $$t"; \
+           fi; \
+       done; \
+       if [ "x$${SKIP_TESTS}" != "x" ]; then \
+           SKIP_TESTS="not ( $${SKIP_TESTS} )"; \
+       fi; \
+       echo "skipping tests: $${SKIP_TESTS}"; \
+       for py in $(PY3VERS); do \
+         PYLIBPATH=`pybuild --print build_dir -p$$py | awk '{print $$3}'`; \
+         PYTHONPATH=$$PYLIBPATH python$$py \
+               $(CURDIR)/runtests.py -n -- -k "$${SKIP_TESTS}"; \
+       done
+endif
+
+execute_after_dh_install:
+       dh_numpy3
diff --git a/source/format b/source/format
new file mode 100644 (file)
index 0000000..163aaf8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+3.0 (quilt)
diff --git a/source/lintian-overrides b/source/lintian-overrides
new file mode 100644 (file)
index 0000000..aed8072
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,2 @@
+obsolete-url-in-packaging https://code.google.com/archive/p/ampgo [debian/copyright]
+source-contains-prebuilt-windows-binary [scipy/io/tests/data/fortran-si4-11x1x10.dat]
diff --git a/tests/atlas b/tests/atlas
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..6d65db3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+openblas
\ No newline at end of file
diff --git a/tests/blis b/tests/blis
new file mode 120000 (symlink)
index 0000000..6d65db3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+openblas
\ No newline at end of file
diff --git a/tests/control b/tests/control
new file mode 100644 (file)
index 0000000..cb0253f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,22 @@
+Tests: python3
+Depends: build-essential, python3-scipy, python3-pytest, python3-all, python3-all-dev, python3-pil
+
+# short test on all python versions including debug
+Tests: python3-smoke
+Depends: python3-scipy, python3-pytest, python3-all
+
+#needs root for update-alternatives, build-essential for libc6-dev (ctype libm.so)
+Tests: openblas
+Restrictions: needs-root
+Depends: build-essential, python3-scipy, python3-pytest, python3, libopenblas-dev
+Architecture: amd64 arm64 armhf i386 powerpc ppc64el ppc64 kfreebsd-i386 kfreebsd-amd64 mips64el riscv64 sparc64 s390x
+
+#needs root for update-alternatives, build-essential for libc6-dev (ctype libm.so)
+Tests: atlas
+Restrictions: needs-root
+Depends: build-essential, python3-scipy, python3-pytest, python3, libatlas-base-dev
+
+#needs root for update-alternatives, build-essential for libc6-dev (ctype libm.so)
+Tests: blis
+Restrictions: needs-root
+Depends: build-essential, python3-scipy, python3-pytest, python3, libblis-dev
diff --git a/tests/openblas b/tests/openblas
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..7cdc4cb
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,21 @@
+#!/bin/sh
+set -efu
+ma=$(dpkg-architecture -qDEB_HOST_MULTIARCH)
+blaslib=$(update-alternatives --list libblas.so.3-$ma | grep -m1 $(basename $0))
+update-alternatives --set libblas.so.3-$ma $blaslib
+
+echo "=== testing "$(basename $0)" ==="
+
+# one python is enough
+PYS=${PYS:-"$(py3versions -d 2>/dev/null)"}
+
+#test only modules that link against libblas
+PYS=$PYS TESTPKG=odr debian/tests/python3
+PYS=$PYS TESTPKG=optimize debian/tests/python3
+PYS=$PYS TESTPKG=spatial debian/tests/python3
+PYS=$PYS TESTPKG=special debian/tests/python3
+PYS=$PYS TESTPKG=cluster debian/tests/python3
+PYS=$PYS TESTPKG=integrate debian/tests/python3
+PYS=$PYS TESTPKG=interpolate debian/tests/python3
+PYS=$PYS TESTPKG=sparse debian/tests/python3
+PYS=$PYS TESTPKG=linalg debian/tests/python3
diff --git a/tests/python3 b/tests/python3
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..bfd5684
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,108 @@
+#!/bin/bash
+set -efu
+
+PYS=${PYS:-"$(py3versions -s 2>/dev/null)"}
+TESTMODE=${TESTMODE:-full}
+TESTPKG=${TESTPKG:-}
+export HOME=$AUTOPKGTEST_TMP
+export TMPDIR=$AUTOPKGTEST_TMP
+
+SUBMODULE=
+if [ "x${TESTPKG}" != "x" ]; then
+    SUBMODULE="-s ${TESTPKG}";
+fi
+
+MODE=
+if [ "x${TESTMODE}" != "xfull" ]; then
+    MODE="-m full";
+fi
+
+# some tests are expected to fail
+# so list tests to skip in array variable SKIP_TEST_LIST
+declare -a SKIP_TEST_LIST
+
+# some arches fail some tests with specific BLAS implementations
+# Bug#1003880: skip test_hermitian_modes with blis on i386 (sparse.linalg._eigen.arpack)
+arch=$(dpkg-architecture -qDEB_HOST_ARCH)
+ma=$(dpkg-architecture -qDEB_HOST_MULTIARCH)
+DEB_HOST_ARCH_BITS=$(dpkg-architecture -q DEB_HOST_ARCH_BITS)
+if [ "$arch" = "arm64" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q blis ; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_atol[cgs])
+fi
+if [ "$arch" = "i386" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q blis ; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_hermitian_modes test_complex_nonsymmetric_modes test_standard_nonsymmetric_starting_vector test_general_nonsymmetric_starting_vector test_svd_linop test_complex)
+fi
+if [ "$arch" = "armhf" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q openblas ; then
+    # test_large_rank_deficient in scipy/optimize/tests/test_lsq_linear.py times out or segfaults with openblas on armhf
+    # and other TestTRF tests time out
+    # test_disp in optimize/tests/test_linprog.py times out with openblas on armhf
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_large_rank_deficient TestTRF test_disp test_m_eq_n_sparse test_magic_square2 test_numerical_jac test_with_bounds test_bvp test_solver_selection)
+fi
+if [ "$arch" = "armhf" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q atlas ; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_aligned_mem)
+fi
+# segfaults in test_lsq_linear.py::TestBVLS
+# see https://ci.debian.net/data/autopkgtest/testing/armhf/s/scipy/25114019/log.gz
+if [ "$arch" = "armhf" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q blis ; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_large_rank_deficient)
+fi
+
+if [ "$arch" = "armel" ]; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_aligned_mem test_decomp)
+fi
+
+# Bug#1017864 test_kolmogorov.py segfaults on i386 (including hurd)
+if [ "$arch" = "i386" ] || [ "$arch" = "hurd-i386" ]; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} TestSmirnovp)
+fi
+
+# integrate/_ivp/tests/test_ivp.py fail on mips64el
+# see https://github.com/scipy/scipy/issues/16883
+if [ "$arch" = "mips64el" ]; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_first_step test_classes)
+fi
+
+if [ "$arch" = "ppc64el" ]; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_svds_parameter_tol)
+fi
+if [ "$arch" = "ppc64el" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q atlas ; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_bug_6139 test_svd_v0 test_svd_random_state test_svd_random_state_2)
+fi
+if [ "$arch" = "s390x" ] && update-alternatives --query libblas.so.3-$ma | sed -n "/^Value:/p" | grep -q atlas ; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_bug_6139 test_solver_select)
+fi
+
+# avoid segfaults and other failures on riscv64
+if [ "$arch" = "riscv64" ]; then
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_kmeans2_high_dim test_krandinit test_kmeans2_kpp_high_dim)
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_banded_ode_solvers test_singular_term test_vode test_zvode test_odeint_banded_jacobian test_odeint_banded_jac)
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_vector test_iterative_refinements_dense)
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_sine_weighted_finite test_sine_weighted_infinite test_cosine_weighted_infinite)
+    SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_scalar test_integrate_ppoly test_compare_dense_and_sparse)
+fi
+
+
+# stats/tests/test_continuous_basic.py::test_cont_basic[500-200-ncf-arg74] test fails with IntegrationWarning
+# https://github.com/scipy/scipy/issues/14519
+SKIP_TEST_LIST=(${SKIP_TEST_LIST[@]} test_cont_basic[500-200-ncf-arg74])
+
+SKIP_TESTS=""
+list_initialised=0
+for t in ${SKIP_TEST_LIST[@]}; do
+    if [ ${list_initialised} = 0 ]; then
+       SKIP_TESTS=$t
+       list_initialised=1
+    else
+       SKIP_TESTS="${SKIP_TESTS} or $t"
+    fi
+done
+if [ "x${SKIP_TESTS}" != "x" ]; then
+    SKIP_TESTS="not ( ${SKIP_TESTS} )"
+fi
+echo "skipping tests with SKIP_TEST_LIST=${SKIP_SKIP_TEST_LIST[@]}"
+
+for py in $PYS; do
+    echo "=== Testing: $py $TESTPKG ==="
+    $py runtests.py -n -v ${MODE} ${SUBMODULE} -- -k "${SKIP_TESTS}" 2>&1
+    echo "=== Done: $py $TESTPKG ==="
+done
diff --git a/tests/python3-smoke b/tests/python3-smoke
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..2184d57
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,18 @@
+#!/bin/sh
+set -efu
+echo "=== testing "$(basename $0)" ==="
+
+PYS=${PYS:-"$(py3versions -s 2>/dev/null)"}
+TESTMODE=${TESTMODE:-full}
+TESTPKG=${TESTPKG:-scipy}
+export HOME=$AUTOPKGTEST_TMP
+export TMPDIR=$AUTOPKGTEST_TMP
+
+cd "$AUTOPKGTEST_TMP"
+
+# test imports and a fast test
+for py in $PYS; do
+    echo "=== Testing: $py $TESTPKG ==="
+    $py -c "import scipy.interpolate, scipy.stats, scipy.ndimage; scipy.interpolate.test()" 2>&1
+    echo "=== Done: $py $TESTPKG ==="
+done
diff --git a/upstream/metadata b/upstream/metadata
new file mode 100644 (file)
index 0000000..63aa7b5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,15 @@
+---
+Bug-Database: https://github.com/scipy/scipy/issues
+Bug-Submit: https://github.com/scipy/scipy/issues/new
+Repository: https://github.com/scipy/scipy.git
+Repository-Browse: https://github.com/scipy/scipy
+Registry:
+ - Name: conda:conda-forge
+   Entry: scipy
+ - Name: bio.tools
+   Entry: NA
+   Checked: 2021-08-01
+ - Name: guix
+   Entry: python-scipy
+ - Name: SciCrunch
+   Entry: SCR_008058
diff --git a/watch b/watch
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a20438e
--- /dev/null
+++ b/watch
@@ -0,0 +1,4 @@
+version=4
+opts="filenamemangle=s%(?:.*?)?v?(\d[\d.]*@ARCHIVE_EXT@)%@PACKAGE@-$1%" \
+ https://github.com/scipy/scipy/tags \
+ (?:.*?/)?v?@ANY_VERSION@@ARCHIVE_EXT@